KEGG 第7页

关于功能富集分析的基础知识

ORA是目前应用最多的方法，GO富集分析和KEGG富集分析就是使用的这种方法；FCS这种方法应用于GS

果蝇饲养员的生信笔记·2020-06-20 00:40

【转载整合】RNAseq data的network analysis的不同做法，原理和方案

网络：其实就是“图”，由点（node）和边（edge）组成一般来讲，探索基因表达数据的标准流程是这样：差异表达分析:研究转录水平不同处理的差别的原因基因富集分析(GO/KEGG)。

Geekero·2020-05-06 09:24

TCGA_09

GEO0.背景火山图就是ggplot2点图KEGG富集分析BgRatio（background）：该通路总基因/收录KEGG的总基因GeneRatio：输入的差异基因数中属于该通路的/输入的所有差异基因人与动物

沈住氣·2020-04-18 10:47

绘制差异基因kegg注释图

“差异基因kegg注释图”是转录组分析结果的重要组成部分，能够帮助大家了解差异基因分属于哪些代谢通路，文章中如果能够插入下面这类图来说明样品间的差异，一定会为你的文章增色不少。

组学大讲堂·2020-04-09 16:02

KEGG是什么：快速了解KEGG

我们有时候很关心基因所在的pathway、上下调控以及一堆基因富集到的pathway，再或者同源基因等信息，KEGG数据库也算是目前（注释）常用的明星数据库KEGG：京都基因和基因组百科全书：KEGG项目于

Amy_Cui·2020-04-02 22:30

Cytoscape插件6：CluoGO+Cluepedia

主要是GO和KEGG,并且作者可以设置自己的阈值动态改变网络。Cluego有两个主要的特征：1.根据基因列表，可以用于terms的可视化，2，两个clusters的功能解释的比较。

Y大宽·2020-03-24 22:55

为Y叔疯狂打call

如果仅仅是为了做GO/KEGG等富集分析，Y叔开发的R包clusterProfiler的确是最好用的，没有之一。奈何入门R语言的到现今仍然只占广大生命科学研究者的少部分。

生信技能树·2020-03-21 12:17

使用clusterProfiler进行KEGG富集分析

KEGGpathway是最常用的功能注释数据库之一，可以利用KEGG的API获取一个物种所有基因对应的pathway注释，human对应的API链接如下http://rest.kegg.jp/link/

生信修炼手册·2020-03-16 04:39

解螺旋《KEGG信号通路数据库使用教程》学习笔记

KEGGKyotoEncyclopediaofGenesandGenomes京都基因与基因组百科全书特点：综合数据库，建立了跨物种联系。基于可计算的形式捕捉和实验证据，形成生物系统的计算机模拟。信号通路和分子间关系可视化。用途：16个子数据库，最常用Pathway（下图）与其他数据库链接如ENSEMBL等。KEGGDatabases.jpg初探示例：Disease数据库检索glioma。信息检索的

为腹不为目_7a92·2020-03-16 00:26

GSEA使用笔记

这个有点类似于pathway（GO,KEGG等）的富集分析，区别在于geneset（矫正好的基于文献的数据库）的概念更广泛一点，包括了howtodownloadGSEA?

bioinfo2011·2020-03-11 23:32

【科研猫】3分钟了解GO/KEGG功能富集分析（一）

关注微信公众号：科研猫本文系公众号：科研猫原创，侵权必究，转载联系科研猫公众号后台。“大数据”、“组学”、“数据挖掘”是近几年来我们经常听到的词汇，科研工作中也经常用到二代测序，不管送哪家测序公司进行测序或数据分析，结题报告中都会看到一个标准的分析套路：功能富集分析。说起功能富集分析，想必大家并不陌生，但要表述一下它的定义，又很少有人能回答的出（组会的时候，是不是经常会被导师这样Q到呢~~）。大部

科研猫·2020-03-09 05:00

转录组分析---step1 counts分布检查

整理分享最近转录组下游分析用到的代码，包括差异基因、GO/KEGG富集、GSEA、GSVA和常用的作图，主要是在生信技能树Jimmy老师代码的基础上根据自己的习惯修改了一些，感谢Jimmy老师的海量资源和无私奉献

