RNA甲基化第16页

MTHFR基因突变的一些症状

归根结底，其关键就是低甲基化与其导致的三个不同的症状区域。系统性问题同型半胱氨酸水平过高，因为没有足够的甲基叶酸将同型半胱氨酸转化为蛋氨酸。高同型半胱氨酸水平常被认为是导致中风和心脏

万健康品·2023-07-27 05:07

在地球上生命开始之前，DNA和RNA的构建块就已经同时出现了

在地球上生命开始之前，DNA和RNA的构建块就已经同时出现了这一发现推翻了流行的“RNA世界”假说科学家首次发现了强有力的证据，证明RNA和DNA可能来自同一组前体分子，甚至在大约40亿年前地球上的生命进化之前就已经存在

wumingzhi111·2023-07-27 03:12

生信课程笔记3-序列搜索算法

其应用包括：研究全基因组（genome-wide）、RNA转录本（RNA-seq）、DNA甲基化（Methyl-seq）、蛋白质-DNA相互作用（ChIP-se

果蝇饲养员的生信笔记·2023-07-27 02:56

时序RNA-Seq差异表达分析软件比较

提到RNA-Seq差异表达分析，人们首先想到的是两个实验条件下的差异表达，比如说癌组织与癌旁等。

生信family·2023-07-27 00:02

一个月的文献

通过大规模鉴定木质素合成通路中具有调控作用的MicroRNA（miRNA）、长链非编码RNA（lncRNA）与转录因

龙小树·2023-07-26 23:12

2022.11.21【bug笔记】|bam文件报错：Cannot add sequence that already exists in SAMSequenceDictionary

经过samtools处理后得到的bam文件经常用于后续分析，比如RNA-seq分析时，可以统计序列的插入片段也可以做后续定量，WGS流程里比对后生产的bam文件也可以去冗余获取snp位点。

穆易青·2023-07-26 19:42

靶向RNA-seq全面解决方案和加速分析，只看这篇就够了！

背景RNA-seq，即通过高通量测序技术进行的转录组测序分析技术。最初作为研究mRNA，smallRNA，non-codingRNA等表达水平、表达差异基因的应用，在过去的十几年内迅速发展。

chSNP·2023-07-26 16:33

文章

1.利用R包TCGAbiolinks进行各种数据下载2.RNA-seq的counts,RPM,RPKM,FPK值到底有什么区别？

鬼孑孓·2023-07-26 09:49

生物信息学_玉泉路_课堂笔记_07 第七章转录组学：基因芯片及RNA_sep数据分析

第七章转录组学：基因芯片及RNA_sep数据分析大部分是可以转录的大概70-80%可Rna从此区域出来的rna来看编码基因只占据很小的一部分2%左右更多的区域转录出来的是非编码rna转录组学的测序方法基因芯片

rookie_coder_996·2023-07-25 22:52

5+纯生信m6A lncRNA预后分析

概普生信·2023-07-25 20:36

理解SAM文件格式以及过滤sam文件

RNA-seq或者ChIP-seq等等测序的上游分析流程里的比对步骤相信大家都知道，我之前也只是按照各种教程去走流程，并没有仔细的研究过每一步的内容。

生信start_site·2023-07-25 18:12

无需假病毒！检测新冠抗体中和能力的两种方法

尽管RT-PCR检测病毒RNA技术，已经成为大多数国家和地区对新冠患者排查的常规手段，也是COVID-19病例诊断的金标准，但仍然需要血清学方法来表征SARS-CoV-2的体液反应。

博士苑·2023-07-25 17:09

复现原文（一）：Single-cell RNA sequencing of human kidney（step by step）

imagehttps://www.nature.com/articles/s41597-019-0351-8imageNGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这

生信宝典·2023-07-25 15:57

2021-10-28

表观转录组学：再探RNA为了找到新的思路，科学家们有时会查阅几十年前发表的研究报告。这就是WendyGilbert最近在RNA修饰研究中所做的。

844ed84ba80d·2023-07-25 08:06

探索miRNA与IncRNA的生物信息工具及数据库

miRNA的生物信息学资源：miRNA数据库1miRNA数据库2miRNA数据库3IncRNA的生物信息学资源：IncRNA数据库1IncRNA数据库2miRNA与IncRNA虽然都是非编码RNA,但是它们对于调控细胞的发育与探索疾病作用机制有着非常重要的作用

