KEGG

富集分析GO KEGG GSEA的区别

GO和KEGG是基于不同的分类思想而储存的基因相关功能的数据库,富集分析就是一个把这些功能进行进行整合计算的算法，GO富集，就是研究基因的本质的，从三个层面，分别描述基因的分子功能（molecularfunction
hyena_7·2022-04-23 08:07

2022-03-13 GO和KEGG分析（一）---根据韦恩图交集的基因进行分析

针对某个基因敲除的斑马鱼，在12-25天会逐渐死亡，因此我们选择了8dpf和16dpf的由于进行转录组测序，根据差异基因我们绘制了如下的韦恩图，然后我们需要重点关注灰色区域的546个差异基因的部分，GO分析和KEGG
zebra_mito·2022-03-27 16:03

非模式物种的一种简单版的go，kegg富集

首先推荐Kobashttp://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3/genelist/上传你的蛋白序列genelist，背景基因选相似物种就可以做kegg，kegg的结果画图参考https
夹竹桃的下午·2022-03-17 12:41

【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小结

前言关于clusterProfiler这个R包就不介绍了，网红教授宣传得很成功，功能也比较强大，主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。简单总结下用法，以后用时可直接找来用。
bioin·2022-02-19 18:09

R包clusterProfiler: 转换ID、GO/KEGG富集分析

参考这篇ID转换不用怕，clusterProfiler帮你忙这篇详细讲了无参考基因组该怎么办，值得一看简单介绍一下几种常用的ID：Ensembleid：一般以ENSG开头，后边跟11位数字。如TP53基因：ENSG00000141510Entrezid：通常为纯数字。如TP53基因：7157Symbolid：为我们常在文献中报道的基因名称。如TP53基因的symbolid为TP53Refseqid
没有猫但是有猫饼·2022-02-16 22:38

GO分析时使用上调or下调差异基因

因为我们希望通过看显著上调或下调的基因中通过GO和KEGG注释，归类之后有没有你所关注的科学问题2基因不是单独作用的，所以你可能会发现希望上调的结果下调了，希望下调的结果上调了，这个就需要你做PPI的相互作用网络分析了
苏牧传媒·2022-02-13 08:35

科研软件81难之3---GSEA的富集分析原理

最常见的基因集数据库如GO与KEGG，它们一个按照基因本体论将基因分
Sc_RNA_seq·2022-02-12 04:47

KEGG Brite 数据库

KEGG被称为京都基因组百科全书，是一个综合性的数据库。对于如此庞大的数据库，肯定需要对数据进行分门别类的整理。
生信修炼手册·2022-02-11 11:40

用clusterProfile进行非模式物种且没有参考基因组的GO和KEGG富集分析

新组装的基因组并没有上传和生成RefSeq基因组信息。而且一系列需要or.db或者构建or.db的步骤尝试构建数据库都不成功，要么缺乏物种信息，要么缺乏genesymbol。因此，我们利用自己的数据在eggNOG-mapper上进行功能注释的信息，同样可以进行富集分析。参考Y叔clusterProfile的手册，以及一系列网上搜索的结果：https://zhuanlan.zhihu.com/p/3
徐诗芬·2022-02-11 10:46

GO、KEGG富集分析——DAVID与KOBAS在线分析工具

在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天为大家介绍在线分析工具的使用——DAVID与KOBAS。
南博屹生物医学·2022-02-10 20:00

KEGG Disease 数据库

在kegg中，将疾病视作分子网络的一个不正常的状态。所有的遗传因素，环境因子，药物等因素都被视作潜在的影响因素，所以在disease数据库中，还收录了每种疾病相关的影响因素，以及它们之间的相互关系。
生信修炼手册·2022-02-10 14:04

RNA-Seq测序数据分析和差异表达基因鉴定，注释

RNA-seq数据映射到参考基因组上第二部分：将RNA-seq数据映射到参考转录组上，并且生成基因表达矩阵，用于第三部分分析第三部分：使用DESeq包鉴定差异表达基因（成对），第四部分：对差异基因进行后续的GO和KEGG
Hello育种·2022-01-27 01:07

