KEGG

python按行读取字符串-python处理多行字符串将第一行进行修改

以源代码从网站KEGG-API获取了所需要的文本，其格式如下：[字符串1]:b">hsa:10056K01890phenylalanyl-tRNAsynthetasebetachain[EC:6.1.1.20
weixin_39599317·2020-11-11 14:08

拜读KEGG作者的文献:KEGG network的相关陈述

在ncbi上搜索kegg&&KanehisaM，这个作者简直不要太牛了哦，就一个KEGG数据库，发了好多文章啊，目前KEGG有18个数据库，每一个数据库一篇的话，呵呵哒。而且好几篇10+。
Amy_Cui·2020-10-11 05:03

非模式生物做KEGG

非模式生物：最近实验室师姐在搞非模式生物的KEGG注释，我们做习惯了模式生物的KEGG，一般最先想到的方法是Y叔的clusterProfilers利用：hsa_kegg<-clusterProfiler
小潤澤·2020-10-08 23:48

跟着视频课学习TBtools热图的绘制，轻轻松松就搞定啦

1.基因表达量（常用）2.基因功能富集结果，GO、KEGG富集等（常用）3.性状数据、标记数据、生物学功能？
种菜的小王·2020-09-07 15:31

基因ID转换及富集分析 | org.Hs.eg.db clusterProfiler

虽然一直对GO和KEGG不感冒，但流程化的分析还是要做的。
fatlady·2020-08-25 09:42

GO,KEGG,KOG注释后分类柱状图怎么画

如题，特别KEGG，在kaas注释以后，得到的是一系列KO号，网页版虽然有分类，但是也不能直接下载和统计分析，如何操作，大巴时间浪费在这种地方真的很烦躁，求大神之间，谢谢
CrazyBoy_666·2020-08-23 20:33

KEGG Glycan 数据库

kegg将复合糖相关的基因，代谢途径,疾病等信息关联在一起，通过pathway的形式进行展示。在pathway数据库中，有1个类别
生信修炼手册·2020-08-23 19:33

快速了解KEGG

我们有时候很关心基因所在的pathway、上下调控以及一堆基因富集到的pathway，再或者同源基因等信息，KEGG数据库也算是目前（注释）常用的明星数据库KEGG：京都基因和基因组百科全书：KEGG项目于
一个人旅行*-*·2020-08-22 13:56

如何使用R包进行KEGG和GO分析

先贴上代码，后面有空的时候来解释：source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("clusterProfiler")biocLite("clusterProfiler")getwd()setwd("E:/myproject/R_project")library(org.Hs.eg.db)data(geneList,package="DO
小七毛·2020-08-21 02:28

RNA-seq(10):KEGG通路可视化:gage和pathview

这里我们先用另外一个R包gagepackage(GenerallyApplicableGene-setEnrichmentforPathwayAnalysis)进行KEGG富集分析，这样也可以和上部分进行比较
Y大宽·2020-08-19 00:11

使用R语言ggplot2包绘制pathway富集分析气泡图（Bubble图）:数据结构及代码

在对基因完成GO/KEGG分析后，使用气泡图可以直观的展示pathway、pvalue、count之间的关系。
ntuYision·2020-08-18 12:26

0056-【R-bioconductor】-KEGG通路分析R包安装失败解决-pathview

1.安装>source("http://bioconductor.org/biocLite.R")Bioconductorversion3.6(BiocInstaller1.28.0),?biocLiteforhelpAnewversionofBioconductorisavailableafterinstallingthemostrecentversionofR;seehttp://biocon
leadingsci·2020-08-18 11:29

#代谢通路设计# 第一期学习小组分享会-代谢数据库的介绍和使用

第一期学习小组分享会，主题为代谢数据库的介绍和使用，主要内容为KEGG、BIGG、MetaCyc、MetaRxn、BRENADA、SEED、ATLAS和MINE数据库的学习和介绍。
沈梦圆1993·2020-08-18 09:04

