Chip

Chip-seq数据分析流程

1、数据质量评估与过滤使用fastqc进行数据的测序质量评估、运行结束后生成一个*.html网页文件,一个*.zip压缩文件fastqc*.fq.gz使用trimmomatic对测序数据进行过滤，剔除测序质量不好的数据##下载Trimmomaticwgethttp://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomat
比它虎·2023-12-29 19:13

高通---ChIP-Seq数据的Peak calling以及visualization

ChIP-Seq数据的Peakcalling以及visualization文章目录ChIP-Seq数据的Peakcalling以及visualization一、主要分析流程二、去除PCRduplicate
大柚子8323·2023-12-29 19:13

ChIP-seq 数据分析

1ChIP-Seq技术1.1概念1.2ChIP-seq技术原理2ChIP-Seq数据分析2.1数据下载2.2质量控制（data_assess）2.3比对到参考基因组（mapping_analysis）2.4
fengzhibifang·2023-12-29 19:13

ChIP-seq笔记

文章目录ChIP-seq学习1数据下载1.1数据主要分为三个部分1.2从NCBI上下载数据2质量控制2.1软件安装2.2转化数据格式sra-----fastq2.3下载小鼠参考基因组的index2.4质量检测
sunyu_03·2023-12-29 19:43

ChIP-seq 数据分析1 ChIP-Seq技术2 ChIP-Seq数据分析

1ChIP-Seq技术1.1概念1.2ChIP-seq技术原理2ChIP-Seq数据分析2.1数据下载2.2质量控制（data_assess）2.3比对到参考基因组（mapping_analysis）2.4
wx1871428·2023-12-29 19:43

数据原理——1、ChIP-seq

4、检测蛋白质与DNA序列的结合峰（1）测序片段匹配到参考基因组（2）检测峰（2）提高峰质量5、影响ChIPseq测序结果的因素（1）免疫共沉淀的影响（2）测序的影响（3）酶断裂方法和超声波打断的影响ChIP-seq
很酷的女超人·2023-12-29 19:12

CHIP-Seq数据分析流程

文章目录CHIP-Seq数据分析流程相关软件安装数据下载将SRA转化为fastq文件数据质控，过滤数据质控然后进行质控，过滤低质量reads，去接头比对下载小鼠参考基因组的索引和注释文件比对sam文件转
美丽的lemon·2023-12-29 19:41

易基因｜ChIP-seq分析方法：实用的工作流程和高级应用

2020年03月，《Methods》杂志上发表一篇关于表观组学ChIP-seq分析方法的综述文章，详细介绍了染色质免疫共沉淀（ChIP-seq）的工作流程和高级应用。
易基因科技·2023-12-29 19:40

BED 文件格式 chip-seq m6a数据可视化会用到

Generalusage—bedtools2.31.0documentationhttps://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/general-usage.htmlBED格式（BrowserExtensibleDataformat）是一种在生物信息学中广泛使用的文本文件格式，用于描述基因组上的特征和区域。BED文件通常包含基因组坐标、特征的名称、
生信小博士·2023-12-29 19:10

学习：StatQuest-Chip-seq

什么是Chip-seqimage.png翻译下就是染色质免疫共沉淀技术,作用是研究体内蛋白质与DNA相互作用,找蛋白或者转录因子的结合Chip-seq建库过程image.png第一步就是要将蛋白和DNA
小潤澤·2023-12-29 01:16

ChIP实验原理精讲

什么是染色质免疫共沉淀技术（ChIP）？染色质免疫共沉淀法是在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来。
斗战胜佛oh·2023-12-26 13:03

喜讯连连捷报传，文章累累创佳绩，平均IF 18分!!!

近期（11月23日-12月4日），高分项目文章频出，涉及物种有梨、腰果、蘑菇、青枯雷尔氏菌和心肌细胞，我们提供的技术支持有ChIP、重测序、RNA-seq和代谢组，发表期刊包括PlantJournal、
爱基百客·2023-12-25 15:34

ChIP-seq再立功，组蛋白去甲基化酶在水稻种子的表观调控机制见刊The Plant Journal

发表单位：广东省农业科学院农业生物基因研究中心发表日期：2023年12月20日期刊：ThePlantJournal影响因子：7.22023年12月20日，广东省农业科学院农业生物基因研究中心种子表观遗传刘军研究团队在ThePlantJournal上发表题为“OsJMJ718,ahistonedemethylasegene,positivelyregulatesseedgerminationinri
爱基百客·2023-12-25 15:34

