complexheatmap

R可视化之ComplexHeatmap【四】：热图小方格个性化修饰、提取亚集及热图信息

特别声明：本部分（系列）内容均来自顾祖光博士对ComplexHeatmap的介绍，仅为学习交流，尊重原创。
Bio_Infor·2024-09-09 11:19

ggplot的热图玩法

背景画热图的体系用的比较多的是pheatmap和ComplexHeatmap这两个包，前者胜在代码简单，功能强大，而后者胜在细节无穷无尽，只有你想不到，没有它做不到。
小洁忘了怎么分身·2024-01-29 04:48

ComplexHeatmap复杂热图绘制学习——4.热图列表

热图列表ComplexHeatmap包的主要特点是它可以水平或垂直连接热图和注释列表，我们可以将各种信息来源进行可视化关联。
denghb001·2024-01-23 22:28

单细胞基因可视化之热图的根本改造2

那么要对热图进行根本的改造，关键点在于提取表达矩阵，然后对分组进行注释，就可以使用heatmap或者ComplexHeatmap来做图了。首先计算marker基因，然后选择自己需要展示的基因。
KS科研分享与服务·2024-01-11 22:36

2019-07-09 ComplexHeatmap包绘制OncoPrint和UpSet图

选自ComplexHeatmap完全指南https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/作者是鼎鼎大名的ZuguangGu，最后修订于2019
iColors·2023-12-19 03:08

学习ComplexHeatmap复杂热图

iMeta|复杂热图(ComplexHeatmap)可视化文章最新版，画热图就引它_生信宝典的博客-CSDN博客作者贡献顾祖光：研究课题的提出和设计，软件编写，可视化，数据分析，论文编写，修订和审阅。
hx2024·2023-11-26 12:24

Complex Heatmap--Fix the rowname undisplay problem

Fixtherownameundisplayproblemhttps://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/a-list-of-heatmaps.html
为了梦走一遭·2023-11-05 21:10

Complexheatmap::pheatmap绘图字体设置

ComplexHeatmap是一个很好用的绘制热图的R包。这篇文章主要介绍Complexheatmap::pheatmap绘图字体设置。在原函数中没有设置字体的参数。
myshu·2023-11-05 11:09

ComplexHeatmap热图专栏 | 1.1 基础热图绘制

我们前提也推出好几个绘制热图的教程，如ComplexHeatmap绘制Pathway热图、
小杜的生信筆記·2023-10-12 15:59

1.1 基础热图绘制

我们前提也推出好几个绘制热图的教程，如ComplexHeatmap绘制Pathway热图、
小杜的生信筆記·2023-10-12 15:59

2020-06-04 EnrichedHeatmap可视化表观遗传学数据

与ComplexHeatmap包开发者为同一人，都是顾大神的杰作。将原文摘录如下：此图展现的是来自Roadmap数据集的表观遗传信号的整体关联。
iColors·2023-10-03 10:51

ComplexHeatmap复杂热图绘制学习——8.upsetplot

在这里，我们使用ComplexHeatmap包重新实现了UpSet图，并进行了一些改进。
denghb001·2023-09-29 22:16

ComplexHeatmap复杂热图绘制学习——9.其它软件包

与其他软件包集成9.1pheatmap热图pheatmap用于制作热图是一个很不错的R包，启发了许多其他热图包，例如ComplexHeatmap。
denghb001·2023-09-08 16:21

R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(四)图例

R数据可视化——聚类热图ComplexHeatmap(四)图例前言忘了说了，直接使用install.packages("ComplexHeatmap")安装的版本比较老旧，有些功能不支持。
名本无名·2023-09-03 15:26

R-devtools无法安装binmapr包

-Bioinfarmer-博客园(cnblogs.com)安装历史版本的R包-(jianshu.com)总结版：无ComplexHeatmap包又提示无GetoptLong包无rjson包(R版本过低，
Akuooo·2023-09-03 03:04

