RNA甲基化第25页

七. 植物叶绿体基因组--组装，注释和比较作图（GetOrganelle，GeSeq，Chloroplot，IRscope）

叶绿体所携带遗传物质DNA，以原核细胞的编码方式转录合成一些自身需要的RNA与蛋白质。叶绿体通过分裂方式增殖，通过细胞质遗传传递给后代（也叫母体遗传、单一亲本遗传、非孟德尔遗传等）。

小飞虎·2023-02-18 18:32

干货分享 | 由“铁死亡”来推断“铜死亡”相关的组学研究思路（二）

APExBIO2022·2023-02-18 12:48

易基因 | 精准医学：DNA甲基化图谱在发现和精确诊断神经肿瘤领域的应用

虽然过去的分子诊断包括特定突变、拷贝数变化或基因融合，但DNA甲基化测序的发展显著提高了诊断精度，增加了可靠性，并为发现新的肿瘤类型提供了思路。

易基因科技·2023-02-18 08:35

【文献解读】-单细胞调控网络的推理和聚类（SCENIC）

SCENIC是一种同时重建基因调控网络并从单细胞RNA-seq数据中鉴定stablecellstates的工具。

基因侦探·2023-02-18 07:06

10X单细胞（10X空间转录组）基于马尔可夫过程和RNA速率的细胞命运预测（Cellrank）

Abstract计算轨迹推断能够从单细胞RNA测序实验中重建细胞状态动态。然而，轨迹推断需要已知生物过程的方向，这在很大程度上限制了其在正常发育中区分系统的应用。在这里，利用软件

Evil_Genius·2023-02-18 02:07

甲基化数据QC: 使用甲基化数据推测SNP基因型（ewastools工具）

介绍一下如何使用ewastools推测甲基化数据的SNP基因型下载、安装ewastools以下例子是ewastools的安装，其他的包比如magrittr、svd等,电脑没装的话，也需要一一装上去。

橙子牛奶糖·2023-02-17 18:46

单细胞数据处理小细节汇总

1.Seurat对象查看当前的Assaypbmc200&nFeature_RNA%FindVariableFeatures(nfeatures=2000)%>%ScaleData(vars.to.regress

Hayley笔记·2023-02-17 17:37

DNA甲基化Bismark、BSMAP流程跑起来

日常掰虾前面学习了DNA甲基化的基础知识，也了解了它的重要性，不知道的同学看这里，DNA甲基化知识概述。既然这么重要，我们当然要知道怎么处理数据了。

生信店小二·2023-02-17 15:49

二代测序序列拼接：flash

因为二代测序是将DNA或RNA打成特定长度的片段，比如300-400bp，而二代测序只能测特定长度，比如150nt，超过这一长度，测序质量就会下降的很严重，基本没有意义了。但

佳名·2023-02-17 14:30

【零基础练习一个RNA-seq分析】CH7：DEseq2探索表达矩阵

我们已经得到了一个表达矩阵，下面我们就用DEseq2筛选差异表达基因，并进行简单的visulization。DESeq流程第一步我们需要准备两个表，借用Y大宽姐姐的图来说明一下。countData表示的是count矩阵，行代表gene，列代表样品，中间的数字代表对应count数。colData表示sample的元数据，因为这个表提供了sample的元数据。becausethistablesuppl

josia_luo·2023-02-17 05:17

RNA-seq 详细教程：实验设计（2）

学习目标了解设置重复对于RNA-seq分析的重要性了解生物重复次数、测序深度和鉴定到的差异表达基因之间的关系了解如何设计RNA-seq实验，以避免批次效应1.注意事项了解RNA提取和RNA-seq文库制备实验过程中的步骤

冷冻工厂·2023-02-17 04:21

一文搞定参考基因组序列下载

比如通过与参考基因组序列进行比对，检测各种变异；RNA-seq数据与参考基因组比对，进行定量。给大家介绍如何下载某一个物种的参考基因组序列，分为浏览器版与命令行版2种方式。

