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aspera
对转录组测序数据进行分析以及注释
杨文国,孙勤红,三位老师的文献对测序数据进行分析以及GO注释,旨在学习测序数据分析的方法以及GO注释的方法数据来源于NCBI上的SRA数据库SRR0637841.原始测序数据下载与质控#下载数据~/.
aspera
孤独巡礼_435a
·
2020-04-07 00:06
在Mac上使用
Aspera
的完整步骤
写在前面的话:在经过以下这些步骤之后,我又发现了用图形界面使用
Aspera
的办法,简单易懂。
桁_COLA
·
2020-03-24 14:32
Aspera
工具安装与使用
在进行高通量分析的过程中,经常需要从NCBI或EBI下载动辄几十G的高通量数据,这东西,就算是神如迅雷,也是应付不了了,这个时候,为了加快传输速度,我们需要使用
Aspera
来高速传输了。
yangmqglobe
·
2020-03-20 09:54
ascp咋啦?如何从NCBI上下载sra数据?
前言今天(3.12日),想在NCBI上下载lncRNA数据,突然发现软件
Aspera
的ascp(报错:ascp:FailedtoopenTCPconnectionforSSH,exiting)下载不了。
风槿如画_7847
·
2020-03-14 12:03
Aspera
的安装与使用 ---配合prefetch下载SRA数据
更新:使用方式:个人直接使用一下命令进行下载#还有个改进方式是制定文件下载的位置,否则默认在~/ncbi文件夹里面prefetch--ascp-path"/home/HWP/.
aspera
/connect
宁静的胡杨
·
2020-03-11 18:06
下载sra数据
尽量不要用wget或curl下载,速度慢,且有时下载不完全注意:
Aspera
>Sratools>ftp下载sra数据可以用Asper
记号晴系
·
2020-03-10 00:46
prefetch 使用
prefetch--option-fileSRR_Acc_List.txtsra数据会下载到家目录下的ncbi/public/sra中,perfetch默认
aspera
下载(如果存在于环境变量,否则使用
YX_Andrew
·
2020-03-06 14:17
RNA-seq无比对直接定量(Kallisto - sleuth流程)
用
Aspera
下载原始数据:#-l设置大些速度更快,默认大概10M;-k1设置断点续传-T不加密for((i=83;i<=99;i++));doascp
宇天_ngs
·
2020-02-17 07:28
一、常用软件安装
一、下载神器AsperaConnect下载wgethttp://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/
aspera
-connect-3.7.4.147727
A_rrow
·
2020-02-14 13:32
生信技能树团队推出-
aspera
下载fastq数据终极工具
生信技能树团队推出-
aspera
下载fastq数据终极工具现在把这个技巧分享给大家,让我们的讲师助教团队总结了经验如下:国内从NCBI下载高通测序数据时候,由于数据量比较大,下载速度是个瓶颈,高速下载软件
天涯清水
·
2020-02-11 20:15
使用
aspera
下载.fastq.gz和.sra数据
asperaSRA数据库:SequenceReadArchive:隶属NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation),它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据(metadata)的数据库,所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此,方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的。ENA数据库:Europe
Chipcui
·
2020-02-02 18:11
2020-01-17 【转录组】一、下载SRA、安装并使用fasterq-dump(SRA to fastq)
下载sra,最新版prefetch已不支持
aspera
,原因是ncbi数据存储已改成云模式,ascp并不支持,速度没优势prefetch--option-file~/data/mmussr.txt-O~
my_derek
·
2020-01-27 23:15
生物信息-测序数据的获取、 格式转换和质控
一,下载软件
Aspera
简介:
Aspera
是一款高速传输软件,不受文件大小,网络条件等影响,速度比HTP和FTTP协议快数百倍。Windows和Linux系统均可下载使用。
Lillian李李安
·
2019-12-30 12:55
ChIP-seq详细分析流程
:数据存放地址关于环境配置和软件安装请参考我之前的RNA-seq分析流程-------------------------------------------1软件安装及环境配置2sra数据下载(采取
aspera
Y大宽
·
2019-12-13 18:37
