EBI

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核酸数据库[NCBI][https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/][EMBL][https://www.ebi.ac.uk/ena][DDBJ][https://www.ddbj.nig.ac.jp

多啦A梦的时光机_648d·2024-01-31 22:21

生物信息网站集合

1.常用门户：美国国家生物技术信息中心(NCBI)：https://www.ncbi.nlm.nih.gov欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)：https://www.ebi.ac.ukUCSCGenome

庐山星晖·2024-01-30 16:27

P10复盘P11目标

WWW：100%达成，厉害了心水EBI：孩子如果完成了，可以给具体的嘉许2、150分钟亲

心水·2024-01-27 23:01

分子生物学数据库和软件

目前此数据库由其分支机构—EBI（theEuropeanBioinformaticsInstitute，欧洲生物情报研究所）维护。

weixin_30892987·2024-01-20 14:14

P17复盘P18目标

感受：过年了～WWW：开心过年了EBI：无2、养成提醒女儿的日计划，每天晚上检查计划完成情况的习惯。感受：过年了～WWW：开心过年了EBI：无3、记录7次发自内心的感谢。

心水·2024-01-15 01:12

生物信息学软件：两种风格

基于网络的或图形用户界面（GUI）中心资源：NCBI，EBI,DDBJ。基因组浏览器：NCBI,UCSC,Ensembl。GUI软件：MEGA,Rstudio,BioMart,IGV。

简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-10 16:52

SRA Toolkit安装以及配置流程

fastq-dump-orig.2.10.0--split-s/home/whu/mm/SRA/SRR9656395SRAtoolkit软件会终止或者退出，而且每次生成的fastq文件大小不一，遂放弃SRA数据库，直接使用EBI

柠檬精_8780·2024-01-10 06:51

P16复盘P17目标

EBI：如果自己能7：20pm之前到家就好了2、养成提醒女儿的日计划，每天晚上检查计划完成情况的习惯。感受：自己已经做到检查了，但是女儿却做不到完全完成。WW

心水·2024-01-07 13:35

真核微生物基因组质量评估工具EukCC的安装和详细使用方法

介绍：GitHub-EBI-Metagenomics/EukCC:Tooltoestimategenomequalityofmicrobialeukaryotes安装：docker：dockerpullmicrobiomeinformatics

小果运维·2024-01-07 12:18

2020-09-29 TOOLs:高通量测序数据下载之aspera和SRA Toolkit

wget-c下载地址保持断点下载下载数据库优先选择快速下载fq格式的数据，EBI数据库下载。从EBI数据库直接获取到aspera的下载代码，复制到本地服务器，可

__一蓑烟雨__·2023-12-22 10:07

复盘Day16—by玉君

2、新项目报名截止（超预期有四家餐厅报名，准备进入选拔，选拔前问卷需要申请餐厅填写)3、协助餐厅伙伴招聘4、个人成长教练：逻辑六层次训练：WWW：用心的嘉许EBI放下自我的

终身成长的玉君·2023-11-29 00:44

线上分享复盘

EBI(EvenBetterIf）1、时间要安排地充裕一点。至少提前10分钟气定神闲地坐下。今天太赶了，到家立刻打开电脑，开始语音。整个过程都感觉到自己比较仓促，直到讲完。2

JillionZ·2023-11-27 09:01

数据库下载

1、命令行下载wgetftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/human_g1k_v37.fasta.gz-O下载时重命名文件

kangroomoon·2023-11-22 12:36

P18复盘P19目标

EBI：无2、记录7次发自内心

心水·2023-11-20 16:45

P11复盘P12目标

WWW：日程表打印出来了EBI：（1）如果完成了及时在日程表上打个勾，没有完成及时在日程表上打个叉就更好了。（2）如果能根据本周的执行情况调整一下日

心水·2023-10-28 08:21

GEO、SRA和Bioproject这几个是什么关系呢？以及数据下载方法

使用ebi下载geo数据？使用bioproject编号下载即可。

村长吃火锅·2023-10-23 08:59

利用PfamScan寻找同源基因家族

目前已更新到32.0，下载地址为ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/，任选一版本即可。

群体遗传学·2023-10-19 07:16

原始数据不仅有GEO, 还有ArrayExpress！

和GEO数据库类似，ArrayExpress是属于EBI旗下的公共数据库，用于存放芯片和高通量测序的相关数据，网址如下>https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/数据来源于下图所示的两个部分第一部分是由科研工作者提交的数据

