cox）

数据挖掘算法原理与实践：数据预处理

标准化相关知识为什么要进行标准化Z-score标准化Min-max标准化MaxAbs标准化代码文件第2关：非线性转换相关知识为什么要非线性转换映射到均匀分布映射到高斯分布Yeo-Johnson映射Box-Cox
01==零壹·2023-10-24 20:46

do.call 保留行名

cox_res<-as.data.frame(do.call('rbind',setNames(t(cox_results),names(cox_results))))#####这个太关键了，终于把
陈宇乔·2023-10-23 21:23

NHANES数据库 | logistic回归+cox回归+亚组分析=三区 IF=4.4

2023年7月，复旦大学的学者在《BMCPsychiatry》（三区，IF=4.4）发表题为：Prevalenceofdepressionandassociationwithall-causeandcardiovascularmortalityamongindividualswithtype2diabetes:acohortstudybasedonNHANES2005–2018data的研究论文。
陈如程·2023-10-17 11:25

多元线性解释性回归分析

多元线性回归分析数据类型不同选择的不通预测模型数据获取方式模型预测存在内生性回归系数的解释四种回归数据的解释box-cox变换虚拟变量的解释多变量虚拟变量的设置stata中的数据处理数据指标名称的解释异方差检验和修正异方差检验图形化
「 25' h 」·2023-10-15 10:33

纯生信套路 没有实验，想发文章，快搬小板凳，看这里

单变量和多变量Cox回归确定了预后相关基因研究结果--建立结合年龄、性别、化疗、放疗、IDH1状态的预后模型，以及风险评估模型，并使用CGGA队列进行验证由此可以看出文章框架清晰，接着我们一起看投稿文章陈述部分怎么呈现
概普生信·2023-10-14 19:13

R语言实现计算预测模型的C指数（1）

#生成模拟数library(prodlim)set.seed(13)dat<-SimSurv(100)#3种Cox模型library(survival)cox12<-coxph(Surv(time,status
weixin_49320263·2023-10-10 13:54

excel3

注意：文字类型资料，在函数中需加双引号；&的用法：串联文字与数字【举例：">"&100】https://www.plob.org/article/12219.html（COX模型）RR、OR、HRhttps
全宇宙超级无敌大聪明·2023-10-04 06:15

代数几何：Zariski Closures、不可约簇-素理想

[Cox,Little&O’Shea2015-06-14]前置文章：仿射簇和Groebner基、消元和扩展、簇和理想的对应文章目录ZariskiClosures**TheClosureTheorem,firstpart
山登绝顶我为峰 3(^v^)3·2023-09-29 02:29

SAS学习14、15（生存分析、lifereg过程、lifetest过程、phreg过程、时间序列、arima过程）

生存分析cox可以用在金融等行业lifereg过程response是因变量，censor是标识是否是截尾数据，list中是终值的标记是哪些数据censor是标识截尾值，当t<0的时候，censor等于1
Zephyr丶J·2023-09-26 10:44

生信分析 又一个被生信人预测成真的铁死亡新思路

不知道大家是否还记得去年12月底生信人给大家总结的一个基因集合的肿瘤生信发文一般规律：lasso-cox预后signature、分型预后signature、非lasso-cox预后signature、衍生版本预后
概普生信·2023-09-25 23:28

Box-Cox 变换

Box-cox变化公式如下：y(λ)={yλ−1λλ≠0ln(y)λ=0y^{(\lambda)}=\left\{\begin{aligned}\frac{y^{\lambda}-1}{\lambda}
jony0917·2023-09-25 05:06

向前logistic回归与向后筛选出一样的变量_生存分析之Cox回归

转自个人微信公众号【Memo_Cleon】的统计学习笔记：生存分析之Cox回归。随访资料的生存分析是一个很大的题目。从分析的因素上看，有单因素分析和多因素分析。
weixin_40001395·2023-09-21 04:31

R语言中使用非凸惩罚函数回归(SCAD、MCP)分析前列腺数据|附代码数据

本文使用lasso或非凸惩罚拟合线性回归，GLM和Cox回归模型的正则化，特别是最小最大凹度惩罚函数(MCP)和光滑切片绝对偏差惩罚（SCAD），以及其他L2惩罚的选项（“弹性网络”）。
·2023-09-20 21:16

R语言中使用非凸惩罚函数回归(SCAD、MCP)分析前列腺数据|附代码数据

本文使用lasso或非凸惩罚拟合线性回归，GLM和Cox回归模型的正则化，特别是最小最大凹度惩罚函数(MCP)和光滑切片绝对偏差惩罚（SCAD），以及其他L2惩罚的选项（“弹性网络”）。
·2023-09-20 21:44

Cox单因素及多因素分析

1、Cox单因素分析Cox单因素分析（Coxunivariateanalysis）是一种生存分析方法，用于评估某个单独的因素对患者生存或复发风险的影响。
奇异果~·2023-09-17 20:39

