RNA甲基化第23页

14-IF8+:纯生信分析m6A基因与白血病预后的关系

一.研究背景近两年，科学家们首次发现了一种可逆性的RNA甲基化—m6A，m6A是真核生物mRNA中最常见的修饰[1]，m6A修饰能调控基因表达、蛋白质的转录和mRNA的可变剪切[2,3]。

生信学霸·2023-03-27 06:22

3.基于表观和转录组进行多组学WGCNA分析确定胃肠型糖尿病中的关键甲基化差异基因

题目:Identificationofhub‐methylateddifferentiallyexpressedgenesinpatientswithgestationaldiabetesmellitusbymulti‐omicWGCNAbasingepigenome‐wideandtranscriptome‐wideprofilingDOI:10.1002/jcb.29584数据来源:GEO:G

D2聚体·2023-03-27 04:40

三十六策第 11 策见微知著

三十六策第11策见微知著三十六策第11策见微知著miRNA研究的优势第一，miRNA是非编码RNA，没有蛋白表达差异、验证基因过表达还是沉默的效率，只需要qPCR验证第二，miRNA是短片段，直接合成就行

Kururu1799·2023-03-27 00:15

小麦RNA-seq利用hisat2构建index过程

根据崔女神文章https://www.jianshu.com/p/071c1757ded1利用hisat2来构建小麦的转录组的索引文件，服务器内存64G，构建的命令如下：gunzipTriticum_aestivum.IWGSC.dna.toplevel.fa.gz#参考基因组来自于ensemblgunzipTriticum_aestivum.IWGSC.44.gtf.gz#注释文件同样来自于en

张志勇_zzy·2023-03-26 21:43

一步法同时提取细胞或组织中的DNA 、RNA 和蛋白质

本方案(Chomczynski1993)可以从部分组织或细胞中同时提取RNA、DNA和蛋白质。

英格恩·2023-03-26 03:46

Short Read Aligners

当检查SNP或者结构差异时更适合使用alignment，而当处理RNA-seq时只需要mapping把reads放到正确

pearlp·2023-03-25 20:16

单细胞转录组数据分析流程

由于传统的转录组测序(RNA-Seq)技术的测序水平是在个体或群体水平上对数万个细胞进行转录组测序，因此传统转录组测序技术的测序结果就只能检测到个体间或者群体间的转录组差异，而细胞间的转录差异则无法精确地检测到

iBioinformatics·2023-03-25 17:55

谁说学霸不能谈恋爱(三)

“萌新一枚，请问RNA与DNA有什么区别？”这叫什么问题？这是高中的知识好吧！要不是需要保持群管理淑女兼学霸的人设，我真想回复一个“拼法不同，DNA比RNA多了一个D，少了

句小芒·2023-03-25 17:32

单细胞转录组(Single cell RNA)概述

前言细胞是生命的基本单位大多数关于人类基因组、癌症或其它领域的研究，是从多个细胞水平进行的，实验结果往往是细胞群体基因表达的均值，或者只代表数量上占优势细胞的生命活动信息，而无法准确反映样本中细胞异质性的很多信息，忽略了细胞间基因表达调控的差异性。一、什么是单细胞转录组？什么是bulkRNA-seqRNA-seq用于由细胞混合物组成的样本中，称为bulkRNA-seq，常用于研究control/d

iBioinformatics·2023-03-25 17:11

利用TRUST4从bulk RNA-seq中重构免疫组数据

昨天老师发给我一篇生信女神ShirleyLiu的文章，看了里面的内容之后感觉很兴奋～它可以不做免疫组测序，直接从BulkRNA-seq或者scRNA-seq里面重构得到免疫组的信息。中文翻译文章要点AlthoughlesssensitivethanTCR-seqandBCR-seq,TRUSTisabletoidentifytheabundantlyexpressedandpotentiallym

Yayamia·2023-03-24 20:29

GEO数据挖掘基本流程与代码

分组信息）3.数据探索（分组之间是否有差异，PCA、整个数据的热图）4.limma差异分析及可视化（P值、logFC，火山图、差异基因的热图）5.富集分析KEGG、GO注意：该标准流程只适用于表达芯片分析，甲基化

