RNA甲基化第26页

利用Logistic函数和LSTM分析疫情数据

利用Logistic函数和LSTM分析疫情数据作者：林泽龙Mo1.背景2019新型冠状病毒（SARS-CoV-2），曾用名2019-nCoV，通用简称新冠病毒，是一种具有包膜的正链单股RNA冠状病毒，为

MoModel·2023-02-01 14:27

使用 R 语言 DESeq2 对 RNA-seq 数据的下游分析

参考文章：使用R语言DESeq2对RNA-seq数据的下游分析—小小羊最后作heatmap图时报错：解决方法：这是不报错时的df报错时，红框中为1，2，3......数字，所以应改为

MissL_78e0·2023-02-01 11:09

如何快速的获得miRNA的northern-blot阳性结果

这里仍然要做的实验是RNA的northern-blot，只不过实验的对象不再是mRNA或者tRNA，而是长度20nt左右的miRNA。

本木大·2023-02-01 06:35

LACE-seq 保姆级教程

那么，LACE-seq技术可以类比ChIP-seq，用来研究RNA结合蛋白(RNA-bindingprotein,RBP)在基因组范围

生信店小二·2023-02-01 06:54

RNA干扰是什么？

RNA干扰（RNAinterference,RNAi）是指在进化过程中高度保守的、由双链RNA（double-strandedRNA，dsRNA）诱发的、同源mRNA高效特异性降解的现象。

医学科研小坑·2023-02-01 01:22

Cellrank：细胞分化轨迹的新秀

另一种高阶的算法是RNA速率(RNAvelocity)，它是通过基因剪切前后的变化来推断细胞的分化轨迹，相对于monocle2来说RNA速率的结果更准确，但是使用起来比较费劲，输入文件必须是原始测序得到的碱基序列

生信宝库·2023-01-31 12:00

DoubletFinder：利用人造的最近邻域检测单细胞RNA测序中的doublets

DoubletDetectioninSingle-CellRNASequencingDataUsingArtificialNearestNeighbors发表时间：April03,2019发表杂志：CellSystems（IF=8.673）原文链接：https://doi.org/10.1016/j.cels.2019.03.003摘要单细胞RNA

Yuchen_Li·2023-01-31 09:15

mNGS病原检测是什么？

检测核酸样本分为DNA和RNA，DNA检测一般是各种细菌、真菌的检出、RNA检测一般是流感病毒、冠状病毒等，比如这次肺炎疫

老白杂谈·2023-01-31 03:00

小RNA分析软件

小RNA分析软件新miRNA预测mireapmirdeep2miRDeep-P/miRDPmiRDP2miR-PREFeRShortStackmiRNA靶基因预测GSTArTargetFinderPsRobotmiRandaRNAhybridRNAplex

超人立志做国王·2023-01-30 17:40

NGS原理- 单细胞转录组测序-横评13种单细胞测序以及单细胞核测序方法

摘要单细胞RNA测序(scRNA-seq)是一

老_Z·2023-01-30 16:14

喵柏·2023-01-30 10:44

表观遗传

胞嘧啶甲基化后5-mc不能被重亚硫酸盐（NaHSO3）处理没有发生甲基化修饰的胞嘧啶，被重亚硫酸盐转变为尿嘧啶考虑甲基化时，wastonandcrick链都要考虑没有甲基化修饰的C→U→PCR变为T把人类参考基因组的

洛洛洛洛洛啊·2023-01-30 08:52

易基因：人类tRNA基因位点表现出与衰老相关的DNA高甲基化｜研究文章

易基因科技·2023-01-30 08:10

易基因｜深度综述：Nat Rev Genet：DNA甲基化与衰老之间的密切关系

详细论证了DNA甲基化与衰老之间的密切联系，为表观遗传衰老机制提供了重要的依据。随着时

易基因科技·2023-01-30 08:10

i6mA-DNC:基于深度学习的二核苷酸表示预测水稻基因组DNA n6 -甲基腺苷位点

i6mA-DNC:基于深度学习的二核苷酸表示预测水稻基因组DNAn6-甲基腺苷位点摘要一、简介二、材料和方法1.基准数据集2.提出的模型3.绩效评估3.1交叉验证三、结果与讨论四、预测器模型的web服务器摘要DNA甲基化是一个重要的表观遗传过程

Super齐·2023-01-30 08:08

The Immune Landscape of Cancer 方法汇总

文章结果和资源链接屏幕快照2020-06-20上午4.48.52.png工具列表从RNA-seq文件推断TCRMiTCRv1.0.3，由Bolotin等人开发，它允许对TCR和免疫球蛋白序列进行高度可定制的分析

