OTU

微生物数据的sparcc网络分析

github.com/scwatts/fastspar整理abundance_counts数据，abundance_counts.txt格式为第一列为featureID，且列名为#OTUID，其他列是样本的OTU

桂渊泉树·2024-09-11 14:45

r语言做绘制精美pcoa图_R语言高级绘图 — ggplot2

我们的OTU表格就是典型的高维数据，可以对其进行降维处理得到主成分PC1和PC2，然后将所有样品都分解到这两个成分方向，进行散点绘图，可以直观的看出样品间的差异。

weixin_39560002·2024-09-10 06:59

R语言|绘制曼哈顿图

曼哈顿图作为经典的可视化方式，通常用于显示具有大量数据点，许多非零振幅和更高振幅值分布的数据，不仅可以展示数据全貌，又能快速找到目标基因或OTU，同时可知目标的具体位置和分类、显著程度等信息。

维凡生物·2024-02-19 13:06

Error in `arrange()`: ! Can‘t transform a data frame with `NA` or `““` names.

问题：给Taxonomy排序，并筛选OTU表中存在的根据提示运行：rlang::last_error()，显示：Backtrace:▆1.

Rosebud的记录本·2024-02-11 00:10

一篇医学微生物组16S测序文章必备的六张图 | 微生物专题

说到feature，就必须提到它的前辈OTU了。OTU（OperationalTaxonomicUnits，操作分类单元）是过去在微生物群落多样性研究中非常重要的一个概念，是

Seurat_Satija·2024-02-10 06:00

OTU的定义与解读----了解笔记

OTU:OperationalTaxonomicUnit操作分类单元OTU的提出目标是指定一个定量策略，根据观察到的特征将生物分类成组，创建一个层次分类，尽可能忠实地反映生物之间的进化关系。

盲人骑瞎马5555·2024-02-01 12:52

R语言学习case5：NC基于R语言的UpSetR

step1:安装库install.packages("UpSetR")step2:导入包library(UpSetR)step3：读取数据otu_RA0]0:这是一个逻辑条件，它生成一个与otu_RA相同大小的布尔型数据框或矩阵

早起CaiCai·2024-01-22 11:33

电影资源

cxid=95kqkw8n6时间的风景：https://v.youku.com/v_show/id_XMTY4OTU1MzQ1Ng==.html我在故宫修文物：http://www.iqiyi.com/

鹤舞霏扬·2024-01-08 15:11

16s—β多样性分析（R画三维PCoA图）

主要基于OTU的群落比较方法，有欧式距离、braycurtis距离、Jaccard距离，这些方法优势在于算法简单，考虑物种丰度（有无）和均度（相对丰度），但其没有

walnutoil·2024-01-07 16:23

在线作图|微生物多样性分析——稀释曲线

因此，通过绘制稀释曲线，还可以在相同测序深度下，通过比较样本中ASV/OTU数的多少，从而在一定程

维凡生物·2024-01-04 19:29

扩增子测序中OTU表进行抽平的两种方式

Arandomrarefactionofsamplereadsaccordingtoaspecificreadslength(usuallythesmallestvalue)shouldbeperformedfirstlyfordownstreamanalysis.扩增子测序拿到OTU

凯凯何_Boy·2024-01-02 16:08

R语言实现OTU表的抽平分析

R语言实现OTU表的抽平分析好久没有更新文章了，抱歉，今天我们先来讲一下抽平。相信大家平常在16sRNA测序后，一般都会对测序数据划分后生成的OTU表进行抽平，保证保证样本测序序列的均一性。

fafu生信小蘑菇·2023-11-27 13:03

外部数据导入qiime2软件内部

外部数据导入qiime2软件序列、OTU(Feature)Table导入qiime2较为简单，可以按官方推荐方式进行导入。

zsbo2015·2023-11-26 18:28

微生物多样性研究10步走（第一步）-OTU聚类与注释

本期先为大家分享一个基础概念--OTU。OTU是大家进行菌群多样性测序分析的时候，不可

f70420f979c3·2023-11-19 06:08

fastspar微生物相关性推断

sparcc是基于OTU的原始count数，通过log转换和标准化去除传统相对丰度的天然负相关（因为所有OTU之和为1，某些OTU丰度高另外一些自然就少，导致最后出现正相关少负相关多的假象）。

Neptuneyut·2023-11-09 08:54

UniFrac distance

UniFrac距离是betadiversity的群落比较方法，主要是基于系统发生树比较，利用不同样品中OTU代表序列构建进化树，比较特定的进化谱系中是否有显著的微生物群

