RNA甲基化第19页

新冠病毒致死的7个阶段，无法确定病毒和自身免疫系统谁是凶手

在进入的同时，病毒脱去细胞膜释放病毒的RNA。这个只有3万个碱基对的小小病毒基因片段，会毫无节制地侵占细胞内的生产线，让细胞帮助自己复制，抑制细胞原有的基因表达，当

增量本人·2023-04-19 16:06

零膨胀负二项模型（ZINB，10X单细胞和10X空间转录组的基础知识）

学习一点简单的基础知识单细胞RNA测序(single-cellRNA-seq，scRNA-seq)数据是非常有特点的数据，具有很高的稀疏性(highsparsity)，具体表现为0非常多(zeroinflation

Evil_Genius·2023-04-19 10:36

RNA 7. SCI 文章中的基因表达——主成分分析 (PCA)

在RNA-seq中，主成分分析（PCA）是最常见的多元数据分析类型之一，这期主要介绍一下利用已有的表达差异数据如何分析，别着急，见下文。

桓峰基因·2023-04-19 07:36

人类肝脏的单细胞、单核和空间 RNA 测序可识别胆管细胞和间充质异质性

hello，周二了，隔离的第二天，一个人的日子总是难熬，耐得住寂寞的人，都成了圣人~~~，今天我们分享的文献在Single-Cell,Single-Nucleus,andSpatialRNASequencingoftheHumanLiverIdentifiesCholangiocyteandMesenchymalHeterogeneity,题目上就可以看出来，运用到了单细胞转录组，单核转录组，和空

Evil_Genius·2023-04-19 05:25

转录组分析所需软件

SAMtools，Stringtie/Htseq，Deseq首先先下个conda，便于下载某些软件：1.先将这个链接中的命令跟着走一遍（安装的时候如果失败/出错，重新试一次就可以了，它经常出错）：用conda安装RNA-seq

清珺·2023-04-19 00:54

数据分析：RNA-seq数据的批次校正方法

RNA-seq数据的批次校正方法bulk-RNAseq过程可能存在不同建库批次以及不同测序深度带来的如测序深度等batcheffects，那么该如何整合这些数据。

华仔少年·2023-04-18 13:46

DNA甲基化组+转录组+宏基因组+16S研究思路

本期我们以一篇多组学研究揭示DNA甲基化在植物促生菌-植物-微生物互作关系中作用的文献案例来讲解多组学研究如何做，并对多组学研究分析方法和组学分子实验验证思路进行总结，一起来看看吧。

易基因科技·2023-04-18 07:16

miRNA的简介

microRNAs(miRNAs)是一类长度为18～24nt的小分子非编码RNA,转录后的miRNAs可调节基因表达，参与植物生长发育过程。

上官万尘·2023-04-18 07:15

文献阅读|单细胞+空间转录组-胰腺导管癌

Integratingmicroarray-basedspatialtranscriptomicsandsingle-cellRNA-seqrevealstissuearchitectureinpancreaticductaladenocarcinomas标题：结合基于微阵列的空间转录组和单细胞RNA-seq

_十三·2023-04-18 05:34

比对软件STAR的使用

在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习另一个很火的软件：STAR。

生信start_site·2023-04-18 00:47

调控相关——lncRNA（学习总结）

1.就基因水平而言，lncRNA与DNA甲基化间有着千丝万缕的关系。而这种模型常见于lncRNA和甲基化转移酶（DNMT1、3等）结合，并将该酶定位至基因的启动子

vegene·2023-04-17 20:48

陈巍学基因视频学习笔记--视频9：small RNA-seq

前期笔记陈巍学基因视频学习笔记--视频1：Illumina测序化学原理陈巍学基因视频学习笔记--视频7：RNA-seq方法和应用陈巍学基因视频学习笔记--视频8：外显子测序第一部分：smallRNA-seq

冻春卷·2023-04-17 20:43

表观技术 | 靶基因DNA甲基化和羟甲基化测序定制精准检测

DNA甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。

易基因科技·2023-04-17 19:51

甲基化芯片注释中的CpG shores, open sea 是什么

在甲基化芯片中，对于CpG位点所在的区域，会有对应的注释信息，比如CpGislands。

生信修炼手册·2023-04-17 15:09

microRNA数据库之mirDIP

microRNA又称miRNA，长度约为21-25nt，主要功能是RNA沉默和基因表达的转录后调控。这里我给大家介绍一个microRNA的数据库，mirDIP。

生信family·2023-04-17 13:59

PCR做了几次都是假阳性

然而，PCR作为一种高灵敏度的检测手段，PCR的实验结果也容易被各种无关的外源性DNA或RNA所干扰。

依文结琳宇·2023-04-17 11:23

高大石头·2023-04-17 02:18

2021-09-28PCR替代技术，RPA引物与探针的常见问题

在这个基础体系中添入不同的酶和探针，可以实现多样化的RPA应用，比如RNA扩增检测和实时RPA检测等等。

__一蓑烟雨__·2023-04-16 19:02

热点新CP：单细胞技术+癌症免疫治疗

大多数的研究人员都能在研究中熟练使用单细胞方法技术的流程和分析，如无监督聚类、系统发生、轨迹推断、RNA速率分析、谱系追踪和配体受体相互作用映射等。

概普生信·2023-04-16 14:10

2021-11-19 翻译组学技术对比

Ribo-seq虽然核糖体图谱技术具有诸多优点，但该技术操作相对比较复杂，对样本的需求量大，测序偏好性强，成本较高，而且影响RPF的因素众多，如RNaseI可降解单链RNA片段，而双链RNA则不受影响；