生信修炼手册·2023-10-13 20:25

P14复盘P15目标

WWW：坚持记录了三天EBI：如果把这个目标分解到日计划和日复盘里面就好了2、周一到周日对女儿0提醒，记录每一

心水·2023-10-10 23:55

SRA数据下载（通过EBI-ENA数据库，使用ASpera）

SRA数据下载（通过EBI-ENA数据库，使用ASpera）这是本人的第一篇文章，欢迎浏览提问，我会在最快时间内答复，谢谢大家。本文主要是针对新手下载SRA数据过程，我本人已亲自实践有效。

彼岸花128·2023-10-08 08:59

使用Aspera下载NCBI和ENA数据库中的数据

安装Aspera软件Aspera软件的安装和详细使用教程，查看我的另一篇博文——SRA数据下载（通过EBI-ENA数据库，使用ASpera）这里简述一下官网：https://

彼岸花128·2023-10-08 08:29

P22复盘P23目标

WWW：完成了，哈哈EBI：无2、12小时教练投入，2次教练全流程练习，7篇大师笔记。感受：感觉这是每周的必达目标，没有任何借口。WWW：超额完成EBI：无3、沉

心水·2023-10-07 19:00

P13复盘P14目标

WWW：12个时间盒EBI：校外作业时间盒沦陷，如何把这个盒子变得有趣是下个周的重点。2、周一到周日对女儿0提醒，记录每一次

心水·2023-10-03 20:57

P12复盘P13目标

EBI：（1）当天（在日复盘之前）把日程表更新（2）调整日程

心水·2023-09-30 21:55

宏基因组数据资源 | Nature子刊发表来自人类肠道微生物组的204,938个参考基因组数据集

2020年7月，由欧洲分子生物学实验室欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）领导的国际合作研究团队在《NatureBiotechnology》发表了迄今为止最全面的人类肠道微生物组序列资源：统一的人类胃肠道基因组

尐尐呅·2023-09-29 17:14

gffread软件使用教程

或者cellranger的database包，#下载gtf/gff文档及hg19文件wgetftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human

11的雾·2023-09-25 20:47

2020-09-29 使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据

来源：https://www.plob.org/article/3013.html做基因组数据分析，可能经常从NCBI的GEO/SRA或者EBI的ENA数据库下载高通量的数据，动辄几十G的数据用wget

__一蓑烟雨__·2023-09-10 14:41

单细胞数据库整理

celltypeMarker2.SingleCellPortal-BroadInstitute界面不是那么好用，数据应该含有挺多物种的，也包括人和小鼠的3.SingleCellExpressionAtlas-EMBL-EBI

Seurat_Satija·2023-09-08 17:32

wise2的安装

下载：https://www.ebi.ac.uk/~birney/wise2/解压，进入./wise2.xxx/src/，修改makefile。vimakefile找到第25行CC=cc

野生拟南芥·2023-09-04 17:14

P20复盘P21目标

EBI：如果跳绳和阅读

心水·2023-09-01 23:17

GWAS数据下载详解（1）

FinnGen数据库：（Accessresults|FinnGen）UKbiobank(http://www.nealelab.is/uk-biobank)GWASCatalog(https://www.ebi.ac.uk

weixin_49320263·2023-08-15 08:15

HMMER-序列分析软件介绍

网页版https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/condainstallhmme

qq_27390023·2023-08-13 11:44

Biopython序列比对

从InterPro网站（https://www.ebi.ac.uk/interpro/download/Pfam/）下载多序列比对文件Pfam-A.seed.gz（含多个多序列比对）wget https

qq_27390023·2023-08-13 11:14

3.17复盘

EBI:第一白天还是要抓紧。第二早上起来以后不要再就吃饭了，早

天外小飞兔sky·2023-08-06 21:15

exonerate安装

wgethttp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/vertebrategenomics/exonerate/exonerate-2.2.0-x86_64.tar.gz#下载tar-zxvfexonerate