跟着 Cell 学作图 | 复杂热图(ComplexHeatmap)

heatmap_cell.jpg今天我们复现一幅2020年发表在Cell上的热图。DOI:10.1016/j.cell.2020.07.00922读图Snipaste_2022-04-21_09-49-27.png将不同样本的基因表达情况用热图展示并将倍数变化条形图展示在右侧，除此之外我们还可以把P值映射在条形图的颜色上，因为没有下载到原始数据我们将会用示例数据进行教学。示例数据和代码领取详见：h
木舟笔记·2023-09-01 02:20

ggplot做回归、折线图并添加置信区间

还是之前的《cell》文章，往期如下：1、复现《Cell》图表：柱状图|添加分组注释|legend设置2、复现《Cell》图表：双侧柱状图及坐标轴设置|ComplexHeatmap图例设置3、复现《Cell
KS科研分享与服务·2023-08-29 01:10

热图4：ComplexHeatmap画复杂热图行列注释

想要获取更多精彩内容，请前往我的公众号image.png之前我们交替介绍了pheatmap和ComplexHeatmap的热图画法，ComplexHeatmap其实是pheatmap的升级版，包含其大多数功能
KS科研分享与服务·2023-08-28 07:21

ComplexHeatmap复杂热图绘制学习——6.热图装饰

热图装饰在制作热图后，每个热图组件的绘图区域仍然保留，因此如何回到原始位置进而添加更多图形呢？看如下示例。首先生成一个几乎包含所有类型的热图组件的图。list_components()列出热图/注释组件的名称（或视口的名称）。set.seed(123)mat=matrix(rnorm(80,2),8,10)mat=rbind(mat,matrix(rnorm(40,-2),4,10))rownam
denghb001·2023-08-21 22:53

ComplexHeatmap复杂热图绘制学习——11.例子

更多示例参考链接1.为基因表达矩阵添加更多信息热图非常流行用于可视化基因表达矩阵。矩阵中的行对应于基因，在表达热图之后可以添加关于这些基因的更多信息。在下面的例子中，热图可视化了基因的相对表达（每个基因的表达被缩放）。在右侧，我们将基因的绝对表达水平作为单列热图。基因长度和基因类型（即蛋白质编码或lincRNA）也作为热图注释或热图。在热图的最左侧，绘制了彩色矩形anno_block()以识别k均
denghb001·2023-08-21 06:13

R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(二)注释

ComplexHeatmap提供了灵活的热图注释功能，可以在热图主体的上、下、左、右四个方向上添加注释，且支持自定义注释图形。
名本无名·2023-08-19 14:17

复现Cell图表：双侧柱状图展示上下调GO富集结果

复现《cell》图表往期内容：1、复现《Cell》图表：柱状图|添加分组注释|legend设置2、复现《Cell》图表：双侧柱状图及坐标轴设置|ComplexHeatmap图例设置3、复现《Cell》图表
KS科研分享与服务·2023-08-08 09:54

R语言: 从pheatmap无缝迁移至ComplexHeatmap

ComplexHeatmap包即是受之启发而来。你可以发现Heatmap()函数中很多参数都与pheatmap()相同。
wanghaihua888·2023-08-06 08:07

ComplexHeatmap复杂热图绘制学习——7.OncoPrint

这里的ComplexHeatmap包提供了一个制作oncoPrints的函数oncoPrint()。
denghb001·2023-07-19 01:47

superheat | 超级简单的热图绘制解决方案！~（手把手教学~）（一）

之前一直使用的complexheatmap，还是比较好用的，但是最近发现了一个更简单的解决方案，superheat。详细介绍下这个包吧，大家用起来哦。
生信漫卷·2023-07-16 08:25

R中高效安装包，以ComplexHeatmap包为例

目录包安装问题解决方案前言1.install.packages()的介绍1.1install.packages()的工作原理1.2install.packages()安装失败的原因1.3解决方案2.BiocManage安装ComplexHeatmap
Bio大恐龙·2023-07-15 02:24

使用ComplexHeatmap绘制复杂热图|Note2:单个热图(万字超详细教程）

complexheat_2.jpg2.单个热图2.1颜色2.2标题2.3聚类2.3.1距离方法2.3.2聚类方法2.3.3渲染树状图2.3.4重排树状图2.4设置行列顺序2.5维度名称2.6热图分割2.6.1用k-means聚类分割2.6.2通过分类变量分割2.6.3根据树状图分割2.6.4切片顺序2.6.5切片标题2.6.6分割图形参数2.6.7切片间隙2.6.8分割热图注释2.7自定义热图主体
木舟笔记·2023-07-14 09:15

