KEGG

差异代谢物的KEGG通路展示

导读关于如何将差异分析所得（上调或者下调）的代谢物进行KEGG通路的一个展示，除了利用大家熟知的Metaboanalyst[1]，以及R软件包Pathview[2]之外，今天在公众号“omicsPie组学派
Dayueban·2019-11-27 23:15

【陈巍学基因-2】RNA-seq

欢迎关注oddxixRNA-seq是高通量测序中最常见的一种应用，本期视频介绍其：1.方法原理2.生物信息分析表达差异（1）火山图展示（2）聚类分析（3）GO分析（4）Pathway分析（KEGG分析）
oddxix·2019-11-07 19:20

最有诚意的GEO数据分析教程！

现在对其进行注释，并增加KEGG分析的内容，力求能让他变成最有诚意的GEO数据分析教程，文末还录制了一个友好的导学视频，希望物尽其用。
果子学生信·2019-11-03 02:36

如何获取KEGG Pathway上一个pathway的gene list

)library(org.Hs.eg.db)library(tidyverse)hsa_path_eg%tibble(pathway=.,eg=sub("hsa:","",names(.)))hsa_kegg_anno
坐看云起时zym·2019-10-25 11:23

单细胞数据挖掘||Pathway and Network Analysis of Gene List

在单细胞转录组数据分析过程中我们我们是通过基因的表达和结构来描述细胞（群）的状态的，那么哪些基因是主要的，他们又是如何表现的，其实不是单因素能够说明的，所以之前开发的基于数据库的kegg/go等通路富集分析以及基于此的网络分析就派上用场
周运来就是我·2019-10-19 11:32

pathway注释

输入：cufdiff生成的差异基因列表（log2fold_change的绝对值>1,pvalue<0.01）目的：在KEGG网站中，利用KEGGmapper工具进行pathway注释。
zypiner·2019-10-17 09:00

硬着头皮往下走PCA|GSEA

TumorEvolutionandDrugResponseinPatient-DerivedOrganoidModelsofBladderCancerFigures:PCAssGSEA其实，是很简单的处理：差异分析后提取top1000进行PCA，要表达的意思是，tumor和TCGA的tumor能聚在一起；对差异基因进行GSEA的KEGG
Juan_NF·2019-08-28 10:25

如何利用clusterProfiler获取最新的KEGG和基因对应关系

Y叔的clusterProfiler的一大优点就是能够利用最新的KEGG数据库，而不是停留在最后一个公开版的KEGG数据库(2011-5-15).大部分情况下，大家都是直接用enrichKEGG()或者
xuzhougeng·2019-08-25 17:00

定量蛋白组生信分析

1）蛋白功能注释目前提供注释的通用功能数据库主要有GO、KEGG、COG等。通过利用这些数据库对鉴定到的蛋白质进行功能注释，以了解不同蛋白质的功能特性，数据库注释结果统计见下图。
土豆学生信·2019-07-14 21:53

定量蛋白组生信分析

1）蛋白功能注释目前提供注释的通用功能数据库主要有GO、KEGG、COG等。通过利用这些数据库对鉴定到的蛋白质进行功能注释，以了解不同蛋白质的功能特性，数据库注释结果统计见下图。
土豆学生信·2019-07-14 21:53

GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)

富集分析方法ORAOver-representationanalysis过表达分析，常见的是GO富集分析和KEGG富集分析；FCSfunctionalclassscoring功能集打分，常见的是GSEA
Juan_NF·2019-06-18 22:02

ReactomeDB 和KEGG两个数据库的 PI3K-AKT signaling pathway gene set 区别

1.首先查看KEGG数据库PI3K-AKTsignalingpathwaygeneset详细说明查看如何拿到KEGG数据库的hsa04650Naturalkillercellmediatedcytotoxicity
土豆学生信·2019-06-02 18:08

ReactomeDB 和KEGG两个数据库的 PI3K-AKT signaling pathway gene set 区别

1.首先查看KEGG数据库PI3K-AKTsignalingpathwaygeneset详细说明查看如何拿到KEGG数据库的hsa04650Naturalkillercellmediatedcytotoxicity
土豆学生信·2019-06-02 18:08

GO KEGG画图

之前的步骤参考：https://www.jianshu.com/p/aeffb9791572用David得到了数据，接下来画几张美丽的图。GO有三个部分，BP，CC，MF。一般我们使用BP。但是这里我们想把三个部分都展示在图片当中。rm(list=ls())library(ggplot2)library(Cairo)library(grid)GO_BP<-read.table("Term.txt"
KK_f2d5·2019-05-22 16:44

GO KEGG画图

之前的步骤参考：https://www.jianshu.com/p/aeffb9791572用David得到了数据，接下来画几张美丽的图。GO有三个部分，BP，CC，MF。一般我们使用BP。但是这里我们想把三个部分都展示在图片当中。rm(list=ls())library(ggplot2)library(Cairo)library(grid)GO_BP<-read.table("Term.txt"
KK_f2d5·2019-05-22 16:44

用R做GO功能注释和KEGG通路富集分析

KEGG-GO主要是使用R中clusterProfiler包进行富集分析以及使用pathview包进行代谢途径整合和可视化。
爱笑的小牙·2019-04-19 14:08

多组KEGG富集分析结果怎么展示？

先上图在做完WGCNA之后，我锁定了两个模块，但是怎么展示这两组的KEGG结果又不会凌乱呢？我最后想到了如上图。
PriscillaBai·2019-04-10 16:13

