Aspera

[Other]-安装ruby、ascli、ascp

ascp是Aspera的核
ifanatic·2024-08-29 20:19

DU6：记录下载sra数据的几种方法

一、从NCBI获取SRA编号获取SRA编号SraAccList.txt二、用不同方法进行下载1、aspera下载#安装wgethttp://download.asperasoft.com/download
纳灰灰·2024-01-25 09:17

学校服务器hpc东南大学，下载国家基因组科技中心数据 gsa-human ascp chatpt建议 Linux系统中写代码

下面是示例ascp-v-QT-l300m-P33001-k1-i~/.aspera/connect/etc/aspera[email protected]
生信小博士·2024-01-22 09:24

2021-02-14 ascp下载ENA数据库文件

1aspera下载下载地址：https://www.ibm.com/aspera/connect/选择linux版本或者直接通过命令行下载#通过wget命令下载wgethttps://d
diyidaoguang·2024-01-18 20:25

企业Aspera替代方案有哪些推荐

Aspera是一款高性能、低延迟的数据传输工具，但是它并不是万能的，随着数据量的不断增大，也有一些企业需要寻找Aspera的替代方案。
镭速·2024-01-08 04:24

Aspera安装与数据高速下载

一、Aspera下载与安装1、根据电脑版本下载对应asperaconnectserver，下载地址：http://downloads.asperasoft.com/en/downloads/42、安装wget-chttps
许我少年·2023-12-31 02:15

2020-09-29 TOOLs:高通量测序数据下载之aspera和SRA Toolkit

从EBI数据库直接获取到aspera的下载代码，复制到本地服务器，可
__一蓑烟雨__·2023-12-22 10:07

aspera传输方案怎么样，需要选择aspera替代方案吗

Aspera传输方案是一种高速、可靠的文件传输解决方案，适用于需要大规模传输大文件或数据集的企业和组织。
镭速·2023-12-01 01:27

Tools:aspera上传数据到SRA数据库

1.先注册NCBI账户,然后访问https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/，创建新的提交image.png按照步骤，一步步填写内容，第5和6步骤比较费时间，需要下载模板excel按照要求填写。注意：第6步，文件名，测序是R1和R2这种，把R1和R2放在同一行，最后面一栏filename，filename2分别填写R1和R2的完整文件名。上传数据到数据库。选择
wo_monic·2023-11-30 22:17

2022-07-01 aspera安装与使用

1.下载wgethttp://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.6.2/aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64
Zheng_xy·2023-11-19 09:57

Per aspera ad astra坎坷之路，终抵群星

静态稳定的时代已经过去了，我们不是从这个静态换到另一种静态，而是去获得新的动态稳定，就像骑自行车，想通过蹬慢一些或停下来没法保持稳定，唯一能做的是不停地向前，一旦骑起来了会发现就简单了。心理学界提出存在成长型思维（growthmindset）和固定型思维（fixedmindset），这二者之间最大的区别就是对待失败和挑战的态度。前者将失败视作机会，从中成长，后者为避免可能的失败而不踏出安全区一步；
陌上三郎·2023-11-06 05:59

使用aspera下载组学数据

Aspera是一种高速数据传输技术，其工作原理可以简单地描述为：将文件分割成多个小块，同时在网络上建立多个连接，利用多线程并发传输每个小块，然后在接收端重新组合成完整的文件。
子诚之·2023-10-31 10:26

SRA数据下载（通过EBI-ENA数据库，使用ASpera）

SRA数据下载（通过EBI-ENA数据库，使用ASpera）这是本人的第一篇文章，欢迎浏览提问，我会在最快时间内答复，谢谢大家。本文主要是针对新手下载SRA数据过程，我本人已亲自实践有效。
彼岸花128·2023-10-08 08:59

NCBI下载nt/nr/swissprot库

进行下载方法一：使用wget，nohupwgethttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz2>&1&方法二：使用ascp，nohup/path/.aspera
彼岸花128·2023-10-08 08:59

