Cytoscape

Gephi绘制微生物网络图

1软件下载链接：https://pan.baidu.com/s/1AdfqBaJVhTOVnNMT_DglRw提取码：l8ne需要注意的是，本软件的运行像Cytoscape一样也依赖JAVA，如果你的电脑没有安装较新版本的
一碗琼玉粥·2022-04-17 07:08

Cytoscape

简介Cytoscape是一个开源网络可视化和分析的软件，提供了网络显示、布局、查询等方面的基本功能。主要用于大规模蛋白质与蛋白质互作，蛋白质-DNA和遗传交互的分析。
Wee_001f·2022-02-17 14:20

来一场Cytoscape的旅行之准备

刘小泽写于18.10.13这是我第一次使用这个工具，之前下载过但并不知道怎么用，只是出于对强大工具的好奇。但这次必须要用到了，前面做了WGCNA，得到了一些hubgenes，那么就要对这些基因进行网络可视化。哪来的自信让自己去学习一个陌生的工具呢？是美感！我们都是视觉动物，一旦被它的强大所征服，什么英文文档，什么操作流程，都不再是我们的羁绊而是牵引力。并且一定要相信，工具做出来一定不难使用，否则作
刘小泽·2022-02-09 19:22

2021-03-15 cytoscape 用户手册翻译

官方手册——上Cytoscape3.7.2用户手册用户手册非常详细，这里只是选择了个人认为能用到的一些知识并会做个总结。
谢某丶·2022-02-03 05:24

分析基因和miRNA与疾病表型的相关性（WGCNA）

//www.bio-info-trainee.com/2535.htmlhttps://www.jianshu.com/p/e9cc3f43441d聚类模块：总是一起变化的一堆基因或者miRNA3.用cytoscape
Vikenn·2022-02-02 22:18

收藏！数据分析最常用的网址汇总

来源：数据分析与统计学之美数据可视化工具百度EChartshttp://echarts.baidu.com/Cytoscapehttp://www.cytoscape.org/图表秀http://www.tubiaoxiu.com
学掌门数据分析·2021-06-24 05:13

Cytoscape基础教程笔记

转自：https://www.plob.org/article/6289.html昨天开始学用Cytoscape，其tutorial分为两个部分，基础的和高级的。
wxy_9051·2021-06-21 13:17

三月week1文献阅读（下）:Pathway enrichment analysis and visualzation of omics data using g:Profiler,GSEA,C...

用EnrichmentMap显示富集结果VisualizationofenrichmentresultswithEnrichmentMap●时间~5分钟7.启动Cytoscape软件。
米妮爱分享·2021-06-19 05:41

PPI网络实战:String加Cytoscape联手挖掘PPI网络

MCODE全称molecularcomplexdetection,是最广泛使用的挖掘蛋白复合体的算法之一，在cytoscape软件中提供了一个MCODE插件，可以方便的对网络进行聚类。
生信修炼手册·2021-06-07 04:06

Cytoscape插件2：CytoHubba

CytoHubba:发现复杂网络的关键目标和子网络网络对呈现包括PPI，基因调控，细胞路径和信号转导等多种类型生物数据非常有用。我们//+重要性，并且这也能帮助我们发现网络中的中心元素。cytoHubba根据nodes在网络中的属性进行排名。它提供了11中拓扑分析方法，包括，Degrre度，EdgePercolatedcomponent边过滤成分，Maximumneighborhoodcompon
Y大宽·2021-05-09 20:18

【Cytoscape网络图绘制】摸索入门篇

这个软件就是为了绘制网络关系图，圈图等等酷炫的图片，例如这样：Cytoscape官网一、配置环境和安装安装Java11Java11下载地址Java11安装教程无脑点击安装，我这里手动改到安装在D盘，而非默认的
Geekero·2021-04-21 12:57

WGCNA：选择某个模块绘制共表达网络

前面的教程已经进行了WGCNA分析并将各个模块的网络图绘制文件导出，接下来将进行共表达网络的绘制，本次教程依旧根据PlantTech的Cytoscape课程编写，希望对大家有所帮助。
周小钊·2021-04-19 11:57

