EBI

SRA数据库简介

简介SRA是NIH的高通量测序数据的主要档案，是国际核苷酸序列数据库协作（INSDC）的一部分，包括NCBI序列阅读档案（SRA），欧洲生物信息学研究所（EBI）和DNA数据库。日本（DDBJ）。
Forest_Lee·2023-04-06 07:32

NK-980IOT测评之使用EBI驱动LCD

每个设备支持1MB空间8/16位数据宽度支持8080模式LCD接口支持PDMA支持设置读写空闲时间可选内部HCLK分频得到MCLK或者外部EBI_MCLK支持地址总线和数据总线分开配置时钟使能EBI(CLK_HCLKEN
MCU嵌入式兴趣者·2023-04-06 06:58

m6A原始数据识别差异甲基化——使用RADAR分析MeRIP-seq数据

Step1：原始数据的准备从EMBL数据库根据SRR号下载SRAxxxxxxx.fastq.gz文件（有的是单端测序，有的是双末端测序）EMBL数据库网站连接：https://www.ebi.ac.uk
Apache_lin·2023-04-02 12:03

架构演进史之EBI 架构

EBI架构实体边界交互器（EBI）架构已经由RobertC.Martin在他关于清洁架构的演讲中（我将在后面的文章中讨论）中广为人知。
小杨同学~·2023-03-28 20:09

生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课，有一章专门讲的数据库与软件：1-生物信息学：导论与方法北大\10生物信息数据库及软件资源一个优秀的生信开发者能够解决如下问题：如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题？如何将该问题转化为一个可计算的问题？如何提出一个解决此问题的算法？如何实现该算法？如何评估算法？生信工具使用者需要解决如下问题：每个方法解决的是哪个生物学问题？该方法有哪些基本的假设
weixin_34032621·2023-03-28 20:08

从EBI下载ENA数据

2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>>接了任务，要从http://www.ebi.ac.uk/ena/下载序列数据，本来直接全部导出fasta就好了，可惜网络不好，老是下到一半就挂掉。
weixin_33928137·2023-03-28 20:37

DDD系列 - 第0讲 DDD中常提到的应用架构总结（六边形、洋葱、整洁、清晰）

目录一、引言二、EIC(Entity-Interface-Control)&EBI（Entity-Boundary-Interactor）三、端口和适配器架构Ports&AdaptersArchitecture
罗小爬EX·2023-03-28 19:34

EBI、DDD及其演变架构史

一、背景“领域驱动架构”，大多能聊到DDD（Domain-DrivenDesign），实际上早期思想EBI架构1992年就诞生了。核心价值点在于：关注核心业务领域（高内聚），分离实现层（低耦合）。
ejinxian·2023-03-28 19:05

工具 | 生物信息学主要数据库与分析工具

NationalCenterforBiotechnologyInformation,NCBI），www.ncbi.nlm.nih.gov/欧洲生物信息学研究所/欧洲分子生物学实验室（EuropeanBioinformaticsInstitute,EBI
shwzhao·2023-03-28 05:57

生物信息学数据库及在线工具汇总

www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/]NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation）是指美国国立生物技术信息中心EMBL[https://www.ebi.ac.uk
Seurat_Satija·2023-03-26 11:47

基因组及gff3注释下载总结

，该下载链接是最直接最可靠的；（2）NGDC：国家基因组科学生物中心search，该网站是国内最大的基因组数据库，可通过拉丁文或NGDC版本号查询，该网站除了自己的数据库，还可以搜索并跳转到NCBI和EBI
geneonto·2023-03-26 06:20

成就事件探索复盘

可是想到做客户又要写WWW/EBI时我又怂了，仿佛老天听到了我的声音，他派来了小玲苏提醒我及时捕捉自己的体验，并记录下来。于是有了这篇复盘。
终身成长的玉君·2023-03-24 20:12

IMGT/HLA数据库简介

IMGT/HLA数据库收录了HLA不同Allel的序列信息，网址如下https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/最近更新日期为2018年7月11号，版本为3.33.0,数据库中收录的信息如下
生信修炼手册·2023-03-19 19:25

Biostar handbook学习笔记四

目前学习到的关于生物数据及数据库的基本知识有：常用数据格式:fasta,fastq,gff,GenBank常用序列数据库:美国国立生物技术信息中心(NCBI)欧洲生物信息学中心(EBI)DDBJ常用基因功能数据库
简书蚕账号·2023-03-18 17:06

个人成长教练-考核周-20210420

1个问题：一个反馈和一个好奇，反馈唤起对方的觉察02强有力到发问：问到心坎03挑战：询问挑战，落地到行动04教练考核：作为初阶的教练，我们更加关注是客户，不要太关注这个3.督导01心路历程02www和ebi03
seven325·2023-03-14 17:52

20220710 教练眼中的评估与反馈

在教练中，一般使用的是“WWW和EBI”反馈法。WWW全
有耳教练·2023-01-30 08:02

谷歌AlphaFold近日宣称预测出地球上几乎所有蛋白质结构

7月28日，谷歌DeepMind公司与欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI）的合作团队公布了生物学领域的一项重大飞跃。
weixin_4528312·2022-12-24 13:59

智源社区周刊：AlphaFold蛋白质宇宙扩展到2亿结构；对话清华代季峰：自动驾驶感知新时代...

