KEGG

RNA-seq实战(下)_数据可视化、GO/KEGG分析

前言：写这篇文章的目的是为了梳理一下学习思路，按部就班地仿生信菜鸟团和：Y大宽教程大纲，做归纳整理，即便再次运行，仍然遇到代码出错或者软件使用等诸多问题，是以为之记。MAplot详细关于Bland-Altman图具体含义，请移步至R语言：Bland-Altman分析连续变量的一致性评价>plotMA(res,ylim=c(-2,2))>topGenewith(res[topGene,],{+poi
谢俊飞·2023-10-31 01:49

ggplot2绘制KEGG富集散点图

散点图是KEGG富集分析结果的图形化展示方式。在此图中，KEGG富集程度通过richfactor,qvalue和富集到此通路上的基因个数来衡量。
Seurat_Satija·2023-10-29 18:57

转录组从下机数据到GO、kegg、GSEA

所有的命令粘贴于此，用于快速完成分析任务。具体软件参数，见转录组全新学习之总篇clusterProfiler小试牛刀#!/bin/bash#复制下机数据到新的文件夹data,尽量避免操作原始文件~/disk/lyb/find./Cleandata-name'*fq.gz'|xargs-icp{}./data#以下内容运行目录~/disk/lyb/data/#1.质控fastqc*.fq.gz-t8
wo_monic·2023-10-29 13:55

如何获取GO和KEGG注释、描述信息

在非模式生物中，我们想要获取相应物种的GO或KEGG注释信息，或者描述信息的渠道很少。数据分布不集中，需要我们花费很长时间去收集，整合，才能得到相应的信息去做功能富集分析。
生信小白杀手·2023-10-28 06:34

【单细胞转录组】KEGG通路反推基因列表

#寻找通路和基因的关系library(clusterProfiler)mmu_kegg<-clusterProfiler::download_KEGG("mmu")names(mmu_kegg)head
Geekero·2023-10-26 06:04

KEGG通路图绘制 | ggpathway包

「一边学习，一边总结，一边分享！」写在前面今天在GitHub中看到一个ggpathway的包，主要可以制作通路网络图，或是进一步优化的话，可以进行个性话制作。操作步骤在GitHub中已经很详细。自己也照葫芦画瓢进行运行一下。GitHub网址：https://github.com/cxli233/ggpathway「获得本教程代码链接：」任意赞赏即可获得绘图1，导入所需R包library(tidyv
小杜的生信筆記·2023-10-23 00:29

DTI综述（更新中）

DTI综述Databases(包括但不限于文章中的)DATABASEDESCRIBEBindingDB有详细的drug信息和对应的target，V5.1.7包括13791个drugentries(DTI)KEGG
白蜡虫可·2023-10-20 01:02

我还要傻傻地获取KEGG和GO富集分析通路中的基因名嘛？

今天在做富集分析的时候遇到下面的一个报错：wrongorderByparameter;settodefaultorderBy="x"ErrorinDOSE::setReadable(kk,OrgDb="org.Hs.eg.db",keytype="ENTREZID"):参数没有用(keytype="ENTREZID")image-20200305165416509先理解一下这个参数没有用，到底是没
小梦游仙境·2023-10-19 18:59

GEO生信数据挖掘（八）富集分析（GO 、KEGG、 GSEA 打包带走）

目录数据展示GO富集分析-对基因名称映射基因IDGO富集分析-从org.Hs.eg.db库中去匹配基因KEGG富集分析（不详细讲了看注释）GSEA富集分析更多复杂的图（关联网络图、八卦图、弦图）数据展示差异基因计算完
人工智能学术前沿（真)·2023-10-17 05:52

GEO数据挖掘之使用clusterProfiler进行GO/KEGG富集分析

clusterProfiler是一个功能强大的R包，同时支持GO和KEGG的富集分析,是生信技能树[生信爆款入门课程]GEO数据挖掘的重点。为拓展课堂所学知识，现在找一个数据集对他们做下练习总结。
Seurat_·2023-10-15 06:12