R语言- ComplexHeatmap 绘制复杂热图示例

绘制复杂热图最好用的是ComplexHeatmap包，，它提供了灵活、高效、易于定制的方法来绘制多种类型的热图，并支持多种数据类型和数据格式，可以处理大型数据集，并在短时间内生成高质量
倪桦·2023-06-14 14:17

ComplexHeatmap复杂热图绘制学习——10.其它高级图

其它高级图参考链接1.密度热图我们通常使用箱线图或小提琴图可视化矩阵或列表中的数据，。我们还可以使用颜色来映射密度值并通过热图可视化分布。如果您有大量数据要可视化，这将非常有用。在以下示例中，我们使用矩阵作为输入数据，其中密度按列计算。输入数据也可以是一个列表。set.seed(123)m=cbind(matrix(rnorm(10*100),ncol=10),matrix(runif(10*10
denghb001·2023-06-12 22:03

复现《Cell》图表：双侧柱状图及坐标轴设置|ComplexHeatmap图例设置

更多精彩内容可关注我的公众号《KS科研分享与服务》！！！image.png（Reference:Proteogenomiccharacterizationofpancreaticductaladenocarcinoma)还是复现《cell》文章的图标，是一个对于临床特征的展示，图形是柱状图结合分组注释，图的内容比较丰富，还是比较复杂的。不知道原文作者是如何做的，这里我是结合ggplot2做柱状图，
KS科研分享与服务·2023-06-08 15:58

R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(五)oncoprint

ComplexHeatmap包提供了oncoPrint()函数来绘制这种类型的图。
名本无名·2023-06-07 19:13

使用cellchat进行细胞间通讯分析

可能是1.YoumightneedtomanuallyintallthedependenciesComplexHeatmapusingdevtools::install_github("jokergoo/ComplexHeatmap
Seurat_·2023-04-12 12:55

使用ComplexHeatmap绘制复杂热图|Note1:简介

ComplexHeatmap包提供了一种高度灵活的方式来安排多个热图，并支持自定义的注释图形。所以，开个新坑，慢更ComplexHeatmap使用指南。如果觉得更新太慢可以直接看原教程，链接放文末。
木舟笔记·2023-04-02 18:09

ComplexHeatmap画基因突变热图(一)

数据格式如下：image.png若某个基因在某个样本中既有deletion又有mutation则以;分隔library(ComplexHeatmap)library(RColorBrewer)setwd
elaine0622·2023-03-30 03:39

Complexheatmap::pheatmap图cell尺寸设置

Complexheatmap中的Heatmap()函数，有一个width和height参数可
myshu·2023-03-22 12:37

R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(一)

受pheatmap包的启发，ComplexHeatmap提供了对热图更多更灵活的控制，如多数据热图的排列比较以及多种图形注释等。
名本无名·2023-03-19 17:32

基因组变异之绘制精美瀑布图（ComplexHeatmap）

桓峰基因公众号推出基于基因组变异数据生信分析教程并配有视频在线教程，目前整理出来的教程目录如下：DNA1.GermlineMutationVs.SomaticMutation傻傻分不清楚DNA2.SCI文章中基因组变异分析神器之maftoolsDNA3.SCI文章中基因组变异分析神器之maftoolsDNA4.SCI文章中基因组的突变信号（maftools）DNA5.基因组变异文件VCF格式详解D
桓峰基因·2023-03-15 16:51

热图7：ggplot2/ComplexHeatmap做离散型热图

此外，这篇文章的内容是补充之前的不足，因为没有涉及到离散型热图的做法，这里我们以一篇Cell文章为引子，展示下ggplot2/ComplexHeatmap做离散型热图，这样热图系列就完善了。
KS科研分享与服务·2023-03-14 22:17