嗷呜嗷呜www·2023-03-24 06:18

信息与生物

没错,就是那个DNA---RNA---蛋白质。不知道大家有没有想过，这个过程本质上就是信息传递、信息整合、信息展示的过程。而二代测序，生物信息技术本质

必康一点·2023-03-23 11:43

m6A甲基化居然能和铁死亡联合！！！

m6A甲基化是最近的热点，其最大的特点之一就是易于和自己的课题结合。这篇文章的亮点在于我第一次系统地研究了m6A甲基化和铁死亡的结合，并建立了较完善的研究方法，对大家的研究启发很大。

概普生信·2023-03-23 10:58

DNA甲基化数据分析(一)

最近在帮师姐分析甲基化，顺便就把甲基化分析过程整理一下。我们先来看看什么是DNA甲基化。

杨博士聊生信·2023-03-22 20:07

代码分析 | 单细胞转录组Normalization详解

标准化加高变基因选择NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：

生信宝典·2023-03-22 17:10

巢湖暑期实践第二天

实验室有包括微生物提取，RNA提取，培养等多个独立实验空间，进出都有严格的要求，即便是在实验室的内部过道里也要遵守严格的规章制度，因为很小的一个行为就有可能给室内的微生物带来污染，破坏其生存的环境从

二三狗子·2023-03-22 11:59

RNA-seq上游流程

1.数据下载在ncbi找到要下载的sra样本，点击AccessionList下载所需要样本名，会生成SRR_Acc_List.txt的文件，将这个文件上传到linux端，再用prefetch下载ncbiprefetchcatSRR_Acc_List.txt|whilereadid;doprefetch$id;donefast-dump下载完成的数据是已.sra结尾的，使用fast-dump转换为f

FANHONGZENG·2023-03-22 05:10

生成htseq-count的input文件

参考文章：RNA-seq(6):reads计数，合并矩阵并进行注释-；RNA-seq分析htseq-count的使用-望着小月亮-博客园htseq-count-rname-fbam/mnt/f/rna_seq

MissL_78e0·2023-03-22 05:45

转录组练习（一）

mod=viewthread&tid=24083进行rna_seq练习数据下载数据下载.png代码段sudoaptinstallaxel#安装aselbashsra_down.shls*.sra|whilereadid

简单点lili·2023-03-22 04:14

RNA-seq 实操

操作才发现问题真的很多，纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行1.软件准备#下载minicondawget-chttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.shbashMiniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh#安装#配置镜像condaconfig--ad

悦时光_·2023-03-22 02:40

R语言合并TCGA中CNV矩阵

前面小编已经跟大家介绍过☞R代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据☞零代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据☞R代码合并TCGA体细胞突变数据☞R代码合并TCGA数据库中DNA甲基化数据

生信交流平台·2023-03-21 22:30

核酸检测的那点事儿

核酸检测原理是什么我们先来了解一下新冠病毒构成，里面一段RNA，外面套一件蛋白质“衣服”，同时，病毒的RNA又称为核酸，所以核酸检测就是检测样本里面是否有新冠病毒的核酸。

德里克Chen·2023-03-21 18:37

转录组分析(1) - 基础介绍

转录组(transcriptome)，广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。

半夜一更·2023-03-21 15:17

基础知识 — Exons,Introns,ORF,CDS,UTR,lncRNA,转录本,可变剪切,密码子,启动子,顺式作用元件,转录起始位点,终止子,转录因子,结构基因

