甲基化第5页

易基因｜组学研究：人类胎儿发育过程的DNA羟甲基化(5hmC)和RNA m5C动态重编程

methycytosinereprogrammingduringearlyhumandevelopment”为题在权威学术期刊《GenomicsProteomics&Bioinformatics》（IF7.691）发表研究论文，该研究通过微量DNA羟甲基化测序技术

易基因科技·2023-04-20 04:50

易基因｜m5C甲基化研究揭示mRNA m5C对维持果蝇生殖干细胞发育的分子机制

2020年02月18日，Stower研究所解亭教授团队与南方科技大学李思思团队合作研究发现果蝇的YPS蛋白通过优先结合带有m5C修饰的RNA，从而促进果蝇卵巢生殖干细胞的发育。该成果以“DrosophilaYBX1homologYPSpromotesovariangermlinestemcelldevelopmentbypreferentiallyrecognizing5-methylcytosi

易基因科技·2023-04-20 03:15

2022-06-10

NatGenetics|脑膜瘤DNA甲基化组识别驱动因素和治疗靶点原创图灵基因图灵基因2022-06-1007:03发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制脑膜瘤是一种起源于脑膜的肿瘤。

图灵基因·2023-04-20 01:21

DNA甲基化组+转录组+宏基因组+16S研究思路

本期我们以一篇多组学研究揭示DNA甲基化在植物促生菌-植物-微生物互作关系中作用的文献案例来讲解多组学研究如何做，并对多组学研究分析方法和组学分子实验验证思路进行总结，一起来看看吧。

易基因科技·2023-04-18 07:16

调控相关——lncRNA（学习总结）

1.就基因水平而言，lncRNA与DNA甲基化间有着千丝万缕的关系。而这种模型常见于lncRNA和甲基化转移酶（DNMT1、3等）结合，并将该酶定位至基因的启动子

vegene·2023-04-17 20:48

表观技术 | 靶基因DNA甲基化和羟甲基化测序定制精准检测

DNA甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。

易基因科技·2023-04-17 19:51

甲基化芯片注释中的CpG shores, open sea 是什么

在甲基化芯片中，对于CpG位点所在的区域，会有对应的注释信息，比如CpGislands。

生信修炼手册·2023-04-17 15:09

第一章简介

在物理压缩的基础上，衍生出一套操控表观遗传的密码，包括DNA甲基化、核小体定位、组蛋白组成和修饰以及转录因子、染色质重构和非编码RN

闪_8308·2023-04-15 11:43

精准医学 | 十篇文章读懂DNA甲基化与疾病（肿瘤）的关系

DNA甲基化后可能导致染色体的结构发生改变，有可能通过关闭抑癌基因，从而导致肿瘤发生。近年来的大量研究表明，DNA异常甲基化与肿瘤的发生、发展、细胞癌变有着密切的联系。

易基因科技·2023-04-14 18:47

分子生物学第五章 DNA损伤修复和突变

损伤修复和突变第一节第二节DNA损伤的类型1造成DNA损伤的因素2DNA损伤的类型3DNA损伤修复机制3.1直接修复3.2切除修复3.3双链断裂修复3.4重组修复3.5跨越合成第五章DNA损伤修复和突变第一节损伤：比如碱基，甲基化突变

丸丸丸子w·2023-04-14 02:22

易基因｜RNA m5C甲基化测序(RNA-BS)全流程

常规mRNAm5C甲基化测序（RNA-BS）：mRNA分离后首先通过亚硫酸盐处理，非甲基化的C转变为U，m5C修饰的碱基保持不变，结合高通量测序，可以对RNA上的每一个C碱基修饰进行定位与定量。常

易基因科技·2023-04-13 14:29

【珍藏版】热点综述 | 单细胞多组学研究怎么做？

来自韩国的研究团队在《Experimental&MolecularMedicine》发表综述，介绍了单细胞多组学分析技术（mRNA-基因组、mRNA-DNA甲基化、mRNA-染色质可及性、mRNA-蛋白质

尐尐呅·2023-04-13 07:56

做生信分析，需要认真，哪怕灌水，也要认真！！！！

大家好，现在单纯的经典预后分析思路，包括转录组、甲基化、突变各个水平的，不是很好发了。需要结合一下疾病的特征，临床上关联，分组细化，另外更需要外部数据验证。

概普生信·2023-04-12 21:15

MACS2软件call m6A甲基化peaks

前面给大家介绍了☛m6A甲基化数据分析流程，提到过两个peakcalling的软件Peakcalling用R包exomePeakcallpeak用MACS2callpeak其实目前可用的peakcalling

生信交流平台·2023-04-12 07:24

TCGA甲基化芯片数据质控和过滤

在step1中，我们获得了TCGA中OSCC的32个病人的T-N配对样本和对应的临床信息,并将其组成了一个名为my_Load的ChAMP对象。rm(list=ls())library(ChAMP)library(stringr)load('./Rdata/step1_myLoad.Rdata')myLoad$beta[1:4,1:4]#>TCGA-CV-6959-01TCGA-CV-6436-11

