KEGG 第4页

使用R语言包clusterProfiler做KEGG富集分析时出现的错误及解决方法

使用enrichKEGG做通路富集分析时，一直报错：显示Nogenecanbemapped....k<-enrichKEGG(gene=gene,organism="hsa",pvalueCutoff=1,qvalueCutoff=1)但是之前用同样的基因做分析是能够成功地富集到通路，即便是网上的数据会更新，也不可能变化的这么大吧，我换了一组基因，出现相同的问题。去B站视频教程的评论去找答案，发现

HJ_Tan·2023-03-29 03:59

2022-09-19一张图画多个KEGG富集结果

输入文件示例；Species用于指定不同的分组脚本library(ggplot2)pathway=read.csv("kegg1.csv",header=TRUE,check.names=FALSE)head

AsuraPrince·2023-03-26 02:25

R 下载和整理KEGG ORTHOLOGY文件

登录KO(KEGGORTHOLOGY)Database，进入下图页面：image.png点击进入KEGGOrthology(KO)，进入下图界面：image.png右键复制链接，读入R来解析json文件。library(rjson)library(jsonlite)library(tidyverse)KO%unnest(cols=c("children.name","children.childr

leoxiaobei·2023-03-25 17:23

GEO数据挖掘基本流程与代码

找到GSE编号2.下载数据（表达矩阵、临床信息、分组信息）3.数据探索（分组之间是否有差异，PCA、整个数据的热图）4.limma差异分析及可视化（P值、logFC，火山图、差异基因的热图）5.富集分析KEGG

嗷呜嗷呜www·2023-03-24 06:18

gene ID / Gene Symbol / Ensembl ID

因为entrezID相对稳定,所以也被其他数据库,如KEGG等采用。不同物种的同一个基因的GeneID是不同的。NCBI的RefS

期待未来·2023-03-23 08:10

2022-2-18 杨梦琳，周小青，伍大华，张运辉，郑彩杏，童天昊. 基于网络药理学的丹参-川芎药对治疗阿尔茨海默病的作用机制分析[J]. 天然产物研究与开发, 2021, 33(08): 13...

2.有效成分：丹参（丹参酮ⅡA）阿魏酸，川芎（川芎嗪）3.药物对细胞炎症反应的影响：elisa法测定IL-1β、IL-6、TNF-α的含量4.GO功能分析和KEGG通路分析：靶点，信号通路

吃饱才有光明未来·2023-03-23 01:46

对水稻（模式物种）进行kegg富集分析

水稻蛋白的两种命名方式：LOC4334374（ncbigeneid）或LOC_Os01g01010.1（MSU(LOC_OsID)）和Os04t0485300(RAP(OsID))，可能下载的不同的版本所以需要涉及到id的转换。在水稻中有一些网页工具能完成ID的转换，如EnsemblePlants(http://plants.ensembl.org/index.html)，RAP-Db(https

多啦A梦的时光机_648d·2023-03-21 07:55

转录因子富集分析

转录因子富集分析转录因子因子富集分析背后的原理与GO，KEGG等富集分析是一样的。这里还是使用Y叔的R包“clusterProfiler”。

Neal_Bio·2023-03-20 12:59

更新go和kegg注释

非模式物种step1:注释把本物种的蛋白序列用diamond到eggnog数据库比对##/home/lx_sky6/software/eggnog-mapper-2.1.8/emapper.py-iGCF_905147795.1_ilPieRapa1.1_protein.faa-mdiamond-oeggnog--cpu60拿到eggnog的注释结果记得吧以#开头的行全部删掉step2:构建自己的

多啦A梦的时光机_648d·2023-03-20 01:20

转录组不求人系列(十二): Cell文章最喜欢用的差异基因GO、KEGG富集分析工具

对于转录组分析，差异基因筛选完成后，就算是成功一大半了。接下来就可进行下游分析了。首先最常见的就是对上下调基因的富集分析了，富集分析我们之前出过一期R语言版本的：clusterProfiler：基因功能富集分析的惊喜之作这里就不再赘述了，我们介绍一款NCS文章比较喜欢的、出现率较高的功能富集工具---Metascape(https://metascape.org/gp/index.html)。图片

KS科研分享与服务·2023-03-19 01:07

Biostar handbook学习笔记四

,gff,GenBank常用序列数据库:美国国立生物技术信息中心(NCBI)欧洲生物信息学中心(EBI)DDBJ常用基因功能数据库:基因本体数据库（GeneOntology）京东基因与基因组百科全书（KEGG

