P-value

【统计与检验-3】p-value,q-value and FDR

这时候我们就开始讨论是否可以提高cutoff，这样做是否正确，多大时能够使用，最后我们开始想是否可以用p-value进行筛选，于是我们开始对这些概念进行讨论，到底什么是p-value,fdr和qvalue
lanzinuo·2021-06-04 05:11

假设检验和P值

100只小鼠注射药物，结果分为：有作用和没作用这个例子中，零假设：没作用备择假设：有作用P值：零假设成立或者更极端情况下的概率概念：单个假设检验中主要依靠p值(或统计量t)做出是否拒绝零假设H0的决定：p-value
天秤座的机器狗·2021-04-30 20:55

R语言test函数均值和方差的检验

8.05,8.15,8.2,8.1,8.25)z.test(x=a,mu=8,sigma.x=0.2,alternative="two.sided")One-samplez-Testdata:az=1.6771,p-value
Cachel wood·2021-04-15 23:17

11统计基础- 计算P值

p-value由三部分组成:随机的概率会产生观察结果。观察到其他同样罕见的事物的概率。观察到更罕见或更极端事物的概率。
不到7不改名·2021-04-13 20:00

【基础概念】P-values的解释

StatisticalSignificance1.HypothesisTesting首先了解一下hypothesistesting，在这里，p-value被用来决定结果的统计显著性（statisticalsi
CristinaM·2020-09-17 10:29

ggplot画图-分页and排序

输入数据Rscript#读取数据a2值和p-value值lm_labels<-function(dat){tmp=cor.test(dat$Rnum,dat$hits,method="pearson")
dingsheng56656·2020-09-16 14:44

多重检验中的FDR错误控制方法与p-value的校正及Bonferroni

数据分析中常碰见多重检验问题(multipletesting).Benjamini于1995年提出一种方法,通过控制FDR(FalseDiscoveryRate)来决定P值的域值.假设你挑选了R个差异表达的基因，其中有S个是真正有差异表达的，另外有V个其实是没有差异表达的，是假阳性的.实践中希望错误比例Q＝V/R平均而言不能超过某个预先设定的值（比如0.05），在统计学上，这也就等价于控制FDR不
xianjuke008·2020-09-15 01:56

如何找出 sklearn SelectBest 选出几个重要的特征名称（column name）

也能通过model.scores_和model.pvalues_来输出得分和p-value的值，如果特征量小，可以通过肉眼对比model.scores_来得知选出来的是哪几列，但是如果特征个数特别多，如何能通过排序方法知道排序结果
程序媛三妹·2020-09-14 20:21

R | 简单的学生检验（t-test）

百度百科：t-test主要用于样本含量较小（例如nXt.test(X,mu=4.5)OneSamplet-testdata:Xt=-0.93574,df=9,p-value=0.3738alternativehypothesis
尘世中一个迷途小书僮·2020-08-27 16:28

使用R完成正太分布检验

norm_expressionssum(abs(s-mean(s))sum(abs(s-mean(s))shapiro.test(s)Shapiro-Wilknormalitytestdata:sW=0.9987,p-value
肥萝卜使大力·2020-08-23 23:41

白话 P-value

白话P-value这个再通俗不过了~来源：李佳融Ricardo的日志准备再尝试一下，用大白话叙述一遍统计推断中最基础的东西（假设检验、P值、……），算是把这段时间的阅读和思考做个梳理（东西不难，思考侧重在如何表述和展示
chen_panpan·2020-08-23 01:32

假设检验：建立原假设的原则、方法

在和p-value联系学习时应当按“显著性水平是公认的小事件发生的概率”这一原理来理解（检验中计算出来的p值小于小事件发生的概率，即统计量如此取值的发生概率很小，以至于不应当在本次试验中表现出来，因此认为一定是本来的原假设出错了才会导致统计量如
Aris on A string·2020-08-21 22:18

R DESeq2 详解

DESeq2结果p-value和padj设为NA的理由：Noteonp-valuessettoNA:somevaluesintheresultstablecanbesettoNAforoneofthefollowingreasons
JasonKQLin·2020-08-21 00:09

p-value&FPR以及q-value&FDR

在测序数据中，我们经常能在差异统计表格看到P-value以及FDR值。而在生信数据的分析中，也会经常对P-value进行FDR校正。这么做的目的是什么，FDR校正的原理又是什么呢？
sixu_9days·2020-08-19 20:08

