RNA甲基化

号称可以替代重亚硫酸盐甲基化测序的新技术究竟是怎么回事？

技术介绍几十年来，重亚硫酸盐转化已成为甲基化测序的行业金标准，该技术可以检测DNA水平上被修饰的C(胞嘧啶)：5-甲基胞嘧啶（5mC）和5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）。
基因部落·2023-08-16 12:53

生信学习--生物数据库大全

★EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA序列库。http://ww
weixin_30321709·2023-08-16 04:22

GO，KEGG，DO 富集分析

对基因的分类描述对基因的描述1、cellularcomponent,CC(基因存在于细胞质还是细胞核，是线粒体还是其他细胞器)细胞组成2、Biologicalprocess,BP（能够参与哪一个生物学过程，参与rna
奔跑的Forrest·2023-08-15 23:01

病毒或寄生生物将寄主杀死，不久后自己也会死亡：是否符合自然进化原理？

作为一种非细胞生命形态，病毒个体微小，结构简单，由一条核酸长链（DNA或RNA）和蛋白质构成。
夏虫儿语冰·2023-08-15 10:17

游离RNA该如何提取

.产品特点◎操作简便快速，可在半小时内获得理想的RNA；◎提取RNA纯度高，无抑制剂，A260/A280为1.8-2.0；◎产量更高，较国内同类产品高出20%；◎可用于小量（200μL）血清、血浆、胸腹水
清风拂面vv·2023-08-15 09:52

单细胞在临床上的应用

第一点单细胞测序技术包含单细胞转录组测序，单细胞基因组测序，单细胞染色质可及性测序，单细胞蛋白组，单细胞免疫组学，单细胞甲基化等等不仅限于以上技术，每种技术都可以了解单细胞的某一个方面，包括基因的转录水平
周六周六·2023-08-15 01:15

Single Cell RNA-seq Analysis 学习记录（二）：数据整理

处理原始scRNA-seq数据2.1FastQC当你获取到单细胞下机数据的时候，第一步需要做的就是检查数据质量。本次教程使用的数据为(Kolodziejczyketal.2015)发表的文章内使用SMART-seq技术做的单细胞测序结果。示例数据下载地址[1]ERR522959_1.fastq和ERR522959_2.fastq数据质量查看这里我们推荐使用fastQC。fastQC是由Babrah
面面的徐爷·2023-08-14 19:44

2022-07-31

从一开始的R语言实战，到Linux基础，再到实战下载的fastq数据一路以来就是不断地犯错+debug+Google那么RNA-Seq的学习告一段落，马上开始GEO数据库挖掘的学习，因为我发现有关ID转化
佳奥·2023-08-14 18:49

2022-09-06

NatBiotech|中科院杨辉组通过靶向RNA降解的高保真Cas13变体降低副作用原创图灵基因图灵基因2022-09-0610:10发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制CRISPR–Cas13——
图灵基因·2023-08-14 14:02

RNA 11. SCI 文章中基因表达富集之 GSEA

前言目前基于RNA做分析的文章中几乎都有GSEA的分析内容，并且都是出现在正文，那么这个也是表达基因筛选的一种重要方式，下面我将整个流程梳理一下，供大家参考。
桓峰基因·2023-08-13 13:50

2023年全球首款呼吸道合胞病毒疫苗获批上市，RSV疫苗市场需求前景广阔[图]

呼吸道合胞病毒，是种单链包膜负向RNA病毒，属正交肺炎病毒家族成员，可能会导致严重的呼吸道症状，如毛细支气管炎、肺炎、气管炎和哮喘等。
共研调研所·2023-08-12 17:46

世界首富已入 mRNA 疫苗赛道，生命的等级竞赛开始

9月，马斯克曾被媒体爆出访问CureVac，商讨特斯拉为其建造RNA微型工厂。新兴的世界首富和传统的疫苗生产厂商正在竞争mRNA疫苗的生产。那么mRNA疫苗是什么呢？
新知时间·2023-08-12 11:41

ERA核酸扩增试剂盒常见问题解答

将来源于细菌，病毒和噬菌体的特定重组酶、外切酶、聚合酶等多酶体系进行改造突变并筛选其功能，通过不同的核酸扩增反应体系进行优化组合，从而获得核心的重组等温扩增体系，在37-42℃恒温条件下，可将微量DNA/RNA
基因GG·2023-08-11 21:23

