RDKit

rdkit 修改分子

/usr/bin/python#coding:utf-8#rdkit修改分子fromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportDraw二、增删H原子mol=Chem.MolF
qq_36801966·2023-09-21 23:47

RDKit|在PostgreSQL中进行分子相似性搜索

文章目录一、分子指纹计算二、相似性搜索三、自定义搜索函数一、分子指纹计算本文介绍在windows环境下，使用rdkit函数在postgresql数据库中进行相似性搜索。
最会设计的科研狗·2023-08-25 09:30

用Python生成化学结构式

fromrdkitimportChemfromrdkit.Chem.DrawimportrdMolDraw2Dprint("欢迎使用化学式绘制工具！")
叙利亚瓜哥·2023-08-15 10:44

机器学习常用Python库安装

DogTao2022.06.16V1.0开始建立文档文章目录机器学习常用Python库安装Anaconda简介使用镜像源配置Pip简介镜像源配置CUDAPytorch安装旧版本TensorFlowGPU支持说明DGL简介安装DGLLifeRDKitscikit-multilearnAnaconda
全能骑士涛锅锅·2023-08-07 08:39

RDKit 源码编译安装gnina，遇到的错误笔记

无法访问Google下载Comic_Neue字体如果您希望在编译安装RDKit时使用已经下载好的字体包，您可以将字体包放置在${RDKit_DataDir}/Fonts/目录下。
LRJ-jonas·2023-07-18 10:35

Rdkit|分子3D构象生成与优化

github;地址文章目录Rdkit|分子3D构象生成与优化构象生成算法概述基于距离（distance-based）代码示例距离几何算法生成3D结构距离几何+ETKDG生成3D构象距离几何+ETKDG生成多构象将
发呆的比目鱼·2023-07-15 09:10

RDKit|分子修改与编辑

文章目录一、初级篇氢原子显示与隐藏芳香键与kekule式转换二、高级篇Atom和Bond对象的编辑功能RWMol类的编辑功能一、初级篇1.氢原子显示与隐藏正常情况下，分子在rdkit中存储时，氢以隐式氢的形式存储
最会设计的科研狗·2023-06-21 15:25

将分子SMILES生成DGLGraph

其实将分子的SMILES转化为图是很简单的，也是很便捷的，主要有以下几步：一、导入相关的包importnumpyasnpimporttorchimportdglfromdglimportDGLGraphfromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportrdMolDescriptorsasrdDesc
wufeil·2023-06-09 12:22

分子的建图（smiles字符串、networkx图、dgl图）

networkx中的图networkx图的绘制加节点属性加边属性networkx访问边的属性networkx图转化为dgl图直接根据分子图构建dgl图构建batch加载和保存部分参考头文件importrdkit.ChemasChemimportrdkitimportnetworkxasnximportmatplotlib.pyplotaspltimportnump
就算过了一载春秋·2023-04-14 09:00

将多个分子的SMILES字符串写入到一个文件中

以下是一个python代码，用于将多个分子的SMILES字符串写入到一个文件中：fromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportAllChem#创建分子列表mols=[Chem.MolFromSmiles
LRJ-jonas·2023-04-14 09:53

RDKit|化学反应操作与处理

化学反应1.SMARTS创建反应2.rxn文件创建反应3.产物后处理化学反应Rdkit中提供了基于SMARTS的化学反应操作，可以通过SMARTS或rxn反应文件构建反应模式，再对指定的反应物进行匹配，
最会设计的科研狗·2023-03-25 23:52

RDKit：化学指纹（Chemical Fingerprinting）

公共版本包含166个键，即1660和1，其中每个键对应于特定的分子特征，例如存在羰基（键154：（'[＃6]=[＃8]'，0），RDkit中的#C=O.实现）.RDkit中可用的另一种指纹是摩根型指纹，
AspirinCode·2023-03-19 11:33

RDKit|骨架分解与侧链分离

一、骨架分解1.MurckoScaffold2.GenericFramework二、侧链分离1.rdRGroupDecomposition2.ReplaceCore一、骨架分解1.MurckoScaffoldMurcko骨架由Murcko等人设计并用药物的形状、结构分析。他们将药物分子拆解成四种单元：环系结构（ringsystem）、接头（linker）、骨架（scaffold）、侧链（sidec
最会设计的科研狗·2023-03-18 19:10

RDKit|在PostgreSQL中进行分子结构搜索与查询

在windows上安装带rdkit插件的postgresql以及基本操作
最会设计的科研狗·2023-03-09 12:48

conda安装包时出现错误You will need to adjust your conda configuration to proceed.

