RNA甲基化第17页

01 甲基化基础知识——学习于生信技能树公众号

甲基化基础知识基础知识甲基化是表观修饰的一种表观遗传修饰是指对基因组功能的相关修饰，通过一系列生物学修饰改变基因的活性而不是DNA的核苷酸序列影响基因的表达。

whykm·2023-07-15 21:08

circRNA对基因调控起到怎么样的作用？基因敲除细胞株来揭秘！

环状RNA(circularRNAs,circRNAs)是一类由mRNA前体(pre-mRNA)经反向剪接形成的共价闭合环状非编码RNA。

源井生物b·2023-07-15 17:59

2022-04-29

CancerCell|胃肠癌中新抗原反应性T细胞的转录组学特征原创榴莲不酥图灵基因2022-04-2907:03收录于合集#前沿分子生物学机制撰文：榴莲不酥IF=31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：使用单细胞RNA-seq

图灵基因·2023-07-15 12:21

8.单细胞 RNA-seq 聚类分析：整合

学习目标：使用变异最大的基因进行不同条件的细胞整合，从而识别出最相似的细胞单细胞RNA-seq聚类分析：整合image目标：在不同的条件下，比对同一类型的细胞。

denghb001·2023-07-15 10:52

2022-05-10

现在，两个研究小组对免疫细胞进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq），并将数据与自身免疫疾病相关基因变异的

图灵基因·2023-07-15 04:39

Communications Biology发布首个猪脑组织精细RNA编辑图谱

该研究在国际上报道了首个猪脑组织精细RNA编辑图谱，是对哺乳动物中枢神经系统RNA编辑谱的重要补充，为以猪为模型进行神

尐尐呅·2023-07-14 21:31

易基因 | 表观遗传IVD检测专题报告1：背景，样本类型与常用技术

前言目前已有大量的研究表明，表观遗传学，特别是DNA甲基化变化，伴随着疾病的早期发生到后期发展，并可作为临床疾病全过程管理（其中包括早期诊断、个性化医疗、复发检测、慢性疾病的风险评估等）的生物标记物。

E_GENE·2023-07-13 22:07

RSeQC使用

官网：http://rseqc.sourceforge.net/ref1：RSeQC使用笔记–生信笔记ref2：RSeQC对RNA-seq数据质控|生信菜鸟团1.geneBody_coverage.pygeneBody_coverage.py-rhg19

苏牧传媒·2023-07-13 21:43

编写一个有32个32位寄存器的寄存器堆

使用verilogHDL进行编写moduleregfile(rna,rnb,d,wn,we,clk,clrn,qa,qb);input[4:0]rna,rnb,wn;input[31:0]d;inputwe

TZ燊·2023-07-13 19:02

一文读懂基因富集分析：从小白到SCI

对于小编来讲，刚入手生信时接触最多的就是差异分析，基因组可以算突变率、转录组可以算基因表达水平、表观组可以观察甲基化水平、蛋白质组/代谢组可以看蛋白/代谢物丰度，甚至是宏基因组也可以比较菌群的丰度。

概普生信·2023-07-13 17:15

转录因子研究思路

在转录起始过程中，可调控RNA聚合酶与DNA模板的结合。转录因子除了能与基因上游的启动子区域结合外，也可以转录因子复合物的形式和其它转录因子结合来调控基因的转录。

Han_zh·2023-07-11 08:44

复现原文（二）：Single-cell RNA sequencing of human

imageimageNGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：

生信宝典·2023-06-24 11:04

哺乳动物DNA甲基化图谱建立和去除的生化基础？DNA甲基化的主要生物学作用？

#建立DNA甲基化是在DNA模板的胞嘧啶第五个碳原子上加上甲基基团。哺乳动物中，DNA甲基化主要发生在CpG位点上。

·2023-06-24 07:37

机器学习识别肿瘤干性指数mRNAsi

2018年发表在Cell上面的一篇文章采用创新的单类逻辑回归(OCLR)机器学习算法，通过对干细胞转录组、甲基化组和转录因子结合位点的多平台分析，得到了两个独立的干性指数，其中mRNAsi可以反映干细胞的基因表达特征

博士苑·2023-06-23 10:46

易基因｜m6A RNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析

甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验怎么做？从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。

易基因科技·2023-06-22 16:18

RNAseq教程(4.3)

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA

周小钊·2023-06-22 02:18

软件安装不上，可能是网速慢！Conda/R/pip/brew等国内镜像大全拿走不谢~~

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞

生信宝典·2023-06-21 12:39

单细胞RNA-seq预处理工具比较分析（bioRxiv）

2020年2月2日，苏黎世大学MarkRobinson团队在预印本bioRxiv上发表题为pipeComp,ageneralframeworkfortheevaluationofcomputationalpipelines,revealsperformantsingle-cellRNA-seqpreprocessingtools的研究内容，并建立了一个评估框架pipeComp，评估包括过滤、dou