R语言可视化学习笔记之添加p-value和显著性标记--转载

https://www.jianshu.com/p/b7274afff14f?from=timeline#先加载包library(ggpubr)#加载数据集ToothGrowthdata("ToothGrowth")head(ToothGrowth)##lensuppdose##14.2VC0.5##211.5VC0.5##37.3VC0.5##45.8VC0.5##56.4VC0.5##610.
weixin_33749242·2020-08-18 12:04

ggplot2学习笔记系列之利用ggplot2绘制误差棒及显著性标记

个人博客:https://ytlogos.github.io/公众号：生信大课堂往期回顾R语言学习笔记之聚类分析R语言可视化学习笔记之ggpubr包R语言可视化学习笔记之添加p-value和显著性标记R
R语言中文社区·2020-08-18 11:19

R语言可视化学习笔记之添加p-value和显著性标记

个人博客:https://ytlogos.github.io/往期回顾R语言学习笔记之聚类分析R语言可视化学习笔记之ggpubr包上篇文章中提了一下如何通过ggpubr包为ggplot图添加p-value
R语言中文社区·2020-08-18 11:18

R语言可视化学习笔记之ggrepel包

个人博客:https://ytlogos.github.io/往期回顾R语言学习笔记之聚类分析R语言可视化学习笔记之ggpubr包R语言可视化学习笔记之添加p-value和显著性标记R语言可视化学习笔记之相关矩阵可视化包
R语言中文社区·2020-08-18 11:18

R语言可视化学习笔记之相关矩阵可视化包ggcorrplot

个人博客:https://ytlogos.github.io/往期回顾R语言学习笔记之聚类分析R语言可视化学习笔记之ggpubr包R语言可视化学习笔记之添加p-value和显著性标记基于ggplot2包以及
R语言中文社区·2020-08-18 11:18

多元线性回归OLS法求解-R语言自写代码

lm编程实现mlr|t|)','95%-lowerEstimate','95%-upperEstimate')result###系数估计结果a1=data.frame('F-statistic'=F,'P-value
小数点data·2020-08-17 16:13

boost 统计分布之正态分布

项目要计算一个联配（alignment）的显著性，用p-value来衡量。随机联配做背景分布，而随机联配是正态的。学习了一下boost的数学分布。太好用了，妈妈再也不用担心我写错公式了。。。
zzucaicai·2020-08-14 08:12

R语言可视化学习笔记之相关矩阵可视化包ggcorrplot

个人博客:https://ytlogos.github.io/往期回顾R语言学习笔记之聚类分析R语言可视化学习笔记之ggpubr包R语言可视化学习笔记之添加p-value和显著性标记基于ggplot2包以及
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:44

多重假设检验与Bonferroni校正、FDR校正

总结起来就三句话：（1）当同一个数据集有n次（n>=2）假设检验时，要做多重假设检验校正（2）对于Bonferroni校正，是将p-value的cutoff除以n做校正，这样差异基因筛选的p-valuecutoff
zhu_si_tao·2020-08-07 23:00

数据挖掘常见的 p-value 解读

0在统计的世界里经常听到p-value，那什么是p-value呢？
算法channel·2020-08-04 11:03

统计学知识回顾（三）

假设检验定义p-value单侧假设Z-统计量vsT-统计量第一类错误随机变量之差的方差样本均值之差的分布均值之差的假设检验定义在日常生活中我们常常需要做出决策，而我们在做决策时一定要预估事件可能发生的结果及概率
qq_40819816·2020-07-30 20:51

浅谈p-value

转至：https://www.jianshu.com/p/4c9b49878f3d硬币有正反两面，在概率中我们知道，出现正反面的概率各为50%（1/2），所以作为一个正常的硬币，如果我们投无限次后，结果一定会是正反各占50%。但是，如果我想知道自己手中的硬币，到底是不是正常的硬币，有没有做过手脚，在实际操作中是没办法投掷无限次的。因此，我们只能用有限的结果来判断“硬币是否为常规硬币”这个问题的答案
小小小爝·2020-07-28 06:50

