KEGG

富集分析后的结果如何画chord弦状图

ChordDiagram弦状图-用来画富集分析的结果前面看的文献中，有一个很漂亮的圈图，https://mp.weixin.qq.com/s/NIqSTvJ916ZGk_dwsRlH5w，就是kegg和
小梦游仙境·2023-07-22 20:17

蛋白组学富集分析 uniport id蛋白ID如何进行KEGG和GO富集分析 代谢组学

使用蛋白ID如何进行KEGG和GO富集分析-知乎(zhihu.com)昨天，有个童鞋咨询如何使用蛋白ID进行功能富集分析，功能富集分析主要是KEGG和GO。
Young.Dr·2023-07-21 22:57

文献：Identification of key gene modules and pathways of human breast cancer by co-expression analysis

通过GO和KEGG来对生物过程和通路进行富集分析。结果使用136个样本，4000个基因进行过表达网络的构建。鉴定了9个模块。相互作用分析证明模块之间的独立
康君爱上了蕊酱·2023-07-20 23:37

DAVID在线功能富集介绍

我们通过GEO或者其他数据库筛选出了一批显著差异基因，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，我们下一步需要进行GO功能注释和KEGG（pathway）通路富集分析。那么，啥叫GO功能注释呢？
victor卡西莫多·2023-07-20 01:15

KEGG pathway 注释整理

#KEGGpathway注释整理##获得KEGG注释通过[eggnog-mapper](https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNOG-mapper-v2
·2023-06-24 04:22

kegg 上ko号对应的通路数据

kegg上ko通路数据的获取最近一直在弄kegg的一些东西，就把心得写下来吧。
最怕被温柔以待·2023-06-23 07:11

手画综合信号通路（部分）

忽略矩形中的蛋白颜色，但不要忽略箭头的颜色均手工绘制，通过查阅文献还有KEGG综合所画，错误在所难免。可留言。参考文献众多，不再一一列出。
Y大宽·2023-06-20 15:57

go分析和kegg分析_生信分析中GSEA分析(GO/KEGG富集分析)的重要性

做过下游分析的小伙伴都知道富集分析的重要性，生信类文章大家总会在最后一步针对我们前面筛选出来的差异基因做一下GO/KEGG富集分析，研究一下他们参与到什么信号通路上或者参与什么生物学过程？
weixin_39622587·2023-06-16 18:57

KEGG注释：KEGG富集可视化柱状图

很久很久以前，看到过文章中的KEGG富集可视化结果图。是对KEGG通路进行注释的。
TS的美梦·2023-06-15 20:11

基因功能注释

官方非冗余蛋白数据库，包括PDB,Swiss-Prot,PIR,PRF;如果要用DNA序列，就是nt库Pfam:蛋白结构域注释的分类系统Swiss-Prot:高质量的蛋白数据库，蛋白序列得到实验的验证KEGG
xuzhougeng·2023-06-13 22:55

基因富集分析

由这些基因功能集构成的常用基因功能数据库有GO,生物学通路,包含生化反应、代谢或信号通路的KEGG,Reactome,Biocarta等,整合数据库,如MsigDB等。
BioIT爱好者·2023-06-13 21:08

3.转录组 | 富集分析（clusterProfiler）

常用的注释数据库：①GO(TheGeneOntologyConsortium):描述基因的层级关系②KEGG(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes)：提供pathway的数据库富集分析的方法
pomela·2023-06-12 09:41

比较基因组学分析3：特异节点基因家族富集分析（非模式物种GO/KEEG富集分析）

单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间2：基因家族收缩与扩张分析3：特异节点富集分析1.前言上次讲到基因家族的收缩扩张分析，这次我们以某个节点为切入点，进行特异节点的功能富集分析其实这篇教程适用于所有的非模式物种(没有现成的GO/KEGG
周小钊·2023-06-12 01:27

比较基因组学分析3：特异节点基因家族富集分析（非模式物种GO/KEEG富集分析）

单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间2：基因家族收缩与扩张分析3：特异节点富集分析1.前言上次讲到基因家族的收缩扩张分析，这次我们以某个节点为切入点，进行特异节点的功能富集分析其实这篇教程适用于所有的非模式物种(没有现成的GO/KEGG
周小钊·2023-06-12 01:27

零基础快速完成基因功能注释 / GO / KEGG / PFAM...

