OTU

使用网络图展示Venn图集合及Cytoscape操作视频

微生物OTU在植物不同组织中的存在及交集关系，作者使用网络图作为呈现。图中各个圆形小节点代表不同的微生物OTU，不同颜色表示其属于不同的分类；3个大节点代表植物不同部位的组织。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:25

PICRUSt2：OTU/ASV等16S序列随意预测宏基因组，参考数据库增大10倍

现推出PICRUSt2https://github.com/picrust/picrust2具有以下三大优势：任何OTU/ASV直接预测功能；数据库扩大10倍；一条命令完成全部分析。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:20

PICRUSt：16S预测宏基因组-扩增子分析锦上添花

写在前面16S分析能获得的信息比较有限，一般找到差异OTU，就很难再深入分析了。如何把差异OTU与细菌自身的基因组功能建立联系呢？很多人在这方面做出了努力。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:48

R语言笔记1：数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）

举个例子，扩增子分析从fastq到OTU表至多是denovo或reference两种套路(1-3天)。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:45

QIIME 的 OTU分类

QIIME提供了3种OTU分类流程，分别为denovo,closed-reference和open-reference。
ylluX·2020-07-31 19:47

叶问【转自知数堂微信公众号】

__biz=MzI1OTU2MDA4NQ%3D%3D&hid=15&sn
weixin_30319153·2020-07-30 02:26

使用R，ggplot2绘制NMDS图

使用R，ggplot2绘制NMDS图输入文件准备mapping.txt：样品名与分组信息otu.txt:otu表文件下载:https://github.com/tangshanshaolu/R_test.git
邵露露·2020-07-15 06:48

计算机内部的二进制存储

watermark/2/text/aHR0cDovL2Jsb2cuY3Nkbi5uZXQvcXFfMzQ0OTU1MDI=/font/5a6L5L2T/fontsize/400
性感龙虾·2020-07-13 10:05

ggbiplot-最好看的PCA作图：样品PCA散点+分组椭圆+主成分丰度和相关

我立即使用本领域的OTU表上进行了测试，效果很好，现分享给大家，欢迎大家留言补充。ggbiplot简介ggbiplot是一款PCA分析结果可视化的R包工具，可以直接采用ggplot2
刘永鑫Adam·2020-07-12 15:14

打造漂亮的文章

3375$HK0[Y7JN~0K]4OTU3F.pn
刘小帅·2020-07-12 06:37

利用Gephi软件绘制网络图

网络属性、预览和标签参考文献猜你喜欢写在后面作者：中国科学院天津工业生物技术研究所王敬敬博士利用Gephi软件绘制网络图1.生成物种相关性矩阵此步骤需要在R语言环境下运行，依赖psych包，输入文件为典型的OTU
刘永鑫Adam·2020-07-09 00:21

QIIME 2用户文档. 3老司机上路指南(2018.11)

老司机上路前的几点建议数据处理步骤数据导入样本拆分双端合并去除非生物序列相似序列分组去噪OTU聚类物种分类分析特征表获得新发现数据导出新的插件附录1.可导入的重要数据格式附录2.可导入的重要数据类型译者简介
刘永鑫Adam·2020-07-09 00:21

STAMP学习和使用

STAMP对于otu画图1.下载网址：http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP点击下载2.直接安装3.运行步骤以两组间进行比较为例准备两个文件：otu表和分组信息Otu表行为
weixin_42016110·2020-07-08 20:20

007-16S序列分析，OTU表格及分类

网站http://www.qplot.cn:3838/apps/007-16S_OTUtax/这是一个整合多个分析的APP，导入OTU丰度表格以及注释信息，可以进行各级别统计、聚类、PCA、柱形图。
quan575·2020-07-07 04:57

R语言：数据筛选match

数据筛选是在分析中最常用的步骤，如微生物组分析中，你的OTU表、实验设计、物种注释之间都要不断筛选，来进行数据对齐，或局部分析。今天来详解一下此函数的用法。
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:27