简书蚕账号·2023-03-18 17:06

富集分析GO，KEGG，DO等

市面上公司做RNA-Seq的一般流程是：tophat2--->Cufflinks--->Cuffdiff--->Rtophat2是把reads回帖到基因组上；Cufflinks在计算基因表达量；Cuffdiff比较control和treatment找差异基因（生成一个数据框）后面的富集分析，一般只做GO分析，KEGGpathway分析，最多再做一个DO分析，公司一般用的是已经成熟的database

Seurat_·2023-03-15 07:56

如何使用KAAS进行KEGG注释

使用KAAS做KEGG注释标签：KEGG，RNAseq，bioinformatics什么是KEGG中文名:京都基因与基因组百科全书外文名:koytoEncyclopediaofGenesandGenomes

ShawnMagic·2023-03-14 10:53

分级KEGG富集pathway图绘制

最近在基迪奥平台上看到了这张KEGG富集信息图，刚好手头有批现成的转录组数据，刚好绘制一下给富集图换换风格~~image.png准备输入文件平台上的输入文件是直接可以用来出图，这里前期我们需要对结果调整一下

凯凯何_Boy·2023-03-13 17:26

15.KEGG富集分析R语言代码及5种图的绘制

一、举例回顾本节所使用GSE1009数据集，已经用limma包进行差异分析，现对DEGs做GO富集分析。GSE1009数据集介绍：样本量：共6个样本，其中后3个为糖尿病肾病(DN)肾小球样本，前3个为正常肾小球样本。使用芯片：AffymetrixHumanGenomeU95Version2Array。平台：GPL8300。DEGs:共有66个DEGs（diffsig）,22个上调(diffup),

NiKasu·2023-03-09 22:43

8.补体级联系统在腹主动脉瘤中的作用

GSE7084样本:smallAAA:20bigAAA:29AOD:9control:10分析方法:DEG:GeneSpringGXversion11.5.1(≥2.0-fold,adjustedP<0.05)KEGG

D2聚体·2023-02-19 01:45

kegg在线链接图的颜色设置 2021-07-08

一般来说，有了kegg的ID，就可以直接去官网查看具体的通路图片，但是需要把差异基因给标注上去，就有点麻烦了，我以前做过类似的工作，结果没有做笔记，这次相当于重新造了个轮子，好惨！

python明·2023-02-18 23:31

六、GEO差异基因功能注释之KEGG和GO

inner_join）library(clusterProfiler)library(org.Hs.eg.db)#Hs代表人类s2e%filter(pvalue%#筛选行mutate(group=-1)#新增列up_kegg

芋圆学徒·2023-02-17 21:36

转录组不求人系列(十三): GO、KEGG富集个性化作图

当富集分析完成，拿到如下的分析结果后，就可以进行作图了。图片富集分析结果的可视化无非就是柱状图和气泡图，但是公司默认出图实在是太丑，所以还是自己动手修改修改。一、常规柱状图（ggplot2）横轴为genecounts，或者用-logP也行，填充相应的用P值或者genecounts。ggplot画图的好处就是可以进行很多调整。setwd("F:/生物信息学")A<-read.csv("GO.csv"

KS科研分享与服务·2023-02-16 22:48

基于神包clusterProfiler的ID转换+MSigDb+KEGG分析的shiny小工具

library(shiny)library(shinythemes)library(DT)ui<-fluidPage(theme=shinytheme("paper"),titlePanel("GSEA-KEGG

美式永不加糖·2023-02-07 13:39

PICRUSt2功能预测分析

“功能”通常指的是基因家族，如KEGG同源基因和酶分类号，但可以预测任何一个任意的特性。同样，预测通常基于16SrRNA基因测序数据，但也可以使用其他标记基因。

微基生物·2023-02-07 11:23

非模式生物富集分析实践-创建OrgDb包

非模式生物富集分析文章目录非模式生物富集分析非模式菌株搜索方法创建OrgDb包GO富集分析KEGG富集分析非模式菌株搜索方法library("AnnotationHub")require("AnnotationHub

黑曜、·2023-02-06 09:47

根据RNA-seq差异基因进行GSEA分析

如果你觉得GO或KEGG不够解释，或许可以试试GSEA具体内容参考这篇#GSEAanalysissteps#得到差异分析结果DESeq2_DEG=as.data.frame(read.table("路径

