EBI

生信常用数据库（一）：interproscan数据库搭建

是EBI开发的一个集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余数据库，该数据库集成了一系列的数据库，如常见的pfam和GO注释，本文将介绍如何在本地集群上搭建Interproscan数据库，并如何配置SGE
geneonto·2020-10-27 10:14

Why是3 WWW & 1 EBI [沉淀-精进1000天] D398 (B2nd 2018.9.15）

亲们，请原谅我用了埃里克森的专业术语，那既然是我埋下的坑，当然是我来填了。3WWWWhat什么Worked/Went刚刚Well做得好综合起来就是，刚刚你什么地方做得比较好？为什么是这样呢？三是个神奇的数字，首先来自于道德经（如果我说得不对，请纠正我）。道德经是如何说的呢？道本无极，无极动而太极生，太极生而阴阳分，阴阳分而天地定，天地定而万物有，此乃“道生一，一生二，二生三，三生万物”。其他的，如
BentleyCui·2020-10-10 13:16

Aspera下载NCBI和EBI文件

Aspera下载和安装Aspera下载：http://downloads.asperasoft.com/connect2/。#下载相应版本的asperawgetaspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.tar.gztarzxfaspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.tar.gzshaspera-connect-3.5.1.92523-l
生信编程日常·2020-09-22 22:41

Microchip ARM 32MCU Main Products

32MCU–SAMproductlineHigh-performance-CM7seriesUpto300MHz,512-2048KBFLASH,256-384KBSRAM,64-144PIN,QDECMotorIF,EBI
脆皮軟心·2020-09-17 04:53

sra数据下载

sra数据下载1.SRATookit2.aspera结合SRATookit3.迅雷4.wget5.NCBI-sra数据链接汇总6.EBI数据下载1.SRATookitcatsrr.txt|whilereadid
hachi_dl·2020-09-16 17:30

Velvet基因组拼接方法和参数详解

安装如下：$wgethttp://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_1.2.10.tgz$tarzx
awk_bioinfo·2020-09-16 15:57

mips虚拟内存映射

256MBstandardMIPS32virtualaddressmap**8000_0000-8fff_ffff:lower256MB,cachedmapping（kseg0）*9000_0000-9fff_ffff:EBI
淡泊的猪·2020-09-16 04:25

mips物理内存空间分布

ifdefCONFIG_BRCM_HAS_1GB_MEMC0/**Physicaladdressmapfor<=1GBMEMC0**0000_0000-0fff_ffff:MEMC0(256MB)*1000_0000-1fff_ffff:EBI
淡泊的猪·2020-09-16 02:03

可能是下载公共数据fastq.gz最快的方法【new】

参考：批量下载SRR数据从NCBI-SRA和EBI-ENA数据库下载数据最近下载了一些比较大数据，自己感觉下载公共数据，最快的方法用ascp下载EBIsra数据，再使用faster-dump解压，如果需要压缩使用
caokai001·2020-09-12 01:44

生物信息学数据库

http://www.ebi.ac.uk/embl.html★GenBank，美国国家生物技术信息中心（NCBI）所维护的供公
iteye_8260·2020-08-24 00:47

生物信息学网站

是关于公开数据库、生物信息学工具盒应用的资源，链接了许多有关生物信息学软件的有用站点和资源www.ebi.ac.ukEMBL欧洲生物信息学研究分支，生物学数据库和软件资源，其中大部分有精彩的教程支持www.expasy.chExPAS
iteye_8260·2020-08-24 00:47

quickGO:在线查询GO和GO注释信息的网站

quickGO是EMBL-EBI发布的网站，通过该网站，可以快速的查询GoTerms和Go注释相关信息，官网如下https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/通过首页的搜索框，可以快速进行检索
生信修炼手册·2020-08-21 20:07

R实例：limma包分析Agilent 4x44K Arrays

数据获取：http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-GEOD-33005.研究内容：Effectsofcornoilgavageongeneexpressionprofiles
jlyq617·2020-08-21 13:05

基因数据处理2之ftp数据快速查找

基因数据处理2之ftp数据快速查找linux下可以用grep:curl-s"ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/current.tree"|grepNA12878
KeepLearningBigData·2020-08-19 09:20

matlab数值积分实现（时域&频域积分）

转载自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_6163bdeb0102ebi5.html最近做有关加速度的数据处理，需要把加速度积分成位移，网上找了找相关资料，发现做这个并不多，
xddc·2020-08-16 04:55

Adam学习8之数据获取

Adam学习8之数据获取：例如：NA21144和NA12878ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data_collections/1000_genomes_project
KeepLearningBigData·2020-08-15 10:11

新唐 酷客972开发板 秒杀STM32 avi播放 800*480 30帧 无卡顿

NUC972外设：外部总线接口(EBI)支持SRAM和外部I/O器件，高达5个片选信号支持8/16-bit数据总线DDRSDRAM控制器内置64MBSDRAM支持DDRandDDR2SDRAM时钟速度高达
weixin_30425949·2020-08-11 05:27

