RNA甲基化第21页

2021-03-03 基于lncRNA的功能富集分析——lncSEA

因此，对于像miRNA，lncRNA和circRNA等非编码RNA的功能预测与分析时就需要采取迂回战略，即通过靶向关系（例如miRNA靶向调控蛋白编码基因），共表达关系（例如非编码RNA与蛋白质编码基因的共表达情况

NAome·2023-04-05 16:54

易基因｜深度综述：RNA m5C修饰的生物学及在肿瘤发生和免疫治疗中的作用

BiomarkRes》杂志发表了题为“BiologicalrolesofRNAm5CmodificationanditsimplicationsinCancerimmunotherapy”的综述文章，综述了RNAm5C甲基化修饰的生物学作用及其在癌症免疫治疗中的潜在机制

易基因科技·2023-04-05 15:47

Protein Kinase D1, Reduced in Human Pancreatic Tumors, Increases Secretion of Small Extracellula...

摘要：胰腺肿瘤细胞释放含有脂质和蛋白质、RNA和DNA分子的细胞外小泡(SEV，Exosome)，这些小泡可能促进转移的形成。目前还不清楚这些小泡包含什么货物，以及它们是如何释放的。

一个没有感情的文献阅读机·2023-04-05 12:12

易基因 | 文献速递：重亚硫酸盐扩增子测序研究通过DNA甲基化监测急性髓系白血病MRD

今天要分享解读的是一篇发表于Leukemia（IF11.528）的DNA甲基化研究文章，本文通过重亚硫酸盐扩增子测序，分析了通过研究DNA甲基化模式来监测急性髓系白血病（acutemyeloidleukemia

易基因科技·2023-04-05 10:30

【随笔】核酸检测小记

检测是pcr法，用的是口腔黏膜的粘液，是rna检测。试剂容器是15ml离心管，里面可能是部分trizol溶液+3个钢珠。

笔花粥粥·2023-04-05 08:35

2018-09-06

提起lncRNAoptions(stringsAsFactors=F)expr_df_nopoint=read.table("RNA_count_data.txt",sep="\t",header=T)

一路向前_莫问前程_前程似锦·2023-04-05 06:54

Seurat4.0系列教程11：使用sctransform

单细胞RNA-seq数据中的生物异质性经常受技术因素（包括测序深度）影响。每个细胞中检测到的分子数量在细胞之间可能显著变化，即使在相同的细胞类型内也是如此。

Seurat_Satija·2023-04-05 03:00

Seurat4.0系列教程22：空间转录组的分析、可视化与整合

虽然分析流程类似于单细胞RNA-seq分析的Seurat工作流程，但我们引入了更新的交互和可视化工具，特别强调了空

Seurat_Satija·2023-04-05 03:21

fasta和fastq文件格式详解

1.fasta格式fasta格式是一种非常简单的储存序列的格式（主要是把序列储存到数据库中的一种形式），可以储存核酸序列（RNA/DNA）和氨基酸序列(AA)，主要包括2个部分。

熊猫人和熊猫猫·2023-04-05 01:48

基因组序列比对算法介绍（一）

（reference）进行匹配，允许错配（mismatch），插入缺失（indel），目的是在参考基因组找到序列最相似的位置，通常是基因组分析(包括variationcalling，ChIP-seq，RNA-seq

基因组分析·2023-04-04 22:13

m6a甲基化相关基因boxplot并显示p值

m6A甲基化是目前研究的一个热点，前面给大家介绍过☞m6A甲基化数据分析流程。我们知道m6A甲基化需要三类不同的基因来参与。

生信交流平台·2023-04-04 22:35

本周最新文献速递2021-03-07

Population-scalesingle-cellRNA-seqprofilingacrossdopaminergicneurondifferentiation不想看英文题目：多巴胺能神经元分化的单细胞RNA-seq

橙子牛奶糖·2023-04-04 20:53

RNA 速率学习笔记

最近学习画单细胞的拟时序轨迹图，有一些收获。大家经常使用的一般是monocle，DPT等；RNAvelocity是一个比较复杂的方法，它通过细胞转录时细胞内成熟mRNA和mRNA前体的含量来计算细胞接下来生长分化的趋势。也就是说，它在计算细胞拟时序时考虑了细胞内在的结构，而非通过细胞中基因的表达量。所以它需要用到原始的bam文件。我们今天来解析一下这个方法的安装和使用。一、安装指导http://v