在服务器上用$condacreate-nrdkitpython=3.6去创建新环境，一直出现下面的问题：$condacreate-nrdkitpython=3.6Solvingenvironment:failed
zhaoluwei·2023-02-07 09:28

RDKit|通过Recap和BRICS对分子拆解与合成

文章目录1.Recap拆解2.BRICS拆解3.BRICS合成Recap和BRICS对分子拆解与合成1.Recap拆解另一个与化学反应相关的功能是Recap，Recap可以模仿实验室中的正向合成过程来进行逆向操作，对分子进行一系列的转换与分解，最终得到一组合理的分子片段。Recap可以对拆解过程进行追踪，并形成类似树的数据结构。原始分子记为根节点（root），被拆解的分子记为父节点（parent）
最会设计的科研狗·2023-02-03 05:06

EFR32BG22 Thunderboard Kit 学习笔记总结

EFR32BG22ThunderboardKit学习笔记总结Thunderboard™BG22开发套件是SiliconLabs提供的一个小型原型平台，适用于电池供电的蓝牙应用。
越吃越胖的黄·2023-02-02 08:34

安装descriptastorus

descriptastorus的github地址是：descriptastorus若要安装descriptastorus需要先安装依赖包：rdkit和scikit-learn注意descriptastorus
阿财是小白·2023-02-02 07:29

手把手教你在windows10安装GNN相关环境（torch+torch_geometric+rdkit+deepchem）

手把手教你在windows10安装GNN相关环境（torch+torch_geometric+rdkit+deepchem）前言1、anaconda2、安装nvidia驱动3、安装cuda4、创建conda
阿财是小白·2023-02-02 07:59

Bug: ImportError: cannot import name ‘PCQM4MEvaluator‘ from ‘ogb.lsc‘

torch_geometricogb其中ogb版本为1.3.5在导入PCQM4MEvaluator时候报错，网上搜了一圈没有找到解法，这里记录一下方便后来人解决办法确认安装好ogb：pipinstallogb安装rdkit
uncle_ll·2023-01-31 14:36

conda安装rdkit包出现的问题

目录一、问题二、分析原因三、尝试办法一、关闭代理二、添加豆瓣源三、使用离线创建命令四、最终如何解决一、问题在conda的DeepPurpose虚拟环境下安装rdkit包，使用condainstall-cconda-forgerdkit
smallAction·2023-01-31 13:05

rdkit 3d结构距离键长矩阵获取rdDistGeom与键角度获取rdMolTransforms

1、3d键长矩阵获取rdDistGeomfromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportAllChemfromrdkit.ChemimportrdDistGeomasmolDGmol
loong_XL·2023-01-31 08:50

目标检测之CNN系列

challengeid=11&compid=4coco:http://mscoco.org/dataset/#detections-leaderboardkitti:http://www.cvlibs.net
春哥一号·2023-01-30 08:13

分子数据的获取、解析与结构绘制（RDKit）

在RDKit中，无论是从数据库中获取的分子文件还是自己构建的分子，在解析前通常将其转换成mol对象，并用mol对象进行分子绘制，获取原子、键、原子序号、原子名称各种信息以及获取分子描述符等一系列操作。
生信小兔·2023-01-29 12:05