使用Aspera下载NCBI和ENA数据库中的数据

使用Aspera下载NCBI和ENA数据库中的数据NCBI数据库储存的常用数据有：Nt库，Nr库，Swissprot库，以及物种的基因组数据（Genome数据库）等。
彼岸花128·2023-10-08 08:29

Aspera 上传基因组数据到NCBI

完成基因组后，需上传数据，比如到NCBI，这一步可以选择Aspera进行操作上传基因组或者原始数据一般流程如下1、注册NCBI账号https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account
斩毛毛·2023-09-27 18:48

2018-12-18

利用Aspera下载Sra文件Aspera的下载wgethttps://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.6.2/aspera-connect-
8e493059363d·2023-09-18 07:40

2020-09-29 使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据

www.plob.org/article/3013.html做基因组数据分析，可能经常从NCBI的GEO/SRA或者EBI的ENA数据库下载高通量的数据，动辄几十G的数据用wget下载实在太纠结，这时就要用到神器-Aspera
__一蓑烟雨__·2023-09-10 14:41

生物信息学分析实用小技巧 ：蛋白质可视化

PyMOL可视化蛋白质写在前面的上次推文介绍了如何用多种方法批量快速下载高通量测序数据，主要介绍了Aspera的用法和axel用法。
宇宙实验媛·2023-08-22 06:02

Aspera替代方案：探索这些安全且可靠的文件传输工具

近年来，一些新兴的文件传输工具受到了人们的关注，其中除了知名的Aspera之外，还有许多可靠安全的替代工具。在探讨Aspera替代方案之前，我们先来认识一下Aspera的优势和不足。
镭速·2023-08-16 18:05

GEO数据高速下载工具ascp的安装及使用

ascp/aspera对于生信中较大数据的下载上传是非常快速的，谁用谁知道！像NCBI(GEO/sra)就是在用，总之两个字：真香！。今天来教大家如何安装ascp以及如何利用ascp从GEO下载数据。
沉迷工作的我·2023-06-21 03:09

Windows安装Aspera和sratoolkit

于是考虑使用传说中的传输神器Aspera1安装Aspera1.1安装谷歌访问助手插件1.2安装IBMAsperaconnect插件在谷歌应用商店，安装IBMAsperaconnect插件，安装完成后，进入
佳名·2023-05-06 09:48

prefetch错误https

如果安装了aspera，prefetch会自动调用。
Y大宽·2023-04-21 02:29

Ubuntu安装Aspera和使用

1.安装Asperaconnect1.1下载：wgethttps://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.9/ibm-aspera-connect
佳名·2023-04-20 12:25

Windows上使用Aspera

下载网址：https://downloads.asperasoft.com/connect2/上面这个亲测可用（也是官网）至于百度搜索出来的官网下载的地方卡住了还有记得选择asperaconnect（官网上选择很多乱花渐欲迷人眼）然后用Chrome浏览器遵行网站提示的步骤1、安装插件（Chrome）这一步需要开VPN如果没有的小伙伴可以去app63.com这个网址下载稳定可用2、下载客户端3、安装
桁_COLA·2023-04-17 17:44

2020-06-24 prefetch 调用 aspera 下载SRA数据踩坑

因为距离我上一次使用prefetch和aspera下载数据已经有大半年，于是我先把服务器上的prefetch和aspera全部更新到了最新版condainstallsra-tools=2.10.7condainstall-chccaspera-cli
红豆生南瓜asd·2023-04-14 17:54

2020-06-18 aspera 下载 SRA数据，非常简单！！！

Aspera安装安装asperahttps://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?
热爱大自然的小和尚·2023-04-14 09:58

aspera下载SRA数据感想

微信发给曾老师，提示需要用aspera来下载。搜了下面的两个帖子，学员分享-aspera踩坑记录https://cloud.tencent.com/developer/ar
天生励志牛·2023-04-13 01:57

mac下如何使用ENA File Downloader与Aspera下载相关文件

EMBL-EBI数据下载本人的电脑系统为Macos12准备工作ENAFileDownloader软件下载ENAFileDownloader[https://github.com/enasequence/ena-ftp-downloader]，由于电脑系统为Macos,因此就需要下载jar格式的软件，同时也可以下载完整ena-file-downloader-v1.2.2-with-runtime.z
我的大宝剑·2023-04-10 19:47

