complexheatmap

使用ComplexHeatmap绘制3D热图

起因ComplexHeatmap包有一个densityHeatmap()函数用来对一组分布进行可视化。
生信宝典·2022-12-14 11:18

ComplexHeatmap画复杂热图行列注释

之前我们交替介绍了pheatmap和ComplexHeatmap的热图画法，ComplexHeatmap其实是pheatmap的升级版，包含其大多数功能。
TS的美梦·2022-12-14 11:18

ComplexHeatmap |理解绘图逻辑绘制热图

作者：严涛浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源。之前热图三部曲介绍了使用ggplot2和pheatmp绘制热图R语言学习-热图绘制(heatmap)R语言学习-热图美化R语言学习-热图简化后来2017年最后学习1010个热图绘制方法简略介绍了10种热图绘制方式，CIRCOS增加热图、点图、线图和区块属性是另一种形式的热图。当然最简单的还是使用高颜值可定制在线
生信宝典·2022-12-14 11:48

ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！？

这里提供一种基于ComplexHeatmap的解决方案，大家往下看吧。
生信卷·2022-12-14 11:48

超详细的R语言热图之complexheatmap系列（1）

获取更多R语言和生信知识，请关注公众号：医学和生信笔记。公众号后台回复R语言，即可获得海量学习资料！目录第一章简介1.1设计理念1.2各章节速览第二章单个热图2.1颜色2.2行标题/列标题2.3聚类2.3.1距离计算方法2.3.2聚类方法2.3.3自定义聚类树颜色2.3.4重新排列聚类树2.4改变行/列顺序2.5Seriation包排序2.6行名/列名2.7热图分割2.7.1通过K-means方法
医学和生信笔记·2022-12-14 11:11

【R语言】——绘制环形热图 4（保姆级教程）

上一期“【R语言】——绘制按聚类结果分组的热图3”介绍了R语言pheatmap包绘制按聚类结果分组的热图，本期主要介绍使用ComplexHeatmap和circlize包绘制环形热图，环形热图可以将过长的热图变为环状
在打豆豆的小潘学长·2022-12-11 00:15

单细胞基因可视化之热图的根本改造2

那么要对热图进行根本的改造，关键点在于提取表达矩阵，然后对分组进行注释，就可以使用heatmap或者ComplexHeatmap来做图了。首先计算marker基因，然后选择自己需要展示的基因。
TS的美梦·2022-11-21 15:54

ComplexHeatmap复杂热图绘制学习——2.单个热图（二）

2.7热图分割ComplexHeatmap包的一个主要优点是它支持按行和列拆分热图以更好地对特征进行分组，便于突出显示各组的信息。
denghb001·2022-11-01 17:08

ComplexHeatmap复杂热图绘制学习——2.单个热图（一）

虽然ComplexHeatmap包的“亮点”在于它可以同时高效可视化一个热图列表，作为热图列表的基本单元，配置好单个热图是很重要的。
denghb001·2022-11-01 14:16

ComplexHeatmap复杂热图绘制学习——介绍

在绘制热图过程中，我们可以常用的R包有heatmap、pheatmap，如果想要对现有的热图进行更多的注解，并展示出更多信息，这个时候就需要R的高级热图绘制包---ComplexHeatmap，这个包可以有效地可视化不同数据集源之间的关联并揭示潜在模式
denghb001·2022-11-01 09:47

plot1cell：优雅的可视化你的单细胞数据

简介plot1cell包提供了多种单细胞数据可视化的高级功能，可以基于Seurat分析结果对象直接进行可视化绘图，主要依赖于SeuratV4，circlize，ComplexHeatmap和simplifyEnrichment
Davey1220·2022-10-31 08:59

R必备的包和书籍以及绘图进阶

(qq.com)《R数据可视化手册》，在线看英文原版：https://r-graphics.org/complexheatmap，看在线电子书：https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-refe
可能性之兽·2022-07-17 21:14

单细胞RunPCA()结果解读+DimHeatmap的用法

单细胞绘图系列：Seurat绘图函数总结使用ggplot2优化Seurat绘图scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot富集分析结果雷达图DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap
Hayley笔记·2022-07-01 10:28

