RNA剪接第21页

信息与生物

没错,就是那个DNA---RNA---蛋白质。不知道大家有没有想过，这个过程本质上就是信息传递、信息整合、信息展示的过程。而二代测序，生物信息技术本质

必康一点·2023-03-23 11:43

m6A甲基化居然能和铁死亡联合！！！

N6-甲基腺嘌呤(m6A）是真核生物最常见和最丰富的RNA分子修饰。从发育和代谢到生殖。m6A存在

概普生信·2023-03-23 10:58

代码分析 | 单细胞转录组Normalization详解

标准化加高变基因选择NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：

生信宝典·2023-03-22 17:10

关于阅读文章的思考之五-小说中的时间和空间蒙太奇

这个概念也是起源于电影,在法语是“剪接”的意思。两个不同的片段之间相互联系，相互对比，带给人以意想不到的效果。狭义的说它是一种技术，一种手段，把不同画面按一定顺序拼接和组合起来，产生某种预期的效果。

唐四平方根·2023-03-22 15:24

巢湖暑期实践第二天

实验室有包括微生物提取，RNA提取，培养等多个独立实验空间，进出都有严格的要求，即便是在实验室的内部过道里也要遵守严格的规章制度，因为很小的一个行为就有可能给室内的微生物带来污染，破坏其生存的环境从

二三狗子·2023-03-22 11:59

RNA-seq上游流程

1.数据下载在ncbi找到要下载的sra样本，点击AccessionList下载所需要样本名，会生成SRR_Acc_List.txt的文件，将这个文件上传到linux端，再用prefetch下载ncbiprefetchcatSRR_Acc_List.txt|whilereadid;doprefetch$id;donefast-dump下载完成的数据是已.sra结尾的，使用fast-dump转换为f

FANHONGZENG·2023-03-22 05:10

生成htseq-count的input文件

参考文章：RNA-seq(6):reads计数，合并矩阵并进行注释-；RNA-seq分析htseq-count的使用-望着小月亮-博客园htseq-count-rname-fbam/mnt/f/rna_seq

MissL_78e0·2023-03-22 05:45

转录组练习（一）

mod=viewthread&tid=24083进行rna_seq练习数据下载数据下载.png代码段sudoaptinstallaxel#安装aselbashsra_down.shls*.sra|whilereadid

简单点lili·2023-03-22 04:14

RNA-seq 实操

操作才发现问题真的很多，纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行1.软件准备#下载minicondawget-chttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.shbashMiniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh#安装#配置镜像condaconfig--ad

悦时光_·2023-03-22 02:40

核酸检测的那点事儿

核酸检测原理是什么我们先来了解一下新冠病毒构成，里面一段RNA，外面套一件蛋白质“衣服”，同时，病毒的RNA又称为核酸，所以核酸检测就是检测样本里面是否有新冠病毒的核酸。

德里克Chen·2023-03-21 18:37

转录组分析(1) - 基础介绍

转录组(transcriptome)，广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。

半夜一更·2023-03-21 15:17

基础知识 — Exons,Introns,ORF,CDS,UTR,lncRNA,转录本,可变剪切,密码子,启动子,顺式作用元件,转录起始位点,终止子,转录因子,结构基因

核酸有两大类，分别是脱氧核糖核酸（DNA）和核糖核酸（RNA）。核酸的单体结构为核苷酸。每一个核苷酸分子由三部分组成：一个五碳糖、一个含氮碱基（A,T,C,G,U）和一个磷酸基。

ytbao·2023-03-21 14:42

【陪你学·生信】十二、RNA相关的简单分析

本章将介绍一些极简单的RNA生信分析，如利用在线网站预测RNA分子二级结构，分析非编码RNA（non-codingRNA）等。前面我们讲过DNA，蛋白质。

乔伊nikkie·2023-03-21 08:01

单细胞测序（sc-RNA seq）分析：Seurat4.0系列教程、高级分析、文章复现

时代的洪流奔涌而至，单细胞技术也从旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家。雪崩的时候，没有一片雪花是无辜的，你我也从素不相识，到被一起卷入单细胞天地。R语言和Seurat已以势如破竹之势进入4.0时代，天问一号探测器已进入火星乌托邦平原了，你还不会单细胞吗？那么为了不被时代抛弃的太远，跟着我们一起通过学习seurat系列教程入门单细胞吧。首先我们学习经典的标准流程，这个教程小编当初入门时候曾经花1000购

