RNA甲基化第24页

安装ribotree-利用蒙特卡洛搜索树的RNA设计工具

biopython1.5安装Eternafold1.6安装linearfold和linearpartition2测试依赖3运行ribotree4附录1安装依赖1.1安装arniearnie用于管理各种RNA

June vinvin·2023-03-16 12:59

别忽略了提总RNA最后一道程序！

2019年6月6日，星期四，晴一直困惑于提总RNA的260/230纯度阴晴不定，后来仔细思量下来，发现自己干了蠢事——在洗涤RNA时需要使用75%的乙醇。

医博云天·2023-03-16 11:01

GATK-找变异1

一、使用GATK前须知事项：对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据，而且全部是基于illumina数据格式，目前还没有提供其他格式文件（如IonTorrent）或者实验设计（RNA-Seq

家和建材广场·2023-03-16 10:16

批量设计qPCR引物，可最大限度满足qPCR引物设计的黄金法则

于是赶紧提了RNA做了反转录。可是按照同门教我的办法设计qPCR引物就很头疼。按照qP

今日之森·2023-03-15 18:46

表观转录组调控之meRIP（m6A甲基化修饰）

RNA修饰过去的研究基础是认为RNA在核酸结构上的化学微调，随着科学技术发展以及相关产品化抗体出现，对RNA修饰的研究不只是停留在结构微调，当前发现RNA修饰在转录组水平广泛存在，并且是可逆的动态调控状态

博士苑·2023-03-15 17:34

sci-RNA seq 2017；sci-CAR 2018； sci-RNA seq3 2019

2017年science]Jointprofilingofchromatinaccessibilityandgeneexpressioninthousandsofsinglecells[sci-CAR（RNA

韧_7e6f·2023-03-15 16:48

RNA-seq 详细教程：搞定count归一化（5）

Normalization每个基因的映射读数计数是RNA表达以及许多其他因素的结果。归一化是调

冷冻工厂·2023-03-15 15:38

GeneFuse使用DNA数据筛查融合基因工具

工作需要，用DNA数据直接跑融合基因，网上的介绍大多是用RNA转录数据。终于发现一款genefuse软件可以做到！

花色匆匆·2023-03-15 14:12

m6A调节因子泛癌分析

Molecularcharacterizationandclinicalrelevanceofm6Aregulatorsacross33cancertypes33种癌症类型的m6A调节因子的分子表征和临床意义N6腺苷（m6A）的甲基化是最常见的

概普生信·2023-03-15 12:41

三维基因组（Hi-C）的原理以及应用

Hi-C技术不仅可以研究染色体片段之间的相互作用，建立基因组折叠模型，还可以应用于基因组组装、单体型图谱构建、辅助宏基因组组装等，并可以与RNA-Seq、ChIP-S

生信编程日常·2023-03-15 12:45

运用TCGAbiolinks下载癌症RNAseq数据

本人目前从事的科研工作是癌症转录组方向，主要是miRNA、LncRNA等非编码RNA。分析表达差异应该是科研工作的第一步，今天我通过自身的亲测，为大家浅显地叙述一下我的操作。

张玮恩·2023-03-15 12:04

纳粹之恶，辛德勒咋想？——《黑色星期天》

由小商人变成了恶魔曾经失恋自杀未遂的汉斯上校纳粹军官做起了买卖犹太人的猪仔生意德国精英他们认为，法律的可爱与活力正是在于界线的模糊，可以上下其手图片发自App作曲家遭纳粹军官汉斯侮辱后自杀大烟囱也是生意墓地争执最终，犹太餐厅老板萨宝遭遇恩将仇报被特别处置SzomorúVasárna

阿弥本佛·2023-03-15 10:40

零基础学生信入门笔记(R语言、Linux、Python、RNA-seq、单细胞测序、质谱流式、TCGA、GEO、单细胞经典文献解读)

