16S高通量测序第3页

scATAC文献：人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---方法

Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionsingularvalue:一scATACprocessing使用“cellrangeratacmkfastq”（10x基因组学，v.1.2.0）将原始测序数据转换为

科研菜鸟·2024-02-03 05:20

学习小组Day7——宣Xuanan

因为课题就是做转录组测序的，所以基础知识有一些了解，接下来从数据处理部分开始进行笔记。数据初步分析：使用fastqc进行质量分析，这是一款Java软件，支持多线程。

宣Xuanan·2024-02-03 05:04

一、二、三、四代测序技术原理详解

测序技术是基因组学的核心技术，上期的推送【LAI：基因组组装质量评估新标准】简单介绍了测序技术的发展进程。其实，测序技术的发展主要基于两个非常具有里程碑意义的理念：“生命是序列的”和“生命是数据的”。

生信空间·2024-02-02 22:24

测序数据文件中MD5是个啥？不要无视我的存在！

测序公司在释放原始数据的目录下都会有一个MD5文件，对于不太了解MD5的老师，可能会直接忽略这个文件。实际上这个文件还是很有必要的。那MD5到底是干嘛的呢？

组学大讲堂·2024-02-02 17:03

生信学习笔记：使用SNP data做基因渗入分析 (1)

该教程的总结随机测序生信技术的进步，研究者已经开发了许多基于SNP数据的基因渗入分析方法和流程。其中包括最出名的ABBA-BABAtest，该方法使用所谓的D统计量来评估物种的基因渗入程度。

lakeseafly·2024-02-02 16:51

FFPE 损伤简述

主要是，经过福尔马林处理之后，细胞中的DNA会发生破裂，损伤，交联，造成测序结果的假阳性较多。具体结论FFPE样本，随着保存时间的增加和缓冲溶液的PH降低，DNA的破碎情况会加剧；破

茄子_0937·2024-02-02 16:06

序列拼接和做完点突变后的序列比对

反向互补(ReverseComplement)-免费在线工具http://www.detaibio.com/sms2/rev_comp.html由于测序一次只测n个bp，不完整，所以需要把几次结果拼接起来才能看到完整的序列

很多个故事·2024-02-02 15:27

ATAC-seq发篇测序文章就结束了吗？看如何利用ATAC-seq数据为后续关键基因的转录调控研究提供重要依据

转座酶可及染色质测序分析（ATAC-seq）是常见的研究染色质可及性的方法，ATAC-seq联合RNA-seq是一种新的研究思路，为阐述基因组和特定生物过程中的基因差异表达提供见解。

爱基百客·2024-02-02 15:16

病原菌共感染研究思路

随着测序的发展，应用高通量转录组测序对于感染多种病原菌的研究也不断深入，今天跟大家分享两篇病原菌共培养研究共感染过程的相互作用，希望能给研究共感染的老师一些样本准备设计的思路的参考

爱基百客·2024-02-02 15:43

伟大的中国共产党

一个民族最深沉的追求，一定要在其薪火相传的民族精神中来进行基因测序。中华民族是热爱和平的民族，血液里没有侵略他人、称霸世界的基因。

白鸽123456·2024-02-01 19:15

使用MAKER进行基因注释(高级篇之GeneMark-ET模型训练）

真核生物基因组预测主要会用到GeneMark-ES/ET,其中GeneMark-ES可用于无监督自训练，也就是只要提供一个基因组序列即可，而GeneMark-ET则是在GeneMark-ES的基础上整合了高通量的

xuzhougeng·2024-02-01 17:40

暂无新品对抗小米9，黄章忍痛再为魅族16降价

当然，商场沉浮此一时彼一时，能活下来就有希望，自从魅族CEO黄章爆料将有一部魅族16系列的新机型16s“重燃战火”，然而要看到这款16s正式亮相，魅友还得多等十几天。转眼已是3月下旬，骁龙85

笔点酷玩·2024-02-01 16:08

NCBI SRA数据库使用详解----学习笔记

SRA(SequenceReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括454，Illumina,SOLiD,lonTorrent,Helicos和CompleteGenomics。

盲人骑瞎马5555·2024-02-01 12:22

《生物信息学：导论与方法》--新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq--听课笔记（十四）

第八章新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq8.1转录组介绍Atranscriptomeisacollectionofallthetranscriptspresentinagivencell.所谓转录组

盲人骑瞎马5555·2024-02-01 12:52

OTU的定义与解读----了解笔记

在16S测序中，OTU通常使用97%的identitythreshold。

盲人骑瞎马5555·2024-02-01 12:52

一文搞懂RNA-seq的链特异性测序和非链特异性测序

1.测序方法两种建库方法对应两种测序方法：非链特异性测序方法（non-strandedRNA-seqprotocol）：得到的reads没有方向性，无法判断reads是属于GeneA还是属于Gen

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-02-01 09:27

单细胞转录组测序技术及各类数据分析方法总结

自从2009年**单细胞转录组测序（single-cellRNA-seq，scRNA-seq）**技术首次问世，至今已经有几十种不同的scRNA-seq技术相继被开发出来。