10X空间转录组技术创新之同时测RNA和TCR（BCR）

hello，大家好，今天给大家分享一个新的技术，就是利用10X空间转录组同时获得转录组信息和TCR(BCR)信息，其实刚做10X空间转录组就有此想法，因为这样得到的信息非常重要。重要性1、10X单细胞既然无从知道空间位置，那也就无从真正判断TCR（BCR）是否浸润肿瘤组织，当然，有了很多方法进行推断，但是，也是有根据的“猜”，就像科学家们都推断火星的地质活动已经停止了，不会产生地热，但是，还是要发
单细胞空间交响乐·2023-08-11 18:02

10X空间转录组技术创新之同时测RNA和TCR（BCR）

hello，大家好，今天给大家分享一个新的技术，就是利用10X空间转录组同时获得转录组信息和TCR(BCR)信息，其实刚做10X空间转录组就有此想法，因为这样得到的信息非常重要。重要性1、10X单细胞既然无从知道空间位置，那也就无从真正判断TCR（BCR）是否浸润肿瘤组织，当然，有了很多方法进行推断，但是，也是有根据的“猜”，就像科学家们都推断火星的地质活动已经停止了，不会产生地热，但是，还是要发
单细胞空间交响乐·2023-08-11 18:01

项目文章｜ IF20.693！国自然热点m6A修饰参与调控动物疱疹病毒致肿瘤的重要过程

背景N6-腺苷酸甲基化（m6A）是真核生物和病毒中较常见的mRN
诺禾致源·2023-08-11 17:01

RNAfold预测RNA的二级结构

在mirdeep软件的分析结果中，会提供miRNA前体的二级结构，这个结果实际上是通过调用RNAfold来实现的，该软件是一个经典的预测RNA二级结构的软件，网址如下http://rna.tbi.univie.ac.at
生信修炼手册·2023-08-11 17:25

测序原理笔记 RNA-seq 和WES--day 5

1，RNA-seq测试原理测序步骤，先去除保守的rRNA，→polyA尾的特性，用磁珠吸附→Mg镁离子溶液打断mRNA→随机引物变成双链合成第一条cDNA（由RNA变成单链DNA）→再合成第二条DNA（
悦时光_·2023-08-11 14:36

热点综述 | 高维单细胞RNA测序数据分析工具

scRNA-seq数据集通常包含由于不完全RNA捕获、PCR扩增偏差和/或特定于患者或样本的批次效应而产生的技术噪声，如何降低技术噪声对数据分析的影响？...
尐尐呅·2023-08-11 08:30

甲基化系列 3. 甲基化芯片数据分析完整版（ChAMP）

前言IlluminaInfiniumHumanMethylationEPICBeadChip是用于高通量DNA甲基化分析的新平台，与旧的450K阵列相比，有效地增加了一倍
桓峰基因·2023-08-10 16:11

基因功能研究技术

一，基因表达研究技术1.基因表达系列分析技术2.RNA的选择性剪接技术3.原位杂交技术4.基因定点突变技术二，基因敲出技术又称基因打靶1.基本原理2.高等动物基因敲出技术3.植物基因敲出技术三，蛋白质与
yzg刚·2023-08-10 07:08

易基因 | 单细胞甲基化测序（scBS-seq）比对率奇低？你的文库方向性参数可能没选对！

问题的提出近年来单细胞测序真是火得一塌糊涂，在BS数据分析中，最常用的比对工具就是BSMAP和bismark。然后有小伙伴发现，明明之前用于常规BS-seq的流程用着都挺顺，到scBS-seq（singlecellBSseq）数据的时候就不行了。数据质量不错，就是比对率奇低。到底问题出在哪里呢？其实小编刚接触scBS-seq数据的时候也发现了这个问题。今天小编就带大家一起分析解决一下这个问题吧！无
E_GENE·2023-08-10 01:38

新冠病毒

大家从视频报道，和专家介绍也都或多或光有所了解，而我知道的新冠病毒是单股正链的RNA病毒，为巢病毒目，冠状病毒科，正冠状病毒亚科的病毒，与SARS冠状病毒、MERS冠状病毒同属于β属的冠状病毒。
jiandan简单·2023-08-10 01:10