白话p-value

本文用大白话讲述统计推断中最基础的东西，例如假设检验、P值，等。普通逻辑复习一下普通逻辑的基本思路。假设以下陈述为真：你打了某种疫苗P，就不会得某种流行病Q。我们把这个先决条件表述如下：如果P，则非Q。其中，P表示打了疫苗P，Q表示得流行病Q。或者，更形式化一点：ifPthenNOTQ然后，如果观察到你得了流行病Q，那么就可以推出你没有打疫苗P（这个推断只不过是上述前提条件的逆反命题而已）。我们把
zoubin1025·2020-07-15 13:46

R语言添加p-value和显著性标记

R语言添加p-value和显著性标记，原文链接https://mp.weixin.qq.com/s/gRw0krS3LY7c0QK9y47EJw作者简介Introductiontaoyan：伪码农，R语言爱好者
刘永鑫Adam·2020-07-15 09:31

统计基础4-常见概率分布与假设检验

目录常见离散分布0-1分布伯努利分布二项分布-BinomialDistribution离散均匀分布泊松分布常见连续分布均匀分布指数分布正态分布分布分布分布假设检验p-value样本均值样本方差置信区间第一类错误第二类错误
百分号·2020-07-14 08:13

废弃P-value，还是学学如何评估统计检验结果？

前几天，Nature上一篇comment再度引发关于p-value如何使用和解释的文章：Scientistsriseupagainststatisticalsignificance，800多名科学家联合声明拒绝使用基于
生信宝典·2020-07-13 09:52

scipy.stats.pearsonr - 皮尔森相关系数

函数：pearsonr(x,y)功能：计算特征与目标变量之间的相关度参数说明：1）输入：x为特征，y为目标变量.2）输出：r：相关系数[-1，1]之间，p-value:p值。
壮壮不太胖^QwQ·2020-07-12 15:56

重要 线性回归的特征选择 根据 P值， SelectKBest（识别哪些feature选中）, SelectPercentile 迭代选择

sklearn中的单变量选择法单变量选择法的主要思路是根据某些统计检验的方法分别对每个变量进行检验，得到一组分数、p-value数据，然后我们排序选择分数最高(或p-value最小等)的那些特征。在s
SamWang_333·2020-07-11 18:37

Khan公开课 - 统计学学习笔记：（七）伯努利分布、置信区间、t分布、p-value和第一型错误

伯努利分布（BernoulliDistribution）BernoulliDistribution是最简单的二项式分布，只有两个选择，YorN，以0表示N，1表示Y。在日常生活中也比较常见，符合非黑即白的二元思维，例如投票预测。假设p表示Y（1）的概率，那么N（0）的概率为1-p。Mean或者期望值E（X）=μ=p方差，这在二项式方差中我们也推倒过。误差范围和置信区间在中心极限定理中的举例就是就是
恺风·2020-07-11 06:13

【算法分析】多个对比算法的统计检验方法

第一个用于确定所有算法有显著差异，第二个生成p-value用于对比，最后一个用于矫正临界值alpha。如此对比结果才有说服力。
CS青雀·2020-07-06 14:02

p-value解析

2.用SAS、SPSS等专业统计软件进行假设检验，在假设检验中常见到P值方法(P-Value，Probability，Pr)，这是由于它更容易应用于计算机软件中3.统计学根据显著性检验方法所得到的P值，
XiaoKanZheShiJie·2020-07-01 14:29

R语言独立性检验-基础

>library(vcd)>mytablechisq.test(mytable)Pearson'sChi-squaredtestdata:mytableX-squared=13.055,df=2,p-value
Megajojo·2020-07-01 11:37

python学习----pearsonr(x,y)相关系数计算

函数：pearsonr(x,y)功能：计算特征与目标变量之间的相关度参数说明：1）输入：x为特征，y为目标变量.2）输出：r：相关系数[-1，1]之间，p-value:p值。
Catherine_In_Data·2020-06-30 16:14

【R语言编程：For循环的应用】——批量多行数据按列分组差异分析（KW:Kruskal-Wallis检验，F test：方差分析）用于生信分析

、850K等2、其他微阵列芯片3、其他情况第一步：产生数据随机产生，设置抽取范围，分为低中高三组汇总数据第二步：三组间按列分组、批量进行方差分析以及非参数KW检验数据整理产生收集数据结果的空白向量计算p-value
公卫小何子·2020-06-28 23:30