医学生零基础学生信是先学Python还是先学R语言？如何学习R语言linux入门学习笔记100篇不止100篇，但上手上游分析远远不够，可以作为入门参考。linux学习100篇1：xshell、Xftp下载安装-(jianshu.com)linux学习100篇2：绑定Xftp和XShell上传和下载文件-(jianshu.com)linux学习100篇3：Errorinopen.connection

Seurat_Satija·2023-03-15 08:25

富集分析GO，KEGG，DO等

市面上公司做RNA-Seq的一般流程是：tophat2--->Cufflinks--->Cuffdiff--->Rtophat2是把reads回帖到基因组上；Cufflinks在计算基因表达量；Cuffdiff

Seurat_·2023-03-15 07:56

2018-04-14

早上去上高级生物技术的实验课，迟到了，师兄已经开始演示RT-PCR的提rna步骤了。师兄呆萌呆萌的，很可爱。我和XX感觉都不错，结果在群里一打听，是M的同学，脱单好几年了。

十元希·2023-03-15 03:32

低级胶质瘤中EMILIN2的表达、甲基化和预后特征

WangLC,CuiWY,ZhangZ,TanZL,LvQL,ChenSH,ShenXL.Expression,methylationandprognosticfeatureofEMILIN2inLow-Grade-Glioma.BrainResBull.2021Oct;175:26-36.doi:10.1016/j.brainresbull.2021.07.013.Epub2021Jul16.P

努力爱学习的JUN·2023-03-14 11:07

单细胞DNA甲基化研究基础篇：从实验策略到数据分析方法简介

DNA甲基化是细胞分裂过程中遗传的一种表观遗传标记，影响细胞的生物学功能。而单细胞水平上的全基因组甲基化分析将有助于深入了解转录调控和细胞异质性。单细胞DNA甲基化研究怎么做？

尐尐呅·2023-03-14 10:12

【RNA-seq自学07】数据分析之表达定量RSEM Kallisto

RSEMRSEM是对基因进行表达定量的一个软件，是基于STAR序列对比的基础之上进行的。而kallisto不需要进行比对可以直接定量。安装condainstallrsem安装RSEM时，solvingenviorment一直不动，更新conda【condaupgrade--all】并且【condaconfig--setchannel_priorityflexible】设置channel1.prep

Brickvstar·2023-03-14 08:58

慢病毒实验流程

慢病毒载体基因组是正链 RNA ，其基因组进入细胞后，在细胞浆中被其自身携带的反转录酶反转为DNA ，形成 DNA 整合前复合体，进入细胞核后， DNA 整合到细胞基因组中。

逆流而上的nemo·2023-03-14 08:38

SCI文章中经常出现的免疫相关基因集

生信交流平台·2023-03-14 04:31

一文做会漂亮的火山图

、归一化处理在利用limma包进行差异分析处理之前，要对数据进行归一化处理：输入文件1在使用limma包之前首先要对数据进行标准化处理rm(list=ls())setwd('/lab412C/LSM/RNA-SEQ

ShanSly·2023-03-14 01:39

ceRNA证据与争议

ceRNA（competitiveendogenousRNA，竞争性内源RNA）假说是哈佛医学院PierPaoloPandolfi研究小组在2011年提出的，它是一种基因表达调控模式，共享miRNA结合位点的转录本会竞争结合相同的

Seurat_Satija·2023-03-13 16:32

RNA-seq

检测范围：mRNA表达量；mRNA的可变剪接；融合基因；SNP测序方法建库（illumina公司的TruseqRNA建库）正常抽提到的总RNA有95%是rRNA，只有2-3%是mRNA。