Ubuntu linux 安装 rdkit

在Ubuntu下RDkit的安装1.到官网http://www.rdkit.org/下载.tgz包。
hiekay·2023-01-28 04:23

Linux Mint 20.3更改源及软件安装

VMwareWorkstation16ProLinuxMint20.3目录1.更改源（本文）2.安装搜狗输入法（本文）3.anaconda安装、换源及创建新环境4.WineHQ及.exe文件安装5.利用conda安装RDkit
笙箫一曲唱元璞·2023-01-23 13:52

Mac系统下利用Anaconda 安装torch_geometric

正确安装方式2-1--官方安装教程2-2--问题解决2-3--测试安装结果1--回顾安装过程中遇到的问题首先本人是按照以下方法进行安装：如何在mac上安装pytorch,pytorchgeometric和RDkit
憨豆的小泰迪·2023-01-19 06:46

RDkit入门

提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录前言一、读写分子1.1读取分子1.2写入分子二、操作分子2.1获取分子中的原子GetAtoms()2.2获取分子中的键GetBonds()2.3根据原子编号获取键GetAtomWithIdx()2.4获取原子的坐标信息2.5获取原子信息2.6根据键的编号获取键GetBondWithIdx()2.7获取键的信息2.8获取分子中所
时光轻浅，半夏挽歌·2023-01-17 08:52

rdkit rdRGroupDecomposition 侧链片段基团分离

参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/142557584https://greglandrum.github.io/rdkit-blog/posts/2023-01-09-rgd-tutorial.html
loong_XL·2023-01-16 06:11

rdkit GetBondLength 键长计算

mattermodeling.stackexchange.com/questions/8359/how-to-plot-molecules-with-angles-and-bond-lengthsfromrdkit.ChemimportAllChemasChe
loong_XL·2023-01-05 16:30

如何安装Rekit

一、RDKit包安装1.安装RDKit包需下载安装Anaconda（下载网址：Anaconda|IndividualEdition），具体安装方法上网可查。
IMQYT·2023-01-05 05:27

【conda环境下如何安装rdkit】

conda环境下安装rdkitrdkit是python的化学信息开源包，里面包含一些c的依赖，使用pip安装较为麻烦，并且容易出错，推荐使用conda安装。
smallAction·2022-12-24 15:21

ECFP及FCFP的计算过程及python从头实现

ADeepLearningApproachtoAntibioticDiscovery》文章目录1.初始化2.迭代3.函数接口摩根指纹一般指Extended-connectivityfingerprints(ECFPs)，可以调用rdkit
_森罗万象·2022-12-21 03:58

RDKIT | 基于分子指纹的分子相似性

RDKIT|基于分子指纹的分子相似性文章转载至https://www.freesion.com/article/6881686454/分子相似性：相似性原理（similarpropertyprinciple
发呆的比目鱼·2022-12-21 03:27

如何用Rdkit计算MACCS密钥以及每个指纹位点代表什么

这166个密钥可以通过流行的开源化学信息学软件包（RDKit、OpenBabel、CDK等）计算。在结构键
CA&AI-drugdesign·2022-12-21 03:56

如何使用RDkit计算Morgan指纹并对其进行可视化

Morgan指纹中更广为人知的是圆形指纹，该指纹是通过将Morgan算法应用于一组用户提供的原子不变量而构建的（具体原理参考上一条帖子）。生成Morgan指纹时，还必须提供指纹的半径。Morgan指纹，例如原子对（atompair）和拓扑扭转（topologicaltorsions），默认使用计数，但也可以将它们计算为位向量。下面我们以丁酰胺为例向大家展示如何计算其指纹（计数和位相连）：图1丁酰胺
CA&AI-drugdesign·2022-12-21 03:56

rdkit 化学指纹（fingerprint）和相似性

文章目录一、引入所需库二、化学指纹2.1拓扑指纹Chem.RDKFingerprint(mol)2.2MACCS指纹MACCSkeys.GenMACCSKeys(mol)2.3原子对AtomPairs2.4拓扑扭曲topologicaltorsions2.5摩根指纹（圆圈指纹）AllChem.GetMorganFingerprint(mol,2)2.6摩根指纹拓展三、相似性计算3.1基于指纹计算相
qq_36801966·2022-12-21 03:55