米妮爱分享·2023-07-25 08:22

数据库

https://academic.oup.com/nar/issuesanger英broadinstitue美UCSC美1.核酸数据库DNA数据库基因组数据库基因变异数据库基因表达数据库RNA数据库病毒数据库

洛洛洛洛洛啊·2023-07-25 02:20

RNAvelocity系列教程3：使用Seurat和velocyto估算RNA速率

此教程演示分析存储在Seurat对象中的RNA速率定量。参数基于RNA速率教程。

Seurat_Satija·2023-07-25 02:13

Docker封装生物信息学甲基化流程

CpGCHGCHH含义p代表磷酸二酯键，CpG指的是甲基化的C的下游是1个G碱基。

儒雅随和王小板·2023-07-24 14:08

circFNDC3B编码蛋白通过调控snail抑制结肠癌肿瘤进展和EMT

文前扫盲一波：什么是非编码RAN，什么EMT.非编码RNA主要的来讲分为三类：miRNA,lncRNA,circRNA，真是不是一家人不进一家门，miRNA活了很多年了，现在基本快到末期了，长度比较短约

一个没有感情的文献阅读机·2023-07-24 13:43

2021-11-23

单细胞测序跟踪肺癌细胞谱系进展原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：风不止步IF=14.919推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：对收集自LUAD四个组织学阶段的25名患者的268,471个细胞进行单细胞RNA

图灵基因·2023-07-23 21:43

阿ll·2023-07-23 16:05

人类早期胚胎发育DNA甲基化图景

人类早期胚胎发育DNA甲基化图景——表观遗传学—胚胎发育系列第1篇作者：马可菠萝审稿：童蒙编辑：angelicaDNA甲基化是一种基础且重要的表观修饰，本文系统的报道了人类早期胚胎发育的表观图景，为深入研究人类胚胎发育的表观遗传机制奠定了基础

生信阿拉丁·2023-07-23 09:06

RNA-seq学习：No.12 EnhancedVolcano绘制美观火山图

EnhancedVolcano包可根据差异分析结果，基于ggplot2绘图结构，方便地绘制美观的火山图，下面根据自己的理解小结下基本用法。官方全面的教程：https://github.com/kevinblighe/EnhancedVolcano示例差异基因数据library(airway)library(magrittr)data('airway')airway$dex%<>%relevel('

小贝学生信·2023-07-23 03:33

Dynamics and function of DNA methylation in plants

AbstractDNA甲基化是非常保守的表观修饰，对于基因调控及基因组稳定性十分重要异常的DNA甲基化模式会导致植物的发育缺陷。

黄粱一梦贰十年·2023-07-22 15:31

抗病毒药物

病毒简介病毒是病原微生物中最小的一种，在细胞内繁殖，其核心是核糖核酸（RNA）或脱氧核糖核酸（DNA），外壳是蛋白质，不具有细胞结构。病毒寄生于宿主细胞内，依赖宿主细胞代谢系统进行增殖复制。

三省吾身_9862·2023-07-22 15:32

宏基因组分析步骤Linux,为什么宏基因组数据分析比较难？

生物数据分析包括很多种类，比如人基因组，植物，动物，微生物，还有RNA，单细胞RNA等等，其中宏基因组数据分析是比较难的部分，为什么呢？这里总结了以下10点原因。

南哥塔罗占卜师·2023-07-22 12:30

宏转录组方法_土壤宏转录组RNA的提取方法评价

微生物被认为是地球最大的分解者。据估算，每克土壤中微生物的数量最高可达上百亿，物种可达数十万种[。这些数量巨大、种类繁多、功能多样的微生物推动了土壤的发生和发育，决定了地球演化的方向和进程，形成了人类赖以生存的土壤历史自然体。然而，栖息于土壤中难以计数的海量微生物中，绝大多数被认为难以培养、生理功能未知，最高可达99%之多，学术界甚至将其类比为物理学中的暗物质，提出了生物暗物质的理念[。因此，如何