咸鱼426·2023-11-01 12:50

R语言实现Alpha多样性指数的计算

R语言实现Alpha多样性指数的计算上次我们已经使用R语言来对OTU表的抽平分析，那么我们如何使用抽平后的OTU表来重新计算Alpha多样性呢？接下来我们就来学习一下。

fafu生信小蘑菇·2023-11-01 06:12

16s微生物WGCNA实例学习笔记

小三的后一位小四·2023-10-22 07:39

DWDM与OTN概念、结构及OTN设备的连线

一、DWDMDWDM组成部分OTU:光转发单元，在发端将非标准频率的输入光，转换为C波段（1530-1565nm）；在收端将C波段的光转换为对应频率的业务光OMU:光合波单元。

xianmie·2023-10-16 23:07

otn 709帧结构

OPU2/OPU3/OPU4/flex，主要用于完成业务同步或异步映射；光通路数据单元：ODU0/ODU1/ODU2/ODU3/ODU4/ODU-flex，完成通道连接性能监测和子速率复用、光通路传送单元：OTU1

陌上花开缓缓归以·2023-10-16 23:06

OTN光传送网（Optical Transport Network）&什么是OTN

做了以下几件事：1.3.1、电交叉——灵活调度1.3.2、光交叉——高速、光调度1.4、OTN的保护1.5、OTN的技术特征1.6、客户信号的处理过程：电信号处理1.7、OTN相对于SDH的主要改进二、OTU

里晓山·2023-10-16 12:20

OTN关联开销（电层开销）OTU开销&ODU开销&OPU开销

目录1、OTN帧开销总览：2、OTN帧细节展开2.1、OTU帧定位信号2.2、OTU开销(绿色部分)2.2.1、OTU开销之段监测SM：2.2.2、OTU开销之GCC&OSMC&RES：2.3、ODU开销

里晓山·2023-10-16 12:49

光通路数据单元(ODU)，ODUk，同步传送模块（STM），虚容器（VC）等级

ODUk1GE=1000M标称速率系数，以ODU标称速率系数为例：ODU的字节=3824*4，整个OTU字节=4080*4，所以ODU作为净荷数据占整个

Hardworking666·2023-10-16 11:47

分享一份非常强势的Android面试题

__biz=MzI3OTU0MzI4MQ==&mid=2247486217&idx=1&sn=6e877e7c03601e1c2b7a3fdef4468c28&chksm=eb476797dc30ee81124ac9fdc443ecc193e9f1e3440b634bfa946bdb4076741c6a855052cc02&

NeWolf·2023-09-28 16:19

奔跑吧同学（二）

开局大家的撕的非常激烈，没过几分钟，王紫安这位王者otu，没过几分钟，杨楷伦otu.董庆辉otu.随着快要上课的声音，最后的胜者竟然是，藏起来很久的董源。

热血冷风v·2023-09-19 08:05

16S rRNA&rDNA测序分析

16SrRNA&rDNA测序分析第一节-OTU概述-qiime安装1.116s测序16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。16SrRNA基因

宁生信·2023-09-16 22:23

跟着Nature Communications学数据分析：R语言DESeq2包做otu差异丰度分析及火山图展示结果

论文Microbiomedifferentialabundancemethodsproducedifferentresultsacross38datasets数据链接https://figshare.com/articles/dataset/16S_rRNA_Microbiome_Datasets/14531724代码链接https://github.com/nearinj/Comparison_

小明的数据分析笔记本·2023-09-08 02:07

将NR数据库diamond比对结果做物种注释

需求：环境菌功能基因扩增子测序的OTU序列已经用diamond进行了NR全库的比对（blastx），还需得知其物种信息。P.S.本人是没接触过扩增子比对相关内容，不保证该过程的合理性。

江有枫xx·2023-08-25 07:54

微生物组学差异性检验

1.Adonisvegan包置换多因素方差分析（非参数多因素方差分析），可对OTU矩阵及所有环境因子矩阵进行差异性检验。

赵会成·2023-08-25 06:09

Best practices for analysing microbiomes

比如对近期快速发展的精确序列变异(exactsequencevariants/ESV，详者注：目前更多使用ASV的名称)的方法替代传统基于聚类的OTU分析，整合宏基因组学和代谢组学的方法，组成型数据分析问题等方面的近期突破性的进展开展探讨

超人快飞·2023-08-24 21:18

微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）—关联与进化分析方法描述

b)OTU共表达网络分析生态学中一般认为功能上关系密切的群落往往表现出丰度的“同升同降”，根据微生物群落丰度信息计算样本中物种之间的相关性，并据此划分不同的共变化组（CAG）。

JarySun·2023-08-19 02:39

[R构建函数基础篇] 计算多样性指数及绘图

来自定义构建函数来进行多样性指数计算及绘图加载R包library(tidyverse)library(vegan)library(rstatix)library(ggpubr)library(magrittr)导入数据#otu

R语言数据分析指南·2023-04-09 11:29

2019-07-25

答：宏基因组中的物种分类，一般用OTU(operationaltaxonomicunit),即可操作物种单元，来表示。

YX_Andrew·2023-04-03 21:46

第九章多变量群落分析2

步骤1：以适当的格式加载和读取OTU表：设置目录的方式与我们在前几章中所做的相同。“td_OTU_tag_mapped_lineage.txt”数据集包含两条信息：最后一列中的OTU计数表和分类法。

