甲基化

文献分享1-组蛋白去甲基化酶JMJD2D通过多种机制激活HIF1信号通路，促进结直肠癌糖酵解和进展

HistonedemethylaseJMJD2DactivatesHIF1signalingpathwayviamultiplemechanismstopromotecolorectalcancerglycolysisandprogression组蛋白去甲基化酶
FindandFound·2022-02-12 10:35

大数据的读取

大数据的读取因为从Xena上下载的甲基化数据太大，在读取时遇到点麻烦，特定查了下有没有什么方法可以只读取一部分，整理如下大家有什么好的方法，敬请告知~SCANscan读取.txt文件比如读取下面文件的数据
NoviceWitch·2022-02-12 02:50

DNA甲基化研究案例（一）

本期解读文献内容“MicroRNA-137的表观遗传沉默增加ASCT2的表达和肿瘤谷氨酰胺的代谢.一、调控通路DNA甲基化原理图当DNMT（甲基转移酶）抑制剂消耗完时，DNMT结合到靶标基因miR-137
Ray钱·2022-02-11 03:54

一起看文献吧-菜鸟团一周文献推荐(No.1)

Five-DNAmethylationsignatureactasanovelprognosticbiomarkerinpatientswithovarianserouscystadenocarcinoma.生词hypermethylation高甲基化
小梦游仙境·2022-02-10 12:39

m6A-RNA 甲基化 - MedChemExpress

近期，美国康奈尔大学SamieR.Jaffrey研究组在Cell上发表了题为“AUnifiedModelfortheFunctionofYTHDFProteinsinRegulatingm6A-ModifiedmRNA”的研究，揭示了YTHDF蛋白调节m6A修饰的mRNA的功能统一模型。与“不同的m6A位点结合不同的DF蛋白”的主流观点不同，该研究人员发现，所有m6A位点与三个DF蛋白都以基本相似
_MedChemExpress·2022-02-10 09:06

哇！单细胞测序-配体受体互作分析原来可以这么简单又高大上！

重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析
生信宝典·2022-02-03 14:05

m6A三大机制思路2-目标基因上游甲基化机制

m6A是N6-腺苷酸甲基化，当RNA分子发生甲基化后，m6A甲基化识别酶可以与RNA分子结合，调控RNA的稳定或者降解。RNA分子表达量升高与降低改变正常蛋白的表达量，影响功能。
纪伟讲测序·2022-02-03 02:44

易基因｜3文解读：微量样本甲基化测序在肿瘤中的应用

大家好，本期我们通过3篇高分文章来解读微量样本甲基化测序在肿瘤中的应用。
E_GENE·2022-01-18 14:08

易基因 | ACE-Seq：羟甲基化检测简介

DNA序列中胞嘧啶（C）5’碳位结合一个甲基基团而转变成5mC的现象称为DNA基甲基化。在5mC去甲基化的过程中，其会被氧化成5hmC，这种新的修饰称为DNA羟甲基化。
E_GENE·2021-08-29 09:42

易基因 | 微量样本RNA甲基化m6A技术比较 — 技术解读

在哺乳动物mRNA中，N6-甲基腺苷（m6A）约占所有腺苷的0.2％至0.6％，是丰度最高的mRNA修饰。RNA免疫沉淀后通过高通量测序（MeRIP-seq），是转录组范围内检测m6A修饰位置最为有力的技术方法。常规免疫沉淀富集需要上百微克的总RNA，这限制了其在许多领域的应用。微量MeRIP技术优化实验过程中的关键参数，包括RNA的起始量，RNA片段化，抗体选择，MeRIP洗涤/洗脱条件，RNA
E_GENE·2021-08-17 16:58

【R语言】热图绘制-heatmap函数+默认配色方案

前面给大家介绍过1.超详细的热图绘制教程(5000余字)，真正的保姆级教程2.R语言绘制基因表达热图（简易版）3.一个R函数搞定风险评估散点图，热图4.R绘制甲基化和表达谱联合分析热图有小伙伴留言问，绘制热图的数据从哪里来
生信交流平台·2021-08-08 11:50