亮亮就是亮·2023-02-16 23:23

ChatGPT只不过将人类知识圈的半径扩大了一个纳米的距离！

ChatGPT基于海量节点及算法的一次高效计算而已虽然能取代一部分重复性工作，但其核心终究是一个工具而已ChatGPT是人工智能AI领域的一个细小产品，以后即使发展到人脑接口，人机接口层面，可以全面分析DNA，RNA

zhang9880000·2023-02-16 21:42

Znhit1基因差异分析-2020-03-06

目的：分析基因Znhit1在肿瘤acutemyeloidleukemia与正常样本中国是否存在表达差异和甲基化差异截屏2020-03-07下午10.55.54.png下载的文件按照ensembleID整理

爬山小虎·2023-02-07 13:26

第三代测序的介绍

就当前形势来看，第二代短读长测序技术在测序市场上仍然占有绝对优势，但第三代测序技术近年来也发展的如火如荼，且已应用于基因组测序、甲基化研究和突变鉴定等多个研究领域。

微基生物·2023-02-07 11:23

噬菌体分离培养方法

作为病毒的一种，噬菌体具有病毒的一些特性：个体微小，结构简单，只含一种核酸（DNA或RNA），必须在活细胞内寄生并以复制方式增殖。一旦离开了宿主细胞，噬菌体既不能生长，也不能复制。

微基生物·2023-02-07 11:52

宏病毒组介绍

病毒是一种个体微小，结构简单，只含一种核酸（DNA或RNA），必须在活细胞内寄生并以复制方式增殖的非细胞型生物。

微基生物·2023-02-07 11:21

学习limma: Linear Models for Microarray and RNA-Seq Data

一、简介limma应用于RNA-seq数据时，readcounts被转换为log2-counts-per-million（logCPM）。

果蝇饲养员的生信笔记·2023-02-07 08:30

源于恐惧

从生命分子处于原始海洋，像是沸水沸腾，剧烈蠕动，拼接其他分子，结合成早期的蛋白质大分子，DNA分子，RNA分子等早期生命分子。那时候的生命分子只是拼接，复制自己，经历大约30亿年，形成早期的生命。

一剑入魂·2023-02-07 03:01

2.通过WGNCA发现缺血性卒中相关LncRNA及其靶基因和相关信号通路

D2聚体·2023-02-07 03:17

excel行列转置

library(tidyverse)X<-read.csv(file="data_RNA_Seq_v2_mRNA_median_Zscores.csv",sep="\t",header=T,row.names

梦幻天堂_ccd5·2023-02-06 11:00

2022-04-25 GSVA相关

GSVA的运行注意事项如果是芯片的数据是需要对数据进行过滤的，可以参考下面的测试数据代码，或者看官方的文档GSVA本身提供了三个算法，一般使用默认的算法就可以了对于RNA-seq的数据，如果是readcount

青蒿素2·2023-02-05 20:30

Week28 — 单细胞RNA-seq揭示哺乳动物细胞中动态的、随机的单基因表达

Week29:2018—11.26-11.30Title:Single-CellRNA-SeqRevealsLineageandXChromosomeDynamicsinHumanPreimplantationEmbryosDOI(url):10.1126/science.1245316PublicDate：2014Jan10Journal：ScienceKeyword：scRNA-seq,mon

六六_ryx·2023-02-05 05:07

PRRSV翻译

高致病性猪繁殖和呼吸障碍综合征病毒（PRRSV）食品安全和公共健康，猪群健康信息中心，爱荷华州立大学兽医学院，2016年10月摘要病原学PRRSV有囊膜、单链RNA病毒，动脉炎病毒科。

suman啊·2023-02-05 04:02

根据RNA-seq差异基因进行GSEA分析

如果你觉得GO或KEGG不够解释，或许可以试试GSEA具体内容参考这篇#GSEAanalysissteps#得到差异分析结果DESeq2_DEG=as.data.frame(read.table("路径/DESeq2_result.txt",sep="\t",header=T,row.names=1))#提取log2FoldChange这列geneList<-as.data.frame(DESeq