用cytoscape画网络图

别急，今天本椒就分享一下用cytoscape画互作网络图！看一遍就会啦。。。还不会！那就多看几遍哈。。哈哈。。。好了，言归正传:先来看张网络图网络图步骤如下：第一，安装cytoscape软件。
笺牒九州的怪咖·2021-04-18 20:11

Cytoscape构建网络图实操

基础理论网络图网络图非常常见，不仅被用在生物信息学分析，在生活中也很常见，如民航航线图、食物链、基因调控网络都是网络图经典的例子。南航航线图食物链基因调控网络网络图应用价值直观形象的呈现数据关系高效的挖掘和解析数据（WGCNA后模块内大量基因的筛选）网络图的构成基础节点（node）：表示元素节点属性：大小、形状、颜色、标签、边框可以表示表达量、差异倍数、RNA类型、pathway分类、基因名称等。
EwanH·2021-04-18 06:50

R语言：组内相关分析，pheatmap热图和cytoscape网络图

导读相关pheatmap图，cytoscape网络图，一文打尽。
小白菜学生信·2021-04-17 19:55

R语言：两组数据关联分析，pheatmap热图和cytoscape网络图

导读举例展示R语言组学关联分析的方法。宏基因组数据以KO-样品丰度表为例。代谢组数据以metabolite-样品丰度表为例。基本方法是用R语言psych包corr.test函数进行两组数据的相关分析，结果经格式化后用pheatmap可视化得热图。一、模拟输入1.KO丰度表ko_abun=as.data.frame(matrix(abs(round(rnorm(200,100,10))),10,20
小白菜学生信·2021-04-17 15:16

cytoscape绘制互作网络图

此时可以考虑使用cytoscape来做。对于人等物种，即使string可以进行蛋白互作分析，也可以用该软件进行后期的美化，以下是基本的介绍。
xiaoji_hb·2021-04-12 19:48

py2neo+flask+cytoscape.js展示Neo4j图数据（贴源码）

app.py#coding=utf-8fromflaskimportFlask,jsonify,render_templatefrompy2neoimportGraphimportpy2neo.client.jsonapp=Flask(__name__)graph=Graph()defbuildNodes(nodeRecord):data={"id":str(nodeRecord['id']),"
我的小小笔尖·2021-04-06 11:22

py2neo+flask+cytoscape.js展示Neo4j图数据

1.Python虚拟环境中安装py2neo模块：(sandbox)C:\Users\bing.yao\sandbox\Scripts>pipinstallpy2neo2.Python虚拟环境中安装flask模块：(sandbox)C:\Users\bing.yao\sandbox\Scripts>pipinstallflask3.安装PythonIDE工具：PyCharmCommunityEdit
我的小小笔尖·2021-04-06 10:51

cytoscape插件centiscape的使用

centiscape插件是一个可以用于一次性计算多个中心值的工具，类似于networkanalysis等。通过node的拓扑属性和生物学属性寻找最显著的差异基因，但是它是基于无向型网络，才能够使用和计算的。下面我们通过简单的实例来介绍该插件的使用！1、未安装该插件，先安装该插件，安装步骤如下：如果安装好了，就会有centiscape这个选项，如果没有安装，则选择appmanager这个选项，找到该
木之如水·2021-03-02 11:55

Bingo(Cytoscape插件)GO功能富集分析

转录组分析中基因的GO富集分析这步有很多软件可以选择，这次我们来介绍下如何利用Cytoscape软件中的一个简单又好用的Bingo小插件完成富集的工作，Cytoscape其实是一个做网络图的软件，所以使用
凯凯何_Boy·2020-09-17 17:16

PPI网络实战：String加CytoScape联手挖掘PPI网络

MCODE全称molecularcomplexdetection,是最广泛使用的挖掘蛋白复合体的算法之一，在cytoscape软件中提供了一个MCODE插件，可以方便的对网络进行聚类。
生信修炼手册·2020-09-15 12:17

cytoscape作图难？10分钟搞定OTU的互作网络分析相关性联系图+MENA使用教程！

科研小伙伴们，如果你是从事肠道菌群、微生物组、基因组、蛋白组、代谢组等组学分析，那就离不开一个强大的互作网络绘图软件CYTOSCAPE，安装过程在之前写的文章cytoscape安装及使用-1中已经安利给大家了
香蕉苹果椰子汁·2020-09-13 15:29

cytoscape安装及使用-1

JAVA：cytoscape的安装使用建立在JAVA的基础上，先安装JAVA8：https://www.java.com/zh_CN/。
香蕉苹果椰子汁·2020-09-13 15:28

install Cytoscape on Ubuntu

DownloadtheCytoscapeinstallationfileforLinuxfromwww.cytoscape.orgOpenaterminalandchangetheexecutionfilepropertychmoda
swuteresa·2020-08-25 14:53

