甲基化

GEO数据挖掘基本流程与代码

分组信息）3.数据探索（分组之间是否有差异，PCA、整个数据的热图）4.limma差异分析及可视化（P值、logFC，火山图、差异基因的热图）5.富集分析KEGG、GO注意：该标准流程只适用于表达芯片分析，甲基化
嗷呜嗷呜www·2023-03-24 06:18

m6A甲基化居然能和铁死亡联合！！！

m6A甲基化是最近的热点，其最大的特点之一就是易于和自己的课题结合。这篇文章的亮点在于我第一次系统地研究了m6A甲基化和铁死亡的结合，并建立了较完善的研究方法，对大家的研究启发很大。
概普生信·2023-03-23 10:58

DNA甲基化数据分析(一)

最近在帮师姐分析甲基化，顺便就把甲基化分析过程整理一下。我们先来看看什么是DNA甲基化。
杨博士聊生信·2023-03-22 20:07

代码分析 | 单细胞转录组Normalization详解

重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析
生信宝典·2023-03-22 17:10

R语言合并TCGA中CNV矩阵

前面小编已经跟大家介绍过☞R代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据☞零代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据☞R代码合并TCGA体细胞突变数据☞R代码合并TCGA数据库中DNA甲基化数据
生信交流平台·2023-03-21 22:30

易基因 | DNA甲基化在重头甲基转移酶远古丢失后数百万年的进化持久性

胞嘧啶甲基化是DNA中广泛存在的一种修饰，发挥重要的作用。在酵母新型隐球菌(Cryptococcusneoformans),CG甲基化发生在富含转座子的重复序列中，而且需要DNA甲基转移酶Dnmt5。
易基因科技·2023-03-20 12:38

易基因 | 原核DNA甲基化简述

NA甲基化是指将甲基添加到DNA特定区域，使基因的表达发生了可遗传的改变的过程。该过程可以在不改变核苷酸序列的情况下改变DNA的转录。
易基因科技·2023-03-19 15:31

易基因 | 文献速递：微量细胞WGBS技术揭示克隆胚胎异常DNA再甲基化新机制

今天一起来看看发表于CellStemCell期刊的关于DNA甲基化在克隆胚胎发育中的作用研究成果，本文研究了小鼠克隆胚胎早期着床前发育过程中DNA甲基化修饰的重编程过程，并揭示了异常DNA再甲基化（DNAre-methylation
易基因科技·2023-03-18 17:58

ChAMP 甲基化芯片数据分析（450 和 EPIC）

转载：https://biozx.top/ChAMP.htmlChAMP是用来分析illuminate甲基化数据的包，包括HumanMethylation450和EPIC。
我是爱哭虫小鱼·2023-03-18 15:39

表观转录组调控之meRIP（m6A甲基化修饰）

修饰的研究不只是停留在结构微调，当前发现RNA修饰在转录组水平广泛存在，并且是可逆的动态调控状态，参与生物进程钟的多方面，包括：细胞分化、性别决定、肿瘤的发生和转移、DNA的损伤修复等生物学功能，今天带给大家的是RNA甲基化修饰研究内容
博士苑·2023-03-15 17:34

m6A调节因子泛癌分析

Molecularcharacterizationandclinicalrelevanceofm6Aregulatorsacross33cancertypes33种癌症类型的m6A调节因子的分子表征和临床意义N6腺苷（m6A）的甲基化是最常见的
概普生信·2023-03-15 12:41

低级胶质瘤中EMILIN2的表达、甲基化和预后特征

WangLC,CuiWY,ZhangZ,TanZL,LvQL,ChenSH,ShenXL.Expression,methylationandprognosticfeatureofEMILIN2inLow-Grade-Glioma.BrainResBull.2021Oct;175:26-36.doi:10.1016/j.brainresbull.2021.07.013.Epub2021Jul16.P
努力爱学习的JUN·2023-03-14 11:07