Echarts绘制差异代谢产物分类与KEGG通路分类的旭日图

旭日图有利于简洁明了的展示多层次结构数据准备工作对公司返回回来的代谢组结果进行整理，在MSMS二级质谱结果中找到需要分析组别的csv格式文件，直接用excel打开（p值过滤后的数据）在总表的结果文件中找到全部物质的KEGG
twocanis·2023-10-14 13:03

用ggplot2画Pathway气泡图

这里我是用代谢组结果做的KEGG分析，所以是代谢物数量，如果用转录组做，则是基因数量。
Cdudu·2023-10-13 15:06

【转录组学】如何进行一步到位的fastq到差异分析，kallisto拯救你(一)

的trimmomatic/cutadapter/华大fastqc->tophat->cufflink->cuffmerge->cuffquant（较差）/RSEM->DESeq2/edgeR->GO/KEGG
xizzy·2023-10-09 05:02

【R语言】四种风格展示DAVID GO富集分析结果

小编前面也用了好几期的内容来给大家分享如何零代码做GO和KEGG富集分析，主要用到的是DAVID这个网页工具，并且零代码展示GO和KEGG富集分析的结果，主要用到的是Excel。
生信交流平台·2023-10-08 04:31

ggkegg | 用这个神包玩转kegg数据库吧！~（一）

1写在前面好久没更了，实在是太忙了，值班真的是根本不不睡觉啊，一忙一整天，忙到怀疑人生。最近看到比较的就是ggkegg包，感觉使用起来还是有一定难度的。和大家分享一下使用教程吧，还有一些小坑。2用到的包rm(list=ls())library(ggkegg)library(ggfx)library(ggraph)library(igraph)library(clusterProfiler)libr
生信漫卷·2023-10-07 23:53

原来基因功能富集分析这么简单

本期主要介绍了基因功能富集分析的一些基础概念，同时介绍如何使用DAVID在线分析工具对基因进行GO/KEGG功能富集分析。什么是基因功能富集分析？
在打豆豆的小潘学长·2023-09-28 23:40

KEGG 通路富集分析图解

KEGG通路富集分析KEGG数据库KEGG（京都基因和基因组百科全书）数据库是日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立了的生物信息学数据库。
荞麦agan·2023-09-28 23:05

转录组分析——如何寻找差异基因中的中枢基因（hubgene）

如果你经常阅读文献或者对生信分析了解过一段时间，就会知道我们一般会从两个方向去看①GO和KEGG富集寻找感兴趣的通路②利用Cytocape及STRING数据库进行PPI
糕糕python·2023-09-28 05:22

基于宏基因组的功能挖掘：碳水化合物活性酶（CAZymes）注释

基于宏基因组数据，可以通过NR数据库进行物种注释，还可以进行功能挖掘，比如通过KEGG数据库来挖掘代谢通路、根据COG注释结果对蛋白进行功能归类，通过CAzyme可以得到碳化合物合成、代谢、转运等酶的分类和相关信息
SHANGHAILINGEN·2023-09-26 18:59

医学专题-多组学在疾病发生发展过程中的研究思路

通过一系列的关联分析，如表达量相关性分析、表达量聚类分析、GO和KEGG富集分析等，筛选发生变化的关键通
bioyigene·2023-09-25 10:22

KEGG信号通路富集分析

KEGG信号通路富集分析当我们手头有转录组测序后的差异分析数据后，想更进一步的去分析这些差异基因在信号通路富集情况，其中一种办法是使用KEGG网站进行信号通路富集分析。
MurphyStar·2023-09-22 19:43

KEGG、GO富集分析与GSEA并不是二选一

最广为人知的富集分析做法是把上调、下调基因分别或者合并，拿来做GO和KEGG富集分析。经常有一些数据集，拿差异基因做得不到结果，那是因为确实富集不到任何通路，是正常的。
小洁忘了怎么分身·2023-09-21 18:39

GO和KEGG富集结果如何显示基因symbol

前面在讲GO和KEGG富集倍数（FoldEnrichment）如何计算时，给大家简单介绍过GO富集分析结果如何看。
生信交流平台·2023-09-21 16:31