通过与EMBL-EBI合作，DeepMind现在正在发布几乎所有科学上已知编码蛋白质的预测结构，这将使AlphaFold数据库扩大200倍
智源社区·2022-12-24 13:54

芯片数据分析笔记【04】 | ArrayExpress 数据库介绍

芯片数据分析笔记【01】|基因芯片的基本原理芯片数据分析笔记【02】|芯片数据库芯片数据分析笔记【03】|GEO数据库使用教程及在线数据分析工具NCBI的基因表达综合数据库GEO和欧洲生物信息学研究所(EBI
【云森】·2022-12-24 08:06

芯片数据分析笔记【02】 | 芯片数据库

芯片数据分析笔记【01】|基因芯片的基本原理比较大的芯片数据库有美国NCBI的GEO，欧洲EMBL-EBI的ArrayExpress，日本DDBJ的GEA，不过这个GEA直接连接到ArrayExpress
【云森】·2022-12-24 08:06

来自NCBI GEO原始数据上传的一个“bug”！

杂志社一般会要求你将原始数据上传到公共数据库中，以保证数据的真实性和可重复性，常见的公共数据库有：NCBIGEO（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo）EBIENA（https://www.ebi.ac.uk
余丁，微生信·2022-12-24 08:06

HMMER 的使用

hmmer.org/download.htmlHMMER使用手册：http://eddylab.org/software/hmmer/Userguide.pdf#下载PFAM数据库wgethttp://ftp.ebi.ac.uk
笨蛋白熊·2022-11-28 19:37

高通平台DDR3初始化

MSM8976支持两个DDR3接口（EBI0，EBI1）。每个EBI提供两个CS片选（CS0,CS1)。在SBL1的的代码实现中，一个EBI就是一个channel也就是一个INTERFACE。
我是一棵小小草·2022-10-14 09:05

蛋白结构合理性评估软件-PROCHECK的安装与使用

的安装与使用由于PROCHECK这个工具真的相对比较久远了,哪怕官方给出的文档也存在部分代码无法使用了的问题.因此来记录下RPOCHECK的安装过程.下面是相关资料下载地址:软件包下载:https://www.ebi.ac.uk
贺俊宏·2022-08-09 07:20

科研小技巧 | 如何绘制突变mutation/插入Insertion在基因具体外显子/内含子的结构图

1.利用Ensembl辅助绘图作为NCBI同等级对手EBI，其维护的Ensembl提供了比NCBI更便捷的外显子定位功能，而且查看界面非常友好，同时与NCBI转录本有非常完善的对应。
不想透明的小透明·2022-05-04 23:54

复现《nature communications》图表（五）：GWAS曼哈顿图和qq图复现

复现的图是文章的FigureS6，数据下载链接（a，b图的）：ftp.ebi.ac.uk:/pub/databases/gwas/summary_statistics/GCST90014001-GCST90015000
TS的美梦·2022-03-21 05:53

单细胞测序上游1-数据下载

推荐EBI官网的另一下载工具ena-file-downloader下载地址https://github.com/enasequence/ena-ftp-downloader软件依赖
科研小徐·2022-03-11 16:23

复盘Day27—by玉君

EBI成果框架（我之前不太敢问
终身成长的玉君·2022-02-21 02:26

复盘Day29—by玉君

EBI在教练前能再感受一下我的教练状态把Demo认真看一下，而不是只看了文字。感受（客户）客户反馈非常开心今天的这个探索并且也很喜欢。客户说，她本来就是这个样子，只是借着今天的教练进行
终身成长的玉君·2022-02-14 19:05

使用Aspera高速下载ENA/SRA测序数据

批量下载EBI数据1、获取ascp下载地址EBI网站首页输入检索号，分别选择显示条目samplename和FASTQfiles(Aspera)，点击TEXT进行下载，生成文件:sample_alias.txt
husy_·2022-02-07 13:21

关于SNP

网址：https://www.ebi.ac.uk/sites/ebi.ac.uk/files/content.ebi.ac.uk/materials/2014/140217_AgriOmics/dan_bolser_snp_calling.pdf
豆芽_tw·2022-02-07 02:25

复现《nature communications》图表（五）：GWAS曼哈顿图和qq图复现

复现的图是文章的FigureS6，数据下载链接（a，b图的）：ftp.ebi.ac.uk:/pub/databases/gwas/summary_statistics/GCST90014001-GCST90015000
KS科研分享与服务·2021-12-15 18:33

linux025 SRA数据下载工具ascp的安装及使用

参考链接http://bioinfostar.com/2017/12/23/How-to-download-SRA-data-zh_CN/1NCBI-SRA和EBI-ENA数据库SRA数据库:SequenceReadArchive
caoqiansheng·2021-09-13 11:09