没有眼镜·2023-03-13 06:22

使用单细胞来研究RNA速率

作者：童蒙编辑：angelica使用单细胞来研究RNA速率在发育过程中，不同的mRNA有不同的半衰期，可以是几个小时，也可以是几天。

生信阿拉丁·2023-03-13 02:03

RNA-seq 详细教程：分析流程介绍（1）

学习目标了解从RNA提取到获取基因表达矩阵，既RNA-seq分析的整个流程。1.workflow进行差异表达基因分析的前提是，获取代表基因表达水平的矩阵。

冷冻工厂·2023-03-12 18:01

甲基化套路

和甲基化有关的。可以先了解下甲基化：450k甲基化基础450K甲基化芯片数据处理传送门450k甲基化芯片常用工具包：ChAMP和minfi等。

Bio_Learner·2023-03-12 17:49

RNA-seq：DEseq2归一化

陆嘉祺2019.6.14主要能解决以下2个问题：①测序深度/文库大小导致的差异②文库补偿导致的差异DESeq2均一化步骤：step1：以原有reads数目取log2/10/e为底的对数![](https://upload-images.jianshu.io/upload_images/10627644-0c81f5903ed8f72b.png?imageMogr2/auto-orient/stri

Larrylu007·2023-03-12 05:59

项目文章｜IF 53.542！高分文章带您了解国自然热点技术

DNA甲基化（DNAmethylation）作为真核细胞中DNA化学修饰的普遍修饰方式，在疾病癌症、遗传进化、胚胎（个体）发育、动物群体的社会性行为、植物基因表达调控、遗传育种等方面的研究中有广泛应用。

诺禾致源科技服务·2023-03-11 18:03

RNA 和机器学习：多维生物标志物的合理设计2021-04-06

RNA和机器学习：多维生物标志物的合理设计现代肿瘤疗法在过去十年中取得了重大创新。现在是我们致力于使用由合理设计和最新计算方法驱动的生物标志物的时候了。在医学的早期，新的疗法经常被"意外"发现。

无聊先知·2023-03-11 11:49

中心法则2——RNA(核糖核酸)

实际上，真正可用的基因只占人类基因组的3%，其余97%都是非编码序列，但是非编码序列也是可以表达的，表达产物就是非编码RNA(ncRNA)。

生信大猫·2023-03-11 06:10

1.Empirical assessment of analysis workflows for differential expression analysis of human sample...

RNA-seq分析流程分析：RNA-seq数据分析流程主要由序列对比，表达矩阵构建，差异基因鉴定等三大步骤构成【1-8】。目前，已有大量的软件被开发用于分析流程。

WH川川·2023-03-11 01:03

运行FastQC报错

近期使用RNA-seq，在NCBI上获取原始数据后，想使用fastqc检查二代测序数据是否存在问题。于官网下载fastqc的软件包，并解压至Biosofts文件夹。

孤久成瘾_1180·2023-03-10 21:58

RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析

RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析原文链接：RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析-生物知识学习(biotechknowledgestudy.com)差异分析的步骤：1）比对；2）readcount

太甜了不要加糖·2023-03-10 16:01

文献解读|气管抽吸物RNA测序可识别COVID-19 ARDS的不同免疫学特征

TITLE：TrachealaspirateRNAsequencingidentifiesdistinctimmunologicalfeaturesofCOVID-19ARDS译名：气管抽吸物RNA测序可识别

作图帮·2023-03-10 07:01

Vecyloto.R的安装（碰壁无数次，终于成功）

（文中引用了一些其他作者的教程，如果是不允许转载的请私信告知我，我会立即删除，谢谢）velocyto用于单细胞数据的分析（RNA速率分析）的工具。

亘心37·2023-03-10 07:52

分子遗传学名词解释总结

crispr/cas9：crispr-cas9系统包括cas9酶和一个向导RNA，向导RNA可以引导酶对于特位点的切割。该方法可以导致基因敲入和敲除。基

徒唤奈何_c5f0·2023-03-10 03:31

如何大幅提升尿液 RNA 的提取效率

操作步骤1.请自行准备：生理盐水、无水乙醇、10mL无RNA酶离心管、1.5mL无RNA酶离心管。

清风拂面vv·2023-03-09 21:30

RNA 33. SCI文章肿瘤在线数据挖掘神器（cBioportal）

转录组生信分析教程公众号推出转录组分析教程，转录分析教程整理如下：RNA1.基因表达那些事--基于GEORNA2.SCI文章中基于GEO的差异表达基因之limmaRNA3.SCI文章中基于TCGA差异表达基因之