单细胞DNA甲基化研究基础篇：从实验策略到数据分析方法简介

DNA甲基化是细胞分裂过程中遗传的一种表观遗传标记，影响细胞的生物学功能。而单细胞水平上的全基因组甲基化分析将有助于深入了解转录调控和细胞异质性。单细胞DNA甲基化研究怎么做？
尐尐呅·2023-03-14 10:12

SCI文章中经常出现的免疫相关基因集

例如我们前面讲过m6A相关的基因集☞m6a甲基化相关基因boxplot并显示p值或者看这个基因集里面的基因是否跟临床信息相关☞m6a甲基化相关基因根据临床信息分组绘制boxplot并显示p值除了m6A相关的基因集之外
生信交流平台·2023-03-14 04:31

甲基化套路

和甲基化有关的。可以先了解下甲基化：450k甲基化基础450K甲基化芯片数据处理传送门450k甲基化芯片常用工具包：ChAMP和minfi等。
Bio_Learner·2023-03-12 17:49

项目文章｜IF 53.542！高分文章带您了解国自然热点技术

DNA甲基化（DNAmethylation）作为真核细胞中DNA化学修饰的普遍修饰方式，在疾病癌症、遗传进化、胚胎（个体）发育、动物群体的社会性行为、植物基因表达调控、遗传育种等方面的研究中有广泛应用。
诺禾致源科技服务·2023-03-11 18:03

TCGA甲基化数据下载以及相关临床信息整理

之前的文章里已经按照教程进行了TCGA数据库的一些练习（RNA-seq、芯片、生存分析），现在学习TCGA甲基化数据的分析过程。
生信start_site·2023-02-18 23:24

易基因 | 精准医学：DNA甲基化图谱在发现和精确诊断神经肿瘤领域的应用

虽然过去的分子诊断包括特定突变、拷贝数变化或基因融合，但DNA甲基化测序的发展显著提高了诊断精度，增加了可靠性，并为发现新的肿瘤类型提供了思路。
易基因科技·2023-02-18 08:35

甲基化数据QC: 使用甲基化数据推测SNP基因型（ewastools工具）

介绍一下如何使用ewastools推测甲基化数据的SNP基因型下载、安装ewastools以下例子是ewastools的安装，其他的包比如magrittr、svd等,电脑没装的话，也需要一一装上去。
橙子牛奶糖·2023-02-17 18:46

DNA甲基化Bismark、BSMAP流程跑起来

日常掰虾  前面学习了DNA甲基化的基础知识，也了解了它的重要性，不知道的同学看这里，DNA甲基化知识概述。既然这么重要，我们当然要知道怎么处理数据了。
生信店小二·2023-02-17 15:49

Znhit1基因差异分析-2020-03-06

目的：分析基因Znhit1在肿瘤acutemyeloidleukemia与正常样本中国是否存在表达差异和甲基化差异截屏2020-03-07下午10.55.54.png下载的文件按照ensembleID整理
爬山小虎·2023-02-07 13:26

第三代测序的介绍

就当前形势来看，第二代短读长测序技术在测序市场上仍然占有绝对优势，但第三代测序技术近年来也发展的如火如荼，且已应用于基因组测序、甲基化研究和突变鉴定等多个研究领域。
微基生物·2023-02-07 11:23

bismark 识别甲基化位点-可视化篇

在bismark中提供了两种生成html报告的方式，对应两个命令bismark2reportbismark2summary第一个命令针对单个样本。每个样本在比对之后，都会生成一个report文件。bismark2report命令读取这个reort文件，然后生成单个样本对应的html报告。用法如下bismark2report—dirtest4—alignment_reporttest/test_da
生信修炼手册·2023-02-04 10:29

2021年三大m6A甲基化整体研究思路

m6A甲基化作为研究的热点，目前有很多的研究方向，其研究领域涉及生长发育的方方面面。如果想选RNA甲基化作为方向设计课题，可以从哪些方面着手？
概普生信·2023-02-02 11:42