被格格巫抓到的蓝精灵·2023-04-04 20:50

2019-01-05

通过RNA-seq检测PBAF缺陷型B16F10细胞的转录组。知识积累：转录组研究可以从整体水平研究基因功能以及基因结构，揭示生物学过程及疾病发生过程中的分子机制。

Mingyan_C·2023-04-04 19:42

生信全书挑第一节:芯片基础知识

学习重点：碱基互补、中心法则在中心法则上，芯片的制备和使用涉及到DNA复制，DNA转录出RNA，以及RNA逆转录到DNA。待检核

Kururu1799·2023-04-04 19:27

2022-02-16

JCOPrecisionOncology|RNA测序实现癌症的基因融合检测原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学技术383个近20%的癌症和转移是由基因融合导致的——染色体重排导致嵌合转录。

图灵基因·2023-04-04 18:13

RNA-seq入门实战（七）：GSEA——基因集富集分析

本节概览：1.GSEA简单介绍2.创建GSEA分析所需的geneList，包含log2FoldChange和ENTREZID信息3.利用clusterProfiler进行GSEA富集GO与KEGG通路4.GSEA富集结果可视化：GSEA结果图、gsearankplot、ridgeplot1.GSEA简单介绍以下对GSEA涉及的一些重要概念进行了简单介绍，详细介绍见：一文掌握GSEA，超详细教程-云

嘿嘿嘿嘿哈·2023-04-04 14:38

为什么国家禁止EGF在化妆品中的使用？

图片发自AppEGF在生物体内通过一系列细胞因子的磷酸化将生物信息传导至细胞内，激活DNA合成，RNA转录和蛋白合成，从而促进细胞的增殖分化，维持细胞的生长。还可以增强糖酵解，激活细

拈花老夏·2023-04-04 14:30

陈巍学基因视频学习笔记--视频8：外显子测序

前期笔记陈巍学基因视频学习笔记--视频1：Illumina测序化学原理陈巍学基因视频学习笔记--视频7：RNA-seq方法和应用第一部分：外显子测序技术1.外显子测序工作原理针对人外显子序列设计的生物素标记的捕获探针库

冻春卷·2023-04-04 13:56

陈巍学基因视频学习记录--甲基化测序

这篇笔记是把其中甲基化测序这一视频进行文字化，这样不方便看视频的时候可以随时翻看笔记。视频地址(youtube地址)：https://www.youtube.com/watch?

生信start_site·2023-04-04 11:47

重构人胚胎着床的单细胞转录组与DNA甲基化组图谱

汤富酬&乔杰组新作。文章链接：https://www.nature.com/articles/s41586-019-1500-0概述胚胎植入是哺乳动物胚胎发生过程的里程碑事件，植入失败是流产相当重要的因素之一。鉴于无法获取体内植入后胚胎，故而目前仍不了解胚胎植入这一过程的基因调控网络与表观机制。作者结合胚胎体外培养（自组装）与单细胞多组学测序，对来自围着床期65个胚胎共八千余个细胞进行了系统分析。

Dengfeng_Gao·2023-04-04 11:46

2021-10-25

Science|张峰：利用RNA来定位DNA位置的蛋白的数量和种类可能远超想象原创骄阳似我图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：骄阳似我IF：47.728推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1.本文从IS200

图灵基因·2023-04-04 05:21

文献：《PRMT2 and ROR?Expression Are Associated With Breast Cancer Survival Outcomes》

一些名词的释义：PRMT2：Proteinargininemethyltransferases蛋白精氨酸甲基转移酶（PRMT）甲基化组蛋

晓颖_9b6f·2023-04-04 04:55

15-IF12+:纯生信探索甲基化水平的缺失和免疫治疗反应的关系

一.研究背景肿瘤突变负荷（TMB）和拷贝数是预测病人免疫治疗发应的预测标志物，之前的研究表明，有丝分裂和TMB、拷贝数以及发生在PMD区域的低甲基化水平相关，之前已经有很多研究探索了免疫治疗反应和TMB