不同单细胞群之间的相关性分析

单细胞绘图系列：Seurat绘图函数总结使用ggplot2优化Seurat绘图scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot富集分析结果雷达图DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap
Hayley笔记·2022-07-01 10:51

单细胞亚群差异基因火山图

单细胞绘图系列：Seurat绘图函数总结使用ggplot2优化Seurat绘图scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot富集分析结果雷达图DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap
Hayley笔记·2022-07-01 10:54

单细胞密度散点图的绘制

单细胞绘图系列：Seurat绘图函数总结使用ggplot2优化Seurat绘图scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot富集分析结果雷达图DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap
Hayley笔记·2022-07-01 10:17

桑基图：不同分辨率下的细胞分群可视化

单细胞绘图系列：Seurat绘图函数总结使用ggplot2优化Seurat绘图scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot富集分析结果雷达图DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap
Hayley笔记·2022-07-01 10:09

DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap绘制带特定基因的单细胞热图

单细胞绘图系列：Seurat绘图函数总结使用ggplot2优化Seurat绘图scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot富集分析结果雷达图1.使用DoHeatmap绘制Seurat自带热图library(Seurat)library(dplyr)pbmc%group_by(cluster)%>%top_n(n=10,wt=avg_log2FC)DoHeatmap(pbmc,featur
Hayley笔记·2022-07-01 10:05

R语言ComplexHeatmap绘制复杂热图heatmap

目录一载入R包数据1.1载入ComplexHeatmap包，数据1.2绘制最简单的热图二常见“表型”注释2.1读入注释文件2.2添加注释，且设置颜色2.2.1颜色设置2.2.2添加注释三添加“块”注释3.1k-means
·2022-06-25 11:26

ComplexHeatmap绘制单个热图

目录前言一载入数据，R包1.1载入ComplexHeatmap包1.2载入数据1.3绘制最简单的热图二热图修饰2.1颜色1）连续型变量2）分类型变量2.2标题1）设置行，列和图例的标题2）设置标题的位置
·2022-06-25 11:54

5 类图形为你展示—变量间相互关系—提供示例与完整代码-ggplot2-geom_point-ComplexHeatmap-pheatmap-ggpairs

gzh原文点我，欢迎同时关注在数据分析过程中，我们经常碰到想要直观获取两个或多个变量间相互关系的情况。本期就介绍5种常用于展示变量间相互关系的图形，并给出常用示例图形及对应的完整可复现代码1、散点图散点图用于表示2个数字变量之间的关系。散点图中每个数据点，其第一个变量的值在X轴上表示，第二个在Y轴上表示常见问题&处理方法数据重叠（过度绘制）缩小散点大小调整散点透明度对数据取样（lessismore
生信小书生·2022-03-24 15:40

热图添加指定的基因标记

代码重现：小杜的生信筆記数据声明：该数据仅是演示数据，无任何意义高分文章图例绘图导入相关的包ComplexHeatmap在线帮助文档:https://jokergoo.github.io/Co...
·2022-02-10 17:26

ComplexHeatmap绘制热图 | 添加指定的基因

今天发现ComplexHeatmap包也是非常的强大，并且还可以添加附图，很优秀哦！！
小杜的生信筆記·2021-12-07 00:21

ComplexHeatmap复杂热图绘制学习——5.图例

图例默认情况下，热图和简单注释会自动生成图例，生成的图例放在热图的右侧。复杂注释没有图例，但可以手动构建和添加它们。所有图例都是由构造函数Legend()内部构造的。在后面的部分中，我们首先介绍了连续图例和离散图例的设置，然后我们将讨论如何配置与热图和注释关联的图例，以及如何将新图例添加到图中。所有的图例（无论是单个图例还是一组图例）都属于Legends类。该类只有一个槽位grob，它是真实gri
denghb001·2021-10-26 11:53