莎莉噢·2020-03-08 20:24

【科研猫】3分钟了解GO/KEGG功能富集分析（三）

在3分钟搞定GO/KEGG功能富集分析（二）文章的结尾，我们得到了一个基因列表的功能富集结果（如下图所示）。但如果想把结果最展示在文章中（箭头所指），还需要一些绘图的操作。

科研猫·2020-03-01 08:44

GO，KEGG，GSEA富集分析笔记

whatisGeneOntology?——基因本体论1，什么是本体论？简单来说，就是我们对一个具体事物进行分类并予以描述。例如：猫是一种哺乳动物/猫是猫科动物/猫是一种生活在陆地的生物等等。对于一事物，我们可以用不同的分类加以描述。因此，对于gene的本体论，是对gene的一种描述。而对gene的描述大概分三种：①Cellularcomponent简称CC②Biologicalprocess简称B

路口不会转弯·2020-02-24 11:09

【科研猫】挖掘GEO速成SCI文章系列教程（3）-R语言基础

前面的课程中，我们学习了GO/KEGG功能富集分析的操作步骤，并给大家演示了如果使用R语言绘制高级气泡图。

科研猫·2020-02-20 20:14

2020.02.18【数据分析心得】丨如何将基因ID转化为基因名称

在拿到公司的基因测序数据后，不同的测序公司给出的数据也是不同的，有时候会遇到一个问题就是测序公司给出的分析报告中，GO富集以及KEGG通路通常直接以基因ID的形式给客户，而导师要求送审文章的附件要显示为基因名称

穆易青·2020-02-18 14:01

WGCNA关键模块和hub基因筛选

WGCNA的理论背景知识WGCNA的详细分析流程关键模块和hub基因筛选，在流程中并不可知模块划分好后如何找到keymodule1由WGCNA得到的module都进行GO或KEGG，甚至TF，miRNA

Y大宽·2020-02-14 22:03

为什么要学编程

帮同学处理一下他从公司拿到的差异分析结果，当然，给我的是Excel表格，老规矩，导出csv然后读入R，然后准备顺手画个火山图，做个GO/KEGG富集分析。

生信技能树·2020-02-14 13:44

ggplot2绘制Pathway富集分析气泡图

>library(ggplot2)#载入ggplot2>pathway=read.table("KEGG.enrichment.txt",,header=T,sep="\t")#读取数据>pathway

Biodata_佰德生物·2020-02-14 07:36

KEGG PATHWAY分析及画图

用david转换成ENTREZID基因gene<-read.csv(file="id.csv",header=T)gene_diff<-gene$To#ENTREZID基因kk.diff<-enrichKEGG(gene=gene_diff,organism='mmu',#可以更换物种，这是小鼠的，人类是hsapvalueCutoff=0.05)head(kk.diff)[,1:6]dotplot

mayoneday·2020-02-08 21:09

#基因组干货#之烂大街的GO、KEGG分析作图

随着测序技术的提升及成本的不断降低，基因表达谱数据也更精确及更容易获得，测几个样本做个差异表达分析，接下来就是GO功能及KEGG信号通路分析，如果觉得工作量不够的话，再做个蛋白相互作用（PPI）分析，不得不说这些已经成为套路

生信杂谈·2020-02-07 02:40

再也不用担心Excel基因名变成日期了

帮同学处理一下他从公司拿到的差异分析结果，当然，给我的是Excel表格，老规矩，导出csv然后读入R，然后准备顺手画个火山图，PCA图，热图，做个GO/KEGG富集分析。下意识的看了看数据结构，然后顺

天涯清水·2020-02-05 11:13

GO和KEGG富集分析及去冗余工具及原理

1GO和KEGG富集分析工具：Clusterprofiler包和REVIGO进行基因功能或生物学通路富集的工具或网站有很多。像DAVID、IPA、GATHE等。

Y大宽·2020-02-02 00:41

RRBS甲基化分析流程

【基本流程】Bismark—Methylkit—Genomation—GO/KEGG只求自己记得如果有人搜到了这个请你只看上面的四个基本流程然后分别搜索他们的用法比较坑的地方在于用Genomation包