核酸有两大类，分别是脱氧核糖核酸（DNA）和核糖核酸（RNA）。核酸的单体结构为核苷酸。每一个核苷酸分子由三部分组成：一个五碳糖、一个含氮碱基（A,T,C,G,U）和一个磷酸基。

ytbao·2023-03-21 14:42

【陪你学·生信】十二、RNA相关的简单分析

本章将介绍一些极简单的RNA生信分析，如利用在线网站预测RNA分子二级结构，分析非编码RNA（non-codingRNA）等。前面我们讲过DNA，蛋白质。

乔伊nikkie·2023-03-21 08:01

单细胞测序（sc-RNA seq）分析：Seurat4.0系列教程、高级分析、文章复现

时代的洪流奔涌而至，单细胞技术也从旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家。雪崩的时候，没有一片雪花是无辜的，你我也从素不相识，到被一起卷入单细胞天地。R语言和Seurat已以势如破竹之势进入4.0时代，天问一号探测器已进入火星乌托邦平原了，你还不会单细胞吗？那么为了不被时代抛弃的太远，跟着我们一起通过学习seurat系列教程入门单细胞吧。首先我们学习经典的标准流程，这个教程小编当初入门时候曾经花1000购

Seurat_Satija·2023-03-21 03:46

BSA专题2—缩小定位区间和后续验证怎么做？

felix108·2023-03-20 15:28

clustalo (omega) readme file

CLUSTAL-OMEGAisageneralpurposemultiplesequencealignmentprogramforproteinandDNA/RNA.INTRODUCTIONClustal-Omegaisageneralpurposemultiplesequencealignment

喜欢吃土豆的彭某人·2023-03-20 15:21

易基因 | DNA甲基化在重头甲基转移酶远古丢失后数百万年的进化持久性

胞嘧啶甲基化是DNA中广泛存在的一种修饰，发挥重要的作用。在酵母新型隐球菌(Cryptococcusneoformans),CG甲基化发生在富含转座子的重复序列中，而且需要DNA甲基转移酶Dnmt5。

易基因科技·2023-03-20 12:38

正则表达式在生物学中的应用（重排版）

最典型的例子是生物序列数据分析，其中DNA、RNA和蛋白质序列恰好是字符串。许多生物序列挖掘问题，均可以从模式的角度来考虑，比如，蛋白质结构域（proteindomai

Liquidated·2023-03-20 11:23

人类癌症中一颗新生的恒星

今天这篇文献主要是介绍人类癌症中一颗新生的恒星——LncRNA论文：LncRNASNHG15:Anewbuddingstarinhumancancers（INcRNASNHG15:人类癌症中一颗新生的恒星）文章转载|非编码RNA

一只资源喵·2023-03-20 05:07

易基因 | 原核DNA甲基化简述

NA甲基化是指将甲基添加到DNA特定区域，使基因的表达发生了可遗传的改变的过程。该过程可以在不改变核苷酸序列的情况下改变DNA的转录。

易基因科技·2023-03-19 15:31

RNA-Seq：从fastq到表达矩阵

一、测序数据的准备新建工作目录，RNASeq-analysismkdirRNASeq-analysiscdRNASeq-analysis/新建data文件夹；mkdirdata1.1公司返回的测序下机数据例如：两个样本，三个生物学重复；Rawdata:Sample1-1_R1.fq.gz;Sample1-1_R2.fq.gz;Sample1-2_R1.fq.gz;Sample1-2_R2.fq.g

胡小兵plus·2023-03-19 13:21

WGCNA（7）：重新绘制GS—MM散点图

Fig.00.前期准备>setwd("D:/RNA-seq/WGCNA/mad0.3")>

Wei_Sun·2023-03-19 11:09

一个R包搞定22种单细胞基因差异分析

因此，批量RNA-seq的分辨率不足以表征对生物扰动的多方面响应。单细胞RNA-seq(scRNA-seq)能够在单个细胞的分辨率下量

Carrington·2023-03-19 05:34

2019-10-03-学习RNA-seq这十年记录

学习生信技能树的RNA-seq这十年（3万字长文综述）首先是目前10年来测序技术的的发展平台的更迭变化来自生信技能树我摘抄了重点的内容关于不同读长方式测序结果的优缺点比较如下短读长、长读长cDNA与直接

程凉皮儿·2023-03-19 04:56

你了解过EGF吗？表皮生长因子是什么？

图片发自AppEGF可促进钾离子、脱氧葡萄糖、α-氨基异丁酸等小分子物质的运转，增加细胞外基质的合成和分泌，促进RNA，DNA和蛋白质合成，从而为人体表皮细胞的增殖与分化提供能量，有效的刺激表皮细胞的生长

