NIfTI

关于nifti文件的int16和float32数据类型的问题

有时候用spm12的Display选项打开nifti之后发现nifti数据文件的数据类型是不一样的，比如int16和float32，会心生疑惑，两种数据类型对数据分析有影响吗？

Galory·2024-02-05 10:40

【从0上手cornerstone3D】如何加载nifti格式的文件

在线演示支持加载的文件格式.nii.nii.gz代码实现npminstall@cornerstonejs/nifti-volume-loader//-------------核心代码Start-----

云之遥_·2024-01-18 10:16

用freesurfer对扩散指标（FA，MD）进行VBA分析（基于体素的分析）-dt_recon

freesurfer官网–https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/dt_recon步骤：需要对3DT1图像进行renconall预处理将输入转换为nifti（

MRI_lab·2024-01-13 09:40

【深度学习：医学图像标注】如何注释 DICOM 和 NIfTI 文件

【深度学习：医学图像标注】如何注释DICOM和NIfTI文件医学图像标签和计算机视觉模型中的数据安全计算机视觉模型中使用的医学成像标准：DICOM和NIfTIDICOM格式和JPEG有什么区别？

jcfszxc·2024-01-12 16:54

医学图像 .nii文件格式详解

目录nii基础坐标体素转换矩阵nii格式NIFTI格式基本知识Nifti格式最初是为神经影像学发明的。神经影像信息学技术计划（NIFTI）将NIfTI格式预设为ANALYZE7.5格式的替代品。

小柴狗·2024-01-02 16:19

影像组学学习笔记(18)-使用MRIcroGL软件格式转换、勾画ROI

本笔记来源于B站Up主:有Li的影像组学系列教学视频本节(18)主要介绍:使用MRIcroGL软件进行格式转换、勾画ROI并保存为mask文件MRIcroGL是一款免费、开源的轻量级软件；dicom格式转换为nifti

北欧森林·2023-12-16 01:18

影像组学学习笔记(21)-影像组学常用软件推荐

dicom到nifti的格式转换：AFNI(https://afni.nimh.nih.gov/)dcm2niix_afni影像预处理：TORTOISE(https://tortoise.nibib.nih.gov

北欧森林·2023-11-29 19:45

医学图像 ABIDE 等数据集 .nii.gz Python格式化显示

这种文件格式通常是经过gzip压缩的NIfTI格式（NeuroimagingInformaticsTechnologyInitiative）。

zoe_ya·2023-11-29 18:02

影像组学学习笔记(35)-基于2D超声影像的影像组学特征提取

将dicom格式的2D超声图像转为压缩的nifti格式，将其命名为test.nii.gz;勾画ROI后同样保存为压缩的nifti格式，命名为mask.nii.gzFig1.jpg尝试提取影像学特征：importrad

北欧森林·2023-10-31 18:38

医学图像配准软件 ANTs（Advanced Normalization Tools）的安装和使用说明

ANTs支持2D和3D的图片，包括以下格式的文件：•Nifti(.nii,.nii.gz)•Analyze(.hdr+.img/.img.gz)•MetaImage

棉花糖灬·2023-10-26 10:37

PROSTATEx-2 上前列腺癌的 3D CNN 分类

内容如下：数据集描述Dicom到Nifti文件格式的转换不同MRI序列的联合配准

CVer儿·2023-10-24 08:33

matlab中ct值直方图,【CT值与灰度值的总结】

接下来，就要看你具体是要处理哪种格式的文件了，是DICOM还是NIFTI；文件格式不同，用来做解析的Python库也就不同，譬如，要处理DICOM类型的数据，一般会用simpleitk,pydicom库

weixin_39637589·2023-10-17 19:55

如何使用 Python 将 Nifti 文件转换为 Dicom 系列

1.摘要创建将nifti文件转换为dicom系列的函数的概念很简单；所需要的只是从nifti文件中返回帧数据，将其划分为切片，然后将每个切片转换为一个dicom。

求则得之，舍则失之·2023-10-14 08:22

9.7.9.理解NiftiMasker和mask计算

highlight=compute_epi_mask在本例中，在本例中，Nifti掩码器（Niftimasker）用于自动计算掩码。三种策略：默认策略基于背景（b

weixin_45090728·2023-10-12 19:43

基于Dpabi的功能连接

1.预处理这里预处理用Gretna软件进行，共分为以下几步：（1）DICOM转NIfTI格式(2)去除前10个时间点(Removefirst10timespoints)：由于机器刚启动、被试刚躺进去也还需适应环境

此起彼伏Cccc·2023-10-01 09:32

[医学影像数据处理] dicom 转 nii

1.可直接安装dicom2nifti2.或者dicom_path='dddddd'file_list=os.listdir(dicom_path)data_array=[]local_list=[]forfile_nameinfile_list

俭任G·2023-08-28 15:29

数字图像处理基于python读取DICOM、NIfTI格式医学图像文件

在应用机器学习(ML)、人工智能(AI)或任何其他诊断算法之前，您需要知道注释软件可以处理两种最常见的医疗和保健图像文件格式，包括DICOM和NIfTI。对于医学图像，数据类型会产生巨大的差异。