写在前面早前已经推过《新手eggNOG-Mapper详细教程》，但仍然有很多人遇到使用问题。换句话，可能那个教程不能彻底解决大伙遇到的问题。于是我决定写一个完美的教程，彻底解决大伙的基因功能注释问题。eggNOG-mapper大名鼎鼎，是一款非常全面，高效，准确，且一直在更新的软件，对应的，该团队提供了网页接口，任何人可以提交蛋白序列文件，在极短的时间内（一般几分钟）完成基因功能注释，包括：1.具
生信石头·2023-06-11 04:28

利用massdatabase包提取物种KEGG通路与基因/化合物对应信息

最近手头处理一批代谢组数据,想基于几十个关键差异代谢物代谢物进行下KEGG富集，能想到有两种方式解决，一种常用方式就是基于MetaboAnalyst在线富集，另一种就是解析出该物种的通路与代谢物的对应关系文件
凯凯何_Boy·2023-06-10 12:36

一文读懂：基因的功能富集分析

ORA是目前应用最多的方法，GO富集分析和KEGG富集分析就是使用的这种方法；FCS这种方法应用于GS
笺牒九州的怪咖·2023-06-08 23:13

【免费工具】3分钟搞定GO/KEGG富集分析

在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天为大家介绍在线分析工具的使用——DAVID与KOBAS3.0。
南博屹生物医学·2023-04-20 06:42

GSEA输入文件准备——转载自生信笔记

我们一般会想到最常见的是GO/KEGG富集，其思路是先筛选差异基因，然后确定这些差异基因的GO/KEGG注释，然后通过超几何分布计算出哪些通路富集到了，通常会选择一个阈值来卡一下，比如p值和FDR等。
whykm·2023-04-19 09:41

R语言GEO数据挖掘：步骤四：富集分析KEGG,GO

1.读取第三部存储数据（基因差异表达情况）rm(list=ls())##魔幻操作，一键清空~load(file='deg.Rdata')head(deg)deg2.设定阈值计算基因上调下调数量##不同的阈值，筛选到的差异基因数量就不一样，后面的超几何分布检验结果就大相径庭。logFC_t=1.5deg$g=ifelse(deg$P.Value>0.05,'stable',ifelse(deg$lo
mayoneday·2023-04-18 18:18

R语言可视化之ggplot2——KEGG通路富集分析

既然做了GO，当然少不了KEGG了。1.数据准备同样的，我们从DAVID获取KEGGpathway的结果。对于KEGG，我比较喜欢做气泡图，这样用两种形式的图结合在一起，效果更丰富更好看一点。
zrh_h·2023-04-18 03:06

KEGG数据中全部代谢反应和代谢物注释信息的下载

/RbioRXN-master/RbioRXN-master/R/get.kegg.all.R")source("./RbioRXN-master/RbioRXN-master
沈梦圆1993·2023-04-15 14:15

生物蛋白质数据库类型【总结】

蛋白质数据库蛋白质数据库的类型有：UniProtKB、PDB、Pfam、CATH、SCOP2、KEGG、OMIM。UniProtKB属于一级蛋白质数据库。
Jiang_likes·2023-04-15 05:06

【R语言】dplyr对数据分组取各组前几行

前面我们介绍过GO富集分析和结果可视化1.GO和KEGG富集分析视频讲解2.GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图3.GO和KEGG富集结果如何显示基因symbol4.GO和KEGG富集倍数（FoldEnrichment
生信交流平台·2023-04-11 13:15

R语言获取 GO/KEGG 中某一通路的基因集

有时候我们想看某一特定通路的富集情况，这时就需要获取该通路的基因集。一、从GO中获取下载脚本getGoTerm.R，获取所有的GOgeneSet，然后保存为RData，因为get_GO_data这一步非常耗时。source("getGoTerm.R")GO_DATAgeneSet$`TypeIIdiabetesmellitus-Homosapiens(human)`[1]"INS""INSR""I
正经昵称征集中·2023-04-10 03:29