贺宝贝哎哟哟哟·2023-03-19 02:03

易基因 | 文献速递：微量细胞WGBS技术揭示克隆胚胎异常DNA再甲基化新机制

今天一起来看看发表于CellStemCell期刊的关于DNA甲基化在克隆胚胎发育中的作用研究成果，本文研究了小鼠克隆胚胎早期着床前发育过程中DNA甲基化修饰的重编程过程，并揭示了异常DNA再甲基化（DNAre-methylation

易基因科技·2023-03-18 17:58

ChAMP 甲基化芯片数据分析（450 和 EPIC）

转载：https://biozx.top/ChAMP.htmlChAMP是用来分析illuminate甲基化数据的包，包括HumanMethylation450和EPIC。

我是爱哭虫小鱼·2023-03-18 15:39

三代测序技术大显身手之动植物SV研究

相较于二代测序，三代测序技术凭借其超长的读长，均匀的覆盖率，极快的测序速度等优势，一经问世就在全基因组测序、RNA测序以及表观遗传学研究等领域得到广泛地应用并且大受好评。

贝瑞科服·2023-03-18 13:42

11.5-9 RNA-seq 数据差异基因的得到和可视化学习（一）

之前未完成的rna-seq数据下载和mcscan不能继续进行了。最近要在网上直接下载rna-seq的txt数据，所以主要学习一下如何挑选出差异基因，之后进行可视化。

KK_f2d5·2023-03-18 13:55

scTE -10X Genomic RNA-seq 定量Transposable Element

关键词：TransposableElement；ERV内源性反转录病毒；单细胞测序分析；Seurat；scTE。scTE介绍背景：采用scTE对10X单细胞测序数据进行TE定量，再倒入Seurat进行下游分析。Jiekai实验室，2021年3月发表在自然通讯杂志。转座因子(TransposableElement，TE)占典型真核生物基因组的大部分，并以不清楚的方式导致细胞异质性。单细胞测序技术是探

Ternq8·2023-03-18 10:33

A comprehensive evaluation of normalization methods for Illumina high-throughput RNA sequencing d...

AcomprehensiveevaluationofnormalizationmethodsforIlluminahigh-throughputRNAsequencingdataanalysishttps://academic.oup.com/bib/article/14/6/671/189645BriefingsinBioinformatics,Volume14,Issue6,1November

浩瀚之宇·2023-03-18 05:40

转录组分析 | 使用STAR进行比对

前几期，小编已经教大家完成了RNA-seq数据的质控，下面就要正式开始转录组分析啦！

生信小王子·2023-03-17 19:45

2021-08-24

回顾一下最近两天去实验室所学习到的东西，昨天看了有关转染方面的操作，首先，1.准备转染所需材料：lip2000小干扰optiMEM培养基（无血清的培养基）RNA-free枪尖无酶EP管（按照所需准备足够数量

小萌daling·2023-03-17 16:29

新冠病毒是“最难对付”的病毒？起源方式成谜，变异技能满格!

事实上，冠状病毒不是一种新型病毒，作为RNA病毒的一员，冠状病毒广泛存在于自然界，它的显著特征之一是，目前为止在RNA病毒中具有最大

幻世魔王·2023-03-17 08:39

多顺反子：IRES和2A Peptides

单顺反子（monocistron）:真核基因转录产物为单顺反子，即一个基因编码一条多肽链或RNA链，每个基因转录有各自的调节元件。

期待未来·2023-03-16 22:11

cufflinks使用（2018-05-28）

gff-T-o**.gtfgffreadmerged.gtf-o->merged.gff3cufflinks详细用法参考：陈连福的生信博客问题挺好：junction：剪接接头博主师兄您好，我刚开始学习RNA-seq

简单点lili·2023-03-16 13:38

利用splatter从真实数据估计参数进行RNA数据仿真

@利用splatter从真实数据估计参数进行RNA数据仿真Splatter是一个模拟单细胞RNA测序计数数据的软件包。它提供了一个简单的界面，用于创建可复制且文档充分的复杂模拟。

苦笑的背后·2023-03-16 13:37

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