RNA剪接

2018-04-14

早上去上高级生物技术的实验课，迟到了，师兄已经开始演示RT-PCR的提rna步骤了。师兄呆萌呆萌的，很可爱。我和XX感觉都不错，结果在群里一打听，是M的同学，脱单好几年了。
十元希·2023-03-15 03:32

【RNA-seq自学07】数据分析之表达定量RSEM Kallisto

RSEMRSEM是对基因进行表达定量的一个软件，是基于STAR序列对比的基础之上进行的。而kallisto不需要进行比对可以直接定量。安装condainstallrsem安装RSEM时，solvingenviorment一直不动，更新conda【condaupgrade--all】并且【condaconfig--setchannel_priorityflexible】设置channel1.prep
Brickvstar·2023-03-14 08:58

慢病毒实验流程

慢病毒载体基因组是正链 RNA ，其基因组进入细胞后，在细胞浆中被其自身携带的反转录酶反转为DNA ，形成 DNA 整合前复合体，进入细胞核后， DNA 整合到细胞基因组中。
逆流而上的nemo·2023-03-14 08:38

当香港金像奖只剩下露肉博眼球，你依然喜欢港片吗？

最佳影片：《无双》最佳导演：庄文强《无双》最佳编剧：庄文强《无双》最佳摄影：关智耀《无双》最佳剪接：彭正熙《无双》最佳美术指导：林子侨《无双》最佳服装造型设计：文念中《无双》独揽七项大奖的《无双》豆瓣评分
润润娱乐·2023-03-14 07:41

一文做会漂亮的火山图

、归一化处理在利用limma包进行差异分析处理之前，要对数据进行归一化处理：输入文件1在使用limma包之前首先要对数据进行标准化处理rm(list=ls())setwd('/lab412C/LSM/RNA-SEQ
ShanSly·2023-03-14 01:39

ceRNA证据与争议

ceRNA（competitiveendogenousRNA，竞争性内源RNA）假说是哈佛医学院PierPaoloPandolfi研究小组在2011年提出的，它是一种基因表达调控模式，共享miRNA结合位点的转录本会竞争结合相同的
Seurat_Satija·2023-03-13 16:32

RNA-seq

检测范围：mRNA表达量；mRNA的可变剪接；融合基因；SNP测序方法建库（illumina公司的TruseqRNA建库）正常抽提到的总RNA有95%是rRNA，只有2-3%是mRNA。
没有眼镜·2023-03-13 06:22

使用单细胞来研究RNA速率

作者：童蒙编辑：angelica使用单细胞来研究RNA速率在发育过程中，不同的mRNA有不同的半衰期，可以是几个小时，也可以是几天。
生信阿拉丁·2023-03-13 02:03

RNA-seq 详细教程：分析流程介绍（1）

学习目标了解从RNA提取到获取基因表达矩阵，既RNA-seq分析的整个流程。1.workflow进行差异表达基因分析的前提是，获取代表基因表达水平的矩阵。
冷冻工厂·2023-03-12 18:01

RNA-seq：DEseq2归一化

陆嘉祺2019.6.14主要能解决以下2个问题：①测序深度/文库大小导致的差异②文库补偿导致的差异DESeq2均一化步骤：step1：以原有reads数目取log2/10/e为底的对数![](https://upload-images.jianshu.io/upload_images/10627644-0c81f5903ed8f72b.png?imageMogr2/auto-orient/stri
Larrylu007·2023-03-12 05:59

RNA 和机器学习：多维生物标志物的合理设计2021-04-06

RNA和机器学习：多维生物标志物的合理设计现代肿瘤疗法在过去十年中取得了重大创新。现在是我们致力于使用由合理设计和最新计算方法驱动的生物标志物的时候了。在医学的早期，新的疗法经常被"意外"发现。
无聊先知·2023-03-11 11:49

中心法则2——RNA(核糖核酸)

实际上，真正可用的基因只占人类基因组的3%，其余97%都是非编码序列，但是非编码序列也是可以表达的，表达产物就是非编码RNA(ncRNA)。
生信大猫·2023-03-11 06:10

1.Empirical assessment of analysis workflows for differential expression analysis of human sample...