表观遗传

胞嘧啶甲基化后5-mc不能被重亚硫酸盐（NaHSO3）处理没有发生甲基化修饰的胞嘧啶，被重亚硫酸盐转变为尿嘧啶考虑甲基化时，wastonandcrick链都要考虑没有甲基化修饰的C→U→PCR变为T把人类参考基因组的
洛洛洛洛洛啊·2023-01-30 08:52

易基因：人类tRNA基因位点表现出与衰老相关的DNA高甲基化｜研究文章

目前，科研人员已经发现了各种与年龄相关的DNA甲基化变化，包括在单个CpGs水平上的差异甲基化和可变甲基化，以及在整个甲基组水平上的变化。
易基因科技·2023-01-30 08:10

易基因｜深度综述：Nat Rev Genet：DNA甲基化与衰老之间的密切关系

详细论证了DNA甲基化与衰老之间的密切联系，为表观遗传衰老机制提供了重要的依据。随着时
易基因科技·2023-01-30 08:10

i6mA-DNC:基于深度学习的二核苷酸表示预测水稻基因组DNA n6 -甲基腺苷位点

i6mA-DNC:基于深度学习的二核苷酸表示预测水稻基因组DNAn6-甲基腺苷位点摘要一、简介二、材料和方法1.基准数据集2.提出的模型3.绩效评估3.1交叉验证三、结果与讨论四、预测器模型的web服务器摘要DNA甲基化是一个重要的表观遗传过程
Super齐·2023-01-30 08:08

易基因｜一文读懂：十大DNA甲基化研究核心问题

DNA甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一，近年来关于DNA甲基化的研究成果屡屡见刊。
易基因科技·2023-01-27 22:20

核心生理过程失衡是是致病的关键

改变基因的方式，是改变它生存的生物环境及基因的表达，或者通过增加和去甲基化改变基因的活动方式。
自然医学探索·2023-01-25 23:24

DNA和RNA修饰的鉴定和编辑技术前沿综述 （全文翻译版）

（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析
生信宝典·2023-01-21 10:31

积微论坛--用微生物组时序数据重现生物膜装配动态过程PPT对应的讲解和提问

（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析
生信宝典·2023-01-21 10:31

人工智能辅助药物发现(1)肿瘤靶点识别

目录基于AI的靶点识别概述肿瘤建模肿瘤转录组转录组异质性单细胞转录组数据分析单细胞表观肿瘤模型肿瘤中的表观遗传模型基于甲基化测序技术的肿瘤表观遗传模型基于染色质可及性的肿瘤表观遗传模型多模态肿瘤建模靶点识别基于单细胞
tzc_fly·2023-01-18 18:27

送书《R语言数据分析和可视化》 | 这个为生信学习和生信作图打造的开源R教程真香！！！...

（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析
生信宝典·2023-01-17 09:41

数据库|scMethBank：单细胞全基因组 DNA 甲基化图谱数据库

甲基化是DNA的一种重要化学修饰，可调节基因的表达和关闭，与癌症、衰老、老年痴呆等许多疾病密切相关，是表观遗传学的重要研究内容之一。测序技术的发展，极大促进了单细胞DNA甲基化研究。
SHANGHAILINGEN·2023-01-12 08:50

Detection of transcription factors binding to methylatedDNA by deep recurrent neural network

标题：用深度递归神经网络检测甲基化DNA结合的转录因子期刊：BriefingsinBioinformatics中科院分区/影像因子：Q2/11.622发表时间：2022.01.09服务器：HOME数据集
YZT8848·2023-01-06 16:27

论文解读《Detection of transcription factors binding to methylated DNA by deep recurrent neural network》

标题：通过深度循环神经网络检测与甲基化DNA结合的转录因子期刊：BriefingsinBioinformatics摘要转录因子（TFs）是一种特异性参与基因表达调控的蛋白质。
HXH@·2023-01-06 16:27