KEGG数据库-pathway对应基因的注释信息下载

KEGG数据库-pathway对应基因的注释信息下载KEGGpathwayKEGG数据库pathway相关数据下载我们下载KEGG数据库的目的是为了研究目标蛋白参与了那些pathway。
赵会成·2023-04-08 07:05

【R语言】clusterProfiler富集分析，物种注释数据库

其实小编前面已经花了不少篇幅给大家介绍过如何使用这个R包做GO富集分析和结果可视化，以及如何将富集结果中的geneID转成基因名字☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图☞GO和KEGG富集结果如何显示基因
生信交流平台·2023-04-08 00:40

快捷查找KEGG里的通路和基因

如果是要做KEGG的富集分析，clusterProfiler可以搞定：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/clusterProfiler
小洁忘了怎么分身·2023-04-07 11:05

GFAP---pfam_go_kegg模块

于是对GFAP添加了一个新的模块，该模块直接用pfam,GO,KEGG官网数据进行注释。但有两个小问题：一个是注释过程相对慢；二是这些功能只能用蛋白序列去实现。同学们可以根据自身情况灵活选择。
许东·2023-04-07 07:01

非模式生物如何做富集分析

这次是水稻的富集分析，参考网上的资料，记录一下学习过程1.KEGG分析（以水稻为例）因为网上有hoptop师兄的教程，所以先讲它。
不玩手机的蛇佬腔·2023-04-06 10:24

2021-03-03 基于lncRNA的功能富集分析——lncSEA

GO，KEGG，GSEA等久负盛名的功能富集分析方法对于解析各种基因的调控功能和互作网络起到非常重要的作用。但这些方法的一个很大的局限性就是只能针对蛋白质编码进行进行分析。
NAome·2023-04-05 16:54

单样本的GSEA(ssGSEA)

ssGSEA原理：首先有一个样本的表达数据，一列为基因，一列为表达值；然后对样本的所有基因按表达水平进行排序，获得所有基因中的秩次rank，这些基因的集合为BG(背景基因集)；假设要对其进行KEGG的分析
夕颜00·2023-04-05 13:02

展示DAVID富集分析结果中感兴趣的GO条目和KEGG通路

相信大家对GO和KEGG富集分析并不陌生，有时候富集分析会得到很多显著的结果。全部展示，版面不够。但是如果只展示前几个显著的GO条目或者KEGG通路的话，跟自己研究的对象相关的又不在里面。
生信交流平台·2023-04-05 02:34

RNA-seq入门实战（七）：GSEA——基因集富集分析

本节概览：1.GSEA简单介绍2.创建GSEA分析所需的geneList，包含log2FoldChange和ENTREZID信息3.利用clusterProfiler进行GSEA富集GO与KEGG通路4
嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-04 14:38

【实战】R语言绘制GO富集分析弦图

从数据的下载，整合到差异表达分析，从GO和KEGG富集分析，火山图绘制到ceRNA网络构建，我们都是用的这套数据。新版TCGA数据库RNAseq数据下载新
生信交流平台·2023-04-01 02:33

转录组分析(11) - GO/KEGG富集分析(1)

简介bioconductor介绍Github介绍clusterProfiler-book分析模式生物clusterProfiler提供20种模式物种的GO与KEGG功能富集与注释，可直接下载使用。
半夜一更·2023-04-01 01:50

根据Knumbers注释爬取KEGG对应KO号和pathway name

背景手头有KEGG对应各个基因的注释文件（注释可以参考KAAS注释流程)，但没有对应的KO号，需要得到相应的KO号做富集分析Pythonscript用selenium+xpath爬取，试了下发现KEGG
精神秃头生信小伙儿·2023-03-30 02:34