RNA-seq分析流程分析：RNA-seq数据分析流程主要由序列对比，表达矩阵构建，差异基因鉴定等三大步骤构成【1-8】。目前，已有大量的软件被开发用于分析流程。
WH川川·2023-03-11 01:03

运行FastQC报错

近期使用RNA-seq，在NCBI上获取原始数据后，想使用fastqc检查二代测序数据是否存在问题。于官网下载fastqc的软件包，并解压至Biosofts文件夹。
孤久成瘾_1180·2023-03-10 21:58

RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析

RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析原文链接：RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析-生物知识学习(biotechknowledgestudy.com)差异分析的步骤：1）比对；2）readcount
太甜了不要加糖·2023-03-10 16:01

文献解读|气管抽吸物RNA测序可识别COVID-19 ARDS的不同免疫学特征

TITLE：TrachealaspirateRNAsequencingidentifiesdistinctimmunologicalfeaturesofCOVID-19ARDS译名：气管抽吸物RNA测序可识别
作图帮·2023-03-10 07:01

Vecyloto.R的安装（碰壁无数次，终于成功）

（文中引用了一些其他作者的教程，如果是不允许转载的请私信告知我，我会立即删除，谢谢）velocyto用于单细胞数据的分析（RNA速率分析）的工具。
亘心37·2023-03-10 07:52

分子遗传学名词解释总结

crispr/cas9：crispr-cas9系统包括cas9酶和一个向导RNA，向导RNA可以引导酶对于特位点的切割。该方法可以导致基因敲入和敲除。基
徒唤奈何_c5f0·2023-03-10 03:31

常怀梦想，才能听见天堂！观《听见天堂》微感

该片根据意大利盲人音效师米可·曼卡西真实故事改编，讲述了一个失明的孩子如何成为世界一流声音剪接师的故事。
石头方·2023-03-10 01:05

如何大幅提升尿液 RNA 的提取效率

操作步骤1.请自行准备：生理盐水、无水乙醇、10mL无RNA酶离心管、1.5mL无RNA酶离心管。
清风拂面vv·2023-03-09 21:30

RNA 33. SCI文章肿瘤在线数据挖掘神器（cBioportal）

转录组生信分析教程公众号推出转录组分析教程，转录分析教程整理如下：RNA1.基因表达那些事--基于GEORNA2.SCI文章中基于GEO的差异表达基因之limmaRNA3.SCI文章中基于TCGA差异表达基因之
90066456ace6·2023-03-09 20:39

2019新冠抗疫加油歌

病毒RNA是单链，复制变异更易见。特效药物速难有，对症支持来封堵。传染病需全民动，隔离措施最有用。听从政策居家隔，不去聚餐和赌博。呆在家里苦不苦，比比长征两万五。隔离时间长不长，想想少帅张学良。
老刘涂鸦·2023-03-09 17:13

分子（DNA、RNA）样品的保存

本文将介绍DNA、RNA的保存策略，顺带提及细胞的保存方法。一、DNA的保存DNA为双螺旋结构，具有较高稳定性，但在野外样品采集的过程中仍需注意，以防降解。
Yizhe_Lin·2023-03-09 11:30

Rosalind第22题：RNA Splicing

ProblemAfteridentifyingtheexonsandintronsofanRNAstring,weonlyneedtodeletetheintronsandconcatenatetheexonstoformanewstringreadyfortranslation.Given:ADNAstring(oflengthatmost1kbp)andacollectionofsubstri
automan_huyaoge·2023-03-09 07:18

Rosalind第八题：将RNA转化成蛋白质

今后，术语“遗传串”将结合蛋白质串，DNA串和RNA串。的RNA密码子表使然关于特定的密码子编码成氨基酸字母的细节。给定：一个RNA串对应于mRNA的一个链（长度至多10kbp的）。
automan_huyaoge·2023-03-09 07:17