生信学霸·2023-04-04 04:13

知耕快报 | CRISPR基因编辑工具CasX;重新设计的 cas9蛋白；无需DNA供体高效靶向插入大DNA片段技术

WrapUp科｜技｜突｜破ScienceBreakthroughPNAS：苦参素实现帕金森病治疗效果|功能性成分Science：不对称蛋白质的快速、定向化设计|AI辅助设计PBJ:包含~45,000个植物公共RNA-seq

知耕TechCube·2023-04-04 03:19

hisat2、stringtie、ballgown分析RNA-seq数据：安装及使用流程

参考文献:Transcript-levelexpressionanalysisofRNA-seqexperimentswithHISAT,StringTieandBallgown流程示意图图１安装软件HISAT2：将reads比对到基因组上wgetftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_6

东风008·2023-04-04 01:49

2021-01-05腺苷5'-三磷酸简介

5'-三磷酸腺苷参与代谢过程和RNA合成的能量产生。5'-三磷酸腺苷还充当神经递质;三磷酸腺苷（ATP）是由连接到核糖（戊糖）的第一个碳原子上的嘌呤碱基（腺嘌呤）组成的核苷酸。

范德biofount·2023-04-03 20:57

TCGA甲基化数据质量控制和差异分析（使用ChAMP包）

参考文章：1.甲基化芯片入门学习-ChAMP包（二）2.TCGA数据库的癌症甲基化芯片数据重分析3.TCGA甲基化芯片数据质控和过滤4.甲基化芯片数据的差异分析5.甲基化芯片注释中的CpGshores,

生信start_site·2023-04-03 18:47

基因组学基本感念

lncRNA：长链非编码RNA(Longnon-codingRNA

wangchuang2017·2023-04-03 18:03

易基因 | 单细胞转录组：Smart-seq 2还是10X Genomics Chromium? — 技术解读

但是基于2017年ChristophZiegenhainetal[1]对6种单细胞转录组技术及2019Broad研究所的团队对7种单细胞RNA测序方法进行了比较[2]，某些特殊或者少量细胞样本的单细胞转录组研究中

易基因科技·2023-04-03 18:53

circRNA/lncRNA ceRNA机制

ceRNA机制是纯粹RNA之间的互作关系，circRNA/lncRNA等分子吸附miRNA，使miRNA不能结合到靶基因3'UTR区域，从而保护靶基因的功能。

纪伟讲测序·2023-04-03 16:18

第3周：利用大豆小RNA图谱鉴定来自编码基因区的phasiRNA

侵删小RNA是一类普遍

TOP生物信息·2023-04-03 15:50

常规分析思路也可乘风破浪，斩获高分

近年来，circRNA像一颗冉冉升起的星星，受到广大科研工作者的青睐，现在已经到了炙手可热的地步，细数近年来circRNA在国家自然科学基金获批项目的情况，早就已经成为非编码RNA界的研究热点。

概普生信·2023-04-03 14:37

高大石头·2023-04-03 14:16

抗菌纺织品开发技术介绍

消除异味、防止病菌滋生和减少皮肤传染病，保持穿着卫生，维护消费者身体健康二.抗菌相关的概念区分a)抗菌：能够有效抑制微生物生长繁殖或可杀死微生物***i.微生物类型简介*1.病毒：由一个核酸长链（DNA或RNA

周益丰91·2023-04-03 13:03

易基因： m6A RNA甲基化研究的前期探索性实验思路｜干货系列

近年来，m6ARNA甲基化作为国家自然科学基金表观遗传学研究的热门领域，相关研究成果层出不穷，高分文章不断。研究方向包括疾病发生发展、发育和分化、环境暴露与响应等。

易基因科技·2023-04-03 12:49

分子生物学中应该知道的那些事儿（二）

主要内容：主要内容示意图一、硅基质离心柱制备DNA和RNA的工作原理1.裂解裂解方法可能会根据需要DNA或RNA而有所不同，但其共同点是含有高浓度离液盐的裂解缓冲液。