Cytoscape.js_关系图API_文档

开始本节将向您介绍开始使用Cytoscape.js所需的基本步骤。
王子箫·2020-08-24 09:39

Cytoscape 简介

1.简介Cytoscape是一个专注于开源网络可视化和分析的软件其核心是提供基础的功能布局和查询网络，并依据基本的数据结合成可视化网络支持插件扩展，可以附加计算分析和其他功能官网：http://www.cytoscape.org
thinkando·2020-08-22 16:44

2018年SCI论文--整合GEO数据挖掘完整复现 八 ：STRING数据库构建蛋白质相互作用网络（PPI），cytoscape软件筛选hub基因

文章目录论文地址STRING数据库PPI网络构建输入差异基因listPPI图保存结果cytoscape软件筛选hub基因、功能模块输入“string_interactions”文件用cytohHubba
obwte·2020-08-20 21:11

如何将WGCNA导出的基因共表达网络进行可视化（cytoscape软件的使用）

分析过程中，你可以得到edge和node的文件，里面有你某一个module里所有基因相互之间的connectivity的weight值，根据这些值你可以将它们之间的作用关系进行可视化，这里就需要用到一个软件，Cytoscape
生信start_site·2020-08-09 04:43

使用网络图展示Venn图集合及Cytoscape操作视频

使用网络图展示Venn图集合及Cytoscape操作演示前几天，有同学咨询这样的网络图如何实现。微生物OTU在植物不同组织中的存在及交集关系，作者使用网络图作为呈现。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:25

Cytoscape插件7：MCODE

MCODE,MolecularCOmplexDetection发现PPI网络中紧密联系的regeions，这些区域可能代表分子复合体。根据给定的参数，分离denseregions，这相对其他cluster方法有其优点，因为其他的方法很少考虑网络的其余部分。总之MCODE可以发现PPI网络中相互作用的Denseregion。这主要基于connectiondata，其中很多已经被证实是complex。
Y大宽·2020-07-29 11:48

Python语言实现Neo4j数据库Web可视化（cytoscape）开发

系统中安装配置2.工具准备（1）后端（2）前端3.环境准备（1）Pycharm中安装flask（2）安装neo4j的python驱动（3）创建文件夹，下载前端显示依赖包，如图4.开发过程（1）flask开发（2）cytoscape
qq_30852577·2020-07-16 05:50

数据分析学习总结笔记10：网络分析

网络的基本概念与特征量2.1网络的发展2.2网络的表达形式2.3网络基本概念与特征量2.3.1网络整体指标2.3.2网络节点指标3社会网络分析3.1社会网络分析法概述3.2微博传播简介3.3社会网络分析工具——Cytoscape
Lynn Wen·2020-07-15 07:42

Cytoscape插件5：DisGeNET(1)

基本功能为了产生不同类型的网络，DisGeNET的控制面板提供了可以调整的参数。包含三个标签：genediseasenetwork,diseaseprojects,geneprojections.默认的是genediseasenetwork,这种模式下，不同的GDA(genediseaseassosiations)网络可以通过选择不同的data来产生。Assosiation类型和/或disease
Y大宽·2020-07-13 20:25

你想要的生物信息知识全在这——生信宝典文章目录

培训生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版和Python编程培训研讨班开课了120分的转录组考题，你能得多少维密摔倒不可怕，关键时有人搀一把，坚持走下去生物信息作图系列-R、网络图及文章图形排版易生信转录组培训总结和优惠分享程序学习心得生物信息之程序学习如何优雅的提问生信宝典视频教程好色之旅
刘永鑫Adam·2020-07-12 15:42

