OTU 第2页

微生物多样性数据分析（16S）

OTU(Operationaltaxonomicunit)OTU(operationaltaxonomicunits)是在系统发生学研究或群体遗传学研究中，为了便于进行分析，人为给某一个分类单元（品系，

cling5899·2022-12-19 13:21

生物信息学Bioinformatics学习笔记（四）- Data analysis-16sRNA

2.OTU（可执行操作单元）分类和统计·以97%的序列相似度将所有序列进行同源比对并聚类成OTUs(QIIME-uc

cling5899·2022-12-19 13:50

LPCG：用激光点云指导单目的3D物体检测

__biz=MzUyMDc5OTU5NA==&mid=2247500597&idx=1

一点人工一点智能·2022-12-17 16:51

解读16S扩增子分析表格+代码实现

16s分析结果详解文章目录16s分析结果详解OTU表解读物种柱状图韦恩图稀释曲线Shannon-Winner曲线Rank-Abundance曲线Alpha多样性（样本内多样性）Chao1ShannonAceSimpsonAlpha

Les baleines tombent·2022-11-29 07:08

扩增子分析流程 —— 数据处理（vsearch）

本篇文章是笔者学习了刘永鑫老师的扩增子教程以后，根据自己的学习过程总结了一篇使用vsearch工具处理序列数据得出OTU表的文章。

卢严砖·2022-11-29 07:55

计算机内部为什么采用二进制表示数据,计算机内部为什么使用二进制处理数据？ - 问答库...

["OTU中","EDFA输入端","EDFA的输出端","LD的输出端"]阅读有关写作教学“创新评价方式”的教学论文(节选)，按照要求答题。

weixin_39556811·2022-11-25 04:40

R统计绘图-随机森林分类分析及物种丰度差异检验组合图

此文主要涉及随机森林组间变量重要性和物种丰度差异检验绘图，包含以下几部分内容：1）随机森林分类；2）随机森林分类变量重要性绘图；3）物种丰度差异检验绘图4）随机森林分类变量重要性及物种丰度差异组合图1.数据准备此处使用包含分类信息的虚构微生物otu

静默人声·2022-07-01 19:40

2021-04-09 - 前端 - Vite - 学习/实践

__biz=MzU0MTU4OTU2MA==&mid=2247486382&idx=1&sn=32fbf3634e4d44175a44c74fa53463a1//使用Vite2+TypeScript4+

穿素白衫的少年·2022-06-20 14:46

R语言 RDA分析（去冗余物种）

自己现在小结一下RDA分析流程：image.png就我个人而言，虚线前面都是不太经历的步骤，我一般不会主动删去样品的环境信息，因为我接触的菌群这块本来就没有什么多余的环境信息-_-||，所以我的重点放在怎么去除多余OTU

leoxiaobei·2022-04-15 22:18

共有OTU占比桑基图绘制小试

背景桑基图（Sankeydiagram），即桑基能量分流图，也叫桑基能量平衡图。它是一种特定类型的流程图，右图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小，通常应用于能源、材料成分、金融等数据的可视化分析。因1898年MatthewHenryPhineasRiallSankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名，此后便以其名字命名为“桑基图”。桑基图我们上百度一查都能查到很多好看的示例，比如：我今天要做的

不想当厨子的裁缝不是好司机·2022-03-29 20:00

R 绘制 GWAS 研究的 Manhattan 图

近几年，在宏基因组领域，尤其是差异OTU结合分类学结果，采用Manhattanplot展示有非常好的效果，倍受推崇。

BioIT爱好者·2022-03-21 05:17

一把油纸伞，醉了整个江南

__biz=MzA3OTU5NTU5OQ==&mid=2651764197&idx=1&sn=7dcdfeb8c94c57d4c064b187a898b1df&chksm=844b04c5b33c8dd3204c676d996208bf323d9fe0fd0a7d56bb072225fe97b33372d0eaaec704&

土豆学生信·2022-02-21 17:50

微生物多样研究—差异分析

通过随机森林分析，可以找出能够区分两组样本间差异关键OTU。FeatureImportanceScores表格-来源于随机森林结果记录了各OT

JarySun·2022-02-11 06:39

16s—α多样性分析（R画箱线图）

二、展示α多样性常用的指数【群落丰富度指数】Communityrichness1、Chao指数：是用chao1算法估计群落中含OTU数目的指数，chao1在生态学中常用来估计物种总数，由Chao(1984

walnutoil·2021-11-24 09:25

ASV和OTU有什么不同？哪个更好？

遇到了一个16S的课题，于是开始认真学习ASV和OTU的差别，顺手整理一下。扩增子测序和鸟枪法测序已经成为微生物组领域最常见的研究手段。

jlyq617·2021-09-02 21:25

微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）—差异分析方法描述

意义：找到能够区分两组样品间差异的关键OTU。b)交叉验证（Crossvalidation）对随机森林筛选出的关键OTU组成进行遍历。意义：以期用最少的OTU数目组合构建一个错误率最低的高效分类器。

