甲基化

文献精读-24nt-siRNA介导的DNA甲基化（RdDM）不定期更新

Author:MarijoriA.MatzkeandRebeccaA.MosherJournal:NatureReviewGeneticsdoi:10.1038/nrg3683link:RNA-directedDNAmethylation:anepigeneticpathwayofincreasingcomplexityAbstractAbstract|RNA-directedDNAmethyla
ShawnMagic·2020-07-02 01:39

Medicine in Microecology：微生物所王军组发表Nanopore三代测序人类肠道病毒组的方法

检测病毒表观遗传修饰讨论结论材料与方法1.病毒样颗粒（VLPs）富集与纯化2.反转录与随机引物扩增3.PromethION文库制备及测序4.ONT序列组装与分析5.比对现有数据库6.噬菌体ORF鉴定及注释7.甲基化分析
刘永鑫Adam·2020-06-29 20:48

【陈巍学基因-6】甲基化测序

欢迎关注公众号：oddxix本次主要介绍一下DNA的甲基化和羟甲基化的高通量测序。DNA的甲基化是在DNA的序列不变的条件下，在其中某些碱基上加上甲基的这样一个过程。
oddxix·2020-06-29 09:44

【R语言编程：For循环的应用】——批量多行数据按列分组差异分析（KW:Kruskal-Wallis检验，F test：方差分析）用于生信分析

批量多行数据按列分组进行差异分析（KW:Kruskal-Wallis检验，Ftest：方差分析）应用场景——按列分组，批量对多行数据进行差异分析1、DNA甲基化芯片——450K、850K等2、其他微阵列芯片
公卫小何子·2020-06-28 23:30

xgene：之ROC曲线、ctDNA、small-RNA seq、甲基化seq、单细胞DNA, mRNA

灵敏度高==假阴性率低，即漏检率低，即有病人却没有发现出来的概率低。用于判断：有一部分人患有一种疾病，某种检验方法可以在人群中检出多少个病人来。特异性高==假阳性率低，即错把健康判定为病人的概率低。用于：被某种试验判定为患病的人中，又有多少是真的患了这种病的。好的检测方法：有高的灵敏度（低的假阴性率）、同时又有高的特异性（低的假阳性率）。ROC曲线：横轴：100—特异性。。即100减去特异性，特异
weixin_30485379·2020-06-27 20:22

小麦全基因组甲基化研究

今天推荐的文章是2015年发表在genomebiology上的一篇关于小麦基因组甲基化的研究。
Neal_Bio·2020-06-26 23:04

复现Cell附图 |类器官的单细胞分析

重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析
生信宝典·2020-06-24 21:25

听哈佛大神讲怎么做单细胞转录组GSEA分析

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生信宝典·2020-06-24 21:53

新冠患者样本单细胞测序文献汇总

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生信宝典·2020-06-24 21:52

一个R包玩转单细胞免疫组库分析，还能与Seurat无缝对接

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生信宝典·2020-06-24 21:52

Nature Metabolism I 衰老的单细胞组学研究进展及展望

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生信宝典·2020-06-24 21:21

Science | 单细胞分析人类胸腺发育的细胞图谱

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生信宝典·2020-06-24 21:21

一文看懂PCA主成分分析

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生信宝典·2020-06-24 21:20

代码分析 | 单细胞转录组clustering详解

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生信宝典·2020-06-24 21:20

代码分析 | 单细胞转录组质控详解

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生信宝典·2020-06-24 21:20

代码分析 | 单细胞转录组Normalization详解

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生信宝典·2020-06-24 21:20

遗传所屠强研究组开发Decode-seq方法显著提高差异表达基因分析的准确性

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生信宝典·2020-06-24 21:50

统计一条染色体上可能的酶切位点片段大小及数量

mspj.PNG注意，虽然这个酶的识别序列是CNNR但是在实际情况中，只有当C是甲基化后的C时才会切割，一般来说只有当C后面跟了一个G时才会甲基化，因此，实际的识别序列应该
elaine0622·2020-06-23 06:42

基因组测序、外显子测序和靶向测序有什么样的区别，如何选择？

测序可以在很多不同的层面开展，包括基因组层面、转录组层面、甲基化层面、免疫共沉淀测序等。今天我们重点讨论一下基因组层面的测序。基
dikuangzhong6068·2020-06-23 04:34

m6A甲基化及预测方法工具总结

RNA根据编码性可分为编码RNA（protein-codingRNA）和非编码RNA（noncodingRNA）两大类，这些RNA转录后会发生各种修饰，包括N6-腺苷酸甲基化（N6-methyladenosi
dikuangzhong6068·2020-06-23 04:34