ComplexHeatmap复杂热图绘制学习——3.热图注释（二）

3.14文字标注文本可以用anno_text()注释。图形参数由gp控制。ha=rowAnnotation(foo=anno_text(month.name,gp=gpar(fontsize=1:12+4)))image位置由location和just控制。旋转由rot控制。ha=rowAnnotation(foo=anno_text(month.name,location=1,rot=30,ju
denghb001·2021-10-25 14:28

使用oncoPrint绘制瀑布图

我们可以使用R语言中一个非常方便的包来实现大样本数据中基因突变/表达总体特征的可视化，也就是大概这个样子->胶质瘤基因突变和临床信息瀑布图展示好了让我们来学习它首先安装和加载包library(ComplexHeatmap
不会生信哟·2021-07-25 17:51

Qplottools028-和弦图ChordDiagram

这个工具使用的是circlize包，和ComplexHeatmap是同一个作者。
quan575·2021-06-27 06:51

R使用笔记: heatmap.2绘制热图

笔记内容：热图的应用意义包的安装scale的作用作图细节：系统发生树，label,colorkey的问题等补充：添加多行ColSideColors补充：heatmap.3示例补充：ComplexHeatmap
GPZ_Lab·2021-06-22 10:30

complexheatmap学习—单个热图绘制

总体设计单个热图产生随机数据最基本的显示颜色的改变连续性变量的颜色注释分类变量的颜色注释缺失值的可视化边框的变化标题聚类基本设置聚类的方法选择聚类树的自定义基于聚类结果进行排序设置热图的观测值的顺序观测值的自定义热图的分割热图本身的自定义热图的大小学习指南只要是对于作者提供的学习指南。另外学习的包一定要是github上的。如果是bioconductor上的则会有些参数不支持。总体设计绘制热图的包有
xhog·2021-06-04 17:48

R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap装饰热图

前言在绘制热图之后，仍会保留每个热图组件的绘图区域。因此，可以通过获取组件的绘图区域来添加或修改图形可以使用list_components()获取热图的所有组件名称或viewport名称，例如set.seed(123)matlist_components()[1]"ROOT""global""global_layout"[4]"global-heatmaplist""main_heatmap_li
名本无名·2021-05-18 20:33

R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(三)热图列表

前言我们继续介绍ComplexHeatmap，今天要介绍的内容是热图列表。
名本无名·2021-05-15 21:33

complexheatmap学习笔记4——图例

连续性变量图例分类变量图例添加自定义的图例图例的位置本文是对于ComplexHeatmap作者说明的学习笔记。
xhog·2021-04-21 18:36

「热图」ComplexHeatmap展示单细胞聚类

实用Seurat自带的热图函数DoHeatmap绘制的热图，感觉有点不上档次，于是我尝试使用ComplexHeatmap这个R包来对结果进行展示。
xuzhougeng·2021-04-17 18:40

我以为热图只能画数值型数据，没想到离散型的也行啊

离散热图0.需求今天在群里看到一个非常漂亮的热图，我以为是什么奇怪的新R包画的，转了一圈发现原来还是大名鼎鼎的ComplexHeatmap丫。
小洁忘了怎么分身·2021-04-13 00:11

过去说complexheatmap太复杂，是我太菜了

写在前面之前曾抱怨过complexheatmap太复杂了，现在我想说是我太菜了。折腾了一圈complexheatmap后，发现complexheatmap真的是极致全面的一个热图包了。
邵扬_Barnett·2021-02-24 17:18

2021-01-05ComplexHeatmap热图R包参数解读

之前画热图一直在用pheatmap,简单美观，但是后面有了些特殊需求之后,人就不知足了，所以转到了功能更全面但是相对更难入手的ComplexHeatmap核心函数为Heatmap，大体的参数解读如下：Heatmap
阿乜太帅·2021-01-05 14:24

ggplot2设置坐标轴范围_ggplot2学习笔记之图形排列

R包ggseqlogo|绘制序列分析图ggplot2高效实用指南(可视化脚本、工具、套路、配色)ComplexHeatmap|理解绘图逻辑绘制热图R语言可视化学习笔记之ggridges包简介R语言基本绘图函数中可以利用
weixin_39952937·2020-11-20 06:51