甲基化DNA免疫沉淀&PCR & NGS 分析试剂盒

DNA甲基化的研究不仅仅局限于定量的检测。那么还有哪些研究方向呢？
熙氧夕夏·2021-06-27 07:33

【自驱型成长】第四章 非焦虑临在：如何帮助你的孩子找到控制感

按照书里的说法，对孩子大脑最具有决定性的影响，依次是三个阶段：临分娩前：母亲的压力，通过一种称为“甲基化”的过程，影响着胎儿。出生后2年
若离_bdf3·2021-06-26 21:35

背景：全基因组分析造血细胞中的DNA甲基化：WGBS的DNA甲基化分析

全基因组分析造血细胞中的DNA甲基化：WGBS的DNA甲基化分析FirstOnline:23July2017译者注意：文章感觉什么都没说，也就是讲一下背景，测序中的步骤，可以了解一下，中间经过了什么处理
Amy_Cui·2021-06-26 06:59

Seurat的单细胞免疫组库分析来了！

重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析
生信宝典·2021-06-24 18:47

DMRcalling之comb-p原理2019-12-02

https://www.biostars.org/p/54994/)https://github.com/brentp/combined-pvalues/各种高通量技术可生成全基因组数据，用于研究DNA结合，甲基化状态和组蛋白修饰等过程
机器人会画画·2021-06-21 06:38

2018-03-15市场活动

市场活动促销及其上新公司金斯瑞捷瑞天昊内容金斯瑞活动时间3.12-5.31，新客户减免200，老客户七折，3天交付捷瑞三种提取试剂盒上新，涵盖大部分类型样本，量血液基因组DNA直接提取试剂盒（离心柱型）天昊mRNA甲基化检测简评捷瑞还是第一次做这种提取试剂盒
科与·2021-06-20 14:16

单细胞数据分析神器——Seurat

近两三年，单细胞技术从最开始的基因组，转录组测序，发展成现在的单细胞DNA甲基化，单细胞ATAC-seq等等。
呆呆聊生信·2021-06-20 07:03

microRNA调控m6A RNA甲基化文献解读

本文通过比较分析基因和细胞特异性的mRNAm6A甲基化的几个特点，揭示了4种不同分化程度的多功能细胞mRNA的m6A修
Ray钱·2021-06-20 05:02

SNP（Single Nucleotide Polymorphisms）

SNP在CG序列上出现最为频繁，而且多是C转换为T,原因是CG中的胞嘧啶常被甲基化,而后自发地脱氨成为胸
夸克光子·2021-06-16 10:57

微量样本RNA甲基化m6A技术比较

在哺乳动物mRNA中，N6-甲基腺苷（m6A）约占所有腺苷的0.2％至0.6％，是丰度最高的mRNA修饰。RNA免疫沉淀后通过高通量测序（MeRIP-seq），是转录组范围内检测m6A修饰位置最为有力的技术方法。常规免疫沉淀富集需要上百微克的总RNA，这限制了其在许多领域的应用。微量MeRIP技术优化实验过程中的关键参数，包括RNA的起始量，RNA片段化，抗体选择，MeRIP洗涤/洗脱条件，RNA
易基因科技·2021-06-15 06:40

纯生信分析套路 综述|癌症中m6A与非编码RNA之间相互作用新见解

说起国自然研究新宠儿“m6A甲基化修饰”，想必大家都不陌生，m6A甲基化是包括mRNA和ncRNA（即非编码RNA，包括miRNA，rRNA，circRNA和lncRNA等）在内的所有RNA最普遍的表观遗传修饰
呆呆聊生信·2021-06-14 22:37

低聚果糖的安全性和生产方法

后来通过甲基化、气液色谱法(GLC)、气相色谱一质谱(联用)法(GC一MS)和核磁共振(NMR)分析得出了微生物果糖转移酶生产的低聚果糖GF1,GF2,GF3的化学结构式,并明确了其作用机理。
凡秘能·2021-06-11 14:59

表观遗传--RNA甲基化之m6A

前沿表观遗传学，包括组蛋白共价修饰(covalenthistonemodification)、DNA甲基化修饰(DNAmethylation)、RNA甲基化修饰(RNAmethylation)、基因组印记
假装_学霸·2021-06-09 20:05