2021-01-06利用Aspera从ENA上下载SNP数据

1.Linux服务器安装AsperaNote:如果服务器无法用其中一个版本的Aspera，建议更换Aspera的版本。
bcl_hx·2023-04-10 18:56

在Mac 和windows上用 Aspera Connect下载NCBI Sra数据

做生信分析在NCBI上下数据是第一步，不一定非要用linux下，装好sratools和AsperaConnect和都没问题。在这里NCBISRAToolkit找属于你版本的sratools吧。在这里AsperaConnect找属于你版本的的ascp客户端如果下载太慢，可以私信我，我给你网盘链接。用sratools的prefetch命令是最快的。基本用法都是需要告诉prefetch，ascp的程序在
Ray钱·2023-04-09 22:15

学生信的那些事儿之十二 - RNAseq 分析流程之用aspera工具下载SRA数据

在Linux系统下安装了conda，配置了镜像，创建了分析环境，并且在环境下下载了常用的分析软件，那么接下来做什么呢？锅碗瓢盆、油盐酱醋都已准备妥当，准备开火煮饭却发现没有米！生信分析的米是啥，是数据，数据从哪里来？一种途径是可以把样本送到测序公司，然后测序公司交付数据，比如说你给我样本（和钱），我交付数据，这是一手的“资料”。另一个途径就是用别人的，而且不用花钱，真的就有这么好的事儿。NCBI是
李白爱吃橙子·2023-04-09 15:26

aspera下载

单个文件下载：ascp-i/home/shen/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh-k1-T-l100manonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov
苏牧传媒·2023-04-05 01:42

Aspera

据说是在去年，prefetch（这个是SRA-Toolkits里面的插件）已经不能和aspera联用了。所以就直接下载Aspera就好。
felixhell·2023-03-28 05:08

禾谷镰刀菌转录组分析--准备数据

1、准备数据：测序数据和参考基因组测序数据：NCBI中SRA数据库，Accession:PRJNA522013ASPERA，类似下载加速器，要安装在个人目录才能使用wgethttp://download.asperasoft.com
马连洼小法师·2023-03-25 21:07

Mac上使用Aspera（图形界面版）

1.下载Asperahttps://downloads.asperasoft.com/connect2/上面这个亲测可用（也是官网），至于百度搜索出来的官网，下载的地方卡住了，还有记得选择asperaconnect（官网上选择很多乱花渐欲迷人眼）2.去官网下载数据（记得使用Chrome浏览器）https://www.ncbi.nlm.nih.gov/点击Download-Asperaftp://f
桁_COLA·2023-03-21 03:35

生信-单细胞分析 | scATAC分析踩坑记录

No.1数据下载众所周知，公共数据的下载一般主要有GEO和ENA两个大的数据库，且由于ENA支持（或者说更便于）Aspera（特点：下载速度非常快，通常能达到百M/s），于是一般情况下，利用ENA的Aspera
不想透明的小透明·2023-03-12 15:59

Aspera——数据下载必备神器

Hello!Hello!小伙伴们大家好,我是豆豆,好长时间没有和大家见面了。最近小编在做数据挖掘分析的项目,需要从EMBI、NCB、GeneCards等国外数据库中下载物种的参考基因组文件,转录组数据,注释信息等文件。但是这些数据库毕竟在国外,无论在服务器上用命令还是用浏览器下载,下载速度都是龟速，如下图所示。这样的速度小编实在不能忍受，小编在查找自己的以前的项目笔记时，发现了一款数据高速下载神器
xw_欢乐豆·2023-03-10 19:44

Mac下用aspera上传重测序数据遇到的坑

1.没有此目录解决办法：添加环境变量2.stringnotinpwd找了很久，这样可以解决：/Users/apple/Applications/Aspera\Connect.app/Contents/Resources
是鸣·2023-03-09 04:19