开源贡献世纪榜评选揭晓，TDengine 成功入选并亮相 FICC 开源计算机系统大会

此前国际测试委员会发布了全球首个人工智能贡献世纪榜（AI100）、首个开源贡献世纪榜（Open100）、首个芯片贡献世纪榜（Chip100）、首个测试基准与评价贡献世纪榜单（Bench100）榜单，以展示对
涛思数据（TDengine）·2023-12-24 00:55

3D基因组—实验技术

一、3D基因组之ChIP-seq基因组的三维立体结构的主要组成是DNA和蛋白质。研究基因组的三维立体结构就是研究DNA与蛋白之间的互作。ChIP一直是研究蛋白与DNA互作的重要方法。
Ray钱·2023-12-23 13:18

BCT642BROAD CHIP 高速 MIPI 开关 代理商方案

BCT642Low-Power,Three-Port，High-SpeedMIPI交换机一般描述特性BCT642是一款bi-directional,low-power,high-低通电容:7.0pF典型快速模拟开关。引脚输出被设计为·低导通电阻：7.0典型简化差分信号布局,配置为差分3db带宽:1.5GHz一种三极双掷开关（TPDT）.24引线QFN(2.5x3.4mm)BCT642针对两个MIP
禾川兴科技·2023-12-23 07:03

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 1

前言最近在阅读欧剑虹老师《生物信息学生R入门教程》非常适合于刚入手NGS的初学者使用，这里我仅做我个人的读书笔记使用本书分为八个章节：1.R/Bioconductor简介2.基因芯片的数据分析3.RNA-seq数据分析4.Chip-seq
小潤澤·2023-12-19 19:08

牛津阅读树 1-3阶精讲精练音频课

牛津阅读树系列就像一家人在给大家讲故事，这一家人就是贯穿整个系列书的主人公Biff,Chip,Kipper,Mum,和Dad,同时也不
知识绿洲·2023-12-17 14:18

什么是DMAC?

AbouttheDMACTheDMACisanAdvancedMicrocontrollerBusArchitecture(AMBA)compliantSystem-on-Chip(SoC)peripheralthatisdeveloped
Embeded_FPGA·2023-12-17 07:02

牛津阅读树点读版和家庭版，读完秒懂它们的区别！

「家庭版」简介目前市面上最常见的版本，是《牛津阅读树》的ReadWithBiff,Chip&Kipper系列读本。这个系列包含1-6级，共计58本读物（含2册家长阅读指导）；适勇于亲子互动，辅助孩
孩宝小镇·2023-12-16 15:28

About the ARM PrimeCell GPIO

ThePrimeCellGPIOisanAdvancedMicrocontrollerBusArchitecture(AMBA)compliantSystem-on-Chip(SoC)peripheralthatisdeveloped
Embeded_FPGA·2023-12-16 14:17

Chip and Ribbon Educational Codeforces Round 158 (Rated for Div. 2)

Problem-B-Codeforces题目大意：有一个n个数的数组a，有一个初始等于1的指针，有两种操作：1.设指针当前位置为l，可以选择一个任意位置r(r>=l)，使[l,r]内所有数+12.将指针移动到一个任意位置，并令那个位置上的数+1问对于一个初始有n个0的数组，最少要多少次操作2能使其等于a数组1=1思路：因为要操作2次数最少，所以就要让操作1尽量发挥他的作用，那么就让每一次操作1从当
timidcatt·2023-12-16 13:39

海思驱动开发之寄存器操作

在SDK中打开“ReleaseDoc\zh\00.hardware\chip\Hi3516EV200”路径，里面有3个文档：《Hi3516EV200经济
lzg2021·2023-12-16 10:57

软件9 —— MACS2

一、基本介绍※峰识别（peakcalling）工具包括：MACS2和HOMER（适用于ChIP-seq和ATAC-seq）、HMMRATAC（针对于ATAC-seq）、exomePeak（针对m6A-seq
果蝇饲养员的生信笔记·2023-12-15 17:38

Chip and Ribbon（Educational Codeforces Round 158 (Rated for Div. 2)）（贪心、数学、思维）

博客主页：PH_modest的博客主页当前专栏：每日一题其他专栏：每日反刍C++跬步积累C语言跬步积累座右铭：广积粮，缓称王！一.题目描述题目大意：有一条带子被分成nnn个单元格，从左到右编号为111到nnn。最初，每个单元格中都写有一个整数000。单果与芯片玩游戏。游戏由几个回合组成。在第一轮中，Monocarp将芯片放入色带的111st单元。除了第一轮之外，在每一轮中，魔卡都会做以下两个动作中
PH_modest·2023-12-15 01:28