关于bismark和DSS的input相关问题

问题的由来：最近尝试在做call差异甲基化区域的时候，选用了两款软件bismark+DSS的分析流程，当时还是比较菜，没有可理解透彻这两款软件的原理。感谢贤哥不嫌我愚钝，为我排忧解难。
小潤澤·2021-06-09 12:01

子宫内膜癌TCGA分子分型

我们对373例子宫内膜癌样本进行了全方位的全外显子测序，对基因的突变图谱进行了全方位描述，基于芯片对肿瘤拷贝数变化进行全方位描述，基于RNA测序对基因表达进行全方位描述，基于甲基化芯片和蛋白质芯片对重要的蛋白质通路进行多层次描述
半夏长安·2021-06-08 01:46

Chip-seq的原理2020-02-11

p=2212屏幕快照2020-02-11下午2.42.31.pngH3表示组蛋白K4组蛋白上的氨基酸，甲基化的位点H3K4me2H3K4me3AcetylationH2AZ对启动子起到激活作用H3K36me3H3K79me2
机器人会画画·2021-06-04 04:09

450k甲基化基础（一）

基本概念1.什么是DNA甲基化DNA甲基化是表观遗传学的中最为常见的一种修饰，其主要形式包括：5-甲基胞嘧啶(5-mC)、少量的N6-甲基腺嘌呤(N6-mA)以及7-甲基鸟嘌呤(7-mG)。
一路向前_莫问前程_前程似锦·2021-05-11 03:01

基于DNA甲基化的分子亚型构建发5+分

MolecularsubtypesbasedonDNAmethylationpredictprognosisincolonadenocarcinomapatients”，文章作者基于TCGA-COAD队列甲基化数据对
科研菌·2021-05-05 13:56

甲基化纯生信分析套路 复发和免疫治疗的CpG甲基化标志物

今天，咱们来看一篇7月末发表在Aging-US(IF=4.831)杂志上的一篇文章，作者基于TCGA中的NSCLC(非小细胞肺癌)数据，识别出了4个预测复发的CpG甲基化markers，并验证了这一特征与
呆呆聊生信·2021-04-19 13:05

m6A甲基化数据分析流程

前面我们简单介绍过m6ARNA甲基化修饰特征,以及RNAm6A修饰发文套路大揭秘。那么今天小天就和大家一起探讨一下，m6A甲基化数据分析的基本流程。
生信交流平台·2021-04-18 08:37

千里之堤毁于蚁穴的悲剧不可一再重演

下面我们可以看一个抽烟导致DNA甲基化的研究成果。我们知道DNA序列决定了生命朝何处发展，在1995年前后，生物学家们又发现了另外一种决定生命朝何处发展的因素，叫做基因修饰。
胡义华·2021-04-18 02:38

IF13.493 | 全基因组甲基化MethylRAD助力揭示肺腺癌新机制！

前言2020年5月22号，SignalTransductionandTargetedTherapy杂志（IF：13.493）在线发表了题目为：Hypoxia-inducedGBE1expressionpromotestumorprogressionthroughmetabolicreprogramminginlungadenocarcinoma的研究论文，证明了GBE1是HIF1α信号转导的重要转
鹿明生物·2021-04-17 15:24

WGCNA分析，简单全面的最新教程（在线做，但也需要懂原理）

重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析
生信宝典·2021-04-05 22:00

Rnbeads包差异甲基化分析

选择分析的名字选择分析哪个区域的甲基化水平选择identifiers.column对应列，每个identifiers.column对应一个特定的样本选择配色方案勾选移
蓬举举·2021-04-03 16:43

传出神经系统药理概论

主要被突触间隙中的乙酰胆碱酯酶（AchE）水解而失活；NA合成的原料是酪氨酸，与其合成有关的酶有酪氨酸羟化酶（变为多巴）、多巴脱羧酶（变为多巴胺）和多巴胺β－羟化酶（变为NA），NA会在苯乙醇胺氮位甲基转移酶的作用下进一步甲基化生成肾上腺素
anole_·2021-03-27 09:42