JarySun·2023-04-03 12:30

易基因：基于动态DNA甲基化图谱观察脂肪形成过程中的细胞谱系特异性发育｜发育分化

DynamicDNAmethylationlandscapedefinesbrownandwhitecellspecificityduringadipogenesis”的研究文章，该研究通过简化基因组甲基化

易基因科技·2023-04-03 12:18

易基因：m6A mRNA甲基化修饰调控CTNNB1促进肝母细胞瘤增殖的机制研究｜Mol Cancer

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2019年12月23日，国家儿童医学中心（上海）、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心潘秋辉教授团队在《MolecularCancer》（IF:41.444/Q1）杂志上发表了题为“m6AmRNAmethylationregulatesCTNNB1topromotetheproliferationofhepatoblastoma”的文

易基因科技·2023-04-03 12:18

易基因：PIWI/piRNA在人癌症中的表观遗传调控机制（DNA甲基化+m6A+组蛋白修饰）｜综述

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2023年03月07日，南华大学衡阳医学院李二毛团队在《MolecularCancer》杂志发表了题为“TheepigeneticregulatorymechanismofPIWI/piRNAsinhumancancers”的综述文章，讨论了piRNA（PIWI-interactingRNA）的生物发生及其在人癌症中的表观遗传调控机制的

易基因科技·2023-04-03 12:17

易基因单细胞转录组测序（smart-seq2）｜技术推介

Smart-seq2技术在单细胞水平对带Poly（A）的RNA进行全长转录组扩增及高通量测序，能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增，得到全长转录本

易基因科技·2023-04-03 12:47

易基因：DNA甲基化研究的3大前期探索性实验思路｜干货系列

近些年以来，DNA甲基化研究一直是顶级期刊、基金资助、临床研究、药物研发上市的多重热点，其研究方向涵盖疾病发生发展、疾病标志物研究、环境因素暴露与响应、发育和分化等多维度。

易基因科技·2023-04-03 12:47

项目集锦 | 易基因DNA羟甲基化5hmC测序研究成果

羟甲基化5hmC是哺乳动物基因组上的第六碱基，在发育、衰老、神经退行性疾病、复杂疾病及肿瘤发生过程中起重要作用。本期以科研内容为序，总结近期易基因羟甲基化合作研究成果。

易基因科技·2023-04-03 12:16

易基因｜干货：m6A RNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析

易基因｜干货：m6ARNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。

易基因科技·2023-04-03 12:16

易基因-单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序

易基因单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序高通量单细胞DNA甲基化测序简介单细胞DNA甲基化组学研究很大程度上受制于建库技术，传统的文库构建方法或类似于基因组DNA的单细胞扩增技术很难应用到甲基化实验过程中

易基因科技·2023-04-03 12:08

【2020-7 NG】晚期前列腺癌的DNA甲基化landscape

参考：TheDNAmethylationlandscapeofadvancedprostatecancerNatGenet|转移性去势抵抗性前列腺癌甲基化图谱早安！

caokai001·2023-04-03 05:29

Nature Biotechnology| 胰腺癌空间转录组+单细胞测序分析

整合空间转录组和单细胞测序揭示PDAC组织结构单细胞RNA测序（scRNA-seq）能够系统地识别组织中的细胞群，但描述其空间组织仍然具有挑战性。

概普生信·2023-04-03 02:03

结合CHIP-seq和ATAC-seq结果进行分析

，作者的分析结果并不是独立的把ATAC-seq和Chip-seq、RNA-seq的结果独立开来，他们把这三种实验的结果进行了整合的分析。从而得到了很多有用的信息。

生信start_site·2023-04-03 02:49

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（六）：细胞类型注释

所有方法均基于与其他数据集的相似性比较，可以是sorting分选的单细胞或批量RNA-seq数据集，或针对每种细胞类型使用已知的标记基因。

Davey1220·2023-04-02 20:43

RNA-seq：DEseq2归一化

主要能解决以下2个问题：①测序深度/文库大小导致的差异②文库补偿导致的差异DESeq2均一化步骤：step1：以原有reads数目取log2/10/e为底的对数sample#1sample#2sample#3gene10104gene22612gene33355200log(sample#1)log(sample#2)log(sample#3)gene1-Inf2.31.4gene20.71.82

Irish_Lee·2023-04-02 20:09

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