10 月 18 日 NGS总览学习

Next-generation"sequencingtechnology那么NGS分为DNA-seq和RNA-seqDNA-seqCHlP-seqEXon-seqwhole-DNA-seq研究的目的：研究转录因子TFDNA结合位点表观遗传修饰DNA甲基化全基因组测序寻找遗传变异位点
小郑的学习笔记·2020-06-22 21:33

生物（一）ctDNA突变检测应用于肿瘤早期筛查

目前的热门方向是甲基化，相当多一部分公司以此为研发方向，还包括ctDNA突变检测，cnv检测，CTC，外泌体检测等都在探索研究中。
生信了（公众号同名）·2020-06-22 18:52

基因组测序、外显子测序和靶向测序有什么样的区别，如何选择？

测序可以在很多不同的层面开展，包括基因组层面、转录组层面、甲基化层面、免疫共沉淀测序等。今天我们重点讨论一下基因组层面的测序。基
AIPuFu·2020-06-21 16:55

送书 | 哈佛大学单细胞课程：笔记汇总前篇

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生信宝典·2020-06-21 04:20

复现原文（二）：Single-cell RNA sequencing of human

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生信宝典·2020-06-21 04:49

复现原文（一）：Single-cell RNA sequencing of human kidney（step by step）

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生信宝典·2020-06-21 04:49

代码分析 | 单细胞转录组数据整合详解

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生信宝典·2020-06-21 04:49

哇！单细胞测序-配体受体互作分析原来可以这么简单又高大上！

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生信宝典·2020-06-21 04:49

DNA甲基化分析②数据质控

质控原则好的结果需要好的数据。原始下机测序数据(rawdata)中，有些reads包含有测序接头序列，这些序列不属于测序物种中的原有序列，因此质控过程中需要剪切去除。同时，下机数据中还包含许多低质量的reads序列（如平均测序质量值较低的reads,序列某些位置碱基质量值过低，含N较多的reads等），同样需要过滤去除。质控核心思想：trim(剪切)+fliter(过滤)软件使用fastp和fas
守候在凌晨·2020-06-20 16:53

肿瘤甲基化

TumorsareoftencharacterizedbyanimbalanceincytosinemethylationasmanifestedbothbyhypermethylationofCpGislandsandbygenomehypomethylation.[1]CpG岛高甲基化与基因组低甲基化并无矛盾
FionaMoon·2020-05-18 21:41

表观遗传学: DNA甲基化

DNA甲基化是一种被广泛研究的表观遗传修饰方式，与组蛋白修饰等方式一起，在调控基因表达和染色质构象等方面发挥了重要作用。
大王福不福·2020-05-18 16:07

甲基化芯片数据的差异分析

_filtered_pd_myNorm.Rdata")dim(myNorm)#>[1]41248152dim(pd)#>[1]524此处需要补充两个知识点：beta值的生物学意义beta>=0.6完全甲基化
小洁忘了怎么分身·2020-05-02 10:37

简化基因组甲基化测序

什么是DNA甲基化？DNAmethylation：指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5'碳位共价键结合一个甲基基团。
HOLLYxiao·2020-04-19 11:24

甲基化概念及功能简述

甲基化概念及功能简述一、表观遗传学真核生物基因表达受多种机制、多层面的综合调控。
Amy_Cui·2020-04-08 12:00

自闭症的甲基化检测和生物治疗？？

有位朋友问我对于自闭症的甲基化检测，还有什么生物疗法的看法。如下文字是椰菜君查阅文献后的一点肤浅理解，仅供参考。“有码”的DNA老司机要发车了....艹！艹！艹！
椰菜君·2020-04-06 08:11

2020-04-02

Threehypomethylatedgeneswereassociatedwithpooroverallsurvivalinpancreaticcancerpatients5.5151.PC中DNA甲基化状态改变的
吖吖雪羽·2020-04-02 17:42

Streptozocin

"目录号:HY-13753CellCycle/DNADamage-Streptozocin是一种有效的DNA甲基化试剂，作用于HL60，K562和C1498细胞，IC50分别为11.7，904和1024μg
莫小枫·2020-04-01 09:57