喜欢吃土豆的彭某人·2023-08-05 17:15

领域驱动架构及其演变史（EBI、DDD、端口适配、洋葱、整洁）

一、引子聊架构总离不开“领域驱动架构”，大多能聊到DDD(Domain-DrivenDesign)，实际上早期思想EBI架构1992年就诞生了。

FAw67J7·2023-07-22 20:30

PSP - Jackhmmer 搜索 EMBL 序列数据库的相似序列

article/details/131817060EMBL(EuropeanMolecularBiologyLaboratory，欧洲分子生物实验室)：EMBL数据库是一个由欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI

SpikeKing·2023-07-22 18:15

个人电脑上SRR数据下载

第一种，在EBI查找，https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home常规转录组可能直接找到下载R1,R2网站信息，复制R1R2的链接即可下载第二种，从NCBI的ftp服务器直接下载

小鹏_哒哒哒·2023-07-19 14:44

sra与fastq数据简介及下载

目录NCBI-SRA数据库与EBI-ENA数据库SRA数据库的各

Seurat_·2023-07-18 15:10

育儿P9复盘P10目标

实际：5天WWW：按照作业项进行了反馈～EBI：如果有作业项未完成，及时打电话反馈2、150分钟（25分钟x6天）亲子阅读。(记录到时间日志App)实际：93分钟分析：

心水·2023-07-18 13:21

人人都是架构师-清晰架构 | 京东物流技术团队

前言了解清晰架构之前需要大家先熟悉以下常见架构方案：EBI架构(Entity-Boundary-InteractorArchitecture)领域驱动设计(Domain-DrivenDesign)端口与适配器架构

京东云技术团队·2023-07-17 17:35

KEGG pathway 注释整理

(https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNOG-mapper-v2)和[interproscan](https://github.com/ebi-pf-team

·2023-06-24 04:22

从EBI中ENA数据库下载原始数据accession的详细信息以及序列

文章目录1.ENA数据库的检索功能1.简单搜索2.复杂搜索2.ENA数据库中的accession的详细信息下载3.ENA数据库中的accession的序列下载学生物的大概都会用到EBI数据库，而其中的ENA

最怕被温柔以待·2023-06-23 07:41

Ensembl和NCBI基因组下载，基因序列下载查看

查找参考基因组得常用数据库1.Ensembl是由EuropeanBioinformaticsInstitute（EBI）与WellcomeTrustSangerInstitute（WTSI）共同合作

组学大讲堂·2023-06-19 19:55

P15复盘P16目标

WWW：实际达成了3个EBI：工作日7：15分之前到家，记录吃完饭的时间，周末的时候，女儿吃完早饭15分

心水·2023-04-16 22:45

AI制药 - AlphaFold DB PDB 数据集的多维度分析与整理 (2)

caroline_wendy/article/details/130118339数据集：AlphaFoldProteinStructureDatabase下载地址：https://alphafold.ebi.ac.uk

SpikeKing·2023-04-16 12:10

【ARM微控制器】STM32L486VGT6【FPGA】XC3S700A-4FTG256I现场可编程门阵列基本介绍

核心处理器：ARM®Cortex®-M4内核规格：32位单核速度：80MHz连接能力：CANbus，EBI/

Summer-明佳达电子·2023-04-12 21:48

一文极速读懂 Uniprot 蛋白质数据库

Uniprot（UniversalProtein）是包含蛋白质序列，功能信息，研究论文索引的蛋白质数据库，整合了包括EBI（EuropeanBioinformaticsInstitute），SIB（theSwissInstituteofBioinformatics

Seurat_Satija·2023-04-12 07:01

mac下如何使用ENA File Downloader与Aspera下载相关文件

EMBL-EBI数据下载本人的电脑系统为Macos12准备工作ENAFileDownloader软件下载ENAFileDownloader[https://github.com/enasequence/

我的大宝剑·2023-04-10 19:47

SRA数据库简介及使用方法

来源于SRA官网介绍SRA是NIH高通量测序数据的主要存档，并且是国际核苷酸序列数据库协作（INSDC）的一部分，该数据库包括NCBI序列阅读档案（SRA），欧洲生物信息学研究所（EBI）以及日本（DDBJ

正经昵称征集中·2023-04-06 10:13

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