微生物组数据库（http://egcloud.cib.cn）正式上线

环境微生物研究中基于高通量测序技术产生了海量的微生物组数据，在文章发表时一般要求将测序数据存储到国际生物信息数据库，如：SRA、EBI和MG-RAST，但也有很多数据埋藏在文献中，不容易找到，同时缺少与测序数据对应的环境因子数据
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:21

Golang 项目架构中的一点思考

转自http://giaogiaocat.github.io/go/golang-project-struct/在阅读了project-layout和EBI架构模式之后，目前的项目大概是这个样子的。.
已不再更新·2020-08-05 22:22

基因芯片（Affymetrix）分析1：芯片质量分析

芯片质量分析芯片数据预处理获取差异表达基因GO和KEGG分析聚类分析(本文于2013.09.04更新）TAIR，NASCarray和EBI都有一些公开的免费芯片数据可以下载。
amw5181360·2020-08-02 22:46

基因数据处理1之mapping_to_cram

AWorkedExampleObtainsomepublicdataWewillusethefirst100,000read-pairsfromayeastdataset.curlftp://ftp.sra.ebi.ac.uk
KeepLearningBigData·2020-07-30 18:52

20171214 大师之旅（辅导老师：许老师）

蒋菁菁辅导老师：许老师时间：2017.12.1419:35-20:00WWW流程完整、亲和、教练同在、留有空间、合约、承诺度支持、很多方式（核心成果、框架、时间转换、高逻辑层次提问、VBSI）创造体验EBI1
cuckoo_yu·2020-07-30 07:10

100g 技术类图书分享 java书籍 大数据书籍等

电子书库链接：https://pan.baidu.com/s/1EbI4fWw0Vhn9LpH10Ve64Q密码：knp5由于文件比较大,链接容易失效。
沙赞·2020-07-30 04:05

STM32F446RET6产品描述

STM32F446RET6核心处理器：ARMCortex-M4F核心尺寸：32-位速度：180MHz连接性：CAN，EBI/EMI，I2C，IrDA
� YUMEiHG·2020-07-29 19:21

分子生物学数据库和软件

目前此数据库由其分支机构—EBI（theEuropeanBioinformaticsInstitute，欧洲生物情报研究所）维护。
weixin_34061042·2020-07-29 13:34

EBI 架构(译)

EBI架构(Entity-Boundary-Interactor，实体-边界-交互器)架构因为RobertC.Martin关于整洁架构(我会在后续的文章中介绍)的讲座而被人熟知
qinyu·2020-07-29 00:50

基因功能注释

基因功能注释软件InterproScanInterProScan是EBI开发的一个集成了蛋白质结构域和功能位点的数据库，其中把SWISS-PROT、TrEMBL、PROTSITE、PRINTS、PFAM
shannonnana·2020-07-28 15:37

EBI （外部总线接口） 控制I80接口LCD屏

EBI（外部总线接口）控制I80接口LCD屏引言：目前驱动TFT彩屏的方案有很多，可以用底端单片机驱动一个终端类型的液晶模组。
脑图·2020-07-28 06:02

Apache+PHP+MySQL安装及基础知识随笔

提取码:76ulphp链接:https://pan.baidu.com/s/1bbP-edvnObYWASJNaKmEzg提取码:t58bmysql链接:https://pan.baidu.com/s/1EbI15Ld1Emdzd33uu835OA
言泽西·2020-07-15 08:31

常用参考基因组—下载站点

常用参考基因组数据库1、Ensembl是由EuropeanBioinformaticsInstitute（EBI）与WellcomeTrustSangerInstitute（WTSI）共同合作开发的数据库项目
weixinsuoxian·2020-07-12 12:40

高速下载 EBI NCBI 测序数据（SRA，Fastq等）

文章目录一、测试环境及工具二、Aspera下载三、安装及配置1.解压2.安装3.配置许可4.配置程序环境变量5.配置秘钥四、测试1.一个例子2.常用参数介绍3.下载地址的构建4.EBI查询整个项目的资源文件
白墨石·2020-07-12 02:15

关于nor flash和nand flash启动过程区别

带有EBI（三总线）接口，支持线性读取，支持片上程序执行（XIP）；虽然擦写速度慢，但是读取速度很快（也许是因为可以进行线性读取）；更加稳定，不容易出现位翻转；成本高，相同体积下容量更小；接口简单，操作更方便
memset·2020-07-08 08:33

生物信息学数据库大全

http://www.ebi.ac.uk/embl.html★GenBank，美国国家生物技术信息中心（NCBI）所维护的供公众自由读取的、
qiuxue198598·2020-07-07 19:58