AIPuFu·2024-02-01 09:22

iMETHYL : 整合了DNA甲基化, SNP和RNA_seq的多组学联合数据库

从近100名志愿者中提取3种类型的细胞，并分别进行WGS,WGBS,RNA_seq测序分析，将最终

生信修炼手册·2024-02-01 07:13

RPKM，FPKM和TPM明确解释| RNA-Seq博客

RPKM，FPKM和TPM明确解释|RNA-Seq博客来自StatQuest过去，当您进行RNA测序时，您以RPKM（ReadsPerKilobaseMillion每千碱基百万个读数）或FPKM（FragmentsPerKilobaseMillion

Seurat_Satija·2024-02-01 03:24

2021-12-27

NatRev丨癌症基因组测序数据的计算分析原创珍奇图灵基因2021-12-2707:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：珍奇IF：60.716推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：本文描述了癌症基因组生物信息学分析中涉及的主要步骤

图灵基因·2024-01-31 23:49

【Time Series】LSTM代码实战

二、算法原理长短期记忆网络（LSTM）是一种特殊的循环神经网络（RNN），用于处理和预测序列数据的时间依赖性。

BoostingIsm·2024-01-31 19:14

Seurat24式太极拳之9单鞭---用于sctransform的标准化值存储在哪里？

给定细胞中给定基因的正残基表明，与基因在种群和细胞测序深度中的平均表达相比，我们观察到的UMI比预期多，而负残基则相反。sctransfrom的结果存储在“SCT”分析中。您可以在我们的插图，命令备忘

Seurat_·2024-01-31 13:24

学习小组Day7 测序知识--yu

测序基本知识基本知识链接https://blog.csdn.net/leroylee7/article/details/112414577各代测序技术及原理测序原理NGS组学内容基础介绍链接https:

Iris09·2024-01-31 11:30

【细胞通讯】CellTalk

单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术的发展可有效帮助研究人员认识细胞表型的异质性和复杂组织的细胞类型组成，促进了单细胞分辨率下对细胞间通讯的系统研究。

jjjscuedu·2024-01-31 10:13

运行picard遇到一个错误: "java.io.IOException: No space left on device"

这几天在跑重测序的流程，自己去年的这个时候整理过，之后在几个服务器上都跑过，没出现什么问题，然而又换了一个服务器之后在picard排序和标记(PCR)重复这两步频繁报错。

TOP生物信息·2024-01-31 10:55

精选推文 | 基于三代转录组的基因注释踩坑经历以及GSAman使用

--CJ-陈程杰前言随着测序技术的进步和普及，现如今已经步入到“功能基因组学”（functionalgenomics)的时代。

生信石头·2024-01-31 04:39

【文献简报】-空间转录组学和原位测序研究联合研究阿尔兹海默症

空间转录组文章逐步进入爆发期，单细胞方向的未来是单细胞空间组学，这篇文章利用空间转录组（ST）和原位杂交测序（ISS）研究阿尔茨海默症。

六博说·2024-01-30 22:07

Fastp使用方法

fastp是一个速度非常快的测序数据质控软件，以下为软件参数的说明，根据github内容整理。

WuYankang·2024-01-30 07:11

生信技能树《GEO数据框挖掘》笔记

1.通读文献阅读及规律这一块儿主要就是在你感兴趣的文章里，找到其测序信息的GSE号，在GEO数据库中直接检索该文件号。2.了解GEO数据库比如我们对GSE42872这个测序结果比较感兴趣，我们现在GE

鹿枫堂·2024-01-30 04:14

StatQuest学习笔记16——t-SNE

46节，它的主要内容是t-SNE，t-SNE是一种对复杂数据的降维分类方法，我最初知道这种方法是在接触质谱流式细胞仪CytoTOF的时候，当时的很多文献对细胞的分类方法都是采用t-SNE，现在很多单细胞测序类文章也会使用

backup备份·2024-01-29 19:33

外源赤霉素保护高粱幼苗免受精异丙甲草胺药害的机制研究

ThemechanismofexogenousgibberellinA3protectingsorghumshootsfromS-metolachlor Phytotoxicity发表期刊：PestManagementScience影响因子：4.462作者单位：河南农业科学院百趣提供服务：植物激素高通量靶标定量

09eb862dd2cf·2024-01-29 15:52

[基因组学]使用GAMP根据已知CDS序列来进行未知基因组序列的功能注释

后来高通量测序时代，又开发了GSNAP支持高通量数据比对。软件安装我采用的是利用源代码且在无root权限下进行安装。

巩翔宇Ibrahimovic·2024-01-29 14:11

RNA 3. SCI 文章中基于T CGA 差异表达基因之 DESeq2

区别主要在于一个是计算芯片探针给出来的结果，而DESeq2是基于NGS测序结果中Readcounts来计算差异表达，根据输入数据的不同，我们对比一下做法。

90066456ace6·2024-01-29 12:48

无标题文章

二代测序数据质量评估软件FastQC的安装及使用说明标签：_生信工具,_测序数据质控及评估二代测序数据质量评估软件FastQC的安装及使用说明当我们拿到二代测序数据后，第一件事肯定就是要查看一下测序质量的好坏了