没有猫但是有猫饼·2023-02-04 19:37

用clusterProfiler包进行KEGG富集分析遇到Error记录

ekegg<-enrichKEGG(diff_gene_DESeq_transID$ENTREZID,keyType="kegg",organism="mmu",pvalueCutoff=0.05,pAdjustMethod

青春宝宝宝·2023-01-29 23:36

非肿瘤生信机器学习+实验验证思路，轻松发表4到5分SCI论文

这些都不是问题，现在我们手把手分享一下非肿瘤生信机器学习+实验验证的思路，具体分析步骤如下：分析流程第一步，差异分析第二步，GO、KEGG富集分析第三步，lasso回归分析第四步，SVM-RFE分析（支持向量机递归特征消除

SCI狂人团队·2023-01-29 08:10

DAVID富集分析及R语言可视化

genesymbol为例DAVID：https://david.ncifcrf.gov/进入之后跟着以下步骤操作即可选择相应物种，以人和小鼠为例，载点击Submit一般是进行GO（BP\CC\MF）、KEGG

KRJ_Q·2023-01-28 18:25

R语言跑kegg报错，这是为什么呢

运行后一直出现这个ReadingKEGGannotationonline:failtodownloadKEGGdata...Errorindownload.KEGG.Path按照Jimmy老师的办法，还是解决不了

逍遥小小圣·2023-01-28 05:46

KEGG通路的从属/注释信息如何获取

起因是我准备更新一下自己的kegg富集结果展示图，之前一直画的这种图，略显朴素了。

TOP生物信息·2023-01-26 18:35

GO和KEGG富集分析详细步骤

GO和KEGG富集分析文章目录GO和KEGG富集分析@[toc]1.将差异表达结果的基因名称转化为id2.GO富集分析3.GO圈图绘制4.KEGG富集分析5.KEGG圈图绘制1.将差异表达结果的基因名称转化为

涂apple·2023-01-19 08:46

通过引用关系构建药物-症状-疾病三元组挖掘隐含的药物-疾病关系

概述作者通过对PubMed上2011年初到2015年底收录的有关大肠癌的文章进行文本挖掘，采用了共现和引用两种方式构建了药物-症状-疾病三元组，从而挖掘出可能存在的药物-疾病关系，并通过CTD和KEGG

pcl137·2023-01-05 21:03

KEGG_cnetplot绘制基因—通路图（展示想要的通路）——R

以KEGG富集结果为例首先进行KEGG富集分析library(clusterProfiler)de_ekp<-enricher(gene,TERM2GENE=pathway2gene,TERM2NAME

紫霄zixiao·2022-12-25 16:22

2018年推文合集

1.KEGG数据库KEGGOrthology数据库简介KEGGBrite数据库KEGGModule数据库KEGGCOMPOUND数据库KEGGEnzyme数据库KEGGReaction数据库KEGGDisease

生信修炼手册·2022-12-12 14:55

R语言爬取HMDB，获取关键代谢物相关代谢通路

dr_yingli·2022-12-08 16:52

geo数据差异分析_使用GEO数据库来筛选差异表达基因，KOBAS进行KEGG注释分析

前言本文主要演示GEO数据库的一些工具，使用的数据是2015年在NatureCommunications上发表的文章Regulationofautophagyandtheubiquitin-proteasomesystembytheFoxOtranscriptionalnetworkduringmuscleatrophy.[pubmed:25858807]作者通过将FoxO1-3-4-floxed

一簇金银花·2022-12-04 16:48

生信学习——GEO数据挖掘

步骤STEP1：表达矩阵ID转换STEP2：差异分析STEP3：KEGG数据库注释完整代码写在前面——按照生信技能树的学习路线，学完R语言就该学习GEO数据挖掘了。

Dzfly..·2022-11-25 00:47

2018年SCI论文--整合GEO数据挖掘完整复现七：DAVID在线工具进行KEGG富集分析

文章目录论文地址DAVID官网获得KEGG富集分析结果气泡图cytoscape软件绘制代谢通路网络图准备输入文件networkdatatabledata输入network文件输入table文件设置风格、

obwte·2022-11-23 19:23

微生信在线绘制KEGG Pathway通路分类汇总图

在KEGG官网（KEGGPATHWAYDatabase）中，将通路分成了7类：1.Metabolism（代谢）2.GeneticInformationProcessing（遗传信息处理）3.EnvironmentalInformati