单细胞转录组数据分析|| scVelo 教程：RNA速率分析工具

什么是RNA速率（RNAvelocity）RNA速率能够通过叠加剪接信息来推断细胞分化的方向性。
周运来就是我·2023-03-09 06:57

Docker封装生物信息学分析有参流程

文件参数配置6.镜像与容器7.封装容器封装镜像命令dockercommit容器IDrna:v1.0首先后台运行镜像dockerrun-itd--namerna_test-v/data/xczhang/RNA_seq
儒雅随和王小板·2023-03-09 04:06

2022-02-15

SciAdv|纳米颗粒给药联合RNA疗法治疗髓母细胞瘤原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学机制髓母细胞瘤是一种始于小脑的小儿恶性脑肿瘤。它可能发生在成年人中，但不太常见。
图灵基因·2023-03-08 23:33

BSA专题2—缩小定位区间和后续验证怎么做？

相关实验内容整理哟~缩小候选区间的方法总结如下：☑与遗传图谱结果相结合，基于表型数据，进行QTL定位，与BSA结果相结合；☑开发SNP或者InDel分子标记，通过大群体性状与分子标记的共分离缩小候选区间；☑结合RNA-seq
felix108·2023-03-08 23:47

学习笔记--转录组测序数据分析笔记【生信技能树】

第一次就大概浏览了一下，这一次非常认真地做了笔记，收货还是非常大的，了解了整个测序数据的分析过程，从原始的测序数据到后面的一些简单的分析有了更深的理解，对之前分析处理数据的一些疑惑有了解答，算是基本掌握了整个RNA-seq
FFwizard·2023-02-19 07:49

Seurat取子集时会用到的函数和方法

Seurat数据格式首先我们需要先对Seurat生成的数据格式有所了解：单细胞数据格式思维导图图片来源：周运来老师的：为什么要以数据库的思维来理解单细胞数据解释：Assays默认情况下，Seurat对象是一个叫RNA
BINBINCC·2023-02-19 02:20

植物phasiRNA研究进展（三）

转自植物phasiRNA研究进展（三）植物phasiRNA(phased,secondary,smallinterferingRNA)是一类内源性的、起调控作用的非编码小RNA(sRNA)，它在植物的生长
HHBA·2023-02-19 00:24

TCGA甲基化数据下载以及相关临床信息整理

之前的文章里已经按照教程进行了TCGA数据库的一些练习（RNA-seq、芯片、生存分析），现在学习TCGA甲基化数据的分析过程。
生信start_site·2023-02-18 23:24

七. 植物叶绿体基因组--组装，注释和比较作图（GetOrganelle，GeSeq，Chloroplot，IRscope）

叶绿体所携带遗传物质DNA，以原核细胞的编码方式转录合成一些自身需要的RNA与蛋白质。叶绿体通过分裂方式增殖，通过细胞质遗传传递给后代（也叫母体遗传、单一亲本遗传、非孟德尔遗传等）。
小飞虎·2023-02-18 18:32

干货分享 | 由“铁死亡”来推断“铜死亡”相关的组学研究思路（二）

1、纯生物学信息学分析挖掘：铁死亡相关的长非编码RNA信号预测头颈部鳞状细胞癌预后发表期刊：IntJBiolSci发表时间：2021年1月影响因子：10.75分研究背景：头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）是影响头颈部不同组织器官的肿瘤
APExBIO2022·2023-02-18 12:48

【文献解读】-单细胞调控网络的推理和聚类（SCENIC）

SCENIC是一种同时重建基因调控网络并从单细胞RNA-seq数据中鉴定stablecellstates的工具。
基因侦探·2023-02-18 07:06

10X单细胞（10X空间转录组）基于马尔可夫过程和RNA速率的细胞命运预测（Cellrank）

Abstract计算轨迹推断能够从单细胞RNA测序实验中重建细胞状态动态。然而，轨迹推断需要已知生物过程的方向，这在很大程度上限制了其在正常发育中区分系统的应用。在这里，利用软件
Evil_Genius·2023-02-18 02:07

单细胞数据处理小细节汇总

1.Seurat对象查看当前的Assaypbmc200&nFeature_RNA%FindVariableFeatures(nfeatures=2000)%>%ScaleData(vars.to.regress
Hayley笔记·2023-02-17 17:37