没有猫但是有猫饼·2023-02-04 19:37

寄主介导的基因沉默机制（HIGS）

Nowara等人的研究表明，双链RNA或反义RNA靶向真菌转录物在大麦和小麦中的积累影响白粉病真菌的发育。实际上，早在2007年，Mao等人关于棉铃虫P450的研究，便

今日之森·2023-02-04 18:10

单细胞转录组测序解析流感病毒体内感染

本文中，研究者使用单细胞RNA测序来研究肺组织细胞对体内流感感染反

假装_学霸·2023-02-04 11:38

bismark 识别甲基化位点-可视化篇

在bismark中提供了两种生成html报告的方式，对应两个命令bismark2reportbismark2summary第一个命令针对单个样本。每个样本在比对之后，都会生成一个report文件。bismark2report命令读取这个reort文件，然后生成单个样本对应的html报告。用法如下bismark2report—dirtest4—alignment_reporttest/test_da

生信修炼手册·2023-02-04 10:29

学习笔记| RNA-seq之biomart基因注释

biomart是一个Rpackage，能够完成基因注释的工作。在我得到差异表达基因之后，可以直接使用该包直接注释。网络上许多代码已经过时，特此更新用法。1安装#Windows10,R4.0.5install.packages("BiocManager")BiocManager::install("biomaRt")2pipeline首先要选择数据库合dataset先强迫自己看文档学习，help("

史智凌·2023-02-04 03:39

RNA-seq 详细教程：count 数据探索（4）

学习目标了解RNA-seqcount数据的特征比较count数据的不同数学模型确定最适合RNA-seqcount数据的模型了解设置生物学重复对于鉴定样本间差异的好处1.计数矩阵当开始差异表达基因分析时，

冷冻工厂·2023-02-04 01:04

医生，我家猫检测冠状病毒感染，该不会猫传腹了吧

先来了解一下冠状病毒，这个一种有着包膜的正链RNA病毒的光辉事迹。在电子显

萌萌0305·2023-02-04 00:36

癌症基因图谱（ TCGA）数据库（二）数据前处理

文章目录1、分类2、数据整理2.1换ID名2.2矩阵整理1、分类数据：癌症基因图谱（TCGA）数据库中5种不同类型癌症（包括BRCA,BLCA,LGG,LUAD和LUSC,每种为一个数据集）病例的RNA

WuYle·2023-02-03 20:00

那里洗澡都是单间

弟弟在做人类基因方面的研究，他给我们讲发生在DNA和RNA、基因和蛋白质、各碱基序列之间的故事。那一刻，我觉得人的身体内就是一个大的游乐场，在我们不知不觉中，无数的事情正在身体里发生着。

雨施·2023-02-03 19:15

riboPOOL—适合任意物种（真核生物、原核生物、高丰度mRNA）的核糖体RNA/rRNA去除方案（探针法）siTOOLs Biotech中国总代理蓝景科信

RNA测序是一种高度准确且灵敏的转录组追踪工具。然而，一些丰度很高的RNA种类却影响了NGS文库制备，浪费了宝贵的测序资源。

蓝景科信·2023-02-03 17:24

myBaits Target Capture Kits；myBaits 靶向捕获试剂盒，快速捕获富集目标序列

适用于各种基因组类型(如动物、植物和微生物)和DNA/RNA来源(如新鲜、降解和环境)的研究项目。此外，Arbor的科学家团队，可为您

蓝景科信·2023-02-03 17:22

疫苗知识

课程内容信使RNA（m-RNA）技术生物体的功能通过活体蛋白质完成，氨基酸是原料，遗传物质DNA是建筑图纸。DNA（脱氧核糖核酸）控制蛋白质合成阶段：转录和翻译，双螺旋链条上记录着合成蛋白质的信息。

霞光十色·2023-02-03 04:27

转录组RNA-SEQ上游分析2020

安装配置conda使用清华源下载sh脚本并安装#使用清华源下载sh脚本wget-chttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#从官网下载最新版Miniconda3安装包，但速度较慢wget-chttps://repo.anaconda.com/miniconda/

superqun·2023-02-02 19:17

记录预言，年后来看

我又一次感到了紧张，随后想了想，其实作为一个单链RNA病毒，会发生变异是很正常的事情，特别是在样本量很大的情况下。国外又不可能像我国一样进行大规模隔离，所以就给病毒的生长变异提供了肥沃的土壤。