坐望云起·2023-08-27 20:09

图像重采样插值原理与其在MRI脑影像分辨率修改中的应用

—技术三、重采样工具3.1SPM12标准模板重采样3.1.1基本操作3.1.2结果查看3.2FSL标准模板重采样3.2.1flirt线性配准命令3.2.2结果查看3.3各体素尺寸的MNI标准模板3.4NIfTI

Alexa2077·2023-08-25 17:12

医学影像中用python 将NRRD批量转换成NIFTI

用python将NRRD批量转换成NIFTI3Dslicer,MITK默认会将医学图像保存为格式为NRRD的图像，但是我们还是习惯于操作NIFTI格式的数据，于是就有了NRRD转换成NIFTI的需求。

Alexa2077·2023-08-25 17:11

Matlab工具NIFTI包的基本功能函数

Matlab工具NIFTI包的基本功能函数Nifti格式最初是为神经影像学发明的。神经影像信息学技术计划（NIFTI）将NIfTI格式预设为ANALYZE7.5格式的替代品。

Alexa2077·2023-08-18 05:49

MATLAB添加工具包NIFTI（详细）及脑MRI 重采样

一：将要添加的工具包解压好我这里要添加的文件包为：NIfTI_20140122二：找到自己电脑MATLAB的安装目录，找到toolbox文件夹，将解压好的工具包复制到toolbox文件夹中我这里的安装目录是

Alexa2077·2023-08-18 05:18

dicom序列转nii格式

importdicom2nifti#pipinstalldicom2niftiimportosdeffind_workdir(mainDir):"""返回所有的目录"""all_work_dirs=[]

吴天德少侠·2023-04-20 11:57

医学图像Dicom(.dcm)转换为NIFTI(.nii)格式

文章目录前言医学图像格式DICOMNIFTIpython代码前言NIfTI中的图像原始数据一般被存储成了三维图像，而dicom存储为二维图层，所以相对于DICOM文件，NIFTI文件更加易用于机器学习，

Jiaxxxxxx·2023-04-19 21:58

如何使用MONAI构建多分类dataset--直接从文件夹加载数据

如图所示，做多类别分类，每个文件夹代表一个类别，所有图像均为NIFTI格式，如何加载进MONAI进行训练？

Tina姐·2023-02-03 23:00

MONAI-如何加载图像

使用默认图像阅读器加载Nifti图像MONAI根据支持的后缀并按以下顺序自动选择阅读器：调用此加载程序时，用户在运行时指定的读取器。注册读者从最新到列表中的第一个。

@左左@右右·2023-02-03 23:53

用python将dycom .dcm格式图像转换为nifti .nii

第一步安装dicom2nifti库，在你的环境中使用pip安装：pipinstalldicom2nifti第二步，在你的python代码中使用dicom2nifti.convert_directory(

Rabbitdeng1009·2023-02-01 13:18

Pyqt5+matplotlib+NIFTI(nii)图像显示（1）

创建Gui文件用Qtdesigner创建一个Gui文件，添加pushbutton、GroupBox、Widget、HorizontalSlider控件，并将Widget放在GroupBox里面将Gui文件转换为py脚本（具体方法这里就不赘述了哈）fromPyQt5importQtCore,QtGui,QtWidgetsclassUi_Dialog(object):defsetupUi(self,D

arcmosin·2023-01-12 05:28

Pyqt5+matplotlib+NIFTI(nii)图像显示（2）显示融合图像

配置Gui承接上文，在原有的Gui文件上添加一个pushbutton和两个radiobutton控件，并将其中一个radiobutton默认checked选中将Gui文件转换为py文件fromPyQt5importQtCore,QtGui,QtWidgetsclassUi_Dialog(object):defsetupUi(self,Dialog):Dialog.setObjectName("Di

arcmosin·2023-01-12 05:28

Python第三方库之nibabel

文章目录1.nibabel简介2.nibabel安装及导入3.nibabel常用函数和属性3.1`nibabel.load(filename,**kwargs)`3.2`nibabel.nifti1.Nifti1Image.get_fdata

Albert Darren·2023-01-10 17:00

Nifti1Image 初始化nifti 图像数据

Nifti1Imageclassnibabel.nifti1.Nifti1Image(dataobj,affine,header=None,extra=None,file_map=None)Bases:

Jack千斤顶·2023-01-10 17:59

python 笔记：打开nii格式（nibabel 库）

1nii格式介绍1.0Analyze格式在解释NII（NIFTI，neuroimaginginformationtechnologyinitiative）格式之前，我们需要先知道一下Analyze格式。

UQI-LIUWJ·2023-01-10 17:58

Nifti1Image需要掌握的一些点

Nifti1Image图像可以用nibabel或者SimpleITK来读。

Never_Jiao·2023-01-10 17:28

深度学习踩坑记录

read_excel’3.RuntimeError:CUDAerror:device-sideasserttriggered4.opencv-pythoncv2.imshow()等函数调用报错5.dicom2nifti.exceptions.ConversionValid