KEGG官方工具能够完成任何物种的KEGG注释！！！

写在前面之前介绍过使用EggNOG-mapper对非模式物种快速完成KEGG注释的推文https://mp.weixin.qq.com/s/kIf6C2u3FID3ZeLtsB4eZQ，不过毕竟EggNOG-mapper
老饕_Ljw·2022-01-16 22:24

点点点，KEGG Pathway 通路富集分析

《零基础快速完成基因功能注释/GO/KEGG/PFAM...》2.《「GO富集分析」从原理到实践~零基础掌握》可以说，如果这系列教程还不完整，那么缺少的就是一个KEGG通路富集分析教程。
生信石头·2021-12-10 15:33

GFAP---KEGG analysis模块

该模块主要用于KEGG分析以及作图。
许东·2021-11-16 09:54

富集分析的原理与实现

关于GeneOntology(GO),KEGG这些背景就不讲了，网上很多资料。将富集分析中的问题抽象出来，其实
TOP生物信息·2021-10-29 02:00

生信笔记01：Locus tag转换为Entrez Gene ID

最近在做KEGG富集时遇到一个问题：phytozome上的数据采用的注释为Locustag，但是kobas3.0并不支持这一类型，如此需要进行转换。
xizzy·2021-10-27 20:50

2.基于小鼠的基因集数据库资源

1问题的提出超几何分布检验和GSEA的差异通常拿到了上下调差异基因列表，然后说的GO/KEGG数据库注释，指的是超几何分布检验。
Charles_ye·2021-09-16 12:13

使用EGGNOG-Mapper对非模式物种快速进行GO或KEGG注释

对于非模式物种，需要做GO或KEGG富集，可以尝试使用EGGNOG-Mapper来对你的物种序列进行快速注释。在注释结果文件中，可以同时获得序列映射上的GO号或KO号，直接提取出来即可。
老饕_Ljw·2021-07-26 16:45

水稻GO和KEGG分析

首先，一般我们分析水稻的数据时候，选用的是MSU和RAPDB这两个数据库的genome和gtf文件，这里只介绍MSU的ID，RAPDB的同理。水稻GO分析的网站很多（这里不涉及R包，只说一些典型的在线的）1AGRIGO2http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/支持多种ID，包括MSU2RIGWhttp://rice.hzau.edu.cn/cgi-bin
热衷组培的二货潜·2021-07-10 21:34

GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图

前面给大家简单介绍过☞什么是GeneOntology(GO)，以及如何用一些简单易用的网页工具去做GO和KEGG富集分析☞富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO☞比DAVID
生信交流平台·2021-07-06 11:12

KEGG API 用法详解上篇

kegg数据库的API链接如下：http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.htmlAPI其实就是一种约定号的URL规则，通过特定的URL返回不同的数据。
生信修炼手册·2021-06-24 02:30

富集分析

geneset)富集分析（不管有无差异，需要全部genes表达值）A：差异基因富集分析（不需要表达值，只需要genename）-----------富集什么-----------最常用的基因注释工具是GO和KEGG
Y大宽·2021-06-22 04:07

新基因功能注释 Nr/Nt/GO/Kegg/Swiss-Prot/COG/KOG/eggNOG/Pfam/String/转录因子预测数据库的搭建

一、新基因发掘基于所选参考基因组序列，使用StringTie软件对MappedReads进行拼接，并与原有的基因组注释信息进行比较，寻找原来未被注释的转录区，发掘该物种的新转录本和新基因，从而补充和完善原有的基因组注释信息。因此我们需要下载并搭建一些常用蛋白数据库，然后通过一系列比对分析来对一些新的基因进行注释。二、数据库下载1.Nr/Nt数据库：wget-cftp://ftp.ncbi.nlm.
生信小白修炼记·2021-06-21 23:34

从KEGG的pathway中提取gene symbol

我的课题需要癌症中糖基因，查了下KEGG，正好有这个通路，如图。
PriscillaBai·2021-06-20 14:57

富集分析与可视化：R 实现

一.GO/KEGG（一）富集分析#source("https://bioconductor.org/biocLite.R")#options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn
挽山·2021-06-13 07:24