2018-10-24

组蛋白修饰（histonemodification）是指组蛋白在相关酶作用下发生甲基化、乙酰化、磷酸化、腺苷酸化、泛素化、ADP核糖基化等修饰的过程。
哈哈eshine·2020-03-31 18:30

【CNS前沿文献追踪】 – 调节DC细胞抗原提呈的mRNA甲基化读取蛋白YTHDF1

此次整理分享的文章有意思，没有讲自己是怎么筛出的目标蛋白YTHDF1，上来就把小鼠这个蛋白敲了，看对肿瘤生长的影响，背后肯定是大量的工作，通过大量的工作锁定的这个目标。作者发现敲除TFHDF1小鼠的肿瘤生长速度低于野生型小鼠检测肿瘤浸润淋巴细胞发现：敲除YTHDF1后浸润到肿瘤部位的CD8T和NK增加，MDSC减少，Treg不变CD8T和NK两种细胞浸润增加，那两者对抑制肿瘤生长的贡献如何呢？用抗
德泉客服·2020-03-31 03:04

第 27策 半壁江山

1）举例：DNA甲基化，我们研究主变量发生变化的原因，上游找启动子区CpG岛甲基化检测，通过启动子位点甲基化状态的
貌似欣喜的猫·2020-03-30 16:02

DNA甲基化的前生今世

DNA的甲基化是在DNA的序列不变的条件下，在其中某些碱基上加上甲基的这样一个过程。DNA甲基化的结果，一般是使甲基化位点的下游的基因表达量变少。
黄晶_id·2020-03-29 07:30

ted:早期生活被写入DNA

那些被猴妈妈更多的抚摸爱护的小猴子，他们成年之后没有攻击性，也不酗酒，而那些被护理员喂大饲养长大的小猴子有更多攻击性，并且容易酗酒，而科学家把这些基因用一些甲基化的物质
韩溪流·2020-03-28 19:49

（半甲基化的方法学思考）文献report: Nascent DNA methylome mapping reveals inheritance of hemimethylation at CTC...

Background(背景)  1：DNA甲基化是表观修饰的一种，在动植物中可调控基因的转录，胚胎发育和细胞分化。在哺乳动物中，DNA甲基化一般发生在对称的CpG二核苷酸上。
liu_ll·2020-03-26 22:51

吴建国老师荣获霍英东教育基金会资助

信息员:张超日前，教育部国际交流和合作司（港澳台事务办公室）正式公布了霍英东教育基金会第十六届高等院校青年教师奖和基金资助项目名单，我院吴建国博士申报的“基于DNA甲基化的水稻草矮病毒病分蘖失控症状形成机制
毓木·2020-03-24 02:37

RRBS差异甲基化分析流程（更新版）

本文接bismark上游分析：https://www.jianshu.com/p/9f6939d1588a下文主要是：1、找到差异甲基化区域；2、注释差异甲基化区域library(methylKit)library
桁_COLA·2020-03-23 20:26

科技新闻

教育养娃最需要的是远见，千万别用战术的勤奋掩盖战略的懒惰平台系统Win10Cloud掀千层浪软硬市场五国杀移动通信中移动前董事长王建宙参加MWC：运营商在5G时代要突围生命医学《经济学人》：基因编辑、克隆与生育科学基因甲基化缺失是致癌重要成因
开挂一波流·2020-03-20 20:40

CBB1007 hydrochloride

"目录号:HY-15313BEpigenetics-CBB1007盐酸盐是组蛋白去甲基化酶LSD1高效底物竞争性抑制剂，细胞可渗透，对hLSD1的IC50值为5.27uM。
莫小枫·2020-03-20 11:56

双端测序、DNA甲基化及CPG岛、转录组分析名词

表观遗传学认为在不改变DNA序列的情况下，通过DNA和组蛋白的修饰来调控基因的表达，而其中DNA甲基化最为常见（DNAmethylation）.在人类的表观遗传学中，CpG岛的甲基化修饰最为常见，Cp
陈洪瑜·2020-03-18 19:04

DNA甲基化的研究方法

下边介绍了一些DNA甲基化的基本常识DNA甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用，是目前新的研究热点之一。
宇宙独一无二的我·2020-03-18 00:01

miRNA靶基因及其结合位点的预测

在基因的完整序列内搜索可能的miRNA结合位点(3)miRNA数据库、预测工具、经典文献合辑(4)预测神器miRwalk2.0：从miRNA到mRNA(5)推荐|38个miRNA数据库(6)肺腺癌中DNA甲基化和
土豆学生信·2020-03-15 21:19
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