JarySun·2021-06-23 09:01

物种丰度聚类热图

热图在生物学领域应该广泛，尤其在高通量测序的结果展示中很流行，如样品-基因表达，样品-OTU相对丰度矩阵非常适合采用热图呈现。

吴十三和小可爱的札记·2021-06-22 14:46

扩增子分析：16s rRNA分析snakemake流程

16srRNA分析主要有质控、去冗余、聚类OTU、去嵌合体、生成OTU表和物种注释等步骤。更多知识分享请到https://zouhua.top/。

华仔少年·2021-06-21 05:23

Rank abundance

扩增子分析中，rankabundance已经是必备的一项分析内容，它可以从OTU的层面总体反应出物种的分布情况(丰度和均匀度)，如下图：image.png注：横坐标：OTU等级，“500”代表样本中按照丰度排列第

tianzhanlan·2021-06-09 15:17

第二章微生物组数据的结构和特点

16S序列以依赖于分类学的方式被映射到现有的系统发育树，或是以独立于分类的方式根据相似性聚集到OTU(操作分类单元）。第一种方式使用现有的系统发育树结构来生成微生物组数据集，而第二种方式根据相似性水平

ZMQ要加油呀·2021-05-30 00:21

微生物多样性分析—OTU聚类与注释

一、OTU聚类1.1为何要进行OTU聚类a)测序完成后，每例样品的测序序列达到几万条，对每一条序列当然都可以进行物种注释，但这种方式工作量大，毕竟每一条序列均需要与数据库进行比对、比对过程又比较耗时，而且扩增

JarySun·2021-04-28 19:17

python学习：零碎的内容

[u'OTU1',u'OTU2',u'OTU3']---->['OTU1','OTU2','OTU3']去掉list中的u。u即其unicode。

GPZ_Lab·2021-04-24 15:04

R语言:数据筛选match的使用详解

数据筛选是在分析中最常用的步骤，如微生物组分析中，你的OTU表、实验设计、物种注释之间都要不断筛选，来进行数据对齐，或局部分析。今天来详解一下此函数的用法。

·2021-04-22 11:20

Qiime2 (三)-DADA2降噪（Denoise）流程

数据处理不以序列相似度聚类，只进行去重（或相当于以100%序列相似度聚类），生成的是以ASV为单元的表格；Vsearch数据处理与Usearch类似，以序列间相似度聚类（默认序列相似度为97%），生成的是OTU

佳名·2020-12-30 15:45

R可视化：桑基图

加载R包library(dplyr)library(tibble)library(ggplot2)library(ggalluvial)导入数据otu<-read.delim('otu_table.txt

华仔少年·2020-12-29 07:00

微生物多样性qiime2分析流程(8) phyloseq整合已有OTU数据进行分析

前面一系列文章介绍了如何通过qiime2处理原始数据，进行聚类注释及可视化分析，但是现实中小伙伴们已经得到了处理好的OTU表及注释文件，那怎么基于此来进行后续分析呢？

R语言数据分析指南·2020-10-29 09:55

Bray-Curtis距离

bray-curtis距离其中，S_(A,i)和S_(B,i)表示第i个OTU分别在A群落和B群落中的计数。min

醉月伐桂戏嫦娥·2020-09-16 17:56

走进波分 -- 09. OTN技术

OTN上一代的WDM技术存在的问题：1.存在映射与解映射过程，时延较高2.业务需要透过收发合一的OTU进行业务的drop/add，过程复杂，成本高3.需要人工处理故障，业务恢复时间较长4.业务恢复后，需要重新调整波长的调整

世界非世界，是名世界！·2020-09-16 08:48

RCSwitch 315M无线通讯

mod=attachment&aid=MTM3MDN8N2VhNGNlMjR8MTQ0OTU4NDE2N3wwfDExMjQz模块如图：（左：发送模块；右：接收模块）如图在打圈处焊上铜丝（最好将铜丝绕圈

光庆·2020-09-15 09:24

QIIME2教程. 03老司机上路指南Experience(2020.2)

老司机上路前的几点建议数据处理步骤数据导入样本拆分双端合并去除非生物序列相似序列分组去噪OTU聚类物种分类分析特征表获得新发现数据导出新的插件附录1.可导入的数据格式附录2.可导入的数据类型译者简介Reference

刘永鑫Adam·2020-09-15 06:02

测序数据分析之OTU

1.OTU（OperationalTaxonomicUnits）操作分类单元：是在是在系统发生学研究或群体遗传学研究中，为了便于进行分析，人为给某一个分类单元（品系，种，属，分组等）设置的同一标志。

一个人旅行*-*·2020-09-14 15:49

MyBatis动态sql

__biz=MzIwMzY1OTU1NQ==&mid=224749349

fashion-code·2020-09-14 07:32

10分钟搞定OTU的互作网络分析相关性联系图+MENA使用教程！

科研小伙伴们，如果你是从事肠道菌群、微生物组、基因组、蛋白组、代谢组等组学分析，那就离不开一个强大的互作网络绘图软件CYTOSCAPE，安装过程在之前写的文章cytoscape安装及使用-1中已经安利给大家了，不过使用的教程还没完成。今天我想给大家介绍一个联合MENA网站进行相关性分析的cytoscape操作教程，如果想我继续发布其他内容请多多点赞，我看到会很高兴哒！因为自己也很咸鱼，懒散发布文章