LOLA：overlap analysis for enrichment of genomic region set

前言  说到富集分析，大家肯定第一时间会想到GO、KEGG、GSEA等常见的基因富集分析。那什么是基因富集分析呢？
生信店小二·2021-06-11 00:49

GO和KEGG富集分析（Metascape数据库）

介绍生物信息学研究中，获取基因列表的GO和KEGG富集分析的需求非常常见。目前有许多生物信息学手段或者数据库可以实现基因富集分析，例如DAVID，但它们有些是收费的，有些不易于使用且很少维护。
柳叶刀与小鼠标·2021-06-10 11:13

color pathway 使用指南 : 在通路图中标记基因

kegg提供了在ColorPathway在线服务，可以方便的完成这一任务。
生信修炼手册·2021-06-09 20:26

KEGG Genes 数据库

kegg使用自己定义的ID唯一区别每个基因，叫做kegggeneID。
生信修炼手册·2021-06-08 20:53

KEGG Genome 数据库

keggGenome由organisms，selectedviruses和Metagenomes3个数据库构成。keggOrganisms数据库收录了有完整基因组序列的物种信息，对于每个物种，有两种表示方法：三个字母或者四个字母的物种代码，叫做orgcode,比如human对应的orgcode为hsa,mouse对应的orgcode为mmu；TNumber,对于organisms中的所有物种来说，
生信修炼手册·2021-06-06 23:31

R包-KEGG的超几何检验和基因富集分析（菜鸟篇）

什么是基因富集分析？基因富集分析(genesetenrichmentanalysis)是在一组基因或蛋白中找到一类过表达的基因或蛋白。一般是高通量实验，如基因芯片，RNA-Seq，蛋白质组学（质谱结果）的后续步骤。基因富集分析需要我们提供某一类功能基因的集合用于背景，常用的注释数据库如：TheGeneOntologyConsortium:描述基因的层级关系KyotoEncyclopediaofGe
黄温柔体贴·2021-06-05 18:38

KEGG Drug 数据库

keggdrug数据库是一个药物相关信息的综合数据库，包括了在日本，美国，欧洲上市的的药物。所有在日本上市的药物，不论处方药还是非处方药，包括天然药物和中药，都会在Drug数据中有对应的记录；对于在美国和欧洲上市的药物，只有一部分处方药的信息在drug数据库中有记录。根据化学结果和化学组分的不同，将药物进行区分，酶中药物用Dnumber进行标识，比如D014441，是一种作用于慢性粒细胞白血病的药
生信修炼手册·2021-06-05 13:45

KEGG pathway 数据库

pathway建立在ko数据库的基础上，基于我们对生命活动中的分子相互作用和化学物质的反应的认识，构建了复杂的调控网络，采用通路图的形式，进行展示。通路图中融合了ko,module,compound,reaction，disease,drug等数据库中的信息，所以必须先理解了上面的几个数据库，才能对pathway有一个更直观的认识。在pathway数据库中，每条pathway的标识符由2-4个字母
生信修炼手册·2021-06-04 10:31

一文极速读懂 KEGG 数据库

目录image一、介绍在进行生物学实验或者生物信息的学习中，都会听说KEGG富集分析，而且该方法在高通量测序分析中已然成为数据分析中必不可少的一环。
白墨石·2021-05-14 06:53

GO和KEGG富集倍数（Fold Enrichment）如何计算

前面我们简单介绍过ggplot2画KEGG富集柱形图，其实GO富集结果的展示相对于KEGG来说要复杂一点点，因为GO又进一步可以划分成三个类。BP:biologicalprocess,生物学过程。
生信交流平台·2021-05-08 20:01

宏基因组功能注释（以COG为例）

常用的功能数据库主要包括KEGG、EggNOG、GO、COG和CAZy等。功能注释就是我们拿到翻译的蛋白之后，与不同的功能（蛋白）数据库进行对比。至于选择哪种数据库要看研究者的目的以及
周运来就是我·2021-05-07 06:43