Stranded RNA library链特异的转录组文库

链特异性建库方式（以目前最常用的dUTP为例，如下图所示）首先利用随机引物合成RNA的一条cDNA链，在合成第二条链的时候用dUTP代替dTTP，加adaptor后用UDGase处理，将有U的第二条cDNA
香波地海·2023-08-09 22:20

DNA 甲基化meta分析

推荐DNA甲基化EWAS分析的综述《DNAmethylation-basedpredictorsofhealth:applicationsandstatisticalconsiderations》
小潤澤·2023-08-09 10:54

15-IF12+:纯生信探索甲基化水平的缺失和免疫治疗反应的关系

一.研究背景肿瘤突变负荷（TMB）和拷贝数是预测病人免疫治疗发应的预测标志物，之前的研究表明，有丝分裂和TMB、拷贝数以及发生在PMD区域的低甲基化水平相关，之前已经有很多研究探索了免疫治疗反应和TMB
AAA肿瘤信息学王协·2023-08-09 01:35

2022-03-23

PNAS|大脑DNA甲基化的无创MRI成像原创图灵基因图灵基因2022-03-2309:11收录于话题#前沿分子生物学技术伊利诺伊大学（UofI）香槟分校的一个多学科团队设计了一种基于MRI的非侵入性3D
图灵基因·2023-08-08 19:42

如何从TCGA数据库下载DNA甲基化数据

前面给大家介绍了新版的TCGA数据库，通过文字和视频给大家讲解了如何从TCGA数据库下载RNAseq数据，miRNAseq数据以及体细胞突变数据☞新版TCGA数据库RNAseq数据下载☞新版TCGA数据库miRNA数据下载☞【视频讲解】下载TCGA数据库中突变数据以及如何合并成矩阵☞【视频讲解】R代码合并新版TCGA中RNAseq表达谱矩阵☞【视频讲解】R代码合并新版TCGA中miRNA表达谱矩阵
生信交流平台·2023-08-07 18:34

区分Bulk测序和高通量单细胞测序中的提高细胞通量

测序和高通量单细胞测序中的提高细胞通量首先区分下单细胞测序和Bulk测序：单细胞测序(scRNA-seq)与bulk测序（BulkRNA-seq）的不同之处是BulkRNA-seq是提取组织、器官或一群细胞的混合RNA
hyena_7·2023-08-07 15:17

RT-PCR、QPCR、Real-time PCR、Real-time RT-PCR区别（自用）

在RT-PCR中，一条RNA链被逆转录成为互补DNA，再以此为模板通过PCR进行DNA扩增。那什么是qPCR、Real-time-PCR？其实Real-time-PCR
hyena_7·2023-08-07 15:17

TCGA 官方的gdc用R版本链接的git下载不了怎么办

/gdc-client.exedownload-mgdc_manifest_CHOL_Rna.txt-dmrnaRStudio终端命令行显示的错误在大牛的群里询问了一下，说是软件的
javen_spring·2023-08-07 09:04

TCGA pan-cancer 分析

泛癌分析的基础数据可以从如下网站轻松下载：https://gdc.cancer.gov/about-data/publications/pancanatlas其中突变数据为.maf格式，可以采用R语言的maftools包进行分析；RNA-seq
judyhappy·2023-08-07 07:30

2022-03-09

Nature|单细胞RNA测序揭秘神经元网络连接的时间控制机制原创旧岛望月亮图灵基因收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：旧岛望月亮IF=49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐亮点：1.通过计算时间动态分数和细胞类型变化分数
图灵基因·2023-08-06 12:28

血液RNA可直接提取高质量的基因组RNA吗？

产品特点◎操作简便快速，20分钟左右可获得理想的RNA；◎提取RNA纯度高，无抑制剂，1.8
清风拂面vv·2023-08-05 23:28

SETDB1 Inhibits p53-Mediated Apoptosis and is Required for Formation of Pancreatic Ductal Adenoc...