JUpter_·2023-01-30 06:51

牛排这样煎危险

最近很多所谓的主播、网红用干冰煎牛排[破涕为笑]想说两点，首先，干冰是固态二氧化碳，熔点-78.5度，用“煎”一词极其不科学严谨，由于其可用作冷却剂，目前可用于冷冻类的医药行业，如运输病毒、细胞、疫苗、蛋白、RNA

bbt棒棒唐·2023-01-30 02:02

教程 | 如何用cd-hit去除冗余序列？

.简介生信分析中经常要根据指定条件查找相似序列，比如构建多个样品间的非冗余基因集、分析样品间的相似程度等等，cd-hit这款软件就可以用较短的时间解决此类问题，可以对单个数据集进行去冗余，包括DNA/RNA

ypfzhao·2023-01-29 21:21

cygwin，cd-hit安装和使用

最近想使用cd-hit对RNA进行取冗余1cygwin安装具体安装过程参考下面链接，不过要注意在安装组件包的时候记得安装make组件,不然会很麻烦Windows：安装cygwin教程_Big_quant

黑脸少年·2023-01-29 21:20

单细胞normalization

fragmentsperkilobasemillion)TPM(transcriptspermillion)CPM(countspermillion)对于这几个概念的阐述，我感觉https://www.rna-seqblog.com

努力上进的三心草·2023-01-29 20:33

Smart seq3 2020

Single-cellRNAcountingatalleleandisoformresolutionusingSmart-seq3期刊：NatureBiotechnology通讯作者：RickardSandberg1.背景大多数单细胞RNA

韧_7e6f·2023-01-29 10:08

STRING数据库的蛋白质相互作用（PPI）网络分析

纪伟讲测序·2023-01-29 04:53

RNA 12. SCI 文章中肿瘤免疫浸润计算方法之 CIBERSORT

当应用于计数来自新鲜、冷冻和固定组织(包括实体肿瘤)的RNA混合物中的造血亚群时，CIBERSORT在噪声、未知混合物含量和密切相关的细胞类型方面优于其他方法。CIBERSOR

桓峰基因·2023-01-28 16:02

Graphpad绘制qpcr结果验证转录组数据图

软件：Graphpad步骤1.输入qpcr与转录组数据表达量，格式如下：输入表达量2.加入两个纵坐标：双击左边Y轴，进行设置：右Y轴设置3.双击空白区域，进行外观设置（注意：RNA-Seq数据一般为折线

队长的生物实验室·2023-01-28 09:17

中国科学院陈润生院士莅临百诺，对百诺大健康产业布局频频点赞

陈润生院士是我国最早从事理论生物学、生物信息学以及非编码RNA研究的科

生信步道·2023-01-27 23:16

易基因｜一文读懂：十大DNA甲基化研究核心问题

DNA甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一，近年来关于DNA甲基化的研究成果屡屡见刊。

易基因科技·2023-01-27 22:20

完整的单细胞分析流程——数据标化（normalization）

动机通常在单细胞RNA测序数据中观察到文库之间测序覆盖率的系统差异。它们通常是由细胞间的cDNA捕获或PCR扩增效率方面的技术差异引起的，这归因于用最少的起始材料难以实现一致的文库制备。

麒麟991·2023-01-27 17:35

RNA-Seq(5):构建表达矩阵，归一化样本数据以及检测数据可信度并可视化

1.为什么要归一化：RNA-Seq归一化问题-(jianshu.com)2.如何归一化（归一化步骤）这里我采用的是使用DESeq2包归一化的两种方法获取归一化

Z_bioinfo·2023-01-27 13:20

使用word2vec预训练模型提取DNA/RNA序列特征向量

数据集：https://github.com/alivelxj/m5c-DFRESG/tree/main/m5c/data代码：处理数据集importpandasaspdimportnumpyasnpfromgensim.modelsimportWord2Vecfromgensim.models.word2vecimportLineSentencedefload_data(file):seq_su

唐小星小宇宙·2023-01-27 11:53

Bulk RNA-Seq 差异表达分析流程

以前写过不少零散的RNA-Seq分析文章，现在整理为流程，同时修改一些错误。流程包含质控、比对、定量、差异分析。流程概况前处理拿到原始fastq数据先进行前处理。前处理包含质控、比对和定量。

BeeBee生信·2023-01-27 07:03

lncRNA综述

摘要：多细胞生物的基因组具有不同类型的非编码RNA。lncRNAs属于一类新的多样性的non-codingRNAs，包括数

奶盐味·2023-01-27 06:39

肺炎病毒30问

冠状病毒为不分节段的单股正链RNA病毒，在自然界中广泛存在，由于病毒包膜上有许多小小的突起（棘突），形似花冠而得名。Q4：冠状病毒属于哪一科？冠状病毒属于巢病毒目冠状病毒科（coronavirida

DDLOVEFAMILY·2023-01-27 01:46

一个字概括近代生物学核心技术

中国科学家首次人工合成牛胰岛素；1970年代，重组DNA问世，基因工程开始发展；1983年，PCR技术问世，十年后被授予诺贝尔奖；1996年，克隆羊多利诞生；1999年，人类基因组计划完成；2000年开始，RNA