星空_2739·2024-01-29 08:36

反思录2021-08-01

今天事情安排得有点太多，临时又收到测序数据，有点焦头烂额，根本忙不过来。专注最重要的事情，少就是多。今日反思：给自己安排的事情偏多了，慢下来，专注。

考拉王的桉树·2024-01-28 20:49

NGS 数据mapping 算法简介

简介取得测序序列信息后，在有参考基因的情况下我们通过Mapping到参考基因组进行后续分析；没有则重头拼接序列。一般而言，基因组的组装将比readalignment消耗更多的计算资源。

茄子_0937·2024-01-27 20:06

学习小组DAY7笔记--路超杰

思维导图高通量测序二代测序的专业名词flowcell：测序反应的载体/容器，1个flowcell有8个lanelane：测序反应的平行泳道，试剂添加、洗脱等过程的发生位置tile：每次荧光扫描的位置，肉眼是看不到的双端测序

Imimp·2024-01-27 01:24

前沿综述 | 利用机器学习进行多组学数据分析

随着高通量组学平台的发展，生物医学研究大多采取了多组学技术结合的方法，不同组学来源（如遗传学、蛋白质组学和代谢组学）的数据可以通过基于机器学习（MachineLearning，ML）的预测算法进行整合，

尐尐呅·2024-01-26 20:20

一文掌握R包DESeq2的差异基因分析过程

转录组测序的最直接目的，就是设法寻找组间显著表达变化的基因，解释基因表达水平的变化对生物功能的影响。

纪伟讲测序·2024-01-26 12:20

2020-05-04 eigenMT

这种校正方法虽然准确，但对于大规模队列测序/大样本测序，需要数天到数周的高计算成本。与其相比，我们的方法减少了数量级的计算负担，同时保持了较高的精度。为了做到这一点，我们

程凉皮儿·2024-01-26 04:16

2022-06-23

单细胞RNA测序的研究表明，总mRNA含量与肿瘤表型息息相关。然而，目前为止，还未出现能够对总mRNA进行大规模泛癌检查的技术。近期，美国安德森癌症中心

图灵基因·2024-01-25 21:45

WGVD：小麦基因组变异与选择信号数据库 | CNGBdb收录数据库推荐

随着完整的小麦参考基因组的发布以及下一代测序技术的发展，来自面包小麦及其祖先的大量基因组数据已经产生，并为小麦遗传学研究提供了基因组资源。

尐尐呅·2024-01-25 21:50

单细胞测序笔记1：数据读取

（一）准备工作我们先向R中安装如下包以确保准备工作的完成install.packages("BiocManager")BiocManager::install("mulltest")#似乎只有Bioc里面才能安装mulltestif(!require(Seurat))install.packages("Seurat")if(!require(dplyr))install.packages("dpl

陈天白·2024-01-25 11:37

高分文章热门测序结果验证方法，解决你的选择困扰

随着测序技术的发展和应用的普及，研究者们在拿到大量的测序结果后，面临的困扰是怎样选择合适的结果验证策略。在这里，我们一起来了解一下高分文章中有哪些热门的验证方法吧，总有一种适合你。

ee00dc6faab7·2024-01-25 09:26

240124学习记录：查看/提取bam文件的reads

BAM文件（BinaryAlignment/Mapfile）是一种常用于存储测序数据的二进制格式。它主要用于存储DNA测序数据的比对（alignment）信息。

丁优雅ya·2024-01-25 05:22

基因组与转录组，深入挖掘基因表达信息--02

本研究对在中国广泛种植的杂合猕猴桃“Hongyang”（A.chinensis）的基因组进行测序分析。该基因组序列的可用性不仅为了解猕猴桃及其野生近缘种的特定农学重要性状的潜在分子基础提供了见解

百迈客生物·2024-01-24 23:12

深度学习-循环神经网络-RNN实现股价预测-LSTM自动生成文本

序列模型（SequenceModel）基于文本内容及其前后信息进行预测基于目标不同时刻状态进行预测基于数据历史信息进行预测序列模型：输入或者输出中包含有序列数据的模型突出数据的前后序列关系两大特点：输入

小旺不正经·2024-01-24 16:55

全反式维甲酸（ATAR）诱导白血细胞的染色质构象改变而影响分化进程

高通量染色体

d5c9c866171f·2024-01-24 11:45

基因组评估软件gaep

基因组组装评估指标基因组评估软件geap，overviewoftheGAEPpipelinemainworkflowoftheGAEPmisassemblydetectionmoduleGAEP是一款能够基于二代、三代测序以及转录组测序数据

花生学生信·2024-01-24 08:17

Day17

今天有一件高兴的事:拿去测序的样本全部质检合格，明天交完上机检测表就可以测序了，两周左右就能拿到结果。加油！不负韶

Lucky_笑·2024-01-24 06:11

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