KEGG基因富集分析

#kegg:基因功能存储在pathway数据库里rm(list=ls())##魔幻操作，一键清空~load(file='deg.Rdata')head(deg)##不同的阈值，筛选到的差异基因数量就不一样
JiangCaifu·2020-08-17 11:48

KAAS(KEGG Automatic Annotation Server):一个非常好用的在线注释工具

日本的KEGG数据库，提供了很全面的基因通路，大大方便了研究者。
xflee0608·2020-08-17 05:27

R: clusterProfiler/enrichplot 富集分析与可视化神器

clusterProfiler官方网址：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.htmlID转换功能函数：bitr;bitr_kegg
下凡的生信人·2020-08-11 00:49

微生物群落基于KEGG预测功能的丰度分布图绘制

这些功能预测的结果大多是基于KEGG数据库，KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:26

KEGG功能注释工具 KofamKOALA 安装与使用

KEGG数据库，即京都基因和基因组百科全书（KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes），是系统分析基因功能、基因组信息的数据库。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:25

Pathview包：整合表达谱数据可视化KEGG通路

Pathview是一个用于整合表达谱数据并用于可视化KEGG通路的一个R包，其会先下载KEGG官网上的通路图，然后整合输入数据对通路图进行再次渲染，从而对KEGG通路图进行一定程度上的个性化处理，并且丰富其信息展示
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:53

KEGG在线数据库使用攻略

KEGG简介KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。把从已经完整测序的基因组中得到的基因目录与更高级别的细胞、物种和生态系统水平的系统功能关联起来是KEGG数据库的特色之一。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:45

使用clusterProfiler进行GO富集分析

clusterProfiler是一个功能强大的R包，同时支持GO和KEGG的富集分析，而且可视化功能非常的优秀，本章主要介绍利用这个R包来进行GeneOntology的富集分析。
weixin_43569478·2020-08-06 10:02

揭秘差异基因功能富集分析

为了探究上述问题，我们首先需要知道基因参与的生物学过程，这个依赖于我们对生命活动的已有认知，比如常见的KEGG数据库，就存储了基因对应的通路信息。其次，我们还需要一点统计学手段，差异基因的
weixin_43569478·2020-08-06 10:02

使用clusterProfiler进行KEGG富集分析

KEGGpathway是最常用的功能注释数据库之一，可以利用KEGG的API获取一个物种所有基因对应的pathway注释，human对应的API链接如下http://rest.kegg.jp/link/
weixin_43569478·2020-08-06 10:02

基因芯片（Affymetrix）分析1：芯片质量分析

芯片质量分析芯片数据预处理获取差异表达基因GO和KEGG分析聚类分析(本文于2013.09.04更新）TAIR，NASCarray和EBI都有一些公开的免费芯片数据可以下载。
amw5181360·2020-08-02 22:46

RNA-seq分析简洁版

这部分主要是代码和部分结果图，但进行了部分修正，比如KEGG可视化部分，用了前clusterprofiler部分的结果，所以这部分不包括Gage包。
Y大宽·2020-08-01 01:43

富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO

虽然公司买了最新版的数据库，如KEGG，但在集群跑下来嫌麻烦。这时网页在线或者本地化工具派上用场了。DAVIDDAVID地址以前我会首选DAVID，原因是方便简单。
bioin·2020-07-29 17:06

TCGA|GEO可视化分析第2篇---KEGG|GO分析大全

那今天我和各位小伙伴深入的讲一下：（1）如何用clusterProfiler做KEGG|GO富集条形图，气泡图；（2）如何用enrichplot做gene-GOterms|gene-KEGGpathways
科研君·2020-07-28 22:18

R包对植物进行GO，KEGG注释

1、安装，加载所用到到R包用BiocManager安装，可同时加载依赖包source("https://bioconductor.org/biocLite.R")BiocManager::install("clusterProfiler")library(clusterProfiler)##富集分析library(topGO)###画GO图library(AnnotationHub)##获取数据库
weixin_30300225·2020-07-28 16:18