扩增子分析神器USEARCH简介

在扩增子分析领域的OTU聚类最受欢迎，单人发文至NatureMethod，而且目前已经集成了全部扩增子分析流程。截止2017年10月9日，Googlesch
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:54

手把手重现Science的主图Maptree

文章目录手把手重现Science的主图-Maptree写在前面输入文件开始运行初步绘制maptree图形按照物种分类信息上色按照OTU差异进行上色补充一：ggraph版本的物种分类树猜你喜欢写在后面手把手重现
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:22

python里使用iterrows()对dataframe进行遍历

假设我们有一个很简单的OTU表：现在对这个表格进行遍历，一般写法为：importpandasaspdotu=pd.read_csv("otu.txt",sep="\t")forindex,rowinotu.iterrows
邵露露·2020-07-06 02:46

Camtasia Studio 9录制高清、超清视频教程

熊出没奇幻空间片段】为例进行高清超清视频的录制并生成高清MP4格式录制工具：CamtasiaStudio9中文版高清视频素材：【熊出没片段】http://v.youku.com/v_show/id_XMjc3NzA2OTU1Mg
kesjc2017·2020-07-02 06:25

走进波分 -- 04.波分系统与OTU

1.波分系统在通信网中的位置所有的设备通过光纤连接在一起实际网络连接图：FBB或MBB的设备，通过光接口首先连接到波分设备上，然后通过波分设备，连接到实际的线路光纤。MBB/FBB设备之间的连接是虚连接，在网络设计中也是一种逻辑的设计为什么一定要用波分设备？一般的设备，光接口最远80km，其次光接口一般采用灰光，一根光接口就要占用一对光纤，因此在骨干网中，SDH/IP设备就会面临着传输距离与光纤资
世界非世界，是名世界！·2020-07-01 23:38

走进波分 -- 06.波分系统基本构成之OTU

开放系统的主要特点：客户侧输出灰光信号，由波分设备上的OTU实现灰光信号向波分的彩光信号的转换，对于80波的设备，一般需要80对OTU单元，这种开放式系统是目前最为常用的应用场景，基本上占据了90%以上的占有率便于运营商分不同种类的设备分开招标
世界非世界，是名世界！·2020-07-01 23:38

java jvm优化（二）CMS与G1对比

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go大鸡腿·2020-06-28 21:50

子网合并（上）--理论讲解

url=oTu3HBAE6edpRqhGQFWOSxPJEpxP_ei1Wb-_pbHIfqbGn8qJdryXG4_1BeOf55o_各个子网的ip地址分布和可以容的最大主机数：IP地址根据网络ID的范围从大到小分为五类
风中静行·2020-06-26 16:40

提取OTU表格中分类学名称

在分类学注释结果中，物种的分类学名称包含所有的分类学水平，在绘制相对丰度图或绘制热图时，需要对分类学名称进行处理，只保留我们需要的分类学水平。这里以L4水平为例，用到的函数为gsub函数（http://www.endmemo.com/r/gsub.php）gsub(pattern,replacement,x,ignore.case=FALSE,perl=FALSE,fixed=FALSE,useB
一个人旅行*-*·2020-06-25 23:43

2019年还没用买呗联盟，那你肯定otu了

2019年什么最流行，当然是美女帅哥，炸鸡可乐。对于怀揣着少女心的女孩来说，能占据心房的无非就是帅气爆棚的小哥哥，还有就是疯狂的购物啦。对于当今火爆的明星小哥，了解不多也就知道有几位出名的譬如2018年C位出道的蔡徐坤，还有易烊千玺等等。在他们身上花钱可是很多迷妹的一大乐趣，线上代言的店铺商品，线下的演唱会活动，反正是能用钱买来的一个都不能落下。另一大乐趣就是shopping啦，约上三五好友，找好
MT_eb8a·2020-04-07 13:44

微生物多样性知识点

微生物多样性或者宏基因组分析中，往往有几个出现频率很高的词，比如OTU，群落结构，alpha多样性，beta多样性。今天就来通过分析思路上（主要围绕微生物多样性）给大家解释一下这些高频词汇。
thinkando·2020-04-05 02:22