数据库 | 基因组注释

导读从网上收集的一些数据库信息，方便学习查看：VFDBPHITCDBSwissProtPfamGOeggnog-mapper:KEGG/COG/KOG/GO/BiGG一、VFDB【毒力因子】毒力因子指由细菌
小白菜学生信·2021-04-29 09:29

没钱买KEGG怎么办？REACTOME开源通路更强大

在一定程度上，可以替代收费的KEGG数据库，而且拓展出很多新的通路。目前该库覆盖了19个物种的通路研究，包括经典的代谢通路、信号转导、基因转录调控、细
生信宝典·2021-04-27 21:26

RNA-seq分析：从软件安装到富集分析详细过程

同时，KEGG可视化部分用了ClusterProfiler的结果。并把counts结果，DEGs结果和genesymbols全部整合到一个矩阵中。
Y大宽·2021-04-23 23:49

DAVID数据制作KEGG的气泡图和柱状图

DAVID数据制作KEGG的气泡图和柱状图rm(list=ls())library(ggplot2)library(Cairo)setwd("C:\\Users\\wyccccc\\Desktop\\DAVIDKEGG
司南北·2021-04-19 21:18

TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）

测序上游分析系列：mRNA-seq转录组二代测序从rawreads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从rawreads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】其他文章系列：ggplot2作图篇：（1
ZZZZZZ_XX·2021-04-19 11:34

11月在线数据库汇总

其中就包括我们经常使用的KEGG数据库以及汇总我们基因名称的HNGC数据库。下面就来给大家介绍一下主要有哪些数据库，以及笔者比较感兴趣的数据库。如果想要所有相关数据库信息的，后台回复：2011。
xhog·2021-04-19 01:19

几年过去了，现在这种简单而又烂大街的生信SCI还有期刊接收

几年前，这种下载GEO数据～差异分析～功能分析（GO富集分析、KEGG富集分析、PPI分析）～筛选hub基因～hub基因进行生存分析的生信发文套路非常火爆，文章相对比较好发。
SCI狂人团队·2021-04-15 05:06

几年过去了，现在这种简单而又烂大街的生信SCI还有期刊接收

几年前，这种下载GEO数据～差异分析～功能分析（GO富集分析、KEGG富集分析、PPI分析）～筛选hub基因～hub基因进行生存分析的生信发文套路非常火爆，文章相对比较好发。
Sc_RNA_seq·2021-04-13 00:20

单细胞转录组功能分析（超详细clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）

单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异，因此，功能分析在单细胞分析中相当重要.功能分析的方法很多，这儿我们主要讲述3种功能分析方法，一是基于筛选的差异基因，采用超几何检验判断上调或下调基因在哪些GO或KEGG
清竹饮酒·2021-04-10 13:23

2021-03-12 各种网站汇集一下

1、DAVID做基因转换、GO分析与KEGG分析与画图——https://david.ncifcrf.gov/summary.jsp操作参考b站2、biomart做基因id转换等，还有很多功能有待开发—
1f9e79f37c42·2021-03-14 00:16

GO 与KEGG分析，调整坐标及其字体大小

1整理表格，使symbol转entrezid，利于后面的富集分析。rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)#读取csvx=read.csv('mRNAvol.csv',header=T)#读取excellibrary(readxl)mRNA=read_excel("互作表.xlsx",sheet=2)y=as.data.frame(mRNA)library(
找兔子的小萝卜·2021-02-23 17:39

宏转录组分析

所以现在的分析思路是：1#对rRNA部分进行taxonomy分析，阿尔法、beta分析2#对非rRNA部分（暂时就叫mRNA）,做功能注释、DEGs、富集分析,kegg，ko3#对每个样本病原体分析4#
蚂蚁爱吃饭·2021-01-06 19:44

ANNOVAR结果说明-SNP/INDEL

VariantCallFormat)是储存Variation结果的文件格式该文件的#列为文件的详细解读信息2*.hg19_multianno.xls是在VCF的基础上，用ANNOVAR注释，并增加OMIM、GO、KEGG
九月_1012·2020-12-25 13:26
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