生信宝典·2023-06-20 21:36

玩转ChatGPT：R代码Debug一例

二、踩坑过程（1）先看原始的咒语咒语：我已经使用synapser包计算得到了每个基因的干性权重标准值（第一列是基因名，第二列是权重值），现在需要计算TCGA中HCC的RNA-seq测序数据（第一行是样本名

Jet4505·2023-06-20 09:08

单细胞 Drop-seq数据分析教程

Drop-seq是一种单细胞RNA测序技术，通过在微滴中捕获单个细胞并进行RNA扩增，从而获得单个细胞的转录组数据。该技术通过微滴分离单个细胞并将细胞裂解，随后在微滴中添

11的雾·2023-06-19 15:18

AI+Science：基于飞桨的AlphaFold2，带你入门蛋白质结构预测

1958年F.H.C.克里克提出了生物学中重要的中心法则，DNA->RNA->蛋白质，中心法则说明，DNA可以转录形成RNA，RNA再翻译成一个个氨基酸，最后组合形成蛋白质。

·2023-06-19 10:43

2021-11-01

Wyss研究所发布世界最小纳米标尺创建多肽分子指纹原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术从微量样本中解码生物分子的身份是生物技术领域的一个长期目标，尽管下一代测序技术已使识别单个DNA和RNA

图灵基因·2023-06-18 22:25

甲基化知识点

首先甲基化是表观修饰的一种所以首先需要搞清楚什么是表观修饰，表观遗传学，以及为什么关注DNA甲基化这其中一种表观修饰！

斗战胜佛oh·2023-06-18 16:13

edger多组差异性分析_简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析 – 生信笔记

DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。

weixin_39640090·2023-06-18 08:54

易基因 | 表观遗传IVD检测专题报告2：已认证表观遗传IVD产品介绍

已认证表观遗传IVD检测产品简介表3：表观遗传IVD检测常用技术表3总结了现有的具有FDA、LDT、或欧盟CE-IVD认证的的基于ctDNA甲基化的IVD产品，产品特征将按应用场景和检测肿瘤类型逐一介绍

易基因科技·2023-06-17 17:35

项目集锦 | 易基因DNA羟甲基化5hmC测序研究成果

羟甲基化5hmC是哺乳动物基因组上的第六碱基，在发育、衰老、神经退行性疾病、复杂疾病及肿瘤发生过程中起重要作用。本期以科研内容为序，总结近期易基因羟甲基化合作研究成果。

易基因科技·2023-06-17 10:18

VirSorter2识别病毒序列

VirSorter2:amulti-classifier,expert-guidedapproachtodetectdiverseDNAandRNAviruses中文：一种含多分类器且有专家指导的DNA/RNA

小白菜学生信·2023-06-16 17:51

[R][DiffBind]用Diffbind做RNA-seq差异分析问题记录（持续更新）

官方sample1.Loadingsamplesheet...BT4741BT474ERResistantFull-Media1bedErrorinif(file.info(peaks)$size>0){:missingvaluewhereTRUE/FALSEneeded文件缺失，检查工作目录下peaks/reads文件夹是否存在（我也不知道为什么它会自己删掉）实操1.ResponsiveMock

Scabbards_·2023-06-16 07:28

2021-09-01

Science|张峰提出基因治疗输送理念：适应人类细胞的RNA递送系统原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术麻省理工学院的研究人员表示，基因疗法和其他分子疗法可能很快就会得到更有效的包装和实施

图灵基因·2023-06-15 17:04

Motif分析百宝箱（一）

在蛋白质、DNA、RNA序列中都存在，同源序列中不同位点的保守程度不同，一般对于功能影响较大的序列，通常比较保守。通俗来讲Motif就是反复出现的模式，并且假设其具有生物学功能。

生信阿拉丁·2023-06-15 15:56

宏病毒组研究大放异彩！| 凌恩生物1-5月高分宏病毒组文章大盘点！

病毒宏基因组学能够检测病毒群落的DNA或RNA序列，了解病毒种类

SHANGHAILINGEN·2023-06-15 13:23

单细胞108篇文献解读之6---Decouplinggenetics, lineages, and microenvironment in IDH-mutant gliomas by singl...

6、天雄星豹子头林冲单细胞RNA-Seq结合大数据分析揭示肿瘤亚型的差异image肿瘤的存在威胁人类的生命健康，研究肿瘤的起源和发生发展的过程有助于为肿瘤的防治提供重要的依据。

Seurat_Satija·2023-06-15 13:25

多任务学习用于多模态生物数据分析

目前的生物技术可以同时测量来自同一细胞的多种模态数据（例如RNA、DNA可及性和蛋白质）。这需要结合不同的分析任务（如多模态整合和跨模态分析）来全面理解这些数据，推断基因调控如何驱动生物多样性。

tzc_fly·2023-06-14 18:56

R语言- ComplexHeatmap 绘制复杂热图示例

它经常用在分子生物学文章里（尤其是microarray,RNA-seq相关论文）直观地呈现多样本多个基因的全局表达量变化，和呈现多样本或多基因表达量的聚类关系。

倪桦·2023-06-14 14:17

2022-09-18 ROSALIND_2: Transcribing DNA into RNA

#----ROSALIND_2:----#TranscribingDNAintoRNA"""DNA_base="ATCG"RNA_base="AUCG""""#GATGGAACTTGACTACGTAAATT