采用igraph包分析网络数据

对于网络的可视化和数据挖掘，有很多图形界面的软件可供选择，比如cytoscape,gephi等等，这些软件使用方便，操作简单，功能的强大，但是同时也有着一个缺点，就是无法自动处理，只能通过人工点击鼠标来操作
weixin_43569478·2020-07-12 13:48

使用Cytoscape画PPI网络图

打开Cytoscape软件，根据菜单导入string_interactions.tsv文件File---->Import---->NetworkfromFile会弹出下图对话框，在对话框中设置如下：选中
weixin_30776545·2020-07-12 06:58

基于Cytoscape的GIANT增强包分析网络图的Z、P-score

文章目录基于Cytoscape的GIANT增强包分析网络图的*Zi*、*Pi*-score*Zi*、*Pi*score值简介*Zi*、*Pi*score值的基本概念*Zi*、*Pi*score值的作用*
刘永鑫Adam·2020-07-10 12:17

Cytoscape插件3：Enrichment Map(2)

材料和方法1.微阵列数据分析所有的微阵列表达数据下载与GEO数据库。Raw.CEL文件用bioconductor的affy包进行RMA。数据集的选择依据以下几个质量控制标准：可靠的并且高覆盖率的微阵列平台（AffymetrixHGU-133plus2.0），清晰的实验设计，重复足够数目（细胞系>=3,病人样本>=5）,统一的cellcomposition，PCA结果和实验设计已知（比如样品可以从不
Y大宽·2020-07-10 01:21

cytoscape.js基础篇

cytoscape.js基础篇cytoscape.js包引用版本信息CitationFunding基础篇cytoscape.js变量描述位置ElementsJSON节点属性说明关系属性说明初始化安装引用创建实例初始化元素基本图形操作添加元素删除元素创建新空集合获取指定元素元素筛选元素批量更新将实例附加到指定的容器在容器中删除实例销毁实例设置或获取暂存数据图事件
此人太懒·2020-07-09 15:04

cytoscape

cytoscape：用于分析和可视化的图论/网络库。语法varcy=cytoscape({//非常常用的选项container:undefined,//应该呈现图形的HTMLDOM元素。
_尊哥·2020-07-07 06:31

Hub 基因分析

是在生物学过程中发挥至关重要作用的基因，在相关通路中，其他基因的调控往往要受到该基因的影响因此，hubgene往往是重要的作用靶点和研究热点可以通过共表达或蛋白相互作用构建互作网络，然后根据网络拓扑结构筛选关键基因2.Cytoscape
thinkando·2020-07-07 01:26

Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图

采用cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图作者：中科院微生物所陈亮博士本教程旨在告诉大家如何使用cytoscape根据Node信息表格制作带有barplot信息节点的网络图。
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:26

Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析

之前的教程提供了Cytoscape基础和视频、Rigraph包的网络构建方法，那么在我们得到network图之后，还可以进行深一步分析，今天给大家带来基于Cytoscape软件下MCODE增强包的模块化分析
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:23

network3D 交互式网络图和桑基图

Cytoscape教程1Cytoscape之操作界面介绍新出炉的Cytoscape视频教程Cytoscape:MCODE增强包的网络模块化分析一文学会网络分析——Co-occurrence网络图在R中的实现也可以使用此文
生信宝典·2020-07-02 15:28

Cytoscape中文教程（1）

cytoscape就给我们提供了一种这种分子地图的可能性，即蛋白互作网络，当然这种网络可以由多种定义形
Y大宽·2020-07-02 12:36

Cytoscape在基础功能和参数介绍

一.Cytoscape的安装首先要安装Java程序，才能够在Linux,Windows,andMacOSX系统上运行。
XIUXIU179·2020-07-01 14:06

ECharts关系图，节点可拖拽，添加节点和边的点击事件

最近在做一个neo4j前端可视化的任务，对比了ECharts.js，Cytoscape.js和D3.js几个前端可视化工具，最终选择了ECharts.js，百度的一款开源工具，简单好用，比较容易上手。
沐玥·2020-07-01 12:28

InterValue项目周报：20190520-20190526

Cytoscape网络图技术调研。推
InterValue·2020-07-01 10:10

Cytoscape安装后无法打开

Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件，从官网下载了最新的版本3.7.2。
yyywxk·2020-06-30 11:47
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