差异基因分析：fold change(差异倍数), P-value(差异的显著性)

在做基因表达分析时必然会要做差异分析（DE）DE的方法主要有两种：Foldchanget-testfoldchange的意思是样本质检表达量的差异倍数，log2foldchange的意思是取log2，这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距。Let'ssaythereare50readcountsincontroland100readcountsintreatmentforgen
weixin_34081595·2020-06-28 10:53

差异表达基因分析：差异倍数(fold change), 差异的显著性(P-value) | 火山图

Differentialgeneexpressionanalysis：差异表达基因分析Differentiallyexpressedgene(DEG)：差异表达基因VolcanoPlot：火山图差异倍数(foldchange)foldchange翻译过来就是倍数变化，假设A基因表达值为1，B表达值为3，那么B的表达就是A的3倍。一般我们都用count、TPM或FPKM来衡量基因表达水平，所以基因表
weixin_30384031·2020-06-27 19:50

看看不同分析工具的单样本t检验（R、SPSS、Python、Excel）

Paste_Image.png就是这样简单的操作，我们就可以得出相应的结论：p-value=0.514>0.05，故不能拒绝H0原假设，因此认为平均寿命不大于225小时。
Veejean·2020-06-27 11:13

P-value个人理解

最近见到p-value的频率有点高，之前也看到很多次了，基本当时懂了过几天就忘记了，整理下。P值定义[from：百度百科]P值即概率，反映某一事件发生的可能性大小。
csdn_yuan88·2020-06-27 00:31

假设检验中的P值 与显著性水平的联系

用SAS、SPSS等专业统计软件进行假设检验，在假设检验中常见到P值(P-Value，Probability，Pr)，P值是进行检验决策的另一个依据。P值即概率，反映某一事件发生的可能性大小。统计学根
Michael_Shentu·2020-06-26 09:30

假设检验的鲁棒性

T检验思路是，分两种情况原假设是正确的情况下p-value是否是我们想象的那样和显著性水平相符合。在原假设错误的情况下在相同的样本容量，相同的均值差的情况下两者的功效相差多少？
littlei416·2020-06-24 06:17

R的stats包中fisher.test()计算过程详解

最近用R包中自带的fisher’sexacttest做统计检验时，发现结果跟用超几何分布手动算出来（就是把每一种可能都穷尽的，再根据超几何分布来算p-value）的不一样，那么问题在哪呢？
JasonKQLin·2020-06-24 05:29

04-Hypothesis Test & p-value

HypothesisTestProcess1.SetaNullHypothesisThenullhypothesiscanbethoughtofastheoppositeofthe"guess"theresearchmade(inthisexamplethebiologistthinkstheplantheightwillbedifferentforthefertilizers).Sothenul
hongo0o0·2020-06-23 15:35

T检验和p-value含义及计算公式

T检验，亦称studentt检验（Student'sttest），主要用于样本含量较小（例如n0.05，按α=0.05水准，不拒绝H0，两者的差别无统计学意义
tch_1997·2020-06-23 12:50

T-Statistic、T-test、p-value、Standard Error、Standard Deviation及三大抽样分布：卡方分布，t分布和F分布

https://blog.csdn.net/anshuai_aw1/article/details/82735201#1%C2%A0%E5%8D%A1%E6%96%B9%E5%88%86%E5%B8%83%EF%BC%88%E5%88%86%E5%B8%83%EF%BC%89StandardError标准误，StandardDeviation标准差，这两者的概念是不同的。T统计量与标准误（Stan
tch_1997·2020-06-21 01:08

（转发）卡方分布 p 值 与 求证过程

浅谈p值（p-value是什么）当我们说到p-value时，我们在说什么？“这个变量的p-value小于0.05，所以这个变量很重要”........你真的知道自己在说什么么？？？
奇点_wu123·2020-06-15 08:41

似然比检验 (LR test)

计量中检验的一般套路是以p-value显著、拒绝原假设为理想情况，然而总有几个检验的假设是不按套路出牌的。Hansen检验算一个，LR检验算第二个。
CHEN_DIANDIAN·2020-04-20 11:46
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