挑战52天学小猪佩奇笔记--day4

day3订正：1、playpinao（口语的表达）和playthepiano（规范的表达）2、chocolatechipcookies：chip不是薄片，chocolatechip表示巧克力的碎屑，小碎片
努力学英语的piggy·2023-12-14 16:09

【生信分析】基因组学导论

祝我成功目标：通过一周的学习能对对不同高通量测序数据集（RNA-seq、ChIP-seq、BS-seq和多组学集成）进行分析。配置环境if(!
大桃子技术·2023-12-06 21:11

超详Chip-seq分析流程

一、Chip-seq分析流程二、数据、参考基因组、所需软件下载1、参考基因组下载：以二穗短柄草为例：https://genome.jgi.doe.gov/portal/pages/dynamicOrganismDownload.jsf
想要学好生信的小白·2023-12-06 20:07

WAT、CP、FT的概念及周边名词解释

FT是把坏的chip挑出来；检验封装的良率。现在对于一般的wafer工艺，很多公司多把CP给省了，减少成本。CP对整片Wafer的每个Die来测试，而FT则对封装好的Chip来测试。
阿拉伯梳子·2023-12-06 19:59

BED文件与bedtools简介

文件最少三列，最多十二列eg：1、chrom孔2、start开始3、end结束4、name名称5、score存一个数6、strand+or-2、bed格式的使用1、储存基因区2、储存基因组的某些位点信息3、储存CHIP-seq
筱贺学生信·2023-12-03 18:28

deepTools 的使用（二）

plotFingerprint此工具主要用于Chip-seq数据，通过比较input和实验组观察实验质量。因为Chip实验有高达90%的假阳性。$
上校的猫·2023-12-03 08:34

codeforces Chip and Ribbon

思路很容易想到其实也不容易一段连续的数字如果后面的数字比前面一个小那么后面这个数字就不用teleportteleportteleport，但是后面的数字比前面的大那么就要ansansans加上他们的差值。对于被000隔开的连续区间一定需要teleportteleportteleport。奇妙的来了思路的第一点操作的序列是减111后的序列（就是走一遍走到末后再来teleportteleporttel
天黑之后才拥有光彩·2023-12-03 05:38

AMD显卡休眠唤醒流程分析

对于AMD显卡来讲就是radeon_pmops_suspend或者amdgpu_pmops_suspend，根据显卡chip不同调用的接口不通。
wenshizhang·2023-11-30 16:06

2个Chip-seq样本差异peak分析

因为我上面的样本是CK和treatment的，所以需要发现2个样本之间的差异peak。对于差异的peak我依旧用的是MACS2里面的bdgdiff包。具体命令如下：macs2bdgdiff--t1BZU2_treat_pileup.bdg--c1BZU2_control_lambda.bdg--t2CK_treat_pileup.bdg--c2CK_control_lambda.bdg-l120-
jjjscuedu·2023-11-30 10:37

保姆级Rocket-chip自定义指令/加速器教程-chipyard学习笔记

近期在摸索如何在rocketchip中添加自定义指令，记录一下学习笔记【更新】：项目做完了，上传一些slides方便理解环境搭建虚拟机：VMwarepro16Linux系统：Ubuntu18.04chipyard：1.7.0Vivado：2020.2学习添加自定义RoCC协同处理器（Accelerator）RoCC模块基础知识跑Rocket自带的custom0~3指令配置（RoccExampleC
weixin_45491279·2023-11-30 07:07

GEO RNAseq与chip seq数据整合

GEO数据有芯片数据，也有RNAseq数据，芯片数据一般是经过背景校正、标准化过的。如果表达量较小，说明是经过log2转化。qx100)||(qx[6]-qx[1]>50&&qx[2]>0)||(qx[2]>0&&qx[2]1&&qx[4]<2)if(LogC){exprset[which(exprset<=0)]<-NaNexprset<-log2(exprset)}RNAseq数据有count
像鸟一样飞过你的高山·2023-11-30 03:04

【粉丝作业】火山图展示ChIP-Seq peak结果

火山图怎么看☞R一行代码搞定火山图☞手把手教你绘制火山图☞EnhancedVolcano绘制火山图今天有个粉丝问了小编一个问题，他想用前面讲过的EnhancedVolcano这个R包去绘制火山图来展示ChIP-Seqpeak
生信交流平台·2023-11-29 20:52