没有网也可以安装 Conda 环境

（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析
生信宝典·2022-12-30 09:47

送书 | 222Beta多样性限制性排序CPCoA/CCA/RDA/LDA

重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析
生信宝典·2022-12-29 15:55

易基因｜动物发育过程中顺式调控区域的活性DNA去甲基化早于脊椎动物起源：重磅研究

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年12月02日，澳大利亚悉尼加尔文医学研究所基因组学和表观遗传学系OzrenBogdanovic研究团队在《SCIENCEADVANCES》杂志发表了题为“ActiveDNAdemethylationofdevelopmentalcis-regulatoryregionspredatesvertebrateorigins”的研究
易基因科技·2022-12-28 23:23

解析DNA甲基化临床科研 | 无论什么科室，一定要有project的经典视角｜易基因

本期我们来聊聊一直以来备受关注的DNA甲基化。关键词：DNA甲基化；基金；临床科研（DNA甲基转移酶DNMT靶向特定基因组特征。
易基因科技·2022-12-28 23:52

甲基化系列 3. 甲基化芯片数据分析完整版（ChAMP）

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你104篇原创内容公众号桓峰基因的教程不但教您怎么使用，还会定期分析一些相关的文章，学会教程只是基础，但是如果把分析结果整合到文章里面才是目的，觉得我们这些教程还不错，并且您按照我们的教程分析出来不错的结果发了文章记得告知我们，并在文章中感谢一下我们
桓峰基因·2022-12-24 08:06

RNA 1. SCI 文章中读取 GEO 数据

费用还是蛮高的，而现在就是洒洒水啦，所以这种转录组的数据也已经成为文章的主流，基本上就是WES结合RNA，但是个人感觉，真的能关联到突变基因和表达的水平上去的，还是很困难的，除非您运气好到爆表，但是表观遗传如甲基化
桓峰基因·2022-12-24 08:36

TCGA学习笔记一

1.背景介绍重要数据外显子数据表达数据小RNA测序数据拷贝数芯片甲基化数据蛋白质组学数据临床信息癌症背景知识网页工具大全GDCcbioportal：按照paper来分类的UCSCFIREHOSEoncolncgepiatanric
你真的不能替我学吗·2022-12-17 11:24

易基因｜一文读懂精准简化基因组甲基化测序(RRBS+oxRRBS)分析怎么做

本期，我们讲讲精准简化基因组甲基化测序（RRBS+oxRRBS）怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程等方面详细介绍。
易基因科技·2022-12-17 07:43

易基因｜m6A去甲基化酶ALKBH5通过降低PHF20 mRNA甲基化抑制结直肠癌进展 | 肿瘤研究

易基因｜m6A去甲基化酶ALKBH5通过降低PHF20mRNA甲基化抑制结直肠癌进展|肿瘤研究大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。
易基因科技·2022-12-17 07:42

易基因科技｜单细胞甲基化测序低至2500元/样

单细胞甲基化测序低至2500元/样！
易基因科技·2022-12-17 07:11

易基因｜RNA m7G甲基化测序（m7G-MeRIP-seq）

作为一种重要的表观遗传修饰，m7GRNA甲基化在基因表达、加工代谢、蛋白质合成、转录稳定等方面发挥着重要的作用，参与疾病发生发展等多种生命过程。
易基因科技·2022-12-17 07:41

易基因｜脂多糖诱导的仔猪肝脏损伤模型中m6A RNA甲基化介导了NOD1/NF-kB信号激活

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2022年9月30日，南京农业大学动物科技学院钟翔教授团队在《ANTIOXIDANTS-BASEL》杂志发表题为“m6ARNAMethylationMediatesNOD1/NF-kBSignalingActivationintheLiverofPigletsChallengedwithLipopolysaccharide”的研究论文，
易基因科技·2022-12-17 07:41

易基因｜TSD物种全基因组DNA甲基化模式对孵育性别和过去孵育温度的响应 | 性别决定

易基因｜TSD物种全基因组DNA甲基化模式对孵育性别和过去孵育温度的响应|性别决定大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。
易基因科技·2022-12-17 07:41
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