桁_COLA·2020-01-31 21:50

【生信技能树】2020-01-08作业：GEO挖掘标准流程分析GSE27447

github.com/jmzeng1314/GEO/tree/master/GSE42872_main主要步骤：step1-读入GSE27447数据step2-检查表达矩阵step3-差异分析step4-GO/KEGG

猫叽先森·2020-01-11 13:05

GEO数据挖掘小尝试：（三）利用clusterProfiler进行富集分析

clusterProfiler是业界大神Y叔写的一个R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、DO（DiseaseOntologyanalysis）、Reactomepathwayanalysis

井底蛙蛙呱呱呱·2020-01-08 17:49

KEGG分析工具：pathview基本操作

KEGG将基因组信息和高一级的功能信息有机地结合起来，通过对细胞内已知生物学过程的计算机化处理和将现有的基因功能解释标准化，对基因的功能进行系统化的分析。

周运来就是我·2020-01-07 23:03

使用clusterProfiler进行GO富集分析

clusterProfiler是一个功能强大的R包，同时支持GO和KEGG的富集分析，而且可视化功能非常的优秀，本章主要介绍利用这个R包来进行GeneOntology的富集分析。

生信修炼手册·2020-01-06 00:19

clusterProfiler: 分析+可视化GO和KEGG富集的转录组R包

写作之友基因和基因簇的功能谱(functionalprofiles)的统计学分析及可视化GYu,LGWang,YHan,QYHe.clusterProfiler:anRpackageforcomparingbiologicalthemesamonggeneclusters.OMICS:AJournalofIntegrativeBiology2012,16(5):284-287.doi:10.108

假装挖金矿的狮毛·2020-01-04 18:56

ClueGO：用Cytoscape做富集分析的插件

常见的有基于差异基因的Over-representation分析，也就是常说的GO、KEGG富集分析和Functionalclassscoring分析，如GSEA。

生信义博·2020-01-02 07:37

阿糖胞苷_SYSU·2019-12-29 13:21

一文解决GSEA富集分析（jave软件版本、R语言代码版本）

本文目标GSEA原理等介绍java版本的GSEA运行示例纯R版本的GSEA运行示例第一部分GSEA原理等介绍GSEA分析介绍富集分析一般到最常见的是GO/KEGG富集，其思路是先筛选差异基因，然后对差异基因进行

柳叶刀与小鼠标·2019-12-28 08:29

使用clusterProfiler包对非模式生物进行GO和KEGG的富集分析

clusterProfiler包是Y叔开发的一个强大的能进行多种功能富集的R包，对于有OrgDb或AnnotationHub中收录的物种进行GO和KEGG的富集分析非常的方便，但是对于非模式、没有相应数据库收录的物种也是可以进行这些富集分析的

Davey1220·2019-12-25 16:30

kegg路径可视化

之前一直在摸索kegg路径的可视化，由于kegg的路径是手绘而非自动生成，所以一直找不到思路。直到今天看到一位大神的回答才突然醒悟。

快乐的夏天_eaf9·2019-12-24 10:43

GO富集分析＼KEGG

##Time:2017-10-8##Author:FengShengyu#----------------------------------------------------#一、安装必须的R包（推荐使用的R版本3.2.2）#必须要安装的包：#1、clusterprofilter#source("http://bioconductor.org/biocLite.R")#biocLite("cl

风中的鱼儿·2019-12-24 08:14

文献：KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

文献时间1999摘要KEGG(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes)是一个用于基因功能系统分析的数据库，将基因组信息与更有序的生物功能信息联系起来。

康君爱上了蕊酱·2019-12-23 23:11

GDAS009-Bioconductor中的基因组注释

KEGGGOcategories:GenomicsDataAnalysisSeries前言这一部分内容涉及R中使用人类基因且，内含子，外显子，转录本，AnnotationHub，基因组的注释包，GO分析，KEGG

backup备份·2019-12-23 08:20

KEGG数据库

1.简介KEGG(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes)是系统分析基因功能、基因组信息数据库，它有助于研究者把基因及表达信息作为一个整体网络进行研究。