Seurat_Satija·2023-03-21 03:46

BSA专题2—缩小定位区间和后续验证怎么做？

felix108·2023-03-20 15:28

clustalo (omega) readme file

CLUSTAL-OMEGAisageneralpurposemultiplesequencealignmentprogramforproteinandDNA/RNA.INTRODUCTIONClustal-Omegaisageneralpurposemultiplesequencealignment

喜欢吃土豆的彭某人·2023-03-20 15:21

正则表达式在生物学中的应用（重排版）

最典型的例子是生物序列数据分析，其中DNA、RNA和蛋白质序列恰好是字符串。许多生物序列挖掘问题，均可以从模式的角度来考虑，比如，蛋白质结构域（proteindomai

Liquidated·2023-03-20 11:23

人类癌症中一颗新生的恒星

今天这篇文献主要是介绍人类癌症中一颗新生的恒星——LncRNA论文：LncRNASNHG15:Anewbuddingstarinhumancancers（INcRNASNHG15:人类癌症中一颗新生的恒星）文章转载|非编码RNA

一只资源喵·2023-03-20 05:07

RNA-Seq：从fastq到表达矩阵

一、测序数据的准备新建工作目录，RNASeq-analysismkdirRNASeq-analysiscdRNASeq-analysis/新建data文件夹；mkdirdata1.1公司返回的测序下机数据例如：两个样本，三个生物学重复；Rawdata:Sample1-1_R1.fq.gz;Sample1-1_R2.fq.gz;Sample1-2_R1.fq.gz;Sample1-2_R2.fq.g

胡小兵plus·2023-03-19 13:21

WGCNA（7）：重新绘制GS—MM散点图

Fig.00.前期准备>setwd("D:/RNA-seq/WGCNA/mad0.3")>

Wei_Sun·2023-03-19 11:09

自定义view之图片放入圆环中间随记

基本的绘制图片方法//Bitmap：图片对象，left:偏移左边的位置，top：偏移顶部的位置drawBitmap(Bitmapbitmap,floatleft,floattop,Paintpaint)2、对图片剪接和限定显示区域

飘飘如叶·2023-03-19 08:03

一个R包搞定22种单细胞基因差异分析

因此，批量RNA-seq的分辨率不足以表征对生物扰动的多方面响应。单细胞RNA-seq(scRNA-seq)能够在单个细胞的分辨率下量

Carrington·2023-03-19 05:34

2019-10-03-学习RNA-seq这十年记录

学习生信技能树的RNA-seq这十年（3万字长文综述）首先是目前10年来测序技术的的发展平台的更迭变化来自生信技能树我摘抄了重点的内容关于不同读长方式测序结果的优缺点比较如下短读长、长读长cDNA与直接

程凉皮儿·2023-03-19 04:56

你了解过EGF吗？表皮生长因子是什么？

图片发自AppEGF可促进钾离子、脱氧葡萄糖、α-氨基异丁酸等小分子物质的运转，增加细胞外基质的合成和分泌，促进RNA，DNA和蛋白质合成，从而为人体表皮细胞的增殖与分化提供能量，有效的刺激表皮细胞的生长

贺宝贝哎哟哟哟·2023-03-19 02:03

三代测序技术大显身手之动植物SV研究

相较于二代测序，三代测序技术凭借其超长的读长，均匀的覆盖率，极快的测序速度等优势，一经问世就在全基因组测序、RNA测序以及表观遗传学研究等领域得到广泛地应用并且大受好评。