16S测序分析（六）用PICRUSt预测菌群KEGG代谢通路

导读PICRUSt(PhylogeneticInvestigationofCommunitiesbyReconstructionofUnobservedStates)的原理基于已测细菌基因组的16SrRNA全长序列，推断它们的共同祖先的基因（同源基因）功能谱，对Greengenes数据库中其它未测物种的基因功能谱进行推断，构建古菌和细菌域全谱系的基因功能预测谱，最后，将测序得到的菌群组成“映射”到
小白菜学生信·2023-09-16 01:41

【R语言】绘制GO富集分析弦图

前面给大家讲解过GO和KEGG富集分析，以及柱形图和气泡图展示富集分析结果。
生信交流平台·2023-09-14 03:08

DESeq2差异分析和后续的KEGG、GO富集分析

今天的随笔主要涉及运用DESeq2对基因进行差异分析，先上代码：#差异表达-----------------------------------------------------------------------------------BiocManager::install("DESeq2")library(DESeq2)##这里导入了mRNA或miRNA的矩阵---------------
张玮恩·2023-09-10 19:51

在线作图|如何绘制一张气泡图

在生信分析中，GO/KEGG功能注释和富集分析气泡图是比较常见的。imageQuestion2：如何不使用R绘制气泡图
维凡生物·2023-09-10 10:55

R语言ggplot2画气泡图展示富集分析的结果

比如下图image.png示例数据集还是之前的KEGG富集分析结果。
小明的数据分析笔记本·2023-09-10 10:23

零代码GO富集分析—一张图展示BP,MF,CC

小编前面给大家详细介绍了☞GO和KEGG富集分析视频讲解☞GO简介及GO富集结果解读☞四种GO富集柱形图、气泡图解读☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图☞KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图当然主要用到的是
生信交流平台·2023-09-07 19:21

使用蛋白ID如何进行KEGG和GO富集分析

事由起因昨天，有个童鞋咨询如何使用蛋白ID进行功能富集分析，功能富集分析主要是KEGG和GO。
小杜的生信筆記·2023-09-04 16:44

生物数据库之专项数据库

一、京都基因与基因组百科全书KEGGKEGG，全称京都基因与基因组百科全书（http://www.genome.jp/kegg）。它是关于基因、蛋白质、生化反应以及通路的综合生物信息数据库。
yhh_hygge·2023-09-03 11:30

KEGG 数据本地化中遇到的问题及解决方案[2020-05-22]

问题：使用createKEGGdb包创建的KEGG.db_1.0.tar.gz无法安装。一部分问题是由于windows用户没有安装Rtools软件导致的，通过安装Rtools软件可以解决。
茶思饭·2023-09-02 21:25

三十六策 第 14 策 三才合一

三十六策第14策三才合一三十六策第14策三才合一KEGG把通路分为七大类，是全面覆盖的分法:第一类是代谢;第二类是遗传信息传递，包括基因转录、翻译、蛋白转运、降解等;第三类是环境信息传递，包括膜转运和信号传导
Kururu1799·2023-09-02 09:13

生物笔记——暑期学习笔记（三）

字符串处理3.练习二、生信篇1.blast基因家族鉴定2.hmm鉴定3.理化性质与亚细胞定位4.基因重复类型分析5.家族成员染色体位置分析6.基因组共线性分析7.多序列比对，构树8.Ka/Ks分析9.GO、KEGG
星石传说·2023-08-30 21:08

【R语言】DAVID KEGG富集分析结果可视化

小编前面也用了好几期的内容来给大家分享如何零代码做GO和KEGG富集分析，主要用到的是DAVID这个网页工具，并且零代码展示GO和KEGG富集分析的结果，主要用到的是Excel。
生信交流平台·2023-08-23 05:02

生信豆芽菜-差异基因富集分析

网址：http://www.sxdyc.com/enrichmentEnrich该工具使用R语言的clusterProfiler包对关键基因集进行GO和KEGG富集分析，注意这个的关键基因集可以是差异基因
木之如水·2023-08-18 00:13