基因功能注释

官方非冗余蛋白数据库，包括PDB,Swiss-Prot,PIR,PRF;如果要用DNA序列，就是nt库Pfam:蛋白结构域注释的分类系统Swiss-Prot:高质量的蛋白数据库，蛋白序列得到实验的验证KEGG
斩毛毛·2023-03-29 20:50

circleplot展示GO富集分析结果

小编前面给大家介绍过☞GO简介及GO富集结果解读☞四种GO富集柱形图、气泡图解读☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图☞GO和KEGG富集分析视频讲解小编前面也用了好几期的内容来给大家介绍。
生信交流平台·2023-03-29 09:07

关于KEGG报错问题的解决

一：最近，KEGG用起来会出现报错，如下所示：failtodownloadKEGGdata...Errorindownload.KEGG.Path(species):'species'shouldbeoneoforganismslistedin'http
生信~鱼·2023-03-29 05:58

KEGG报错--No gene can be mapped

找到的相关链接处理办法如下：https://mp.weixin.qq.com/s/q2Mwrnaov4xBahaJQPGY-w报错过程：首先，我们知道进行KEGG分析之前需要转换基因名（SYMBOL->
劳工搬砖记录bot_ssprott·2023-03-29 05:25

R中函数enrichKEGG报错Error in download.KEGG.Path(species) :‘species‘ should be one of organisms listed in

在R中用enrichKEGG函数进行富集分析时，发现一直报错，尝试修改网络，导入library(DO.db)等网上的解决方法时都没有用，还是出现如下报错，>kegg=enrichKEGG(genes$ENTREZID
小羊小羊，遇事不难·2023-03-29 05:22

【R语言】——基因GO/KEGG富集分析!超级简单的保姆级教程！

和“【R语言】——基因GO/KEGG功能富集结果可视化（保姆级教程）”介绍如何使用DAVID在线分析工具对基因进行GO/KEGG功能富集分析和使用Rggplot包对获得的基因GO/KEGG功能富集结果进行可视化
在打豆豆的小潘学长·2023-03-29 05:22

用R语言对基因进行KEGG分析（附详细代码）

1、所需的数据类型（只需要一列geneid即可分析）2、分析代码：rm(list=ls())genelist<-read.csv("C:/Users/user/Desktop/结果文件/pathway/数据更新/gene.csv",header=TRUE)install.packages('R.utils')getOption("clusterProfiler.download.method")#
佛系盼毕业·2023-03-29 05:21

R语言：GO富集和KEGG富集、可视化教程，附代码

R语言：GO富集和KEGG富集、可视化教程，附代码小白一枚，博客仅用于记录自己的学习历程，参考了很多代码，感觉有些代码太复杂了，根据自己的喜欢进行了部分改动。
是二月啊·2023-03-29 05:20

KEGG enrichment富集分析我至今搞不懂原因的问题

最近做了人类和小鼠的RNAseq分析，在做KEGGenrichment同时遇到相同的报错，特地截图如下：没错，就是说，Errorindownload.KEGG.Path(species):'species'shouldbeoneoforganismslistedin'http
wangyiqi806643897·2023-03-29 04:32

clusterprofiler包进行GO与KEGG富集分析

RNA-seq寻找到差异基因后，对比GO与KEGG库进行差异分析rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)DEG<-read.csv('.
twistti·2023-03-29 04:28

富集分析--R包--clusterProfiler下载安装与报错分析解决

clusterProfiler包功能也比较强大，主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。但clusterProfiler包依赖的包很多，不仅安装过程复杂、耗时长，而且经常出现各种各样的错误。
Tian問·2023-03-29 04:22

关于KEGG报错找不到物种的解决办法

clusterProfiler包最近变得奇怪起来了，经常找不到物种从网上汇总了一下解决办法，就是修改clusterProfiler包里面下载数据库的option建明：library(R.utils)R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method",'auto')Y叔官方R.utils::setOption("clusterProfiler.d
咋回事儿啊？·2023-03-29 04:51

使用kegg数据库的一点见解

使用kegg数据库的一点见解对kegg这个数据库感兴趣主要是看到Jimmy之前在推文中讲到做GSEA分析还是用kegg原始数据库好，因为msigdb这个数据库关于通路的数据是比较老的。
Jorth_1·2023-03-29 04:02
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