翻译第1弹|DNA METHYLATION AND COMPLEX HUMAN DISEASE

DNA甲基化与复杂的人类疾病前言环境因素是否调节表观修饰的建立和维持，从而影响基因表达和表型具有重要的研究意义。
浩渺予怀·2021-03-11 19:28

circRNA测序-病毒circRNA与宿主细胞互作思考

circRNA的研究很火热，不过思路大体就那么三四种，ceRNA机制，结合蛋白，翻译多肽，m6A甲基化调控。很多老师希望做出新意。
纪伟讲测序·2021-03-11 18:06

DNA甲基化分析----------甲基化比对软件专题（Bismark）

  我们在上个笔记中介绍了一些关于DNA甲基化的基本概念。那么如何去判断这个序列里面甲基化的信息呢？
liu_ll·2021-03-06 17:23

NATURE:组蛋白标记H3K36me2招募DNMT3A并调节基因间DNA甲基化分布

文章揭示了基因间CpG甲基化水平与人类发育相关疾病TBRS（塔顿布朗拉赫曼综合征，Tatton–Brown–Rahmansyndrome）和Sotos综合征（巨脑畸
生信start_site·2021-02-09 11:14

DNA甲基化数据分析全流程

2021-01-01更新简单记录一下平时的分析过程和RNA-seq前期流程类似--质控、去接头、比对参考基因组、排序后期就是要提取甲基化位点，包括CpG、CHG、CHH三种context，H代表非G位点
生信摆渡·2021-02-05 19:58

DNA甲基化

差异的甲基化差异的甲基化位点位于基因的prometer区域，我们才去保留，主要包括（TSS200和TSS1500）注释文件来自ChAMP工具包，data一下即可一般的差异定义标准为image.png参考文献
一路向前_莫问前程_前程似锦·2021-02-03 11:58

m5C-RNA—掀起表观转录组学研究新浪潮

近年来，随着康奈尔大学第一篇RNA腺苷N6位置甲基化（m6A）图谱的绘制及其在mRNA普遍存在的发现，转录修饰这一未开垦的学术领域，逐渐成为生物医药界争相挖掘的新领地。
易基因科技·2021-01-05 09:09

DMR甲基化数据分析(1)

由于最近开展了一些DNA甲基化的项目，跑了几个预实验的数据，结果还不错。所以在此记录一下分析步骤和代码。本次数据分析使用的软件是BatMeth2、Bismark和HOME这三款软件。
只看不写_nathan·2021-01-03 09:38

复盘总结（二）

接复盘总结（一）methylkitR包上游处理对甲基化位点进行注释、导出SPM分析上游文件setwd("D:/DMP_mk_")rm(list=ls())library(methylKit)load(file
蓬举举·2021-01-02 11:06

三代ONT甲基化相关分析软件

一、deepmod1、三代测序得到的fast5文件是mutifast5，一个fast5文件里面有4000条fast5序列，deepmod不支持mutifast5，需要拆分成singalfast5.使用ont官方的程序ont_fast5_api进行转换https://github.com/nanoporetech/ont_fast5_api$multi_to_single_fast5--input_
夸克光子·2020-12-31 09:23

2020-11-29【文献阅读】DNA methylation and evolution of duplicated genes

第一块1、题目DNA甲基化和重复基因进化DNAmethylationandevolutionofduplicatedgenes2、作者ThomasE.Keller，SoojinV.YiE-mail:soojinyi
巾今·2020-12-05 22:26

药物靶点相关数据库

GDSC可以用于：药物敏感性基因特征分析；细胞系药物敏感性数据；细胞系的基因组突变与CNV变异数据，表达谱数据及甲基化
阿ll·2020-11-28 15:34

methylkit差异甲基化分析

文件格式可以是最基本的甲基化调用文件也可以是bismark下游的BAM/SAM文件。在这里使用的是经过处理得到的文本文件。
蓬举举·2020-11-27 10:44

利用DMR进行PCA分析

因为我们知道DMR在植物中存在三种类型CG、CHG和CHH，那么我们就需要对三种甲基化分别计算，以及总体的计算其PCA。
只看不写_nathan·2020-11-21 20:35
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