复盘Day22—by玉君

1、每日冥想2、个人成长教练20200609小组训练郭源&小玲苏：旁观位WWW：教练问题特别精准；客户觉得每个都是好问题EBI每个流程都交客户，由客户决定上三层的样子感受如何走近客户的心，让客户被看到客户有自己的立场
终身成长的玉君·2021-06-23 11:21

SRA、SAM以及Fastq文件高速下载方法

NCBI-SRA和EBI-ENA数据库SRA数据库:SequenceReadArchive：隶属NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation)，它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据
Seurat_·2021-06-22 00:03

大师游戏001～体验100%的相信

今天是教练练习第一天，主要练习的是SCQA结构化聆听和WWW+EBI反馈，我是教练位，客户提到最近困扰她的一个问题，大意如下：S：最近参加了一个读书活动，每天需要沉浸阅读一小时。
心水·2021-06-19 18:56

关于参考基因组和注释

常用的参考基因组数据库：1、Ensembl是由EuropeanBioinformaticsInstitute（EBI）与WellcomeTrustSangerInstitute（WTSI）共同合作开发的数据库项目
bio_meow·2021-06-18 22:46

2019.1.14 aspera下载和md5check

ascp-k1-QT-l300m-P33001-i/Users/bcl/Applications/Aspera\CLI/etc/[email protected].ebi.ac.uk
KK_f2d5·2021-06-15 10:48

2020-06-23日复盘 by 大谨

本职工作下午参加了江总的课题汇报，按照教练的方式提了WWW和EBI，这个方法很好用，适合任何场景！个人成长继续补上周的复盘……我不会放弃，我要追上进度！
大谨·2021-06-11 11:19

我是这样创造新体验的——use do have

WWW（wellwithwhat）EBI(evenbetterif)在第二周，持续打卡，模板是190***新感受by**Day**今天，我有哪些从未有过
王蓝蓝·2021-06-10 19:03

3️⃣ 多序列比对(3):工具和数据库

序列比对和序列特征分析总目录多序列比对的软件很多，具体可参考https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/另外还有http://www.bioinformatics.utep.edu/
Y大宽·2021-05-12 21:07

[ZT] 常用在线序列比对工具

常用的在线序列比对工具主要由EMBL-EBI提供，包括但不限于Needle,Water,ClustalOmega,Muscle,Mafft,T-coff
爱折腾的大懒猪·2021-04-29 21:17

20180109 大师之旅（辅导老师：许老师）

2017.01.0919:30-20:10对话一教练：董满琴客户：沈红WWW结构完整/亲和/高逻辑层次的提问/对话完整/合约意识EBI1.确认合约时感觉信息不够，客户回复相对抽象，不过多关注客户内容并不是说对于客户内容不可以做适度的了解
cuckoo_yu·2021-04-26 18:11

GWAS DATABASE

搜集各类gwas库：GWASCatalog：https://www.ebi.ac.uk/gwas/GWASCentral：https://www.gwascentral.org/CaseControlGWAS
又是一只小菜鸟·2021-04-19 20:08

育儿P8复盘P9目标

今天学到了WWW和EBI，正好可以加到周复盘中，顺便练习WWW和EBI：WWW：Whatworkedwell，当你做成一件事时，什么是好的/有效的部分？
心水2021·2021-04-13 05:54

生物数据库部分合集

www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/]NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation）是指美国国立生物技术信息中心EMBL[https://www.ebi.ac.uk
本人正在思考中·2021-03-10 14:33

RNA-seq分析-数据库

声明：不是原创，我只是方便自己学习，原文指路NCBI-SRA数据库与EBI-ENA数据库所有已发表文献中的高通量测序数据大多会上传到某个数据库中方便其他人的下载学习与再研究，这其中受众最广的自然是出身NCBI
峰峰love典典·2021-02-07 17:15

数据：如何在国内高速下载SRA

如何在国内高速下载SRA下载公共测序数据，一般是通过在NCBI上搜索到study的RunSRA号，然后使用NCBI提供的prefetch下载数据，但因NCBI国内访问较为缓慢导致下载速度巨慢，因此推荐使用EBI
华仔少年·2021-01-30 11:48

Linux系统下aspera的下载、安装和NCBI、EBI的数据下载

上一篇介绍了sratools，但是因为其过于垃圾，所以就不推荐。换一个好用的aspera。1.aspera下载先进入https://www.ibm.com/products/aspera/downloads?list然后找到如图所示的IBMAsperaConnect。因为数据一般是下载在服务器上，所以需要选择linux版本进行安装。image.png点击Viewdocumentation就会有不同
谢京合·2021-01-02 11:58

DDBJ数据库：宏转录组测序数据下载

导读1.DDBJ数据库简介DDBJ(DNADataBankofJapan)是与NCBI的GenBank，EMBL的EBI数据库齐名的世界三大DNA数据库之一。DDBJ由日本研究机构于1983年建立。
胡童远·2020-11-07 15:31
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