二代测序序列拼接：flash

因为二代测序是将DNA或RNA打成特定长度的片段，比如300-400bp，而二代测序只能测特定长度，比如150nt，超过这一长度，测序质量就会下降的很严重，基本没有意义了。但
佳名·2023-02-17 14:30

比黄瓜味薯片还清新的爱情电影《不能说的秘密》导演竟然是他

，而且各个方面都很大气：“它的画面、节奏、音乐、故事情节的推动、剪接诸多方面，也就是说导演功课的这些方面都做得很好。
帅男故事会·2023-02-17 12:45

【零基础练习一个RNA-seq分析】CH7：DEseq2探索表达矩阵

我们已经得到了一个表达矩阵，下面我们就用DEseq2筛选差异表达基因，并进行简单的visulization。DESeq流程第一步我们需要准备两个表，借用Y大宽姐姐的图来说明一下。countData表示的是count矩阵，行代表gene，列代表样品，中间的数字代表对应count数。colData表示sample的元数据，因为这个表提供了sample的元数据。becausethistablesuppl
josia_luo·2023-02-17 05:17

RNA-seq 详细教程：实验设计（2）

学习目标了解设置重复对于RNA-seq分析的重要性了解生物重复次数、测序深度和鉴定到的差异表达基因之间的关系了解如何设计RNA-seq实验，以避免批次效应1.注意事项了解RNA提取和RNA-seq文库制备实验过程中的步骤
冷冻工厂·2023-02-17 04:21

一文搞定参考基因组序列下载

比如通过与参考基因组序列进行比对，检测各种变异；RNA-seq数据与参考基因组比对，进行定量。给大家介绍如何下载某一个物种的参考基因组序列，分为浏览器版与命令行版2种方式。
亮亮就是亮·2023-02-16 23:23

ChatGPT只不过将人类知识圈的半径扩大了一个纳米的距离！

ChatGPT基于海量节点及算法的一次高效计算而已虽然能取代一部分重复性工作，但其核心终究是一个工具而已ChatGPT是人工智能AI领域的一个细小产品，以后即使发展到人脑接口，人机接口层面，可以全面分析DNA，RNA
zhang9880000·2023-02-16 21:42

噬菌体分离培养方法

作为病毒的一种，噬菌体具有病毒的一些特性：个体微小，结构简单，只含一种核酸（DNA或RNA），必须在活细胞内寄生并以复制方式增殖。一旦离开了宿主细胞，噬菌体既不能生长，也不能复制。
微基生物·2023-02-07 11:52

宏病毒组介绍

病毒是一种个体微小，结构简单，只含一种核酸（DNA或RNA），必须在活细胞内寄生并以复制方式增殖的非细胞型生物。
微基生物·2023-02-07 11:21

学习limma: Linear Models for Microarray and RNA-Seq Data

一、简介limma应用于RNA-seq数据时，readcounts被转换为log2-counts-per-million（logCPM）。
果蝇饲养员的生信笔记·2023-02-07 08:30

源于恐惧

从生命分子处于原始海洋，像是沸水沸腾，剧烈蠕动，拼接其他分子，结合成早期的蛋白质大分子，DNA分子，RNA分子等早期生命分子。那时候的生命分子只是拼接，复制自己，经历大约30亿年，形成早期的生命。
一剑入魂·2023-02-07 03:01

2.通过WGNCA发现缺血性卒中相关LncRNA及其靶基因和相关信号通路

LncRNAsrelatedkeypathwaysandgenesinischemicstrokebyweightedgeneco-expressionnetworkanalysis(WGCNA).DOI：10.1016/j.ygeno.2020.01.001数据来源：临床外周血样本：3对照，3IS，RNA-seq
D2聚体·2023-02-07 03:17

excel行列转置

library(tidyverse)X<-read.csv(file="data_RNA_Seq_v2_mRNA_median_Zscores.csv",sep="\t",header=T,row.names
梦幻天堂_ccd5·2023-02-06 11:00
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