测序数据的获取、格式转换和质控
1.获取测序数据
Aspera
软件以最快速度传输全球数据,不受文件大小、传输距离或网络条件的影响。
李则果
·
2019-12-08 12:44
NCBI下载SRA数据
NCBI有
Aspera
接口,速度很快。安装AsperaConnect后,prefetch优先使用ascp方式下载。
砖头机的灵感
·
2019-11-03 11:00
aspera
使用(简版)
系统:ubuntu18.0环境:miniconda3软件安装:condainstall-chccaspera-cli下载数据:通过SSH连接:ascp-v-k1-T-l200m-i~/miniconda3/etc/
[email protected]
:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra
mitoheng
·
2019-08-02 15:32
上传测序数据到NCBI的SRA数据库
参考链接1
aspera
的使用1.注册NCBI账户2.https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/选择SRA.3.新建提交。需要经过多个表格填写。
wo_monic
·
2019-07-21 11:32
虚拟机安装的ubuntu18.04开机提示线缆已拔除解决办法
问题每天晚上用VMware15安装的ubuntu18.04用
aspera
下载数据,等到第二天早上发现竟然断网,查看网络设置,显示线缆已拔除解决办法参考Wirelesslink的第二部分具体操作:1.打开主机打开网络和共享中心
不玩手机的蛇佬腔
·
2019-06-11 20:57
Aspera
下载SRA文件
Aspera
用法如下:Usage:ascp[参数]目标文件保存路径一、
Aspera
下载一个SRA文件Step1:建立Seqs文件夹保存下载序列mkdir~/SeqsStep2:下载SRA文件到Seqs文件夹
晓明_再出发
·
2019-04-28 12:08
NCBI NR文件下载和批量md5检验
【1】
Aspera
下载NCBI数据单个文件下载命令:ascp-i"C:\Users\Administrator\AppData\Local\Programs\
Aspera
\AsperaConnect\etc
nmkiby
·
2019-03-29 20:20
培训中常见报错整理_生信技能树_Amy Cui
xshell更新提示
aspera
安装
aspera
安装后,prefetch下载速度会很快,就像你冲了会员一样的快~安装方法见:这里image.png这个报错很常见,原因是还没添加环境变量的command,
Amy_Cui
·
2019-03-16 16:44
1.14 RNA-seq 之质控还没完成篇
很难过)miniconda已经安装加速下载先装个:asper#下载wget-chttps://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.8.1/ibm-
aspera
-connect
dandanwu90
·
2019-01-14 19:16
基因组数据的重测序分析
1.需要的软件软件名:
Aspera
版本号:3.6.2.117442软件名:sratoolkit版本号:2.9.2软件名:FastQC版本号:
lizg
·
2019-01-03 11:36
tophat2+cufflinks转录组测序实例(1)-数据准备
本次实验需要的软件有
Aspera
,SRA-toolki,tophat2,cufflinks,fastqc,Trimmomatic。
邱俊辉
·
2018-12-25 23:29
用
Aspera
软件下载SRR数据
SRA数据库SRA(SequenceReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据,包括454,Illumina,SOLiD,IonTorrent,Helicos等,SRA数据可以分为Studies,Experiments,Samples,Runs四类。SRA数据库中用不同的前缀加以区分四类数据:ERP或SRP表示Studies数据,SRS表示Samples数据,SRX表示Experi
琦_0c2a
·
2018-12-21 20:34
熊出没·变形记动画渲染蓝海创意云再次助力
由于影片制作需求,《熊出没·变形记》每天都有大量镜头需渲染,对于上传和下载速度都有超高要求,蓝海创意云渲染农场专门提供了
Aspera
高速传输工具等,保证数据传输的及时性和稳定性。
vsochina
·
2018-02-23 17:58
使用GEOquery下载GEO数据
最近需要下载一大批GEO上的数据,问题是我要下载的Methylation数据根本就没有sra文件,换言之不能使用
Aspera
之类的数据进行下载。
joshua_hit
·
2017-02-26 11:12
r语言
计算生物
GEOquery
计算生物
ASPERA
的配置安装
专线太贵,所以找到了自家代言的商业加速软件
aspera
速铂。【前提】:1、linux环境,2、你的服务器可以ssh。3、你的服务器有图形界面。【部署】:1、建立用户及
Aspera
传输目录:??