小孟在充电·2023-06-14 08:52

mRNA 蛋白 DNA

很久很久以前，有个mRNA，觉得自己很孤单，就翻译了一个蛋白为自己作伴，「你好，我是你的模板」「你好，我是RNA水解酶」mRNA沉默了一下，「我本来也活不了多久，你就陪陪我吧」「好」mRNA和蛋白手拉手

炭酸水素钠·2023-06-14 04:50

生信分析揭示lncRNA 可能是BRCA 诊断和预后的潜在生物标志物，并为药物研发提供新方向

DrivenbyCopyNumberAmplificationandDNADemethylation,IsAssociatedwithOxidativeLipidMetabolismandImmuneInfiltrationinBreastCancer由拷贝数扩增和DNA去甲基化驱动的

生信学霸·2023-06-13 12:01

m6A上游 | 5 MACS2 peak calling

第3篇：用MACS2软件callpeaks-云+社区-腾讯云(tencent.com)MACS2软件callm6A甲基化peaks-(jianshu.com)macs2-(jianshu.com)https

一只小脑斧·2023-06-13 10:34

U17 snoRNA调节细胞胆固醇的转运

已知H/ACAsnoRNA靶向rRNA，tRNA和小核RNA（snRNA）以通过其远端环结合靶序列进行假尿苷化。

Ray钱·2023-06-12 22:59

RNAseq教程（1.5）

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA

周小钊·2023-06-11 10:57

RNA-seq小考核前学习笔记（题目答案不一回事勿参考）

题目链接：http://www.bio-info-trainee.com/3920.html#此仅作为学习笔记，记录自己运行使用的代码和过程，并不与题目完全相符#我是菜鸡，还在理解学习记录的代码#正在复习学过的代码，这着学过的代码，能回忆起来就不错了，看着之前的代码想怎么回答问题中#勿复制勿参考，免得被带偏，谢谢Q1:参考基因组及注释文件下载地址列出人，小鼠，拟南芥的基因组序列，转录组cDNA序列

xyn_271100·2023-06-11 09:58

【scRW】[3]Single-cell RNA-seq data - raw data to count matrix

根据所用文库的制备方法，RNA序列（(alsoreferredtoasreadsortags）将从转录本（10XGenomics,CEL-seq2,Drop-seq,inDrops）或全长转录本（Smart-seq

RachaelRiggs·2023-06-11 08:45

外显子、内含子、mRNA,CDS区别

将四种游离的dNTP按照碱基互补配对原则合成新链DNA,DNA复制：模板为双链DNA，合成的新链与模板链一模一样，原料为四种dNTP，为半保留复制，需要引物转录.2.转录：以DNA为模版，在DNA指导的RNA

米妮爱分享·2023-06-11 07:22

【4】肿瘤转录组测序分析流程及相关软件

基于二代测序的RNA癌症研究方法基于DNA层面的癌症研究：一本字典基于RNA的癌症研究：从字典种挑取写一篇日记RNA特点：时空特异性：需要控制变量对照组协同作用，形式多样：表达量高低/可变剪接/单碱基突变

米源MY·2023-06-11 00:16

每日文献：2018-01-25

而目前RNA-seq数据又是特别的多，所以

xuzhougeng·2023-06-09 19:35

易基因｜一种全新的检测DNA羟甲基化的技术：ACE-Seq

今天给大家介绍一种全新的检测DNA羟甲基化的技术：APOBEC-coupledepigeneticsequencing，简称【ACE-seq】。

易基因科技·2023-06-09 18:42

易基因：DNA羟甲基化和TET酶在胎盘发育和妊娠结局中的作用 | 深度综述

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。胎盘是支持哺乳动物胚胎和胎儿发育所必需的临时器官。了解滋养层细胞分化和胎盘功能的分子机制可能有助于改善产科并发症的诊断和治疗。印迹基因是调控胎盘发育的基础，表观遗传学在基因表达（尤其是印迹基因）的调控中起着重要作用。TET酶（Ten-Eleven-Translocationenzymes）是表观遗传学机制的一部分，可以将5-甲基胞嘧啶（

易基因科技·2023-06-09 18:12

易基因：小檗碱通过介导m6A mRNA甲基化调控斑马鱼肝细胞氧化应激、凋亡和自噬｜科研进展

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。中药小檗碱（Berberine，BBR，化学式C20H18NO4）是从几种药用植物中分离出的一种异喹啉季生物碱，包括小檗（Berberisaristata）和黄连（Coptischinensis）。小檗碱可改善脂质代谢紊乱诱导的细胞氧化应激、凋亡和自噬，但其分子机制尚不清楚。斑马鱼（Daniorerio，Cyprinidae）是发育、遗