下载NCBI SRA数据的最佳方法

常见的下载方法：aspera工具下载wget,curl命令直接下载NCBI官方的SRAToolkit进行下载很多教程建议使用aspera来实现高速下载，但是很多时候折腾配置了很久，结果下载并不稳定或者由于端口或者网络代理等原因没有能成功下载
亮亮就是亮·2023-02-17 05:01

用conda下载sratoolkit（sra-tools）

但是安装最新版本的sratoolkit也有隐患，例如好像不支持aspera工具的使用……但我只需要下载个数
一只红天蛾·2022-12-28 22:01

单细胞测序数据分析（1）—数据下载

SRR7722937SRR7722938SRR7722939SRR7722940SRR7722941SRR7722942第二个患者：SRR7692286SRR7692287SRR7692288SRR7692289下载的方式，有两种，第一种，采用ASPERA
leo12354·2022-12-07 04:57

基因组重测序全流程(简易版)

1.需要的软件•软件名：Aspera版本号：4.0.2.38•软件名：sratoolkit版本号：2.11.1•软件名：FastQC版本号：0.11.7•软件名：Trimmomatic版本号：0.38•
你真的不能替我学吗·2022-11-30 01:02

使用Aspera，wget和 prefetch下载SRA数据

下载Accessionlist进入NCBI——进入SRA数据库——输入物种拉丁名——选择Sendto中的RunSelector——Goimage.png点击Accessionlist即可下载，用于后续下载原始数据的输入文件image.pngAspera下载参考安装AsperaConnect工具下载sra数据-(jianshu.com)[gaozhh01@login~]$cdbiosoft/wget
17号小行星·2022-07-30 10:53

TOOLs:高通量测序数据下载之aspera和SRA Toolkit

高通量数据库的数据，下载方法有三种：常规下载(wget,迅雷、IDM)asperaSRAToolkit的prefetchwget下载数据速度很慢，比较容易断。wget-c下载地址保持断点下载ENA数据下载方法汇总https://ena-docs.readthedocs.io/en/latest/retrieval/file-download.html#using-wget下载数据库优先选择快速下载
wo_monic·2022-02-24 16:09

aspera: 如何快速下载测序原始数据(raw data)

作者：木同、毛毛更多精彩内容请微-信搜索“生信学社”公·众·号，点击关·注。回复“ngs201207”，获取该文所用到的文件、代码、高清图片等内容。如何快速学会芯片或高通量分析的流程呢？实践！拿一套原始数据，从头开始认真的学习一遍。从原始数据出发，一步步探索，由浅入深，由表及里是非常有必要的。这样不仅能在学习的过程中掌握较多的生信知识，还可以深入理解测序数据分析并对此有一个全面的认识。对于处在金字
生信学社·2022-02-20 13:34

分析流程

sra文件使用软件：AsperaAspera用法：ascp[参数]目标文件保存路径步骤:1、建立Seq文件夹（在home目录下）mkdir~/Seq2、下载ascp-T-i/home/raewyn/.aspera
古月福_·2022-02-16 23:34

生物信息神奇网站系列（九）：批量下载序列

在《手把手教你生信分析平台搭建专栏》中，我们介绍过利用Aspera快速下载生物数据，例如下载某个物种基因组数据。
基因学苑·2022-02-16 05:30

RNA-seq分析实战

一、软件安装准备1.原始数据下载软件Aspera2.解压文件SRA-toolkit3.比对软件hisat24.基因表达量软件htseq-count(这是一个Python包，需要在Python2的环境下下载
Akuooo·2022-02-14 14:21

使用Aspera高速下载ENA/SRA测序数据

批量下载EBI数据1、获取ascp下载地址EBI网站首页输入检索号，分别选择显示条目samplename和FASTQfiles(Aspera)，点击TEXT进行下载，生成文件:sample_alias.txt
husy_·2022-02-07 13:21
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