老_Z·2023-04-16 14:10

权威综述：RNA m6A与癌症

近年来m6A修饰是表观转录修饰中的研究热点，围绕Writer、Eraser、Reader展开了多项研究，整个动态可逆过程影响了被修饰分子的翻译、剪切、转运和加工。疾病方面，m6A调控异常可直接影响肿瘤发生进展，多项工作已经证明了m6A修饰在肿瘤学中的重要作用和分子机制。癌症是研究m6A的主要生物学领域，在多种癌症中，均发现m6A扮演不同角色，相同的regulator在不同的癌症、甚至同一癌症不同细

微生信·2023-04-16 02:20

七-RNA-seq

RNA-seq(RNAsequence)RNA的高通量测序——帮助了解各种比较条件下，所有基因的表达情况的差异eg:正常组织和肿瘤组织之间的差异检测药物治疗前后，基因表达的差异检测发育过程中，不同的发育阶段

浪逐风华·2023-04-15 18:18

FSCapture一款超好用的截图工具

FSCapture一款超好用的截图工具下载安装包官网下载https://www.faststonecapture.cn/download百度网盘链接：https://pan.baidu.com/s/1rna7HHX6vRnVOXmt_ApCuQ

码农小旋风·2023-04-15 17:33

陈巍学基因视频学习笔记--视频1：Illumina测序化学原理

RNA-Seq的原理我在一年前看过超过9个视频简介，但是还是没学得咋样，这两天在家又看了一遍陈巍学基因，大致明白了illumia的测序原理，可见学习有时候需要循序渐进，即使一开始花了很大的苦功，也不见得就可以理解

冻春卷·2023-04-15 14:33

第一章简介

在物理压缩的基础上，衍生出一套操控表观遗传的密码，包括DNA甲基化、核小体定位、组蛋白组成和修饰以及转录因子、染色质重构和非编码RN

闪_8308·2023-04-15 11:43

第二次RNA-seq实战总结（1）软件的准备

在经历了第一次做·RNA-seq的摸爬滚打之后，我大概对RNA-seq的流程和要使用的软件有了一些了解，并知道了它们的用法，于是便做了第二次的RNA-seq，然后想做一个总结笔记1.原始数据下载软件AsperaAspera

邱俊辉·2023-04-15 10:08

Genomic Data Science- JHU Course 2 Genomic Data Science with Galaxy 笔记

IntroductionGalaxy是一个公开的基因组学分析平台，包含了一系列流程化分析工具，针对质控、组装、注释以及包括Chip-seq、RNA-seq、变异鉴定等常见的组学流程pipeline。

精神秃头生信小伙儿·2023-04-15 06:56

lNCipedia数据库

lncRNA全称为longnon-codingRNA,长链非编码RNA,指的是长度在200nt以上的非编码RNA。

victor卡西莫多·2023-04-14 23:24

10X Genomics单细胞转录组测序

10XGenomics应用的两个方向：1.可以做一群细胞当中，每个单细胞的RNA表达情况的定量分析（查看每个细胞的mRNA表达特征，并根据其表达特征划分细胞群体）；2.染色体的单倍体长片段的组装。

熊猫人和熊猫猫·2023-04-14 21:48

2021-12-22

癌症微环境影响药物敏感性原创图灵基因图灵基因2021-12-2207:03收录于话题#前沿分子生物学机制在一项关于胰腺癌细胞的新研究中，由DanaFarber癌症研究所的科学家领导的一个研究小组确定了三种典型的RNA

图灵基因·2023-04-14 18:27

精准医学 | 十篇文章读懂DNA甲基化与疾病（肿瘤）的关系

DNA甲基化后可能导致染色体的结构发生改变，有可能通过关闭抑癌基因，从而导致肿瘤发生。近年来的大量研究表明，DNA异常甲基化与肿瘤的发生、发展、细胞癌变有着密切的联系。

易基因科技·2023-04-14 18:47

主成分分析-PCA图的优化（R语言）

在RNA-seq中，主成分分析（PCA）是最常见的多元数据分析类型之一。基因表达定量后获得了各样本中所有基

纪伟讲测序·2023-04-14 16:59

分子生物学第五章 DNA损伤修复和突变

损伤修复和突变第一节第二节DNA损伤的类型1造成DNA损伤的因素2DNA损伤的类型3DNA损伤修复机制3.1直接修复3.2切除修复3.3双链断裂修复3.4重组修复3.5跨越合成第五章DNA损伤修复和突变第一节损伤：比如碱基，甲基化突变