一个轻量级绘制热图的R包-HeatmapR

目前R中绘制热图的方式有很多，常用的如pheatmap、ComplexHeatmap包等，这里再给大家介绍一个轻量级的R包-HeatmapR包，即无需过多的前期数据处理，可同时可视化含有离散型和连续性的矩阵
凯凯何_Boy·2023-03-13 23:46

complexheatmap，一个强大的画热图的包

，字体大小可改；可在最上面的位置加注释，左右下不可加注释，注释形式只能是颜色，文本和图形都不可以加；可以按行列加gap，便于看分组信息；可以在cell里显示数值大小，数值可以控制小数点位数）为什么要用complexheatmap
TheMoonAsaKite·2023-03-11 03:00

ComplexHeatmap相关性分析绘制热图

ComplexHeatmap制作热图。
像鸟一样飞过你的高山·2023-02-06 09:59

iMeta | 复杂热图(ComplexHeatmap)可视化文章最新版，画热图就引它

点击蓝字关注我们复杂热图可视化https://doi.org/10.1002/imt2.43PROTOCOL●2022年8月，德国癌症研究中心顾祖光在iMeta在线发表了题为“Complexheatmapvisualization”的方法类文章。●该研究系统性地介绍了ComplexHeatmapR包在复杂热图可视化方面的特性和功能。●第一/通讯作者：顾祖光([email protected])文章上线仅3个
生信宝典·2023-01-15 19:23

Rstudio--“ComplexHeatmap“超级热图绘制包的安装

1.需要3.5版本的Rstudiosource("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("ComplexHeatmap")2.基于github网站下载安装
zhangxci·2022-12-14 11:24

使用ComplexHeatmap绘制复杂热图|Note2:单个热图(万字超详细教程）

2.单个热图2.1颜色2.2标题2.3聚类2.3.1距离方法2.3.2聚类方法2.3.3渲染树状图2.3.4重排树状图2.4设置行列顺序2.5维度名称2.6热图分割2.6.1用k-means聚类分割2.6.2通过分类变量分割2.6.3根据树状图分割2.6.4切片顺序2.6.5切片标题2.6.6分割图形参数2.6.7切片间隙2.6.8分割热图注释2.7自定义热图主体2.7.1cell_fun2.7.
木舟笔记·2022-12-14 11:23

使用ComplexHeatmap绘制复杂热图|Note1:简介

ComplexHeatmap包提供了一种高度灵活的方式来安排多个热图，并支持自定义的注释图形。所以，开个新坑，慢更ComplexHeatmap使用指南。如果觉得更新太慢可以直接看原教程，链接放文末。
木舟笔记·2022-12-14 11:23

ComplexHeatmap绘制热图（一）

讲起热图，大家都会比较熟悉，绘制热图方式比较多，这里介绍的是ComplexHeatmap包绘制热图，首先配置数据，这里的自动生成一个10X10的矩阵data=matrix(rnorm(100),nrow
木之如水·2022-12-14 11:22

ComplexHeatmap包绘制热图（二）

前面我介绍了如何利用ComplexHeatmap包绘制简单的热图，现在我们绘制一个稍微复杂一些的热图首先还是配置数据data=matrix(rnorm(100),nrow=10)colnames(data
木之如水·2022-12-14 11:22

基因组变异之绘制精美瀑布图（ComplexHeatmap）

桓峰基因公众号推出基于基因组变异数据生信分析教程并配有视频在线教程，目前整理出来的教程目录如下：DNA1.GermlineMutationVs.SomaticMutation傻傻分不清楚DNA2.SCI文章中基因组变异分析神器之maftoolsDNA3.SCI文章中基因组变异分析神器之maftoolsDNA4.SCI文章中基因组的突变信号（maftools）DNA5.基因组变异文件VCF格式详解D
桓峰基因·2022-12-14 11:21

ComplexHeatmap学习笔记和总结

ComplexHeatmap学习笔记和总结声明：本文档是在学习ComplexHeatmap和测试例子过程中，相关方法的小结，方便回顾查看，快速实现数据可视化，理解错误之处，欢迎批评指正1.ComplexHeatmap
xuantianyixiao·2022-12-14 11:19

R语言：使用ComplexHeatmap包绘制热图

ComplexHeatmap包由顾祖光博士创建，用于绘制美观的热图，用颜色表示数据的聚合程度，相对美观。
钱钰·2022-12-14 11:49
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