余丁，微生信·2022-11-21 14:12

桑吉气泡图 -- KEGG富集气泡图升级版，5维展示富集结果

Kegg通路或者GO本体论富集分析是基因功能注释最常见的分析，结果可以以多种形式展示，最常用的包括：条形图/bar图，气泡图/dot图等，其中气泡图输入数据一般包括以下4个维度的信息：名字，富集倍数（或者

余丁，微生信·2022-11-21 14:42

php 生存分析,HPA数据库08.做生存分析

；临床标本从蛋白水平确认(或HPA数据库)，很重要；Kaplan-MeierPlotter从临床意义的角度阐明其重要性；cBio-portal数据库做基因组学的分析(机制一)；STRING互作和GO/KEGG

是那个Tina·2022-11-02 11:24

单细胞之富集分析-5：一张图展示多组富集分析结果

单细胞富集分析系列：单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程单细胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析单细胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及绘图单细胞之富集分析-4：分组水平GSVA文献里经常看到这样不同组的通路选择性的一起展示的点图

Hayley笔记·2022-09-23 21:00

宏基因组 - (3)使用KofamKOALA对非冗余基因集进行KEGG注释

0.仅作笔记使用我所用到的所有脚本可以+Q840842906索简单介绍一下方向也可以，说不定以后能互相帮忙～1.这个工具有在线网页版，当然KEGG注释还有其他很多工具可以选择比如Diamond，KAAS

深山夕照深秋雨OvO·2022-09-15 22:21

RNA-seq入门实战（六）：GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略

本节概览：1.获取DEG结果的上下调差异基因2.bitr()函数转化基因名为entrezID3.利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集4.用enrichplot进行富集结果可视化：pathviewgoplotbarplotdotplotcnetplotemapplottreeplotheatplotupsetplot

嘿嘿嘿嘿哈·2022-07-26 23:31

GEO数据挖掘（三）使用DAVID数据库进行GO、KEGG富集分析

首先整理好前面已经处理好的差异基因数据，部分基因截图如下：1.png打开DAVID网站：https://david.ncifcrf.gov/home.jsp2.png点击StartAnalysis进入下一页面。3.png依次真好箭头所指内容，最后点击提交。4.png点击箭头处开始分析。5.png6.png点击Chart进入下载页面7.png8.pngCtrl+A进行全选再复制到一个TXT文件，然后

生信开荒牛·2022-07-24 20:14

非模式生物本生烟草 (Nicotiana benthamiana) GO/KEGG富集分析 | 转录组

AnnotationHub中没有本生烟草数据库，只好自己构建，再利用Y叔的clusterProfiler包做富集分析了。首先参考非模式生物富集分析，进行数据库构建，这里我egg-NOGmapper上传的是本生烟草基因组蛋白序列进行注释，大概半小时就完成了。注：parse_eggnog.py-O参数我给的是nta，即Nicotianatabacum(commontobacco)，来过滤掉不靠谱的通路

kkkkkkang·2022-07-15 11:59

单细胞之富集分析-4：分组水平GSVA

单细胞富集分析系列：单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程单细胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析单细胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及绘图1.数据和基因集准备library(Seurat

Hayley笔记·2022-07-01 10:15

单细胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及绘图

单细胞富集分析系列：单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程单细胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析单细胞富集分析我最常用的是分组GSVA，但最近用到了GO分析，就复习一下GO和KEGG富集分析及绘图

Hayley笔记·2022-07-01 10:12

RNA-Seq(9)：使用GSEA做GO/KEGG富集分析

最广为人知的富集分析做法是把上调、下调基因分别或者合并，拿来做GO和KEGG富集分析。经常有一些数据集，拿差异基因做得不到结果，那是因为确实富集不到任何通路，是正常的。

Z_bioinfo·2022-06-30 19:11

基因ID转换方法总结

1.clusterProfiler包，bitr()转换ID函数clusterProfiler是Y叔写的一个功能强大的R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、DO（DiseaseOntologyanalysis

Hayley笔记·2022-06-30 09:30

富集分析：（一）概述

在预先构建好基因注释数据库(例如GO,KEGG等)已对背景基因集(N)根据生物功能或

·2022-06-26 17:44

Tools:eggnog-mapper全新的功能注释工具,构建自己的Orgdb数据库

主要使用环境是：用于注释新的基因组、转录组、微生物（宏基因组）最新版本的是V2版本github新增加了GO、KEGG的数据库优点是：使用的是直系同源的序列进行功能注释使用conda安装emappercondainstall

wo_monic·2022-05-16 15:32

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