【r<-包】ComplexHeatmap（3）：创建热图列表

Author:ZuguangGu([email protected])翻译：诗翔Date:2018-10-30热图列表可以提高多种数据资源关系的可视化。在这个手册中，我们将讨论创建热图列表的配置。你可以在Examples文档和文章附加文档中找到真实案例。热图串联你可以在图形中从左到右排列多个热图。实际上，一个单一的热图是热图列表长度为1时的特殊情况。Heatmap()实际上是单一热图的类构造函数。如果需要组
王诗翔·2020-08-24 20:26

【r<-包】ComplexHeatmap（4）：热图注释

Author:ZuguangGu([email protected])翻译：诗翔Date:2018-10-30图形注释非常常用。热图注释唯一相同的特征是它们对齐热图的列或行。HeatmapAnnotation类用户定义列和行的注释。列注释简单注释一个简单的注释定义为一个包含离散类或者连续值的向量。因为简单的注释使用向量代表，所以多个简单的注释可以指定为数据框。一个简单的颜色注释可以指定带颜色向量的到col或
王诗翔·2020-08-20 05:21

ComplexHeatmap|根据excel表绘制突变景观图（oncoplot）

ComplexHeatmap|根据excel表绘制突变景观图（oncoplot）本文首发于“生信补给站”：https://mp.weixin.qq.com/s/8kz2oKvUQrCR2_HWYXQT4g
生信补给站·2020-08-18 12:23

Lesson 08 for Plotting in R for Biologists

但是今天热图绘制主要利用一个新的R包ComplexHeatmap进行绘制。包安装source("https://bio
R语言中文社区·2020-08-18 10:51

使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图

文章目录使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图检测安装加载包创建测试数据集一行命令绘图调参美化猜你喜欢写在后面使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图作者：刘梦瑶诺禾致源微生物信息审稿
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:04

R语言学习笔记之热图绘制

ytlogos.github.io/简介本文将绘制静态与交互式热图，需要使用到以下R包和函数：heatmap():用于绘制简单热图的函数heatmap.2():绘制增强热图的函数d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包ComplexHeatmap
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:46

使用R包ComplexHeatmap绘制复杂热图_2020-04-07

/ComplexHeatmap")##2.安装和导入R包：ComplexHeatmap###2.1Bioconductor安装if(!
夜神孤星·2020-08-03 03:06

【r<-包】ComplexHeatmap（5）：热图和注释图例

ComplexHeatmap包根据输入矩阵和注释自动生成图例，也提供了自定义和添加新图例的灵活性。基本设置所有热图和行注释的图例放在一起，列注释的图例放在一起。
王诗翔·2020-07-29 06:46

【r<-包】ComplexHeatmap（1）：介绍

这里ComplexHeatmap包提供了高度灵活的方式用来排列多个热图并支持自定义的注释图形。通用设计通常，一个热图列表包含多个单一的热图和行注释。热图设
王诗翔·2020-07-14 08:38

一文详解如何用 R 语言绘制热图

简介本文将绘制静态与交互式热图，需要使用到以下R包和函数：●heatmap():用于绘制简单热图的函数●heatmap.2():绘制增强热图的函数●d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包●ComplexHeatmap
weixin_33933118·2020-06-28 08:27

「热图」ComplexHeatmap展示单细胞聚类

实用Seurat自带的热图函数DoHeatmap绘制的热图，感觉有点不上档次，于是我尝试使用ComplexHeatmap这个R包来对结果进行展示。
徐洲更hoptop·2020-06-27 02:06

利用ComplexHeatmap绘制热图(一)

个人博客:https://ytlogos.github.io/简介Complexheatmap是由顾祖光博士创建的绘制热图的R包，在他的GitHub有十分详细的小品文(Vignettes)说明。
R语言中文社区·2020-06-24 00:52

R语言学习笔记之热图绘制

ytlogos.github.io/简介本文将绘制静态与交互式热图，需要使用到以下R包和函数：heatmap():用于绘制简单热图的函数heatmap.2():绘制增强热图的函数d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包ComplexHeatmap
R语言中文社区·2020-06-21 02:48
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