Biological theme comparison—画出多样本比较的KEGG图

参考1：听说你也在画dotplot，但是我不服!参考2：Statisticalanalysisandvisualizationoffunctionalprofilesforgenesandgeneclusters#clusterProfiler这个包里面给出了样例数据rm(list=ls())library(clusterProfiler)library(ggplot2)#这个gcSample他是
五谷吃不完了·2019-04-05 15:13

5分钟看懂KEGG代谢通路图

做过转录组的同学肯定对KEGG代谢通路图不陌生，今天就跟大家分享怎么看懂KEGG代谢通路图，ko、map等开头的代谢图有啥区别？里面的点、线、不同颜色都代表什么含义。
组学大讲堂·2019-02-21 15:26

转录组数据库的基本使用（一）-GO数据库

目前在对转录组数据进行分析的时候，很多测序公司通常使用以下数据库：GOhttp://www.geneontology.orgKEGGhttp://www.genome.jp/kegg/NRftp://ftp.ncbi.nih.gov
Agarose·2019-02-18 17:18

如何使用R语言找出某一个通路的所有基因名字

本打算从这周开始先写一系列的生信基础概念知识，没想到很快就接到了大佬Jimmy老师的一个小任务：如何拿到KEGG数据库的hsa04650Naturalkillercellmediatedcytotoxicity
青盐_qingyan·2019-01-31 10:36

如何使用R语言找出某一个通路的所有基因名字

本打算从这周开始先写一系列的生信基础概念知识，没想到很快就接到了大佬Jimmy老师的一个小任务：如何拿到KEGG数据库的hsa04650Naturalkillercellmediatedcytotoxicity
青盐_qingyan·2019-01-31 10:36

如何拿到 KEGG数据库的 hsa04650 Natural killer cell mediated cytotoxicity这个通路的所有基因名字

KEGG是了解高级功能和生物系统（如细胞、生物和生态系统），从分子水平信息，尤其是大型分子数据集生成的基因组测序和其他高通量实验技术的实用程序数据库资源，由日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于
湖红点鲑·2019-01-30 23:45

如何拿到 KEGG数据库的 hsa04650 Natural killer cell mediated cytotoxicity这个通路的所有基因名字

今天任务，学习http://www.bio-info-trainee.com/3533.html我这个教程，自己写推文，我是如何拿到KEGG数据库的hsa04650Naturalkillercellmediatedcytotoxicity
土豆学生信·2019-01-30 20:57

2019-01-06可视化kegg通路-pathview包

原贴地址：http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/639Pathview是一个用于整合表达谱数据并用于可视化kegg通路的一个R包，其会先下载kegg官网上的通路图
苏慕晨枫·2019-01-06 16:51

GO分析

1.最常用的在线网站David：https://david.ncifcrf.gov/home.jsp然后用R进行可视化good：可以自行筛选GO/KEGG进行可视化TheFoldEnrichmentisdefinedastheratioofthetwoproportions.Forexample
苏牧传媒·2018-12-13 19:21

【生信】KEGG数据库在线使用

KEGG数据库在线使用KEGG简介KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。
游骑小兵·2018-12-12 22:01

解析KEGG文件

https://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext?
白云梦_7·2018-06-05 17:18

植物老牌注释神器—mapman

由于我最早就是用TBtools做的GO和KEGG富集（需要输入基因组注释文件，我自己用interpro做的。
rapunzel0103·2018-03-22 22:08

【aRsenal-3】KEGG API

由于工作需要，今天花了一上午的时间研究了一下KEGG的API，虽然走了不少弯路，但最终还是圆满完成任务。下面我将复盘整个过程，和大家分享在使用KEGGAPI中的经历和体会。
Rapp·2017-12-04 15:36

KEGG数据库：查找某个通路上的所有基因

1.kegg数据库下载通常我们如果已知某个基因，想对这个基因做通路很简单，直接用kegg的网页注释就可以；如果想知道某个通路里相关的所有基因列表，要找全的话只能从数据库里调了。
bio_橡树·2017-12-01 13:03

【Bioconductor系列】如何用Bioconductor对基因组注释

如果要进行基因富集分析，不可避免就需要知道他们的GO,KEGG等注释信息。如果一个基因没有
徐洲更hoptop·2017-06-18 12:21

基因芯片（Affymetrix）分析1：芯片质量分析

芯片质量分析 芯片数据预处理 获取差异表达基因 GO和KEGG分析 聚类分析 (本文于2013.09.04更新） TAIR，NASCarray 和 EBI 都有一些公开的免费芯片数据可以下载
·2015-11-07 11:08

基因芯片（Affymetrix）分析2：芯片数据预处理

芯片质量分析 芯片数据预处理 获取差异表达基因 GO和KEGG分析 聚类分析 (本文于2013.09.04更新） 基因芯片技术的特点是使用寡聚核苷酸探针检测基因
·2015-11-07 11:59

基因芯片（Affymetrix）分析3：获取差异表达基因

芯片质量分析 芯片数据预处理 获取差异表达基因 GO和KEGG分析 聚类分析 (本文于2013.09.04更新） “差异”是个统计学概念，获取差异表达基因就要用统计方法
·2015-11-02 19:00

Objective-c自学笔记(1)-类

纪录如下：类的接口Circle.h#import //定义枚举来描述可用的选项 typedefenum{ KCircle,KRectangle,KEgg }SHapeType; typedefenum{
qhshiniba·2015-01-22 23:00
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