P-value

你最关心的差异基因是怎么挑出来的？！

差异基因分析做基因表达分析时必然要做差异基因分析，做差异基因分析最常用的软件就是DESeq2，使用DESeq2对两组进行比较，得到显著性P-value，P-adjust值和基因间的差异倍数（FoldChange
华联科生物·2020-04-03 21:01

癌症基因组重测序分析三/四

Pre-phasingPhasing&Pre-phasing2.碱基质量评估方法：Q20，Q30Q20：该碱基的出错率为0.01；Q30：该碱基的出错率为0.001；因此可以得到一个质量Q=-10Log（P-value
Cherie_Lee·2020-03-28 08:22

R语言可视化学习笔记之添加p-value和显著性标记

上篇文章中提了一下如何通过ggpubr包为ggplot图添加p-value以及显著性标记,本文将详细介绍。
taoyan·2020-03-24 22:20

R语言可视化学习笔记之相关矩阵可视化包ggcorrplot

image基于ggplot2包以及corrplot包的相关矩阵可视化包ggcorrplot，ggcorrplot包提供对相关矩阵重排序以及在相关图中展示显著性水平的方法，同时也能计算相关性p-value
cppcwang·2020-03-14 11:40

［图解DS基础概念］Critical value，Alpha，Z－score，P－value 关系

P－value是用来显示试验结果的zscore的显
不会停的蜗牛·2020-03-04 08:38

【科研猫】3分钟了解GO/KEGG功能富集分析（三）

阅读文献时，大家遇到最多的就是柱状图（一般是水平柱状图），柱子的高低与p-value相关，柱子越高则越显著。我也问过很多人，喜欢哪种图片来展示功能
科研猫·2020-03-01 08:44

「r<-统计」统计检验函数汇总

连续型数据基于正态分布的检验均值检验t.test(1:10,10:20)#>#>WelchTwoSamplet-test#>#>data:1:10and10:20#>t=-7,df=19,p-value
王诗翔·2020-02-02 22:11

相关分析 correlation analysis in r #rstat#

底层函数能够同时计算变量矩阵中变量间的相关系数（cor），但假设检验只能一对一对的进行（cor.test），而借助包psych中的core.test函数则能同时报告相关系数及相应的p-value。
董八七·2020-01-08 21:22

【统计与检验-1】Shapiro-Wilk检验

n（8shapiro.test(rnorm(100,mean=5,sd=3))shapiro-Wilknormalitytestdata:rnorm(100,mean=5,sd=3)W=0.9926,p-value
lanzinuo·2020-01-04 20:52

python中p-value的实现方式

案例：tt=(sm-m)/np.sqrt(sv/float(n))#t-statisticformeanpval=stats.t.sf(np.abs(tt),n-1)*2#two-sidedpvalue=Prob(abs(t)>tt)print't-statistic=%6.3fpvalue=%6.4f'%(tt,pval)t-statistic=0.391pvalue=0.6955链接：http
CS青雀·2019-12-16 16:40

差异分析：fold change(差异倍数)、P-value(差异的显著性)

在做基因表达分析时必然会要做差异分析（DE）DE的方法主要有两种：Foldchanget-testfoldchange的意思是样本质检表达量的差异倍数，log2foldchange的意思是取log2，这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值，之间的差距缩小。Let'ssaythereare50readcountsincontroland100readcountsintreatmentforge
生信义博·2019-12-07 22:13

R01:一元线性回归

snake)|t|用于描述系数显著性，越小越好，一般应小于0.05，约小说明模型系数越有效3.AdjustedR-squared:说明模型拟合程度，越大说明拟合的越好，原则上应大于0.804.F统计的p-value
斯沃勒科教工作室·2019-12-07 01:09

Time Series ARIMA

这种不算是stationary吧】这里我们使用DickerFullertest是不是stationary.使用adfulleradfullertest出来的结果里包含了一个ADFTeststatistics,P-value
98Future·2019-11-27 16:22

链家广州二手房的数据与分析——数据分析2

的ad.test()分别对三个主要因素（面积，总价和均价）进行正态分布检验，结果显示这三个变量都不满足正态分布，而Q-QPlot的表现方式就更直观了：房子的面积ad.test(house$area)#p-value
yukiwu·2019-08-11 12:00