贝瑞科服·2023-03-18 13:42

11.5-9 RNA-seq 数据差异基因的得到和可视化学习（一）

之前未完成的rna-seq数据下载和mcscan不能继续进行了。最近要在网上直接下载rna-seq的txt数据，所以主要学习一下如何挑选出差异基因，之后进行可视化。

KK_f2d5·2023-03-18 13:55

scTE -10X Genomic RNA-seq 定量Transposable Element

关键词：TransposableElement；ERV内源性反转录病毒；单细胞测序分析；Seurat；scTE。scTE介绍背景：采用scTE对10X单细胞测序数据进行TE定量，再倒入Seurat进行下游分析。Jiekai实验室，2021年3月发表在自然通讯杂志。转座因子(TransposableElement，TE)占典型真核生物基因组的大部分，并以不清楚的方式导致细胞异质性。单细胞测序技术是探

Ternq8·2023-03-18 10:33

A comprehensive evaluation of normalization methods for Illumina high-throughput RNA sequencing d...

AcomprehensiveevaluationofnormalizationmethodsforIlluminahigh-throughputRNAsequencingdataanalysishttps://academic.oup.com/bib/article/14/6/671/189645BriefingsinBioinformatics,Volume14,Issue6,1November

浩瀚之宇·2023-03-18 05:40

转录组分析 | 使用STAR进行比对

前几期，小编已经教大家完成了RNA-seq数据的质控，下面就要正式开始转录组分析啦！

生信小王子·2023-03-17 19:45

2021-08-24

回顾一下最近两天去实验室所学习到的东西，昨天看了有关转染方面的操作，首先，1.准备转染所需材料：lip2000小干扰optiMEM培养基（无血清的培养基）RNA-free枪尖无酶EP管（按照所需准备足够数量

小萌daling·2023-03-17 16:29

RBP AS生信流程（N）cytoscape构建RBP调控可变剪接网络

cHarden13·2023-03-17 16:01

新冠病毒是“最难对付”的病毒？起源方式成谜，变异技能满格!

事实上，冠状病毒不是一种新型病毒，作为RNA病毒的一员，冠状病毒广泛存在于自然界，它的显著特征之一是，目前为止在RNA病毒中具有最大

幻世魔王·2023-03-17 08:39

多顺反子：IRES和2A Peptides

单顺反子（monocistron）:真核基因转录产物为单顺反子，即一个基因编码一条多肽链或RNA链，每个基因转录有各自的调节元件。

期待未来·2023-03-16 22:11

cufflinks使用（2018-05-28）

gffread执行命令：gffread**.gff-T-o**.gtfgffreadmerged.gtf-o->merged.gff3cufflinks详细用法参考：陈连福的生信博客问题挺好：junction：剪接接头博主师兄您好

简单点lili·2023-03-16 13:38

利用splatter从真实数据估计参数进行RNA数据仿真

@利用splatter从真实数据估计参数进行RNA数据仿真Splatter是一个模拟单细胞RNA测序计数数据的软件包。它提供了一个简单的界面，用于创建可复制且文档充分的复杂模拟。

苦笑的背后·2023-03-16 13:37

安装ribotree-利用蒙特卡洛搜索树的RNA设计工具

biopython1.5安装Eternafold1.6安装linearfold和linearpartition2测试依赖3运行ribotree4附录1安装依赖1.1安装arniearnie用于管理各种RNA

June vinvin·2023-03-16 12:59

别忽略了提总RNA最后一道程序！

2019年6月6日，星期四，晴一直困惑于提总RNA的260/230纯度阴晴不定，后来仔细思量下来，发现自己干了蠢事——在洗涤RNA时需要使用75%的乙醇。

医博云天·2023-03-16 11:01

GATK-找变异1

一、使用GATK前须知事项：对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据，而且全部是基于illumina数据格式，目前还没有提供其他格式文件（如IonTorrent）或者实验设计（RNA-Seq