ECFP、FCFP和SMILES的内在原理

在RDKit中，ECFP指纹又叫Morgan指纹，其原因为ECFP的核
CA&AI-drugdesign·2022-12-21 02:21

药物评价指标

由基于RDKit的Biscu-it™实现生成的QED结果与原始出版物[1]中的结果并不完全相同。这些差异是两种方法中使用的基础计算属性计算
发呆的比目鱼·2022-12-14 09:51

RDKit | 合成可行性分数--SA SCORE

RDKit|合成可行性分数–SASCORE2009年诺华公司的研究员Ertl和Schuffenhauer在化学信息学杂志上发表了名为SAscore的Rdkit插件用于快速评估药物分子的合成难易程度。
发呆的比目鱼·2022-12-14 09:51

conda使用yaml创建虚拟环境

conda使用yaml创建虚拟环境condaenvcreate-fenvironment.ymlenvironment.yml文件内容name:DeepPurposechannels:-rdkit-pytorch-rmg-conda-forge-defaultsdependencies
发呆的比目鱼·2022-12-14 09:20

AttributeError: ‘NoneType‘ object has no attribute ‘GetAtoms‘

是否存在即可，利用以下命令将smiles转mol：mol=Chem.MolFromSmiles(smi)SMILES变成它的Mol对象，它只是返回None，这就是为什么错误说'NoneType'而不是RDKit
程序小K·2022-12-14 09:49

解决ImportError: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21‘问题

.6:version`GLIBCXX_3.4.21'notfound(requiredby/root/anaconda3/envs/molopt/lib/python3.7/site-packages/rdkit
Billie使劲学·2022-12-08 12:46

代码学习笔记 | rdkit| psi4 | GNN | df | 命令随手记 | 持续更新.......

1.RDKit1.1smile与mol对象的转化smile="O=C1c2ccccc2C(=O)c3c1ccc4c3[nH]c5c6C(=O)c7ccccc7C(=O)c6c8[nH]c9c%10C(=
啊啦灯神叮·2022-12-07 05:48

化学分子溶解度预测模型（python-Rdkit构建）

各位朋友好，今天我讲述如何用Rdkit构建化学分子的溶解度预测模型。首先我们要了解一个非常重要的包Rdkit。
python风控模型·2022-12-03 11:27

逆合成项目训练及部署需要的环境

训练创建环境：condacreate-ntranspython=3.6condainstallrdkit-crdkitcondainstallfuturesixtqdmpandaspiptorchtorchvisiontorchaudio
erdaidai·2022-12-02 22:08

ImportError: libboost_python3.so.1.65.1: cannot open shared object file: No such file or directory

在使用condainstall-crdkitrdkit安装rdkit后，运行import程序时，出现了如下问题：from.rdBaseimportrdkitVersionas__version__ImportError
Surpassall·2022-11-29 09:55

rdkit 原子，键类型获取GetAtoms、GetNeighbors、GetBondBetweenAtoms

GetNeighbors、GetBondBetweenAtomsatom.GetNeighbors()###获取原子的周围原子mol=Chem.MolFromSmiles("*c1cc(C(=O)Nc2cccc(F)c2)nc(-c2ccccc2)n1")foratominmol.GetAtoms():##全部原子i=atom.GetIdx()##原子索引print(atom.GetSymbol(
loong_XL·2022-11-24 12:50

RDKit基础操作

目录预读内容分子的表示分子指纹FingerpointSMILESInChIKeyGraph药物与靶标的相互作用预测读写分子操作分子修改分子处理2D分子指纹和相似性RDKit是一个常用的生物化学信息python
tzc_fly·2022-11-20 05:31

RDKit | 基于Murcko骨架聚类化合物库

RDKit|基于Murcko骨架聚类化合物库化合物多样性评估一种方法是使用合适的指纹技术将化合物矢量化并评估他们之间的距离。这种方法经常被使用，但是对于人类很难直观地理解化合物之间的距离。
发呆的比目鱼·2022-11-19 03:09
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