ZMQ要加油呀·2023-03-31 09:39

R 绘制花瓣图flower plot

花瓣图flower.png对于多样本的研究，我们可以采用绘制花瓣图来更直观展现，每个样本所独有的otu数目和共有的otu数目。

呵一呵pp·2023-03-25 08:12

2020-06-15 图文版-所有你要知道的光纤和接口类型

原文发布在蜗牛花园##图文版所有你要知道的光纤和接口类型我们经常听到关于光纤的多模，单模，LC，SC，OM，OS，STM，OTU等一些术语，今天我们就来聊聊光纤和接口。

AK蜗牛·2023-03-14 20:22

多维venn图

在生信分析中，Venn图可用于统计多组或多个样本中共有和独有的物种的（OUT、Gene）数目，可以比较直观的展现不同环境样本中物种的OTU或者样本之间的Gene组成相似性及重叠情况，一般用于2~7组数据的比较分析

xw_欢乐豆·2023-03-14 00:14

β多样性计算的四种矩阵

jaccard——只考虑物种有无unweightedunifrac——考虑OTU之间的进化关系，考虑物种有无，没有考虑OTU丰度weightedunifrac——考虑OTU之间的进化关系，考虑物种有无，

小王的学习杂记·2023-03-13 04:03

FAPROTAX预测16s扩增子群落功能信息以及R语言可视化

FAPROTAX原理首先作者先根据文献资料手动构建了联系物种分类与功能注释的FAPROTAX数据库；后又编写了联系OTU分类表与FAPRO

小三的后一位小四·2023-03-10 12:20

共读会-有了客户需求，如何满足呢？

memo_id=OTU5Njc4Nw【价值】有了需求，如何满足？团队的力量是包括了思考问题和解决问题。从更加宏观的角度思考问题，一方面是为了企业走得更远，另一方面是让问题的本质更能尽快的暴露。

都市牛·2023-03-10 05:42

曼哈顿图展示差异OTUs

一般来说，在扩增子中的曼哈顿图包括：X轴：按OTUs不同分类学水平的字母顺序排列，一般不展示OTU

吴十三和小可爱的札记·2023-02-04 19:06

安卓技术文章集合—184篇文章分类汇总

__biz=MzI3OTU0MzI4MQ==&mid=2247484357&idx=1&sn=f8f5b945d8f877a7f4fdbc99e7b4f61e&chksm=eb476f5bdc30e64d6e4bbe8aa73e2d50b9641fe6f2e1806b722c57b5bb6011d943

胡龙杰·2023-02-01 15:37

Mac版编程sublime text 4 Dev中文

id=NzY4OTU4Jl8mMjcuMTg2LjguMTM3sublimetext4Dev是一款可以在苹果电脑Macos平台上使用的一个非常不错的代码编辑器，同时SublimeText也是跨平台的，界面和功能感觉和

153mac·2023-01-29 18:52

phyloseq包的使用

：https://www.yunbios.net/phyloseq.htmlhttps://joey711.github.io/phyloseq/import-data.htmlphyloseq包，集OTU

纸飞机_b371·2023-01-27 15:17

机器学习第17篇 - 特征变量筛选（1）

高维数据包括的检测变量越来越多，如基因表达数据中检测到的基因数目、扩增子测序中的OTU数目等。在训练模型时通常需要先对数据去冗余，提取一些关键变量。

生信宝典·2023-01-20 14:18

基于模型的共现网络构建——考虑环境因子的影响

例如，如果两个OTU均喜欢酸性环境，那么他们就会有很强的的相关性，所以由此构建的共现网络反映了环境因子和生物互作共同的影响，我们称其为rawco-occurrencenetwork（原始共现网络）。

道阻且长1994·2022-12-30 08:53

Mothur5进阶_Mothur扩增子基因序列分析_基于OTU或ASV的多样性指数分析

本文主要讲解了使用Mothur软件对扩增子基因序列基于OTU或ASV进行多样性指数分析。01文件名称的再处理当比较早期和晚期样本时，最初的问题与这些样本的稳定性和群落结构的变化有关。

环微分析·2022-12-23 01:30

Mothur7_基于ASV、Phylotype和Phylogeny的分析

基于ASV、Phylotype和Phylogeny的分析基于ASV的分析基于ASV的分析与基于OTU的分析相同，但分类尺度不同。可以自己使用ASV数据复制上述基于OTU的分析。

环微分析·2022-12-23 01:00

R语言并行计算RC~bray-curtis~距离

|beta-NTI|>2说明决定性过程主导，其中beta-NTI>2说明OTU的遗传距离发散，为生物交互作用主导，beta-NTI0.95意味着扩散限制，RCbray-curti

道阻且长1994·2022-12-20 07:38

R语言并行计算beta-NTI值

phylogeneticsignal）检测三、R代码并行实现beta-NTI计算参考文献一、beta-NTI（nearesttaxonindex）简介1.首先简单描述一下下图一，这棵树就是遗传发育树，每个圈代表一个OTU

道阻且长1994·2022-12-20 07:08

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