LeoinUSA·2019-12-23 07:14

如何从KEGG上下载信息

我想有些小伙伴会面临这个问题，我从KEGG上搜索到了信息，怎么下载呢？[图片上传失败...(image-5787d9-1564299304443)]这里小编介绍一个小技巧，如何从KEGG上下载数据。

群体遗传学分析杂谈·2019-12-22 21:08

富集分析一网打进

欢迎关注天下博客：http://blog.genesino.com/2017/10/enrichment-analysis/Jumpto...GO富集分析KEGG富集分析GSEA分析自定义数据集分析九天学会转录组高级分析

生信宝典·2019-12-21 17:23

Co-LncRNA:lncRNA与蛋白编码基因的共表达网络数据库

在生物信息学中，对于基因功能的挖掘，通常的做法就是利用GO和KEGG等功能数据库，但是这些数据库中都是蛋白编码基因的功能，为了利用这些数据库中的信息，我们需要在lncRNA与mRNA之间建立起联系，常见的思路有以下几种通过

生信修炼手册·2019-12-19 13:11

功能富集分析概述

关于GO、KEGG、GSEA等等这些词，网上也有很多教程，教大家怎么做GO分析、怎么做GSEA分析等等。但我们不仅要知其然，还要知其所以然。这里，我找到两篇富集分析的综述，跟大家一起学习一下。

生信family·2019-12-18 08:53

转录组入门（8）：差异基因结果注释

作业要求我们统一选择p1|log2FoldChange<-1))2.GO/KEGG分析及GSEA我们主要用到的就是Y叔的R包：clusterProfiler包，github上有详细的说明，这个包的功能很强大

lxmic·2019-12-16 11:16

GO，KEGG，DO富集分析

这是我听B站鲮鱼不会飞视频（GO，KEGG，DO富集分析）里的笔记哦~当然有的地方加上的是我自己的理解，如果哪里和视频上讲的不一样那是我自己发挥的，自行忽略....市面上公司做RNA-Seq的一般流程是

黄晶_id·2019-12-16 08:13

只有这样的女神级KEGG通路图才配得上我的Paper

在KEGG富集分析后，找到某些感兴趣的基因和通路后，常常需要表示下，于是有些小伙伴的图是这样的：image.png或者这样的image.png果然，你的文章可能就是因为这样lowbee的图悲剧的。

白介素2·2019-12-08 08:44

转录组下游分析之GSEA

转载来源https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/83745105GSEA和常规的GO、KEGG的差异在于，GSEA使用的是基因集。

wo_monic·2019-12-07 07:09

找出cluster的差异基因并进行GO和KEGG分析

单细胞测序数据经Seurat包tsne降维聚类后，得到cluster，如何找出cluster的marker并进行GO、KEGG分析需要R包：Seurat、clusterProfiler、ggplot2library

阿糖胞苷_SYSU·2019-12-07 01:57

测序了，然后呢（四）有了OrgDb才能进行富集分析

刘小泽写于19.1.20-21要进行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每个基因对应什么样的GO/KEGG分类，OrgDb就是存储不同数据库基因ID之间对应关系，以及基因与GO等注释的对应关系的R软件包如果自己研究的物种不在

刘小泽·2019-12-04 16:03

富集分析Enrich me again!

刘小泽写于18.9.24祝大家中秋快乐，阖家团圆一般提到富集分析，首先想到的就是GO、KEGG这两把刷子，然后还需要知道两个重要概念：前景基因、背景基因前景基因：你关注的要重点研究的基因集；背景基因：所有的基因集比如做转录组测序

刘小泽·2019-11-30 10:24

【KEGG-1】KEGG数据库

欢迎关注公众号oddxixKEGG简介KEGG全称:KyotoEncyclopediaofGenesandGenomesKEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。

oddxix·2019-11-29 06:12

推荐频道

KEGG