SETDB1，一种组蛋白甲基转移酶，使赖氨酸9上的组蛋白H3三甲基化，促进几种肿瘤类型的发展。作者研究了SETDB1是否与胰腺导管腺癌(PDAC)的发生有关（
一个没有感情的文献阅读机·2023-08-05 17:22

链特异性建库测序原理

RNA-seq基本流程下图是一个大概的RNA-seq基本流程[图片上传失败...
Ju_sir·2023-08-05 13:35

TCGA_甲基化（二）

和在基因编码区中的CpG位点不同，在基因正常表达时，位于基因启动子区中的CpG位点往往不会被*甲基化；这种现象表明启动子序列中的CpG位点的甲基化很可能导致基因表达被抑制。
一路向前_莫问前程_前程似锦·2023-08-05 11:51

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（八）：拟时序细胞轨迹推断

slingshot包可以对单细胞RNA-seq数据进行细胞分化谱系构建和伪时间推断，它利用细胞聚类簇和空间降维信息，以无监督或半监督的方式学习细胞聚类群之间的关系，揭示细胞聚类簇之间的全局结构，并将该结构转换为由一维变量表示的平滑谱系
Davey1220·2023-08-05 04:20

单细胞转录组数据分析课件||4. Removal of confounding factors in scRNA-seq data

如题，如何去除混杂因素在已有的方法中均是消除连续变量型的混杂因素（如“nCount_RNA”），要是离散变量呢？在R中的几种实现方法。主要基于回归的方法。
周运来就是我·2023-08-04 10:07

2021-11-22每日文献

Controlthroughliquid‐liquidphaseseparation主要内容：真核细胞核不是均匀的单间隔而是高度分隔的细胞器，由各种类型的无膜结构分隔，包括核仁、PML小体、副斑点、DNA损伤灶和RNA
橘子味儿的小蜜蜂·2023-08-04 06:22

空间转录组简介-2022-07-04

空间转录组学简介原理image.pngstep1：新鲜冷冻组织切片成像冷冻组织不能直接用液氮，急速降温会导致细胞损伤，10X建议用OTC包埋的异戊烷速冻组织：image.pngstep2：放置在包含与RNA
Bio小盼·2023-08-03 15:51

【分享】使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析易如反掌

原文来自这里，略编辑摘要简单且高效地分析RNA测序数据的能力是Bioconductor的核心优势。
王诗翔·2023-08-02 19:42

RNA 20. SCI 文章中单样本免疫浸润分析 （ssGSEA）

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你122篇原创内容公众号这期讲讲单样本基因富集分析，这个也蛮有意思的之前我已经介绍过基因集富集分析（GSEA），但是当时是用差异基因来分析，这期我们就通过单基因免疫浸润的方法来介绍一下。前言singlesampleGeneSetEnrichmentA
桓峰基因·2023-08-02 14:18

生信软件 | bowtie2（测序序列与参考序列比对）

通常是比较基因组学(包括识别变体（variationcalling），ChIP-seq，RNA-seq，BS-seq)管道的第一步。
白墨石·2023-08-02 01:13

go term下的所有通路bp go.db

rna_msc_match%unlist()%>%unname(),eachterm))){target_terms%unlist()%>%unname(),eachterm)print(paste0(
Young.Dr·2023-08-01 19:45

特征选择策略：为检测乳腺癌生物标志物寻找新出口

内容一览：microRNA（小分子核糖核酸）是一类短小的单链非编码RNA转录体。这些分子在多种恶性肿瘤中呈现失控性生长，因此近年来被诸多研究确定为确诊癌症的可靠的生物标志物(biomarker)。
HyperAI超神经·2023-08-01 19:30

mirRNA与lncRNA研究策略

一、miRNA的一般研究策略miRNA也称微RNA、microRNA，是真核生物中广泛存在的一种长度为21-23nt的RNA分子，可通过与mRNA的结合，抑制mRNA的转录，因此在基因表达调控、细胞周期
Ray钱·2023-08-01 12:42

2021-09-02

AI预测癌细胞必需基因图谱原创huacishu图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：huacishuIF=14.132推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、DeepDEP模型使用突变、基因表达、DNA甲基化和
图灵基因·2023-08-01 11:20

【科研热点】缺氧(hypoxia)相关基因

前面给大家陆续介绍了一些科研热点相关的基因☞m6A甲基化相关基因集☞RNAm5C甲基化相关基因列表☞铁死亡相关基因集☞铜死亡相关基因集☞SCI文章中经常出现的免疫相关基因集☞科研新热点——血管生成相关基因
生信交流平台·2023-08-01 10:38

小RNA相关知识

PTGS或RNA沉默：某基因能够正常转录，但是其mRNA不能正常翻译成蛋白质内源性小RNA的生物合成>在RNAPol2/4/5作用下合成合成单链RNA>在RDR催化下合成dsRNA「RDR只在植物、线虫
噼里啪啦新·2023-08-01 09:13
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