晶lucky
·
2016-07-27 10:27
服务器
aspera
在路上
瑞云大事件
时间轴:2015年12月29日大事件:瑞云科技获得IBM认证,取得
Aspera
软件中国第一家代理权“互联网+”时代的到来,推动互联网、云计算、大数据等与传统产业深度融合,人们对大数据文件传输、共享的需求空前膨胀
Renderbus
·
2016-04-06 09:00
FTP 需要10小时,IBM
Aspera
只需8.4秒!
Aspera
是什么呢?它是IBM专属的用于数据高速传输的工具。其创新一代的传输技术(fasp),能不受文件大小、形态、传输距离、网络条件限制,以最高效的速度来协助用户迁移各地的数据。
哲想软件
·
2016-03-17 00:00
aspera
connect使用的问题
hadoop@Mcnode1:~/.
aspera
/connect/etc$ascp-i~/.
aspera
/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh-k1-T-l200manonftp
bob601450868
·
2016-01-20 21:00
ascp
用
Aspera
connect从NCBI上下载SRA格式数据
用Asperaconnect从NCBI上下载SRA格式数据:一.window1.下载地址:http://downloads.asperasoft.com/connect2/2.安装很简单,略3.下载:数据下载地址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/faspftp/1000genomes/其他地址:http://www.1000genomes.org/aspe
bob601450868
·
2016-01-13 22:00
基因
使用速铂
Aspera
下载NGS数据
使用速铂
Aspera
下载NGS数据参考:http://boyun.sh.cn/bio/?p=1933
bob601450868
·
2016-01-13 17:00
基因
NCBI SRA数据预处理
1.通过http方式,2.通过ftp方式,3.通过
Aspera
Aspera
可以在NCBI网站上下载。
·
2015-11-12 10:39
数据
关于
Aspera
1、Asperatookadifferentapproach:solvingtheproblembyeliminatingtheunderlyingbottleneckaltogether.Thisallowedustocreateabreakthroughtransporttechnologythatcanfullyutilizetheavailablenetworkbandwidth,tran
can_do
·
2015-09-25 21:00
tcp
UDP
Aspera
下一个开源项目Kamike.fast的框架已经搭好,是采用UDP进行完整的大文件传输。
之前在项目里面一直用
aspera
的软件,
aspera
也就是速珀,作为一个软件,最近刚拿了艾美奖。但是拿奖之后,出名了,就被IBM收购了。
Brin想写程序
·
2014-02-07 20:00
IBM
开源项目
UDP
文件传输
艾美奖
Aspera
速珀
长距离通信
大文件传输
速铂
使用
aspera
从NCBI下载大数据
使用
aspera
从NCBI下载大数据ascp-hUsage:ascp[OPTION]SRC...DEST SRCtoDEST,ormultipleSRCtoDESTdir SRC,DESTformat
以致宏大,以致高远
·
2013-05-17 10:00
使用
Aspera
从EBI或NCBI下载基因组数据modified
www.plob.org/2012/07/31/3013.html做基因组数据分析,可能经常从NCBI的GEO/SRA或者EBI的ENA数据库下载高通量的数据,动辄几十G的数据用wget下载实在太纠结,这时就要用到神器-
Aspera
likelet
·
2012-11-26 16:00
关于数据传输几个知识
目前已有的技术产品包括 1、
Aspera
公司的专利技术FASP,这个技术包括Amazon在内很多公司都在使用,但需要按照流量付费。
xiaohlang
·
2011-03-03 15:00
算法
.net
网络应用
网络协议
防火墙
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