你如何在未来的大数据和AI 领域，获得一份不错的工作？

1、你需要牢固掌握概率统计学，并学习和掌握一些算法，比如朴素贝叶斯、高斯混合模型、隐马尔可夫模型、混淆矩阵、ROC曲线、P-Value等。不但要理解这些算
GitChat头条·2019-06-26 20:00

如何理解GWAS中Manhattan plot和QQ plot所传递的信息

Manhattanplot（曼哈顿图）比较简单，它是把GWAS分析之后所有SNP位点的p-value在整个基因组上从左到右依次画出来。并且，为了可以更加直观
黄树嘉·2019-03-19 22:55

(R，线性回归)R语言里的模型诊断图（Residuals vs Fitted，Normal QQ ， Scale-Location ，Residuals Leverage）

在任何线性模型中，能够直接“lm”（模型有意义），既要考虑各个参数的t-test所得出的p-value，也要考虑总体模型F-检验得出的p-value。在这之后，还要清楚一个线性模
SteveMiller·2019-03-08 20:11

T检验、卡方检验以及p-value

当我们将样本中得到的结果推论到总体时，如果样本恰好只是个别现象，或者样本数目过少时，就会出现误差。所以我们就可以提出一个假设(Hypothesis)，假设样本的结果可以推论到总体，而检验这个假设是否靠得住就可以通过统计学家们提出的检验方法来计算得出，这些检验方法就包括了T检验、F检验、卡方检验等，通过这些检验的方法得到的检验统计量，我们就可以进一步计算出在假设为真时，样本结果出现的概率，这样我们就
敲代码的quant·2019-02-23 20:25

P-value

P值在数学上对应着分位数方程；应用（百度百科）统计学根据显著性检验方法所得到的P值，一般以PF，也可写成Pr(>F)，P=P{F0.05>F}或P=P{F0.01>F}。P值的意义1.P值是一种概率，一种在原假设为真的前提下出现观察样本以及更极端情况的概率。2.拒绝原假设的最小显著性水平。3.观察到的(实例的)显著性水平。4.表示对原假设的支持程度，是用于确定是否应该拒绝原假设的另一种方法。
程序员杂谈·2018-11-21 20:16

精通数据科学：从线性回归到深度学习-学习笔记

第三章，数学基础：3.1矩阵和向量空间标量、向量与矩阵特殊矩阵矩阵运算代码实现向量空间3.2概率：量化随机定义概率：事件和概率空间条件概率：信息的价值随机变量：两种不同的随机正态分布：殊途同归P-value
程序员杂谈·2018-11-14 14:55

假设检验(hypothesis testing)及P值(p-value)

前一篇t检验的文末提到了P值的概念，P值实际上是医学统计中很常用的一个概念，那么这篇文章继续讲解什么是P值。说到P值，就得先从假设检验说起。首先声明，此篇的内容是来自"马同学高等数学"微信公众号的内容。目录1、什么是假设检验2、P值2.1为什么要把更极端的情况加起来？3、显著水平4、与置信区间的关系参考文献：1、什么是假设检验抛硬币是概率统计学中很经典的一种实验方法，也是我们生活中一种常见的决策手
Tonywu2018·2018-11-09 19:40

用p-value检验Null hypothesis

如果我们有一个假设，称之为nullhypothesis（原假设），Statisticalhypothesistest（统计假设检验）就是检验被观察的事件是不是属于nullhypothesis。而significancetest（显著性检验）是希望nullhypothesis被否定的检验。例如，检测AB两个事件是否相关，约定俗成的是AB不相关为nullhypothesis。而检测到相关是bychan
HeiLeo·2018-08-10 03:52

ADF: Augmented Dickey-Fuller Test

其初始假设nullhypothesis是该序列不稳定，检测可以有两种途径，一是统计量小于特定拒绝域值；二是p-value大于相应域值。如果是，则拒绝假设，认为序列是稳定的。
李彪_哈工大·2017-12-10 02:53