家和建材广场·2023-03-16 10:16

批量设计qPCR引物，可最大限度满足qPCR引物设计的黄金法则

于是赶紧提了RNA做了反转录。可是按照同门教我的办法设计qPCR引物就很头疼。按照qP

今日之森·2023-03-15 18:46

表观转录组调控之meRIP（m6A甲基化修饰）

RNA修饰过去的研究基础是认为RNA在核酸结构上的化学微调，随着科学技术发展以及相关产品化抗体出现，对RNA修饰的研究不只是停留在结构微调，当前发现RNA修饰在转录组水平广泛存在，并且是可逆的动态调控状态

博士苑·2023-03-15 17:34

sci-RNA seq 2017；sci-CAR 2018； sci-RNA seq3 2019

2017年science]Jointprofilingofchromatinaccessibilityandgeneexpressioninthousandsofsinglecells[sci-CAR（RNA

韧_7e6f·2023-03-15 16:48

RNA-seq 详细教程：搞定count归一化（5）

Normalization每个基因的映射读数计数是RNA表达以及许多其他因素的结果。归一化是调

冷冻工厂·2023-03-15 15:38

GeneFuse使用DNA数据筛查融合基因工具

工作需要，用DNA数据直接跑融合基因，网上的介绍大多是用RNA转录数据。终于发现一款genefuse软件可以做到！

花色匆匆·2023-03-15 14:12

m6A调节因子泛癌分析

Molecularcharacterizationandclinicalrelevanceofm6Aregulatorsacross33cancertypes33种癌症类型的m6A调节因子的分子表征和临床意义N6腺苷（m6A）的甲基化是最常见的RNA

概普生信·2023-03-15 12:41

三维基因组（Hi-C）的原理以及应用

Hi-C技术不仅可以研究染色体片段之间的相互作用，建立基因组折叠模型，还可以应用于基因组组装、单体型图谱构建、辅助宏基因组组装等，并可以与RNA-Seq、ChIP-S

生信编程日常·2023-03-15 12:45

运用TCGAbiolinks下载癌症RNAseq数据

本人目前从事的科研工作是癌症转录组方向，主要是miRNA、LncRNA等非编码RNA。分析表达差异应该是科研工作的第一步，今天我通过自身的亲测，为大家浅显地叙述一下我的操作。

张玮恩·2023-03-15 12:04

纳粹之恶，辛德勒咋想？——《黑色星期天》

由小商人变成了恶魔曾经失恋自杀未遂的汉斯上校纳粹军官做起了买卖犹太人的猪仔生意德国精英他们认为，法律的可爱与活力正是在于界线的模糊，可以上下其手图片发自App作曲家遭纳粹军官汉斯侮辱后自杀大烟囱也是生意墓地争执最终，犹太餐厅老板萨宝遭遇恩将仇报被特别处置SzomorúVasárna

阿弥本佛·2023-03-15 10:40

零基础学生信入门笔记(R语言、Linux、Python、RNA-seq、单细胞测序、质谱流式、TCGA、GEO、单细胞经典文献解读)

医学生零基础学生信是先学Python还是先学R语言？如何学习R语言linux入门学习笔记100篇不止100篇，但上手上游分析远远不够，可以作为入门参考。linux学习100篇1：xshell、Xftp下载安装-(jianshu.com)linux学习100篇2：绑定Xftp和XShell上传和下载文件-(jianshu.com)linux学习100篇3：Errorinopen.connection

Seurat_Satija·2023-03-15 08:25

富集分析GO，KEGG，DO等

市面上公司做RNA-Seq的一般流程是：tophat2--->Cufflinks--->Cuffdiff--->Rtophat2是把reads回帖到基因组上；Cufflinks在计算基因表达量；Cuffdiff

Seurat_·2023-03-15 07:56

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