丸丸丸子w·2023-04-14 02:22

自我拷贝数的C语言编码,医学分子生物学王燕菲.ppt

第一章染色体和基因,第一节基因(Gene)的概念一、基因的生物学定义一个基因一个性状一个基因一个酶一个基因一个顺反子,二、基因的分子生物学定义,一个基因一条肽连基因：一个基因是编码有功能的蛋白质多肽链或RNA

weixin_39945523·2023-04-14 02:22

分子生物学第二章遗传物质

文章目录第二章遗传物质第一节遗传物质的分子本质大多数生物体的遗传物质是DNA有些生物体的遗传物质是RNA蛋白质能否充当遗传物质第二节核酸的结构1DNA双螺旋结构的特征2影响DNA双螺旋结构稳定性的因素3DNA

丸丸丸子w·2023-04-14 02:11

RNAseq教程（3.4）

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA

周小钊·2023-04-13 19:49

RNA-seq转录组数据分析丨一套完整的案例流程

转录组是在特定时空条件下细胞中基因转录表达产物，广义的转录组包括信使RNA，核糖体RNA，转运RNA及非编码RNA，狭义上是指所有mRNA的集合，转录组分析能够获得不同基因的表达情

生信分析笔记·2023-04-13 16:10

易基因｜RNA m5C甲基化测序(RNA-BS)全流程

m5C是RNA百余种修饰中研究较多的一种。

易基因科技·2023-04-13 14:29

一个超简单的转录组项目全过程--iMac+RNA-Seq（三）Alignment 比对

前期文章一个超简单的转录组项目全过程--iMac+RNA-Seq（一）一个超简单的转录组项目全过程--iMac+RNA-Seq（二）QC3Alignment有很多软件都可以比对到参考基因组，hisat2

冻春卷·2023-04-13 14:41

血液RNA该如何提取

BIOG产品特点◎操作简便快速，20分钟左右可获得理想的RNA；◎提取RNA纯度高，无抑制剂，1.8

清风拂面vv·2023-04-13 11:30

生信星球转录组培训第一期Day3——卖萌哥

要重现的文章是RNA-SeqTranscriptomeProfilingIdentifiesCRISPLD2asaGlucocorticoidResponsiveGenethatModulatesCytokineFunctioninAirwaySmoothMuscleCells

卖萌哥·2023-04-13 11:57

1.单细胞 RNA-seq：单细胞RNA测序介绍

为什么要学习单细胞RNA-seq？在人体组织中，细胞类型、状态和相互作用是非常多种多样的。

denghb001·2023-04-13 11:16

【珍藏版】热点综述 | 单细胞多组学研究怎么做？

来自韩国的研究团队在《Experimental&MolecularMedicine》发表综述，介绍了单细胞多组学分析技术（mRNA-基因组、mRNA-DNA甲基化、mRNA-染色质可及性、mRNA-蛋白质

尐尐呅·2023-04-13 07:56

调节性R-loops：促进基因表达和基因组稳定性（一）

R-loops是一种含RNA-DNA杂合体的三链结构，经常在转录中形成。R-loop的错误调控与DNA损伤、转录延伸缺陷、过度重组和基因组不稳定性有关。

Ss_y·2023-04-13 05:23

Nature子刊：韩雪祥等总结用于RNA递送的可电离脂质工具箱

原创生物世界生物世界收录于话题#递送载体18个#mRNA技术54个撰文|晶晶编辑|王多鱼排版|水成文近年来，对RNA疗法的研究取得了重大进展。

Seurat_Satija·2023-04-13 01:02

LncACTdb 2.0：疾病相关的ceRNA网络数据库 | 数据库推荐

作为中心法则的关键分子，RNA家族一直是研究热点，microRNAs(miRNA)、长链非编码RNA（lncRNA）、环状RNA（circRNA）....以及竞争性内源性RNA(ceRNA)调控机制。

尐尐呅·2023-04-13 00:39

下雪会把新型冠状病毒杀死吗？

病毒是由蛋白质包裹的，一小段基因片段，这个基因片段可能是DNA，也可能是RNA。蛋白质是怕热不怕冷的。

小白大蓝鲸·2023-04-12 22:21

RNA-seq入门实战（四）：差异分析前的准备——数据检查

本节概览：数据预处理,进行样本间具有可比性boxplot查看样本的基因整体表达情况查看不同分组的聚类情况：样本hclust图、距离热图、PCA图、差异基因热图、相关性热图承接上节RNA-seq入门实战（

嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-12 22:02

做生信分析，需要认真，哪怕灌水，也要认真！！！！

大家好，现在单纯的经典预后分析思路，包括转录组、甲基化、突变各个水平的，不是很好发了。需要结合一下疾病的特征，临床上关联，分组细化，另外更需要外部数据验证。

概普生信·2023-04-12 21:15

RNAseq教程(1.4)