虔之驴·2023-01-26 01:04

核心生理过程失衡是是致病的关键

改变基因的方式，是改变它生存的生物环境及基因的表达，或者通过增加和去甲基化改变基因的活动方式。

自然医学探索·2023-01-25 23:24

DNA和RNA修饰的鉴定和编辑技术前沿综述（全文翻译版）

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-01-21 10:31

积微论坛--用微生物组时序数据重现生物膜装配动态过程PPT对应的讲解和提问

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-01-21 10:31

RNA 28 SCI 文章中基于RNA-seq数据反褶积揭示肿瘤免疫结构的分子和药理学 (quanTIseq)...

转录分析教程整理如下：RNA1.基因表达那些事--基于GEORNA2.SCI文章中基于GEO的差异表达基因之limmaRNA3.SCI文章中基于TCGA差异表达基因之DESeq2RNA4.SCI文章中基于

桓峰基因·2023-01-19 15:03

RNA 3. SCI 文章中基于TCGA 差异表达基因之 DESeq2

在比较高通量测序分析中，一项基本任务是分析计数数据，如RNA-seq中每个基因的Readcount，以获得跨实验条件的系统性变化的证据。离

桓峰基因·2023-01-19 08:17

RNA-seq——学习路线、学习经验、实战项目、学习总结

1.参考课程和博客B站：RNA-seq转录组数据分析入门实战【生信技能树】转录组测序数据分析简书：RNA-seq(1):用conda安装RNA-seq所需要的工具-简书RNA-seq(2)-1:原始数据下载的几种方法

Dzfly..·2023-01-18 18:09

人工智能辅助药物发现(1)肿瘤靶点识别

目录基于AI的靶点识别概述肿瘤建模肿瘤转录组转录组异质性单细胞转录组数据分析单细胞表观肿瘤模型肿瘤中的表观遗传模型基于甲基化测序技术的肿瘤表观遗传模型基于染色质可及性的肿瘤表观遗传模型多模态肿瘤建模靶点识别基于单细胞

tzc_fly·2023-01-18 18:27

raw_count、tpm、fpkm、rpkm如何选择

其中RSEM(RNA-SeqbyExpectation-Maximization)，考虑到一条rea

老实人谢耳朵·2023-01-18 09:48

RNA-SEQ转录组数据，由Count 计算TPM 和FPKM

1、先根据gtf文件提取基因的长度参考链接：https://blog.csdn.net/weixin_56259962/article/details/1231406302、根据count计算tpmrm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)rawcount<-read.csv("C:/Users/Desktop/2cell.id.txt",skip=1,sep

佛系盼毕业·2023-01-18 09:18

转录组表达量计RPKM、FPKM、TPM说明

在转录组测序（RNA-Seq）中，基因的表达量是我们关注的重点。基因表达量的衡量指标有：RPKM、FPKM、TPM。

weixin_30539835·2023-01-18 09:17

多组学-转录组RNA-seq 中Counts值,RPM,RPKM,FPKM,TPM

每个测序样品的起始RNA量不同，文库量不同，

bannerDr·2023-01-18 09:47

RPKM、FPKM和TPM的区别

前言在RNA-Seq的分析中，我们常用RPKM、FPKM和TPM作为转录组数据定量的表示方法。

生信学习小达人·2023-01-18 09:47

RPKM与TPM值的区别

对于RNA-Seq，目前主流还是用RPKM/FPKM来形容一个基因的表达量。有人说TPM更好。

高锦-生信·2023-01-18 09:17

生信人（R、LINUX、RNA-seq习题）

R、LINUX、RNA-seq习题R语言的练习题初级10个题目，尽量根据参考代码理解及完成：http://www.bio-info-trainee.com/3793.html中级要求是：http://www.bio-info-trainee.com

awk_bioinfo·2023-01-17 09:42

送书《R语言数据分析和可视化》 | 这个为生信学习和生信作图打造的开源R教程真香！！！...

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-01-17 09:41

RNA 22. SCI 文章中基于表达估计恶性肿瘤组织的基质细胞和免疫细胞（ESTIMATE）

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你90篇原创内容公众号桓峰基因的教程不但教您怎么使用，还会定期分析一些相关的文章，学会教程只是基础，但是如果把分析结果整合到文章里面才是目的，觉得我们这些教程还不错，并且您安装我们的教程分析出来不错的结果发了文章记得告知我们，并在文章中感谢一下我们哦

桓峰基因·2023-01-17 09:48

RNA 19. SCI 文章中无监督聚类法（ConsensusClusterPlus）

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你83篇原创内容公众号基于RNA数据做临床预测时，我们往往并不知道该对样本怎么分类

桓峰基因·2023-01-15 19:23

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