200G Single Wavelength Muxponder

User-configurablemuxponderandtransponderoperationmodes•Supportedclients:10/40/100GbEthernet,8/16/32GFibreChannel,OC192/STM64SONET/SDH,OTU2
wx5e7ad281a1001·2020-04-01 18:04

200G Single Wavelength Muxponder

User-configurablemuxponderandtransponderoperationmodes•Supportedclients:10/40/100GbEthernet,8/16/32GFibreChannel,OC192/STM64SONET/SDH,OTU2
wx5e7ad281a1001·2020-04-01 18:00

文献（动脉粥样硬化代谢与微生物关系）

②我们构建了一个由274个OTU组成的共丰度网络，并将它们聚为24个共丰度组(CAGS)，并识别出不同cad组之间显
苏可_7fe6·2020-03-24 10:55

001-venn在线维恩图工具

使用介绍：上传表格文件（CSV格式、或制表符分隔的文件），将以第一列为行名，计算每列非0的OTU集合。示例：name,1,2,3,4,5OTU1,23,4,5,6,6OTU2,4,0,
quan575·2020-02-28 07:34

《区块链2.0实战》赠书活动

__biz=MzU4OTU0MzY1MQ==&mid=2247486328&idx=2&sn=5fd93dadee69ee7a1bbbed54f3cd2d67&chksm=fdcaaaf4cabd23e206387889f53d4689632579060d5185d9ebaa5529cb4a70671a08d6a322db
郭编辑Betty·2020-02-26 15:43

如何打造你的朋友圈？

在微信横流的时代不懂得发朋友圈不懂得利用朋友圈你就OTU了可是要怎样打造自己的朋友圈呢很多朋友会问到这样的一个问题网络小王子认为打造朋友圈需要三心二意呵呵，不懂了吧什么是三心二意呢？
辉哥说网络·2020-02-23 17:03

微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）—OTU聚类与物种注释方法描述

一、OTU聚类a)序列按照97%相似度（Identity）划分OTU，获得OTU表格，可以观测样品OTU分布情况；b)主要步骤：①去重复，去单序列获得OTU代表序列；②将所有序列和OTU代表序列，按照97%
JarySun·2020-02-18 00:36

Core Animation

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默默_David·2020-02-10 06:17

Qiime1-17.PICRUSt-16S预测宏基因组？

但是PICRUSt工具可以帮助我们基于16S扩增子测序所得的OTU丰度推测基因丰度从而得到功能信息。本节我们就来介绍PICRUSt的使用。
jlyq617·2020-02-06 17:35

2018-05-13【文创行业】上市公司艺人经纪收入排行榜 最高是？

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Sela音乐观察·2019-12-27 07:34

微生物组16S rRNA数据分析小结：从OTU table到marker物种

笔记内容：由二代测序产生的序列数据（.fastq）到OTUtable，距离矩阵，物种多样性指数，序列的进化树及物种注释信息的可分析数据，为常规分析流程。可以使用usearch,vsearch,qiime等分析软件实现，在必要的时候需要根据序列信息的具体情况编写脚本予以实现。本笔记描述的是微生物组16SrRNA的数据分析阶段，大概包括哪些内容，如何通过python和R来实现，大概会遇到什么问题以及如
GPZ_Lab·2019-12-25 04:37

2018-04-27

__biz=MzIwMTE3NDU4NQ==&tempkey=OTU1X2dha3JWTk02V3pFd003T0RJay16TkIwLVdkbHdIVXBFZEdKNE9MRUd2Y0hxRXRkQXExY1JMLTB4S1JvYXV1bWE4Wk40NGRMcEJfWEhIcVhkOS1IVmU1S0hycHVoNU12RFFMdk1iRU
LessMore多少定制·2019-12-22 17:38

2018-02-03

~5~A&&f=50716267&o=0&from=y1.2-3.4.11一个月快速搜集300个妹子微信号的秘籍密码：cf4602.http://v.youku.com/v_show/id_XMjk2OTU4M
争标·2019-12-21 14:18