幺儿喵·2023-02-02 15:08

2022-08-04_featureplot split之后不出现图例怎么办

比如要画某个marker基因的featureplotDefaultAssay(sample.integrated)<-'RNA'FeaturePlot(sample.integrated,features

jiarf·2023-02-02 15:10

2021年三大m6A甲基化整体研究思路

m6A甲基化作为研究的热点，目前有很多的研究方向，其研究领域涉及生长发育的方方面面。如果想选RNA甲基化作为方向设计课题，可以从哪些方面着手？

概普生信·2023-02-02 11:42

关于NGS数据处理中的PCR Duplicate

具体可以参考fastQC对RNA-seq质控。这项指标统计了reads的重复水平。其中就谈到，如果折线图重复出现峰值，就

不玩手机的蛇佬腔·2023-02-02 10:00

核酸探针

简介是一段带有检测标记，且顺序已知的，与目的基因互补的核酸序列(DNA或RNA)。基因探针通过分子杂交与目的基因结合，产生杂交信号，能从浩瀚的基因组中把目的基因显示出来。

不学无数YD·2023-02-02 05:27

m6a-lncRNA week02

【LGG数据下载】从CGGA数据官网下载RNA-seq数据，选择其中包含325个样本的测序数据，下载表达矩阵和临床信息表达矩阵：CGGA.mRNAseq_325.RSEM-genes.20200506.

Hannisal·2023-02-02 03:51

RNA-seq常见报错

1、Solvingenvironment:failedwithinitialfrozensolve.Retryingwithflexiblesolve.#更新condacondaupdate-nbasecondacondaupdate-all#更新conda安装的所有软件#修改频道condaconfig--addchannelsconda-forgecondaconfig--setchannel_

javen_spring·2023-02-02 03:25

Bulk RNA-seq上游分析流程（Salmon）

转录组分析一般通过比对或非比对的方法对基因表达进行定量，得到一个样本-基因表达矩阵用于下游数据分析。下游分析通常是进行差异表达分析，对差异基因进行功能注视，如GeneOntology(GO)或KEGGpathway。也可以对差异基因进行蛋白互作网络(PPI)分析，找出可能存在的关键基因。除了差异表达分析，还可以进行WGCNA分析，多与临床数据相关。原始测序数据质控测序数据有可能含有测序接头和质量较

BioGou·2023-02-01 22:02

用limma对芯片数据做差异分析

用limma对芯片数据做差异分析用limma对芯片数据做差异分析jmzeng2016年3月12日用基因芯片的手段来探针基因表达量的技术虽然已经在逐步被RNA-seq技术取代，但毕竟经历了十多年的发展了，

皮肤科大白·2023-02-01 17:44

【生信技能树】GEO数据库挖掘 P7 6差异分析

用limma包对芯片数据做差异分析|生信菜鸟团http://www.bio-info-trainee.com/1194.html用limma包的voom函数来对RNA-seq数据做差异分析|生信菜鸟团http

学海溺子·2023-02-01 17:44

Hisat2-Stringtie-DESeq2复现Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with ...

目录整体流程标准流程：比对-转录本组装-转录本合并-定量-分析快速流程：比对-定量-分析多看手册详细步骤分析前准备工作新建工作目录对RNA-seq结果进行QC下载基因组生成索引文件偷懒神器-python

linuxonly801·2023-02-01 17:37

复现Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown文章代码

文章目录前言一、安装R和Rstudio和相应的包二、文章复现0.前期准备：下载文章中的数据1.把所有的测序数据map到referencegenome。2.将SAM文件转换成BAM文件3.组装transcripts4.把所有样品的transcriptsmerge到一起5.optional-使用gffcompare检查transcripts与参考基因组比对情况6.估算transcript的abunda