摘要

如理解：采样分布、标准差、标准误差、置信区间、空分布、P－value。
四脚怪·2017-12-03 04:04

关于P-value，及显著与多重检验校正

P-value：通俗的说就是--犯错误的概率。在任何一个严谨的科学测量中，我们判断两个数值是否有差异，必须要考虑这个差异可能来源两个方面：可能是真实的差异，也可能来自检测误差。
sober01·2017-10-14 16:29

浅谈p值（p-value是什么）

当我们说到p-value时，我们在说什么？“这个变量的p-value小于0.05，所以这个变量很重要”........你真的知道自己在说什么么？？？这个p-value到底是个什么鬼？
QY小土豆·2017-10-05 17:51

R语言可视化学习笔记之相关矩阵可视化包ggcorrplot

基于ggplot2包以及corrplot包的相关矩阵可视化包ggcorrplot，ggcorrplot包提供对相关矩阵重排序以及在相关图中展示显著性水平的方法，同时也能计算相关性p-value安装方法就不提了
taoyan·2017-06-12 10:35

P-value个人理解

最近见到p-value的频率有点高，之前也看到很多次了，基本当时懂了过几天就忘记了，整理下。P值定义[from：百度百科]P值即概率，反映某一事件发生的可能性大小。
u011331731·2017-06-04 13:00

R语言中执行KS检验

单样本）检测数据集X是否符合正态分布,100个数x=rnorm(100)ks.test(x,"pnorm)One-sampleKolmogorov-Smirnovtestdata:xD=0.12261,p-value
Jack_丁明·2017-05-31 16:10

R语言绘制正太分布图，并进行正太分布检验

画样本概率密度图sssum(abs(s-mean(s))sum(abs(s-mean(s))shapiro.test(s)Shapiro-Wilknormalitytestdata:sW=0.9987,p-value
IT界的小小小学生·2016-12-27 10:24

概率统计＆假设检验-1

我是快乐的小学渣××××××××××××××××××××××××××××××××××（参考http://blog.sina.com.cn/s/blog_6b1c9ed50101l02a.html）(1)p-value
dengleize6745·2016-10-26 11:00

R实战之从头到尾分析广告数据集

比如：置信区间（confidenceinterval）、t-statistic、p-value、R2statistic和F-statistic等一些概念。我会用具体的数据集来分析这些值分别意味着什么？
xlinsist·2016-07-10 20:00

R回归诊断广义线性模型非线性模型

正态分布检验正态性检验:函数shapiro.test()P>0.05,正态性分布0.05的p值通常被认为是可接受错误的边界水平(p-value)方差分析，F检验不显著，Pr>0.05p值为结果可信程度的一个递减指标
余音丶未散·2016-06-03 09:26

假设检验中的P值 与显著性水平的联系

用SAS、SPSS等专业统计软件进行假设检验，在假设检验中常见到P值(P-Value，Probability，Pr)，P值是进行检验决策的另一个依据。P值即概率，反映某一事件发生的可能性大小。
shenxiaoming77·2016-05-19 10:00

假设检验p-value，FDR，q-value

一、p-value相关0.单个假设检验中主要依靠p值(或统计量t)做出是否拒绝零假设H0的决定：p-value和预先设定的检验水准alpha做对比，如果p-value小于等于alpha，拒绝原假设，否则不拒绝原假设
Honglei_Ren·2016-04-13 16:41

多重检验中的FDR错误控制方法与p-value的校正及Bonferroni校正

看下面边的文字之前，可以先看一下NatureBiotechnology27,1135-1137(2009)上面的一篇参考文献，感觉非常值得一读：Howdoesmultipletestingcorrectionwork?pvalue,qvalue,FDR数据分析中常碰见多重检验问题(multipletesting).Benjamini于1995年提出一种方法,通过控制FDR(FalseDiscove
Honglei_Ren·2016-04-13 15:11

效应大小：effect size(ES)

在一般统计分析中，一般我们只报告统计量F或t值，与p-value；实际上这些统计量对数据的描述只是描述了一小部分；传统的描述还应包括样本量，样本均数与标准差；但这些传统的描述量基本只
Honglei_Ren·2016-04-13 15:31

boost 统计分布之正态分布

项目要计算一个联配（alignment）的显著性，用p-value来衡量。随机联配做背景分布，而随机联配是正态的。学习了一下boost的数学分布。太好用了，妈妈再也不用担心我写错公式了。。。
zzucaicai·2016-01-20 15:00