小洁忘了怎么分身·2023-04-11 19:59

Journal club--中国人群DNA甲基化和吸烟的全基因组分析

DNA甲基化与吸烟有关，但中国人群吸烟的全基因组甲基化数据有限。目标：我们的目的是研究中国人群中与吸烟有关的表观基因组范围的甲基化。

机器人会画画·2023-04-11 15:51

利用TCGAbiolinks下载病理学报告（PDF）和切片图像（SVS）

我们平时使用TCGA的使用，基本都是下载临床特征数据，生存数据，基因表达量，高级一点的还可以去下载体细胞突变，拷贝变异数和DNA甲基化等。

欧阳松·2023-04-10 19:38

中国春甲基化数据

中国春甲基化数据表观遗传学中，甲基化的研究是重要的一块研究内容。最近小麦品种中国春的参考基因组在science杂志上发表。

Neal_Bio·2023-04-09 18:11

18-IF6+:纯生信分析甲基化和基因表达整合鉴定三阴性乳腺癌的预后标志物和药物靶标

一.研究背景三阴性乳腺癌(TNBC)临床预后差，而且临床上缺少有效的特异性生物标志物。此外，三阴性乳腺癌具有雌激素受体(ER)、黄体酮受体(PR)和表皮生长因子受体2(HER2)缺失的特点，这三种受体是基于激素的有效治疗的靶点。TNBC常发生于青年患者，它的侵袭性强，易复发、转移，预后差，具有基因易感性，如BRCA1的生殖系突变，被认为识TNBC的促进因素。临床上TNBC治疗进展缓慢，这正是由于缺

生信学霸·2023-04-09 05:38

【文献笔记】DNA，RNA以及组蛋白的甲基化在衰老和肿瘤中的作用

主要介绍了DNA,RNA和组蛋白甲基化在衰老和肿瘤中的作用。题目是：TherolesofDNA,RNAandhistonemethylationinageingandcancer。

生信start_site·2023-04-08 10:45

易基因 | 综述科普：单细胞测序技术下的小鼠脑部DNA甲基化图谱

胞嘧啶DNA甲基化(5mC)是一种稳定的共价修饰，对基因调控至关重要。

易基因科技·2023-04-08 10:12

DNA甲基化测序之TAPS

日常掰虾前面分别学习了DNA甲基化的基础知识和甲基化BS-seq的分析方法，不知道的同学可以戳这里，DNA甲基化知识概述、DNA甲基化Bismark&BAMAP流程跑起来。

生信店小二·2023-04-07 12:38

Bismark Bisulfite Mapper学习笔记（一）数据预处理

对于0.14或者更高的版本，Bismark可以使用并行运行，同时进行比对和甲基化提取步骤。你可以搜索--parallel/--mu

生信start_site·2023-04-06 11:21

FEM：整合RANSEQ和DNA甲基化数据分析的R包

FEM是一个整合RANSEQ和DNA甲基化数据的R包，由AndrewE.Teschendorff和ZhenYang开发、维护。不多说，下面介绍如何使用FEM整合RANSEQ和DNA甲基化数据分析。

橙子牛奶糖·2023-04-05 23:30

易基因｜深度综述：RNA m5C修饰的生物学及在肿瘤发生和免疫治疗中的作用

BiomarkRes》杂志发表了题为“BiologicalrolesofRNAm5CmodificationanditsimplicationsinCancerimmunotherapy”的综述文章，综述了RNAm5C甲基化修饰的生物学作用及其在癌症免疫治疗中的潜在机制

易基因科技·2023-04-05 15:47

易基因 | 文献速递：重亚硫酸盐扩增子测序研究通过DNA甲基化监测急性髓系白血病MRD

今天要分享解读的是一篇发表于Leukemia（IF11.528）的DNA甲基化研究文章，本文通过重亚硫酸盐扩增子测序，分析了通过研究DNA甲基化模式来监测急性髓系白血病（acutemyeloidleukemia

易基因科技·2023-04-05 10:30

m6a甲基化相关基因boxplot并显示p值

m6A甲基化是目前研究的一个热点，前面给大家介绍过☞m6A甲基化数据分析流程。我们知道m6A甲基化需要三类不同的基因来参与。

生信交流平台·2023-04-04 22:35

陈巍学基因视频学习记录--甲基化测序

这篇笔记是把其中甲基化测序这一视频进行文字化，这样不方便看视频的时候可以随时翻看笔记。视频地址(youtube地址)：https://www.youtube.com/watch?