KEGG通路数据库下载(人种)

这个下的可能有点旧，目前(2019.11.27)版本是v7.0共186条KEGG通路，显然比目前KEGG网站收录的少。方法二从注释包org.Hs.eg.db里提取。
BeeBee生信·2020-07-17 16:16

R语言-Bioconductor依赖管理&&KEGG富集分析&&通路图&&pathview报错解决

win10-R语言3.6.2-Bioconductor依赖管理&&KEGG富集分析&&通路图&&pathview报错解决一、环境准备下载安装包（64位），（如果没有，选择国内的源进行下载）链接如下：https
Urmsone·2020-07-13 01:14

GSEA的leading edge analysis(LEA)

有没有哪个（些）genes在富集到的GO或kegg里出现次数最多（意味它可能很关键，连接很多信号通路或生理过程等），这个功能通过leadingedgeanalysis实现。
Y大宽·2020-07-08 13:52

GO 和 KEGG 注释之前，为什么要先进行序列比对（BLAST）？

在进行功能注释和通路注释之前，我们会先将差异蛋白与合适的数据库中的蛋白序列进行比对。目的一：很多物种目前研究的程度还很有限，关于这些物种的蛋白注释信息还很不完善。根据相似性原理，具有相似序列的蛋白可能也具有相似的功能，因此，我们可以将BLAST所得的同源蛋白的注释信息转嫁到我们关注的差异蛋白上，来完成对于差异蛋白尤其是研究程度不足的物种的差异蛋白的注释。目的二：我们在查库过程中，为了得到更多的蛋白
纤蹄马·2020-07-07 20:28

生信编程实战第6题（python）

.kegimage.pngB开头的grep"^B"hsa00001.kegimage.pngC开头的（这一行是pathway行）grep"^C"hsa00001.kegimage.png黄色区域就表示kegg
天秤座的机器狗·2020-07-07 10:08

python获取kegg pathway map的信息

1.定位及获取目标元素由于这是一个structureddata，而且有一定的层次，鉴于需要较快完成信息的整理，所以并没有另外新学structureddata信息的爬取（以后再说QAQ）如果简单的复制粘贴的话，会变成以下模样…（可能要改好久的换行符，我不！！！）那首先直接抓取最多的元素，省去最多的劳动力在检查元素后发现，像01100Metabolicpathways这样的元素都分组到某个list中，
TANGLi83·2020-07-06 20:14

NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因

碳水化合物在线分析服务器dbCAN2简介在线分析本地软件和数据库下载Reference猜你喜欢写在后面宏基因组数据分析中，经常会使用多种多样的数据库，如综述型的有NCBI非冗余核酸或蛋白序列库(NR)、KEGG
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:27

生信编程实战第7题（python）

2.富集分析的原理基于筛选的差异基因，或其他自己定义的一组基因，采用超几何检验，判断上调或下调基因在哪些GO或KEGG或其他定义的通路富集。假设背景基因的数目为m背景基因中某一通路
天秤座的机器狗·2020-07-06 05:16

GEO数据挖掘技术可以应用到表达芯片也可以是转录组测序

基本上该分享的都在B站和GitHub了，目录如下：第一讲：GEO，表达芯片与R第二讲：从GEO下载数据得到表达量矩阵第三讲：对表达量矩阵用GSEA软件做分析第四讲：根据分组信息做差异分析第五讲：对差异基因结果做GO/KEGG
生信技能树·2020-07-04 18:14

分析记录 | 差异分析和KEGG GO

物种VerticilliumdahliaeKleb1.deseq2差异分析只有count数据。按照count数据建立coldata表格。因为coldata表格只有condition分组。修改代码。pheatmap的标注更改，同样因为没有lane分组数据。DraggedImage.png为啥要normalize？参数normalized=TRUEDraggedImage-1.png2.DAVIDGO
琼脂糖·2020-07-04 01:29