GO，KEGG，DO 富集分析

whatisGeneOntology(GO)基因“本体论”对事物的分类描述，对基因的分类描述对基因的描述1、cellularcomponent,CC(基因存在于细胞质还是细胞核，是线粒体还是其他细胞器)细胞组成2、Biologicalprocess,BP（能够参与哪一个生物学过程，参与rna加工，复制等）生物学过程3、Molecularfunction,MF（分子功能上，催化什么反应，什么样的酶）
奔跑的Forrest·2023-08-15 23:01

R语言实现GSEA分析（1）

传统GO和KEGG富集分析，仅可观察到多数基因富集后所在的通路，但是这些同属一条通路的基因，有的上调，有的下调，不能总体上反应这条通路是抑制还是激活。
weixin_49320263·2023-08-15 08:45

RNA 11. SCI 文章中基因表达富集之 GSEA

GSEA和GO、KEGG
桓峰基因·2023-08-13 13:50

专治疗懒病：GO、KEGG富集分析一体函数

之前我们写过GO、KEGG的富集分析，参见：补充更新：GO、KEGG（批量分组）分析及可视化。演示了差异基因KEGG或者GO的分析流程。其实差异基因的富集分析输入的文件只需要一组基因就可以了。
TS的美梦·2023-08-11 11:37

非模式生物KEGG富集分析

写在前面因为我研究的物种比较小众，很多注释不完全，R包AnnotationHub中也没有对应信息，所以无法使用公共数据库进行kegg富集分析。
BioinfoFungi·2023-08-08 23:17

非模式生物KEGG富集分析

写在前面因为我研究的物种比较小众，很多注释不完全，R包AnnotationHub中也没有对应信息，所以无法使用公共数据库进行kegg富集分析。
BioinfoFungi·2023-08-08 23:17

【单细胞高级绘图】07.KEGG富集结果展示

如何获取注释算一个难点，我上一讲也已经讲过：KEGG通路的从属/注释信息如何获取。整个图反映的是有多少基因落到了对应的分类里面。辩证地看，整张图都是pathway注释，没有具体的pathway
TOP生物信息·2023-08-06 08:01

如果可以回到五年前，你会不会多发几篇这样的纯生信呢？

就单纯的GEO数据下载、差异分析、GO富集分析、KEGG富集分析、PPI分析就可以轻松发表SCI文章，根本不用担心发不出去，因为有大量的生信友好期刊等着接收你的文章。
SCI狂人团队·2023-08-05 09:34

GO分类条形图

R绘图脚本rm(list=ls())library(ggplot2)windowsFonts(myFont=windowsFont("TimesNewRoman"))setwd("D:\\data\\kegg_go_class
清水咸鱼·2023-08-05 02:29

怎么样创新可以让纯生信好发一些？可以参考这份答案

当别人还在做meta分析的时候（2015年），你作为第一批做纯生信的人，那个时候的纯生信绝对好发，随便下载GEO数据，简单做一下差异分析、GO分析、KEGG分析、PPI分析、生存分析就可以发表了，这就是创新的厉害之处
SCI狂人团队·2023-08-04 02:11

KEGG Pathway通路结果绘制气泡图

富集分析气泡图（Bubble图）:数据结构及代码getwd()setwd("D:/Desktop/")#查看和修改工作目录library(ggplot2)#加载ggplot2包pathway=read.csv("kegg.csv
小灰灰want_to_fly·2023-08-02 23:42

GO和KEGG学习笔记1（含R代码）

材料：一个只有genename的表格需求：KEGG富集分析背景功能富集分析：按照功能分类，将功能相近的基因/蛋白分到一起，并关联其生物学表型。
聪明如你啊·2023-07-26 15:56

一句代码同时运行多组富集分析

传统的富集分析的步骤是：计算出差异表达基因列表运行GO运行KEGG当然，也可以运行其他富集分析，比如DO，Wikipathways或者Reactome等等，然后再可视化结果，这里所有的操作都不能一次性运行
欧阳松·2023-07-25 14:57

11 KEGG通路绘制

一般来说KEGG数据库是一个很好的选择，但是KEGG数据库中的通路图是静态的图片，而有的时候我们会需要对于这些通路图做一些修改或是美化。下载KEGG数据首先我们需要将相关通路的数据下载下来。
油炸椒盐菠萝·2023-07-24 14:06
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