香蕉苹果椰子汁·2020-09-13 15:29

扩增子图表解读5火山图：差异OTU的数量及变化规律

作者:刘永鑫日期：2017-7-1阅读时长：10min背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括：16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组，其中以扩增子研究最为广泛。目的意义本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增子相关文献，来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息，以及作者想表达的结果。主要内容本系列文章内容包括：箱线图

刘永鑫Adam·2020-08-25 17:52

随手“一片”SCI，Qiime2扩增子处理流程确定不了解一下？

文章目录conda安装qiime2导入数据制作Manifest和Metadata表Import数据查看原始数据质量DADA2去噪、去嵌合体和生成OTU构建进化树绘制稀释曲线计算物种多样性物种组成分析基于

Neptuneyut·2020-08-25 01:55

佛说：若无相欠，怎会遇见

__biz=MzA3OTU5NTU5OQ==&mid=2651764115&idx=2&sn=c4ae02b6f95bb5a4fce70dde0b2697e1&chksm=844b04b3b33c8da5c806a05728468d16e8bb1fa3ceb75f14fbfb902728a601a7c88d89d2fef8&

土豆学生信·2020-08-23 06:22

【阿里云服务器】在Centos6.5上安装与配置MySQL

看了王皓的阿里云centos安装配置mysql数据库的视频，地址为http://v.youku.com/v_show/id_XNDc5OTU4NTI0.html?

萧逸凡·2020-08-21 21:01

奔跑吧同学（3）

同学们纷纷开始大撕，内奸董庆辉把六位同学otu。王紫安将三位同学ote,然后自己没了，最后胜利的事内奸。

热血冷风v·2020-08-21 04:57

来生，我依旧等你！

__biz=MzA3OTU5NTU5OQ==&mid=2651764153&idx=1&sn=56de565ff513c07d9f158c9d4b0db6aa&chksm=844b0499b33c8d8f37fd7db0837c63e04a0a75bb77c6493b641e34696aab4c8b9cae1c9b8687&

土豆学生信·2020-08-19 06:36

扩增子统计绘图3热图：样品相关分析，差异OTU

写在前面优秀的作品都有三部分曲，如骇客帝国、教父、指环王等。扩增子系列课程也分为三部曲：第一部《扩增子图表解读》：加速大家对同行文章的解读能力。第二部《扩增子分析解读》：学习数据分析的基本思路和流程。第三部《扩增子统计绘图》：即是对结果进行可视和统计检验，达到出版级的图表结果。《扩增子统计绘图》系列文章介绍《扩增子统计绘图》是之前发布的《扩增子图表解读》和《扩增子分析解读》的进阶篇，是在大家可以看

刘永鑫Adam·2020-08-18 12:31

关于我的UVM验证的第一个程序

overhead被破坏掉的OTNframe重新插入正确的fas信号既f6f6f6282828,一共48bit.这个程序一共有4部分组成，分别是：fasregen_env下的fasregen_checker和otu4

xr4111·2020-08-13 23:54

（WDM）波分复用的总结

一个波分系统包含很多的功能单元，如光转发单元（OTU),用于转发客户侧数据业务到线路侧的光口；光合波单元（OMU)和光分波

A happy hamster·2020-08-12 09:40

更新一下，H3D的一些进展

engine-run.mp4http://www.h3d.com.cn/downloads/h3d2_engine-gee.mp4低清晰度http://v.youku.com/v_show/id_XMjYzOTQ1OTU2

puzzy3d·2020-08-10 18:09

GraPhlAn：最美进化树或层级分类树学习笔记

文章目录Graphlan可视化进化树GraPhlAn简介素颜vs美化认识软件参数分支控制，一般不做控制组合命令控制注释阴影的半径一般全局参数节点基本参数节点对应的形状节点注释枝条参数环参数进化树实战构建OTU

刘永鑫Adam·2020-08-08 01:04

QIIME 2用户文档. 5粪菌移植分析练习Fecal microbiota transplant (FMT) study

文章目录前情提要QIIME2用户文档.5粪菌移植分析练习启动QIIME2运行环境实验数据下载序列质控评估生成特征表和代表性序列查看去噪过程统计合并不同批的代表序列和特征表表1.OTU表总结表2.样品数据量分布表

刘永鑫Adam·2020-08-08 01:32

USEARCH11新功能——OTU表抽平otutab_rare

http://www.drive5.com/usearch/manual/cmd_otutab_rare.html稀疏、抽平otutab_rare抽样OTU比至某个指定数据量，方便比较Alpha多样性，

刘永鑫Adam·2020-08-08 01:31

微生物组核心OTU鉴定usearch otutab_core

扩增子分析神器USEARCH简介v11新功能v11命令大全扩增子分析神器VSEARCH分析流程2.8.1中文帮助文档otutab_corehttp://www.drive5.com/usearch/manual/cmd_otutab_core.html鉴定核心微生物组——大多数样品中出现的OTUs，这也是Usearch11新增的功能。本质上是统计每个OTUs在大量样品中出现的频率。比如在所有样本中