R语言：GO富集分析，KEGG分析

版本R3.6.0参考：Gene_ID转换、GO+KEGG+Reactome|ClusterProfiler+ReactomePA转录组学习（功能富集分析）BiocManager::install("AnnotationHub
兔兔包点吃机·2020-07-02 13:46

基因芯片（Affymetrix）分析3：获取差异表达基因

芯片质量分析芯片数据预处理获取差异表达基因GO和KEGG分析聚类分析(本文于2013.09.04更新）“差异”是个统计学概念，获取差异表达基因就要用统计方法，R的统计功能很强大，适合做这样的事情。
Hookee·2020-07-02 03:46

[数据库] GO注释学习

正在做GO和KEGG，感觉之前理解的不够透彻..现在把自己理解的整理一下理论基础：超几何分布超几何分布理解：从一个箱子里不放回的取球，取到某种颜色球的概率。
happyxhz·2020-06-30 14:59

本体论

下面介绍一下基因功能富集分析的研究进展：基因功能富集分析中的基因功能指的是众多代表一定的基因功能特征和生物过程的基因功能集，由这些基因功能集构成的常用基因功能数据库有GO，生物学通路,包含生化反应、代谢或信号通路的KEGG
正树_9838·2020-06-26 19:08

R-clusterProfiler: GO/KEGG + 可视化

常用的分析方法：过表征分析(overrepresentationanalysis,ORA)：先找出差异基因，再对差异基因进行如GO/KEGG等富集基因富集分析(genesetenrichmentanalysis
JY_Liu·2020-06-25 23:53

Pathview包：整合表达谱数据可视化KEGG通路

Pathview是一个用于整合表达谱数据并用于可视化KEGG通路的一个R包，其会先下载KEGG官网上的通路图，然后整合输入数据对通路图进行再次渲染，从而对KEGG通路图进行一定程度上的个性化处理，并且丰富其信息展示
生信宝典·2020-06-24 21:52

20W+喜爱的Pathview网页版 | 整合表达谱数据KEGG通路可视化

它可以整合表达谱数据并可视化KEGG通路，操作是先自动下载KEGG官网上的通路图，然后整合输入数据对通路图进行再次渲染。从而对KEGG通路图进行一定程度的个性化处理，并且丰富展示信息。
生信宝典·2020-06-24 21:20

我们的确有一个论坛，但并不希望随便一个阿猫阿狗都在上面发帖

不少朋友都问到一些类似的问题，比如ID转换呀，GO/KEGG注释呀，基因组版本呀，gtf转gff呀！
生信技能树·2020-06-23 01:03

「生信」基因组功能注释后的基因筛选

目录写在前面功能注释数据库介绍方法一:以KEGG的注释结果为主,筛选出每个品种包含的特异通路及基因方法二:利用pfam的注释结果,过滤掉每个品种具有相同结构域的基因,对于剩下的基因,利用其swissprotid
bioinfo_boy·2020-06-23 01:48

WGCNA: an R package for weighted correlation network analysis

BMCBioinformatics(IF=3.781)，但是到目前的引用量高达1926.1.为什么要开发这个软件在现有方法中（差异分析或趋势分析无法对基因进行有效分类）image.png依赖数据的功能分析无法推测新的调控关系Kegg
thinkando·2020-06-22 00:11

R-下载某一条通路的所有基因名字（KEGG）

实例：如何拿到KEGG数据库中多巴胺通路相关的基因集一、确定目标通路打开KEGG选择pathway，在搜索框前输入物种，框内填入关键词。
SnowPye·2020-06-21 00:12

高通量测序数据分析：RNA-seq

SRAToolkit）测序数据质控与过滤（fastp）2.序列比对（SAMtools、HISAT2）3.序列组装（StringTie、TACO）4.表达定量和差异表达分析（Salmon、DESeq2）5.GO和KEGG
精分大神·2020-06-20 15:56
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