P-Value P值的含义

如果是检验问题，p值反映的是样本数据支持原假设的证据，p值越大，证据越强。 p值就是在原假设下，该总体出现现有数据的概率，或者说在现有数据下，原假设成立的一种合理性，p值越大，原假设成立的可能性就越大。 p值越少，就说明原假设成立的可能性越小。通常当p值小于0.05时，就认为原假设不成立。   P值就是当原假设为真时所得到的样本观察结果或更极端结果出现的概率。如果P值很小，说明这种
·2015-11-08 10:43

P-Value

  先看下面例子： 先模拟产生50个服从N(0,1)的样本，这里要用到下面的语法COMPUTE x = RV.NORMAL(0,1) .EXECUTE .如 果要检验这50个x值的样本是否服从正态分布，可作One-Sample Kolmogorov-Smirnov TestNPAR TESTS   /K-S(NORMAL)= x  /MIS
·2015-10-31 10:06

R in action读书笔记（10）-第八章：回归-- 异常观测值 改进措施

outlierTest()函数可以求得最大标准化残差绝对值Bonferroni调整后的p值： > library(car) > outlierTest(fit) rstudent unadjusted p-value
·2015-10-28 09:04

probability calculator 商业和免费的组件

p-Value Calculator for the Student t-Test (Probability, p-value) http://www.danielsoper.com/statcalc
·2015-10-27 15:51

R programming, In ks.test(x, y) : p-value will be approximate in the presence of ties

Warning message: In ks.test (x, y) : p-value will be approximate in the presence of ties &
·2015-10-21 12:21

P-Value检验和假设检验

用SAS、SPSS等专业统计软件进行假设检验，在假设检验中常见到P值(P-Value，Probability，Pr)，P值是进行检验决策的另一个依据。P值即概率，反映某一事件发生的可能性大小。
wenyusuran·2015-02-02 12:00

使用R完成正太分布检验

norm_expressionssum(abs(s-mean(s))sum(abs(s-mean(s))shapiro.test(s)    Shapiro-Wilknormalitytestdata: sW=0.9987,p-value
yucan1001·2014-04-12 18:00

数学之路(3)-数据分析(11)

Shapiro-Wilk normality testdata:  cp$产量.台.W = 0.9671, p-value = 0.7903当p值小于某个显著水平a(如0.05)时，认为样本不是来自于正态分布的总体
u010255642·2013-06-25 14:00

Intuition of P-value

Let'suseanexampletodemonstrateit. Wesupposeacoinflipisfair(null hypothesis:H:p=0.5). Webegintoexperiment,andtosscoins20times.Butwefoundthecointuningupheads14times.Canwebelieveoursupposition? Let'ssupp
breeze_gao·2013-02-18 19:00

关于逻辑回归中的Enter以及stepwise的区别

Enter：所有X一次性全部进入Forward：X一个一个进，每次进入P-value最小的X，直到未进入的X都不significantBackward：所有的X先一次性进入，然后一个一个剔除，每次剔除P-value
turkeyzhou·2012-11-01 14:00

Khan公开课 - 统计学学习笔记：（七）伯努利分布、置信区间、t分布、p-value和第一型错误

伯努利分布（BernoulliDistribution）BernoulliDistribution是最简单的二项式分布，只有两个选择，YorN，以0表示N，1表示Y。在日常生活中也比较常见，符合非黑即白的二元思维，例如投票预测。假设p表示Y（1）的概率，那么N（0）的概率为1-p。Mean或者期望值E（X）=μ=p方差，这在二项式方差中我们也推倒过。误差范围和置信区间在中心极限定理中的举例就是就是
flowingflying·2012-10-06 16:00

两列样本差异基因筛选

blog.sina.com.cn/s/blog_63329a920100o6yd.html两列样本数据的差异基因筛选方法：FoldChange法+FDR控制其中，FDR值的计算方法如下：1）对每个基因进行p-value
likelet·2012-05-29 14:00
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