90066456ace6·2023-03-09 20:39

2019新冠抗疫加油歌

病毒RNA是单链，复制变异更易见。特效药物速难有，对症支持来封堵。传染病需全民动，隔离措施最有用。听从政策居家隔，不去聚餐和赌博。呆在家里苦不苦，比比长征两万五。隔离时间长不长，想想少帅张学良。

老刘涂鸦·2023-03-09 17:13

分子（DNA、RNA）样品的保存

本文将介绍DNA、RNA的保存策略，顺带提及细胞的保存方法。一、DNA的保存DNA为双螺旋结构，具有较高稳定性，但在野外样品采集的过程中仍需注意，以防降解。

Yizhe_Lin·2023-03-09 11:30

Rosalind第22题：RNA Splicing

ProblemAfteridentifyingtheexonsandintronsofanRNAstring,weonlyneedtodeletetheintronsandconcatenatetheexonstoformanewstringreadyfortranslation.Given:ADNAstring(oflengthatmost1kbp)andacollectionofsubstri

automan_huyaoge·2023-03-09 07:18

Rosalind第八题：将RNA转化成蛋白质

今后，术语“遗传串”将结合蛋白质串，DNA串和RNA串。的RNA密码子表使然关于特定的密码子编码成氨基酸字母的细节。给定：一个RNA串对应于mRNA的一个链（长度至多10kbp的）。

automan_huyaoge·2023-03-09 07:17

单细胞转录组数据分析|| scVelo 教程：RNA速率分析工具

什么是RNA速率（RNAvelocity）RNA速率能够通过叠加剪接信息来推断细胞分化的方向性。

周运来就是我·2023-03-09 06:57

Docker封装生物信息学分析有参流程

文件参数配置6.镜像与容器7.封装容器封装镜像命令dockercommit容器IDrna:v1.0首先后台运行镜像dockerrun-itd--namerna_test-v/data/xczhang/RNA_seq

儒雅随和王小板·2023-03-09 04:06

2022-02-15

SciAdv|纳米颗粒给药联合RNA疗法治疗髓母细胞瘤原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学机制髓母细胞瘤是一种始于小脑的小儿恶性脑肿瘤。它可能发生在成年人中，但不太常见。

图灵基因·2023-03-08 23:33

BSA专题2—缩小定位区间和后续验证怎么做？

felix108·2023-03-08 23:47

学习笔记--转录组测序数据分析笔记【生信技能树】

第一次就大概浏览了一下，这一次非常认真地做了笔记，收货还是非常大的，了解了整个测序数据的分析过程，从原始的测序数据到后面的一些简单的分析有了更深的理解，对之前分析处理数据的一些疑惑有了解答，算是基本掌握了整个RNA-seq

FFwizard·2023-02-19 07:49

Seurat取子集时会用到的函数和方法

Seurat数据格式首先我们需要先对Seurat生成的数据格式有所了解：单细胞数据格式思维导图图片来源：周运来老师的：为什么要以数据库的思维来理解单细胞数据解释：Assays默认情况下，Seurat对象是一个叫RNA

BINBINCC·2023-02-19 02:20

植物phasiRNA研究进展（三）

转自植物phasiRNA研究进展（三）植物phasiRNA(phased,secondary,smallinterferingRNA)是一类内源性的、起调控作用的非编码小RNA(sRNA)，它在植物的生长

HHBA·2023-02-19 00:24

TCGA甲基化数据下载以及相关临床信息整理

之前的文章里已经按照教程进行了TCGA数据库的一些练习（RNA-seq、芯片、生存分析），现在学习TCGA甲基化数据的分析过程。

生信start_site·2023-02-18 23:24

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