微生物组16S rRNA数据分析小结：从fastq测序数据到OTU table

笔记内容：由二代测序产生的序列数据（fastq格式）到物种丰度的OTUtable，样本群落距离矩阵，物种多样性指数，序列的进化树及物种注释信息的分析结果，为常规分析流程。可以使用usearch,vsearch,qiime等分析软件实现，在必要的时候需要根据样本信息的具体情况编写脚本予以实现。以下为双端测序(pair-end)产生的fastq格式数据常规分析流程，包括：fastqc及multiqc(
GPZ_Lab·2019-12-12 01:53

为伊消得人憔悴，精神分裂？菌-肠-脑轴

精神分裂症患者肠道微生物群调节小鼠谷氨酸-谷氨酰胺-氨基丁酸循环和精神分裂症相关行为研究显示，与健康对照（HC）相比，精神分裂症（SCZ）患者肠道菌群的α-多样性降低，且菌群组成改变：韦荣球菌科等的23个OTU
量子医疗·2019-12-02 09:26

随机森林分析第一波

随机森林分析在宏基因组数据分析中还是蛮常见的，所以这里整理一个常规的分析案例1|数据准备1.1菌群数据图一菌群数据-OTU1.2样品信息数据图二样品信息数据2|直接贴代码#Forwindowssystem
Dayueban·2019-11-28 06:24

Quality control for OTU sequences 信息搬运

信息来源：https://www.drive5.com/usearch/manual/otu_qc.htmlAmpliconreadsoftencontainartifactswhicharenotfilteredbymyrecommendedpipelinebecausetheyvarywidelyindifferentdatasetsanditwouldbedifficulttoaccount
代号北极能·2019-06-28 22:52

怎么更改自己IP地址 切换电脑本机IP软软件哪个好用

在如今互联网时代，如果不懂点网络知识，那肯定otu，不然你什么都不知道，，现在什么都是用网络科技信息化等等一些高科技东西，例如现在出门都不带现金了，吃饭买东西娱乐等等都可以一个手机就可以解决，是的你没有听说
深度技术人·2019-04-21 15:00

用卷积神经网络(CNN)实现cifar_10图像识别分类

资源链接无数据集纯代码链接：https://pan.baidu.com/s/1w20ZUkwaYw22qXIRWw2NXA提取码：csco带数据集和代码链接:https://pan.baidu.com/s/1OTu17l
懒骨头707·2019-03-28 13:25

微生物组16S rRNA数据分析

原文链接：https://www.jianshu.com/p/920a5ce3a7a0微生物组16sRNA数据分析常规流程：划分OTU，构造距离矩阵，分析物种多样性指数，构建序列的进化树及物种注释信息。
HerinaYang·2019-03-13 16:53

数据可视化-自制powerBI作品汇总（持续更新）

eyJrIjoiNDNlNzBkNDEtOWU5Yy00ZjlhLTlhZTktZjMxYTMzZGM1ZjMzIiwidCI6ImU4OGQ5ODBhLWQyYjAtNGEzMS05NWZhLTUxOTg2OTU3OTE2OCIsImMiOjN9
chongminglun·2019-03-04 19:06

【生信】用USEARCH 进行Alpha,Beta,进化树等分析操作

基于USEARCH进行Alpha,Beta,进化树等分析操作上回收到，使用USEARCH处理完双端测序数据，生成OTU丰度表及代表性序列。
游骑小兵·2019-03-01 11:47

【生信】联合使用 vsearch+usearch11+QIIME 处理双端测序数据

输入双端测序数据，最终得到OTU丰度表以及相关的系统发育树。#!/bin/bash###使用vsearch+usearch11
游骑小兵·2019-03-01 11:00

【生信】使用VSEARCH处理双端测序数据

本文以VSEARCH为例，从输入双端测序序列到最终OTU表的生成。#!/bin/bash###使用VSEARCH处理双端测序数据###目标是得到OTU表和注释信息##################
游骑小兵·2019-03-01 11:48
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