生信start_site·2023-04-04 11:47

重构人胚胎着床的单细胞转录组与DNA甲基化组图谱

汤富酬&乔杰组新作。文章链接：https://www.nature.com/articles/s41586-019-1500-0概述胚胎植入是哺乳动物胚胎发生过程的里程碑事件，植入失败是流产相当重要的因素之一。鉴于无法获取体内植入后胚胎，故而目前仍不了解胚胎植入这一过程的基因调控网络与表观机制。作者结合胚胎体外培养（自组装）与单细胞多组学测序，对来自围着床期65个胚胎共八千余个细胞进行了系统分析。

Dengfeng_Gao·2023-04-04 11:46

文献：《PRMT2 and ROR?Expression Are Associated With Breast Cancer Survival Outcomes》

一些名词的释义：PRMT2：Proteinargininemethyltransferases蛋白精氨酸甲基转移酶（PRMT）甲基化组蛋

晓颖_9b6f·2023-04-04 04:55

15-IF12+:纯生信探索甲基化水平的缺失和免疫治疗反应的关系

一.研究背景肿瘤突变负荷（TMB）和拷贝数是预测病人免疫治疗发应的预测标志物，之前的研究表明，有丝分裂和TMB、拷贝数以及发生在PMD区域的低甲基化水平相关，之前已经有很多研究探索了免疫治疗反应和TMB

生信学霸·2023-04-04 04:13

TCGA甲基化数据质量控制和差异分析（使用ChAMP包）

参考文章：1.甲基化芯片入门学习-ChAMP包（二）2.TCGA数据库的癌症甲基化芯片数据重分析3.TCGA甲基化芯片数据质控和过滤4.甲基化芯片数据的差异分析5.甲基化芯片注释中的CpGshores,

生信start_site·2023-04-03 18:47

易基因： m6A RNA甲基化研究的前期探索性实验思路｜干货系列

近年来，m6ARNA甲基化作为国家自然科学基金表观遗传学研究的热门领域，相关研究成果层出不穷，高分文章不断。研究方向包括疾病发生发展、发育和分化、环境暴露与响应等。

易基因科技·2023-04-03 12:49

易基因：基于动态DNA甲基化图谱观察脂肪形成过程中的细胞谱系特异性发育｜发育分化

DynamicDNAmethylationlandscapedefinesbrownandwhitecellspecificityduringadipogenesis”的研究文章，该研究通过简化基因组甲基化

易基因科技·2023-04-03 12:18

易基因：m6A mRNA甲基化修饰调控CTNNB1促进肝母细胞瘤增殖的机制研究｜Mol Cancer

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2019年12月23日，国家儿童医学中心（上海）、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心潘秋辉教授团队在《MolecularCancer》（IF:41.444/Q1）杂志上发表了题为“m6AmRNAmethylationregulatesCTNNB1topromotetheproliferationofhepatoblastoma”的文

易基因科技·2023-04-03 12:18

易基因：PIWI/piRNA在人癌症中的表观遗传调控机制（DNA甲基化+m6A+组蛋白修饰）｜综述

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2023年03月07日，南华大学衡阳医学院李二毛团队在《MolecularCancer》杂志发表了题为“TheepigeneticregulatorymechanismofPIWI/piRNAsinhumancancers”的综述文章，讨论了piRNA（PIWI-interactingRNA）的生物发生及其在人癌症中的表观遗传调控机制的

易基因科技·2023-04-03 12:17

易基因：DNA甲基化研究的3大前期探索性实验思路｜干货系列

近些年以来，DNA甲基化研究一直是顶级期刊、基金资助、临床研究、药物研发上市的多重热点，其研究方向涵盖疾病发生发展、疾病标志物研究、环境因素暴露与响应、发育和分化等多维度。

易基因科技·2023-04-03 12:47

项目集锦 | 易基因DNA羟甲基化5hmC测序研究成果

羟甲基化5hmC是哺乳动物基因组上的第六碱基，在发育、衰老、神经退行性疾病、复杂疾病及肿瘤发生过程中起重要作用。本期以科研内容为序，总结近期易基因羟甲基化合作研究成果。

易基因科技·2023-04-03 12:16

易基因｜干货：m6A RNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析

易基因｜干货：m6ARNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。

易基因科技·2023-04-03 12:16

易基因-单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序

易基因单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序高通量单细胞DNA甲基化测序简介单细胞DNA甲基化组学研究很大程度上受制于建库技术，传统的文库构建方法或类似于基因组DNA的单细胞扩增技术很难应用到甲基化实验过程中

易基因科技·2023-04-03 12:08

【2020-7 NG】晚期前列腺癌的DNA甲基化landscape

参考：TheDNAmethylationlandscapeofadvancedprostatecancerNatGenet|转移性去势抵抗性前列腺癌甲基化图谱早安！

caokai001·2023-04-03 05:29

m6A原始数据识别差异甲基化——使用RADAR分析MeRIP-seq数据

Step1：原始数据的准备从EMBL数据库根据SRR号下载SRAxxxxxxx.fastq.gz文件（有的是单端测序，有的是双末端测序）EMBL数据库网站连接：https://www.ebi.ac.uk/ebisearch/error.ebi数据展示：双末端：SRR7763560_1.fastq.gzSRR7763560_2.fastq.gz；单末端：SRR9029562.fastq.gz数据下载

Apache_lin·2023-04-02 12:03

复盘总结（四）

设定工作路径setwd("D:/DMP_mk_")#加载需要的R包#rm(list=ls())library(reshape2)library(dplyr)#加载需要的数据rm(list=ls())#单个甲基化位点

蓬举举·2023-03-31 18:35

一文看全！史上以来的59家测序仪公司

重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析

生信宝典·2023-03-31 09:31

关于编程学习的一些思考