CF 1901B Chip and Ribbon 学习笔记

链接传送门代码#includeusingnamespacestd;typedeflonglongLL;constintN=2e5+10;LLa[N],c[N];intmain(){intt;scanf("%d",&t);while(t--){intn;scanf("%d",&n);LLsum=0;for(inti=1;i0){sum+=a[i];}}if(n==1)printf("%lld\n",
三冬四夏会不会有点漫长·2023-11-29 09:38

flutter text 自动换行、透明度、Chip流式布局、Colors、BoxConstraints 布局约束

1.Opacity透明度和尚以前在处理Widget的显隐性时用的是设置Widget宽高均为0，方式不太好，偶然间了解到Opacity，可以通过处理透明度来处理Widget的显隐性。Opacity可以使子控件透明，可以通过设置0.0～1.0之间的值来设置透明度；对于0.0子控件基本没有绘制过，对于1.0会立即绘制而不使用中间缓冲区。这种方式比直接在Widget中添加和删除子控件更有效。Tips:op
锐湃·2023-11-29 03:12

Banana Pi BPI-R3 Router board with MediaTek MT7986(Filogic 830) quad core ARM A53 + MT7531A chip

Applicationdirection.InternetserviceRouter.WirelessRouter.WirelessRepeater.HomesecurityGateway.HomeAutomation.Nasdevice.NetworkandcommunicationapplicationsKeyFeatures.MediaTekMT7986(Filogic830)Quadcor
WendySongs·2023-11-28 18:29

计算机常用英语词汇表-高频700单词

randomaccessmemory)随机存储器(内存)ROM(ReadOnlyMemory)只读存储器FloppyDisk软盘HardDisk硬盘CD-ROM光盘驱动器(光驱)monitor监视器keyboard键盘mouse鼠标chip
凶猛老鹰·2023-11-28 00:08

hdlbits系列verilog解答（7420 chip）-49

文章目录一、问题描述二、verilog源码三、仿真结果一、问题描述本次将实现7420逻辑芯片，它内部有2个4输入的与非门电路，外部有8个输入和2个输出管脚，功能框图如下所示：二、verilog源码moduletop_module(inputp1a,p1b,p1c,p1d,outputp1y,inputp2a,p2b,p2c,
zuoph·2023-11-26 12:47

ESP32 外设-串口接收

FreeRTOS.h"#include"freertos/task.h"//任务#include"freertos/message_buffer.h"//使用消息缓冲区必须要有这个头文件#include"esp_chip_info
下东西不要币多好·2023-11-25 11:01

Chip-seq关于NSC，RSC

在做Chip的时候，对于正链来说每一区段都对于着相应的reads数（注意中括号里面的数字，代表某一区段对应的reads数量）这时候皮尔森相关性为0我们移动100bp，这时候正负链就有一定的交叉部分了看图中虚线部分
小潤澤·2023-11-24 17:11

[ZT]InfoWorld2008最佳开源软件大奖

新闻来源:CHIP中文版事实上，InfoWorld的年度开源软件大奖很有分量，不过遗憾的是因为没有中文版本，所以很少有国内用户关注这个奖项。
magus_yang·2023-11-22 21:58

谈一谈今天使用ViewBS 和 deeptools的坑（二）

就ViewBS甲基化数据分析差别见BS-seq分析时候ViewBS可视化时候一定要加基因的方向就deeptools对ChIP-seq数据的可视化分析差别strand列放错了的图放对了的图这一放错就把H3K27me3
热衷组培的二货潜·2023-11-22 17:03

君正X2100 读取CHIP_ID

X21000的CHIP_ID存放于芯片内部的efuse中，efuse是一次性可可编程存储器，初始值为全0，只能将0改为1，不能将1改为0。芯片出厂前会被写入一些信息，如CHIP_ID。
火柴棍mcu·2023-11-19 11:23

【SA8295P 源码分析】125 - MAX96712 解串器 start_stream、stop_stream 寄存器配置 过程详细解析

源码分析】125-MAX96712解串器start_stream、stop_stream寄存器配置过程详细解析一、sensor_detect_device()：MAX96712检测解串器芯片是否存在，获取chip_id
"小夜猫&小懒虫&小财迷"的男人·2023-11-16 15:18

【SA8295P 源码分析 (三)】124 - MAX96712 解串器 上电初始化 sensor_init_setting 寄存器配置 过程详细解析

源码分析】124-MAX96712解串器上电初始化sensor_init_setting寄存器配置过程详细解析一、sensor_detect_device()：MAX96712检测解串器芯片是否存在，获取chip_id
"小夜猫&小懒虫&小财迷"的男人·2023-11-15 06:53

IMX6ULL按键控制LED灯亮灭（基于韦东山嵌入式Linux教程）

目录一、编写驱动程序的三种方法1.1传统方法1.2总线设备驱动模型1.3设备树二、IMX6ULL按键控制LED灯亮灭（实现部分）2.1按键驱动部分（button_drv_source）2.1.1硬件层（chip_xxx_gpio.c
Patarw_Li·2023-11-15 02:58
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