咖啡猫的眼泪·2023-07-22 12:30

宏病毒组分析常见的分析软件

研究者将病毒视为调节人类生态系统的重要成员，人体内主要包括真核病毒和噬菌体，包括双链DNA(double-strandedDNA,dsDNA)，单链DNA(single-strandedDNA,ssDNA)和RNA

易基因科技·2023-07-22 12:59

从生物进化的过程来看软件工程的实现

生命的最开始起源于遗传物质，在早期的地球环境下，也就是被人称为原始汤的自然环境下，经过闪电和高温，部分无机物相互组合形成了DNA（RNA），最开始的DNA都是一个个的小片段（基因），通过吞噬和合并，在自然选择的情况下

Yard·2023-07-22 03:06

2022-01-21 百分位数进行细胞过滤

徐添添·2023-07-21 11:11

【环境软件】安装和配置生信测序分析环境

第二部分主要讲用conda安装软件，以ChIP-seq分析（以及cut&run数据分析）所需软件为例，做RNA-seq，ATAC-seq等也是适用的。末尾推荐几篇很实用的好文。”

木语呆呆·2023-07-21 08:50

喉咙都要，核酸检测为什么要捅喉咙？

病毒包括DNA病毒和RNA病毒，新型冠状病毒是一种RNA病毒，借助于核酸检测能够帮助医生准确识别感染患者。核酸检测的流程是什么?1.采集分泌物：需要采集患者的鼻拭子或者咽拭

随身易·2023-07-21 01:52

10-IF5+:纯生信分析髓母细胞瘤中干细胞和甲基化及药物的关系筛选预后特征

一.研究背景大多数人类癌症是通过各种遗传和表观遗传改变的顺序积累，并从干细胞和祖细胞群发展而来。干性被定义为具有自我更新和从起源细胞分化的潜能，最初被认为是起源于正常干细胞，这些干细胞有能力产生所有类型的细胞。而髓母细胞瘤（MB）是儿童中最常见的中枢神经系统（CNS）胚胎肿瘤。基于组织学特征的初步刻画，根据2016年世界卫生组织(WHO)对中枢神经系统肿瘤的分类，MB被主要分为四个分子亚型，分别为

AAA肿瘤信息学王协·2023-07-20 23:13

胶质瘤综述1：胶质瘤CpG岛甲基化表型(G-CIMP):生物学和临床意义

标题：GliomaCpGislandmethylatorphenotype(G-CIMP):biologicalandclinicalimplications期刊：Neuro-Oncology影响因子：12.304摘要胶质瘤是一组具有不同生物学和临床特性的异质性脑肿瘤。尽管外科技术和临床方案有所进步，但高级别胶质瘤的治疗仍然具有挑战性，治疗成功率和总生存率都很低。挑战包括胶质瘤的分子复杂性，以及组

努力爱学习的JUN·2023-07-20 20:59

易基因｜3文一览：简化甲基化测序（RRBS）技术优势及研究成果（医学+物种保护+农学）

大家好，本期我们通过3篇高分文章来解读简化甲基化测序（RRBS）技术优势及研究成果（医学+物种保护+农学）。

E_GENE·2023-07-20 09:32

谁说学霸不能谈恋爱（四）

“阿雯，你知道DNA和RNA有什么区别吗

句小芒·2023-07-20 08:40

2018-12-30

而通过人工设计这两种RNA，可以改造形成具有引导作用的sgRNA（singleguideRNA），足以引导Cas9对DN

Mingyan_C·2023-07-20 00:51

反卷积法推断bulk RNA数据中的细胞组成

在这篇文章中，作者使用肿瘤单细胞RNA测序数据的适应症特异性和细胞类型特异性参考基因表达谱（RGEP），深入分析如何通过数学反卷积从bulk数据中得出实体瘤的细胞组成数据。