核酸序列分析

转载一个很全面的核酸序列分析的文章核酸序列分析核酸序列分析1、核酸序列检索可通过NCBI使用Entrez系统进行检索，也可用EBI的SRS服务器进行检索。
likelet·2020-07-04 21:25

根据gtf格式的基因注释文件得到人所有基因的染色体坐标

bedtools对基因组片段区域进行基因注释根据gtf格式的基因注释文件得到人所有基因的染色体坐标选择的genecode内最早的Grch38版本(201408)v20是最早的hg38版本对应的ftp://ftp.ebi.ac.uk
#WANGC·2020-07-02 10:48

vivado RAM使用

例如，一般情况下，ARM与DSP之间的通信，可以利用双口RAM实现，ARM通过EBI总线连接到双口RAM的A口，DSP通过EMIF总线（也可以是uPP总线，取决于速度需求）连接到双口RAM的B口，两者对同一块存储区域进行操作
xingzhe22222·2020-06-30 02:17

RNA-seq流程学习笔记（1）-Ubuntu系统安装SRA数据下载软件Aspera connect和SRT-Toolkit

有关生物信息学数据库，参考：“生物信息学数据库资源”的文章，里面介绍了几个重要的数据库：NCBI、EBI、UCSC等，知道了需要分析的数据。SRA数据主要使用两种工具下载Asperaco
垚垚爸爱学习·2020-06-30 00:11

核苷酸和氨基酸蛋白序列转换的工具

NucleotideSequenceTranslationProteinSequenceBack-translationhttp://bio.lundberg.gu.se/edu/translat.htmlhttp://www.ebi.ac.uk
Vincen??·2020-06-28 10:15

RDKit | 基于RDKit和Python的阿斯利康ADME数据集分析

http://dx.doi.org/10.6019/CHEMBL3301361https://www.ebi.ac.uk/chembl/document_report_card/CHEMBL3301361
qq2648008726·2020-06-27 03:23

避开教练成长路上的那些坑 2019.7.19

:和EBI（可以做得更好的是什么？）:
慧海无涯引力波·2020-06-26 07:32

Chip-seq流程报告

通过模仿文献《Targetingsuperenhancerassociatedoncogenesinoesophagealsquamouscellcarcinoma》的流程，学会利用NCBI和EBI数据库下载数据
wangyunpeng_bio·2020-06-25 04:51

如何从NCBI下载SRA数据

经常需要在GEO中下载测序数据原始文件，得到sra编号之后，有两种方法下载：一、可以通过在ebi（http://www.ebi.ac.uk/）中搜索SRA编号，然后用aspera直接下载fastq文件，
wangyunpeng_bio·2020-06-25 04:20

2020-05-08 复现GSE137675 RNA-Seq结果(1)：上游分析

data/project/GSE137675下载原始FastQ数据cd${workdir}mkdir-pfqcdfq1.1使用循环创建下载地址文件foriin{78..89}doecho"fasp.sra.ebi.ac.uk
猫叽先森·2020-05-08 01:35

RNA-seq摸索：3.基因表达水平分析→featureCounts计量→差异表达分析及可视化

gtf基因组注释文件ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.99.gtf.gzftp://ftp.ebi.ac.uk
没有猫但是有猫饼·2020-04-09 16:59

基因功能注释

基因功能注释软件InterproScanInterProScan是EBI开发的一个集成了蛋白质结构域和功能位点的数据库，其中把SWISS-PROT、TrEMBL、PROTSITE、PRINTS、PFAM
shannonnana·2020-04-09 11:01

受体与配体（小分子）之间的相互作用图-二维

软件：LIGPLOT网址:https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LIGPLOT/可以直接下载，免费，不过安装过程的话，估计我可能得再重新写一篇。
ZeroDesigner·2020-04-06 04:40

Rfam 注释流程

wget-c-bhttp://eddylab.org/infernal/infernal-1.1.2-linux-intel-gcc.tar.gz2.下载Rfam.cm.gzwget-c-bftp://ftp.ebi.ac.uk
正踪大米饭儿·2020-04-06 01:07

软件使用者系列（一）：sra与fastq数据下载

目录NCBI-SRA数据库与EBI-ENA数据库SRA数据库
Jihong_Tang·2020-03-22 02:53

Aspera工具安装与使用

在进行高通量分析的过程中，经常需要从NCBI或EBI下载动辄几十G的高通量数据，这东西，就算是神如迅雷，也是应付不了了，这个时候，为了加快传输速度，我们需要使用Aspera来高速传输了。
yangmqglobe·2020-03-20 09:54

教练练习实录 2

www在做教练的时候有效的是让客户澄清问题在过程中给予客户足够的空间，在客户想不出来回答的时候，不着急，相信客户能自己找的答案场景化，让客户想象解决方案做完后的样子，并且说出感受，客户的能量场有明显的提升EBI
艾薇安雅·2020-03-05 22:52
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