丨高山流水丨·2023-01-10 12:20

ITK笔记--读取3D NIFTI图像并用VTK可视化

版本：ITK-5.2.1，VTK-9.1注意：在编译ITK时，需要编译ITK的module_vtkGlue模块我们使用ITK读取一个3D的NIFTI图像，并将其转换为VTK图像以可视化图像。

ZhaoBJ_CV·2022-12-27 12:32

Python itk笔记--读取NIFTI图像

这里使用的是itk-5.2.1版本Python的itk函数库使用imread()函数读取文件，可以根据文件名自动选择相关的类。例如：importitknii_path='test.nii.gz'nii_img=itk.imread(filename=nii_path)imread()函数存在于itk安装包的support/extras.py文件内，函数API为：defimread(filename

ZhaoBJ_CV·2022-12-27 12:02

MATLAB下载处理.nii文件资源包（NIfTI_20140122zip)

目录NIFTI格式基本知识MATLAB处理．ｎｉｉ格式文件Nifti格式最初是为神经影像学发明的。神经影像信息学技术计划（NIFTI）将NIfTI格式预设为ANALYZE7.5格式的替代品。

小柴狗·2022-12-23 07:34

nii格式和nii.gz格式详解

很多时候，将dicom转换为nifti格式也就是nii格式。一个NIFTI格式主要包含三部分：hdr,ext,img。

三丰杂货铺·2022-12-23 07:34

Python读取NIFTI格式图像（.nii文件）和 .npy格式文件

什么是nii文件标准NIFTI图像的扩展名是.nii，包含了头文件及图像资料。

NANCYGOODENOUGH·2022-12-23 07:33

SimpleITK读写nii.gz文件

/nifti.nii.gz')img=sitk.GetArrayFromImage(itk_img)print("i

落花逐流水·2022-12-23 07:33

基于SPM8或CAT12进行的VBM分析

基于SPM8或CAT12进行的VBM分析需要的工具：Matlab及SPM8/SPM12一、SPM8/12的VBM分析1）首先将DICOM格式转换为NIFTI格式；2）用display查看图像，可以手动进行

mollyue·2022-12-20 07:32

关于SimpleITK 使用函数sitk.WriteImage报错‘ERROR (nifti_image_write_hdr_img2): cannot open output file ‘

报错**ERROR(nifti_image_write_hdr_img2):cannotopenoutputfile'/XXX/XXX/XXXXX.nii.gz'1.首先判断路径是否存在，发现没问题。

镜中隐·2022-12-16 07:47

3D-Resnet-50 医学图像分类（二分类任务）torch代码（精简版）-图像格式为NIFTI

dr_yingli·2022-12-14 23:29

nii数据的各种处理详解

1NIFTI格式图像.nii文件是NIFTI（NeuroimagingInformaticsTechnologyInitiative）格式的文件。

L_bloomer·2022-12-10 23:32

dicom2nifti配置

1、安装pcreLinux安装PCRE库-掘金2、下载GDCMlinux系统安装gdcm的python库_工药叉的经文-CSDN博客_python安装gdcm注意，安装swig后，如swig-version报错，可参考swig:errorwhileloadingsharedlibraries:libpcre.so.1:cannotopensharedobjectfile亲测解决方法_墨理学AI-C

emergency_rose·2022-12-07 02:38

图像处理工具

1、nifti三视图查看软件https://www.nitrc.org/forum/forum.php?forum_id=8952DTI-TKHomePage

emergency_rose·2022-12-07 02:08

3DSlicer入门操作教程

目录简介用户界面数据探针应用程序菜单工具栏状态栏查看加载的数据选择显示的数据与视图交互查看交叉引用鼠标模式3D视图切片视图数据格式DICOM格式NIFTI格式DICOM和NIFTI的区别Nrrd格式.mhd

luemeon·2022-12-06 23:20

ITK入门教程（17）nii,mhd,stl之间的相互转换

1.如何将raw/mhd转换为Nifti/nii您应该能够使用SimpleITK来完成。

求则得之，舍则失之·2022-11-27 22:33

MATLAB批量处理.nii文件----批量.nii转为jpg格式

现在粗略给大家一点建议1.NIFTI出现原因.nii文件是NIFTI格式的文件，出现的原因是原来一种图像格式是ANALYZE7.5format，但是这个图像格式缺少一些信息，比如没有方向信息，病人的左右方位等

小柴狗·2022-11-27 22:31

将批量图片转换成NIFTI(.nii)格式

NIFTI(NeuroimagingInformaticsTechnologyInitiative)是一种常用的医学图片保存格式(NIfTI-1DataFormat—NeuroimagingInformaticsTechnologyInitiative

cosmosknight·2022-11-27 22:00

.nii格式文件解析

一、nii格式文件具体内容nii格式（NIFTI格式的扩展）是为多维神经影像学发明的，可真实反映元数据，包含方向信息。

树茴·2022-11-27 22:57

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