麒麟991·2023-07-19 22:15

跟着Cell学单细胞转录组分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分

DefaultAssay(immune)<-"RNA"cd_fe

TS的美梦·2023-07-19 16:48

CRISPR-Cas9入门知识学习笔记

该RNA引导的DNA靶向编辑工具已被科学家用在基因组编辑、转录干扰、表观遗传调控等多个领域

唯问生物·2023-07-19 07:02

外显子、内含子、mRNA、CDS、ORF的区别与联系

转录：以DNA为模版，在DNA指导的RNA聚合酶的作用下，将四种游离的NTP按照碱基互补配对的原则合成RNA。翻译：以mRNA为模板，在核糖体内合成蛋白质的过程。

高斯纯牛奶·2023-07-19 07:24

将qualimap结果统计成表格

qualimap用于将RNA比对数据进行QC，运行命令：ls*bam|xargs-n1-P2-I{}qualimaprnaseq-bam{}-gtfAt.gtf-occount.matrix-outdirrnaseq_result

wangsb_2020·2023-07-19 07:19

RNA 9. SCI 文章中基因表达之 GO 注释

全网最全GO注释结果绘图，直击SCI绘图标注，关注我，您最好的选择！前言1.GO原理基因组测序已经表明，大部分指定核心生物学功能的基因是所有真核生物共有的。这种共享蛋白质在一个有机体中的生物作用的知识，往往可以转移到其他有机体。基因本体论联盟的目标是产生一个动态的、可控的词汇表，可以应用于所有真核生物，即使基因和蛋白质在细胞中作用的知识正在积累和变化。为此，可以在全世界的Web上访问三种独立的本体

桓峰基因·2023-07-18 23:04

ceRNA介绍及分析研究策略

ceRNA介绍及分析研究策略原文地址来源：查看手机网址浏览：7686发布日期：2017-03-0615:12:27【大中小】前言现在生物学研究中对RNA的研究与日俱增，siRNA，piRNA，miRNA

ZZM2020·2023-07-18 22:40

2022-08-10

CellReports|KRAS突变影响RNA“暗物质”可用于癌症早筛图灵基因2022-08-1008:33发表于浙江收录于合集#前沿分子生物学机制Kras是一种鼠类肉瘤病毒癌基因，ras基因家族与人类肿瘤相关的基因有三种

图灵基因·2023-07-18 18:38

【零基础练习一个RNA-seq分析】CH1：用Linux安装RNA-seq需要的软件

这一部分主要是关于安装包管理软件miniconda已经miniconda的使用，在徐洲更哥哥的b站教程里有非常非常详细的讲解，跟着做几乎不会踩坑，我这里从安装miniconda开始写，权当做个笔记方便参考了，当然对于从这个教程开始接触生信的同学来说，前面的部分也非常重要。b站链接：https://www.bilibili.com/video/BV1JJ411p7fX顺便也贴一个教程https://

josia_luo·2023-07-17 10:19

10x Genomics RNA-seq 原理详解

近期的一系列际遇都再次论证了我真的是一个靠运气闯荡江湖的人，鬼使神差的混入了一个超棒的实验室，并且受到了同伴和室友在工作和生活上的无私的照顾。日子像梦一样美好，我只想时间走的再慢一点，让我能把这里的四季再多看一眼，再看清楚一些。记得之前果子老师说过，靠输出倒逼输入，我想尝试着把我的学习过程记录下来，理清思路，同时也许还能认识更多的再学习路上的小伙伴。（我真的考大学都没有这么努力过，倒着时差学习，哈

致知_5974·2023-07-17 00:04

2021-03-26 一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点

：启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。做生信分析时，一般选择上游1kb，下游500nt，也有选上下游各1kb的。

Koalaemu·2023-07-16 11:40

纯生信分析系列 6+|RNA结合蛋白在前列腺癌中应用价值评估

小伙伴们大家好呀，今天要为大家介绍的是于2020年8月31日发表于Genomics（IF=6.205）的文章，题目为Developmentandvalidationofasix-RNAbindingproteinsprognosticsignatureandcandidatedrugsforprostatecancer，作者单位是河北医科大学第二医院。本研究的重点是研究正常样品和前列腺癌（PCa）

概普生信·2023-07-16 10:53

2022-06-06

NatMethods|RNA分子结构研究新方法原创图灵基因图灵基因2022-06-0610:14发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术为了了解单个RNA分子的作用，需要在原子和分子水平上破译其3D结构

图灵基因·2023-07-16 04:53

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