Python绘图——生存曲线

它提供了许多用于生存分析的工具，包括Kaplan-Meier生存曲线、Cox比例风险模
aobulaien001·2023-09-10 00:28

血细胞 血小板 与 凝血 补体 系统

Platelets-generalPlateletActivationOverview成分1血小板@@@@@@PlateletActivationOverview@@@@@@link@@@@@@HPA-gene@@@@@@@@萜类前列腺素@@@@COX
mingyangdede·2023-09-08 14:28

机器学习处理问题的基本路线

基本路线：1.搭建环境/数据读入2.数据分析3.特征工程4.建模调参5.模型融合异常处理：通过箱线图（或3-Sigma）分析删除异常值；BOX-COX转换（处理有偏分布）；长尾截断；特征筛选常用方法：过滤式
魔法橘子·2023-09-08 09:29

生信豆芽菜-预后分析的森林图

网址：http://www.sxdyc.com/visualsBioForest一、使用方法1、数据准备需要准备一个单因素cox分析/多因素cox分析的结果文件，第一列为基因名，第二列为p值，第三列为HR
木之如水·2023-09-07 05:56

干货|多因素做cox生存分析，怀疑数据共线性了怎么办？——多重线性回归（一）

昨天从一个坑爬出来，今天又掉进另一个坑里问题就是这么个问题，生存回归单因素分析的95%CI和HR，为什么和cox多因素算出来的不一样？丁香园的人说，这是因为共线性的问题。
f515e62cac68·2023-09-03 15:17

关节疼痛就吃止疼片，便宜有效的背后有哪些伤？

而这种药物是通过抑制环氧化酶(COX)来抑制前列腺素合成进而起到解热镇痛作用的抗炎药，COX分为COX1、COX2两种，其中COX1主要用于保护胃肠，NSAIDs对COX-1的抑制作用导致该
晋槐子的新三观·2023-09-02 13:26

机器学习和数据挖掘04-PowerTransformer与 MinMaxScaler

概念PowerTransformer（幂变换器）PowerTransformer是用于对数据进行幂变换（也称为Box-Cox变换）的预处理工具。
丰。。·2023-08-31 20:02

一条R命令搞定风险评估散点图和热图

一般先寻找差异表达基因，然后通过Cox回归分析寻找跟生存显著相关的基因。然后基于这些跟生存显著相关的基因，利用LASSOCox回归构建风险评估模型，计算风险分值。
生信交流平台·2023-08-29 14:51

【自适应稀疏度量方法和RQAM】疏度测量、RQAM特征、AWSPT和基于AWSPT的稀疏度测量研究（Matlab代码实现）

本文目录如下：目录1概述2运行结果3参考文献4Matlab代码实现1概述这是一份关于一些经典和新的稀疏度量方法（包括峰度、基尼指数、负熵、Lp/Lq范数、p-q均值、GI2、GI3、广义基尼指数、Box-cox
然哥依旧·2023-08-28 11:18

【自适应稀疏度量方法和RQAM】疏度测量、RQAM特征、AWSPT和基于AWSPT的稀疏度测量研究（Matlab代码实现）

本文目录如下：目录1概述2运行结果3参考文献4Matlab代码实现1概述这是一份关于一些经典和新的稀疏度量方法（包括峰度、基尼指数、负熵、Lp/Lq范数、p-q均值、GI2、GI3、广义基尼指数、Box-cox
长安程序猿·2023-08-25 15:10

R语言生存数据进行中介分析（2）--手动推导cox回归中介分析

中介变量(mediator)是一个重要的统计概念，如果自变量X通过某一变量M对因变量Y产生一定影响，则称M为X和Y的中介变量。目前国内外研究大部分都借鉴因果逐步回归法检验，因果步骤法由Baron和Kenny(1986)提出，其检验步骤分为三步。第一，X对Y的回归，检验回归系数c的显著性);第二，X对M的回归，检验回归系数a的显著性);第三，X和M对Y的回归，检验回归系数b和c’的显著性)。如果系数
天桥下的卖艺者·2023-08-25 10:10

【自适应稀疏度量方法和RQAM】疏度测量、RQAM特征、AWSPT和基于AWSPT的稀疏度测量研究（Matlab代码实现）

本文目录如下：目录1概述2运行结果3参考文献4Matlab代码实现1概述这是一份关于一些经典和新的稀疏度量方法（包括峰度、基尼指数、负熵、Lp/Lq范数、p-q均值、GI2、GI3、广义基尼指数、Box-cox
程序猿鑫·2023-08-23 08:26

傻瓜式零代码临床预后预测模型软件CoxApp

无需复杂冗长的代码只需要鼠标点点，即可轻松完成3分SCI1CoxApp简介傻瓜式零代码预后模型构建、评价、验证涉及批量缺失值的多重插补、倾向性匹配得分PSM、基线资料分析、KM生存曲线绘制、批量单因素Cox
·2023-08-17 08:16

R语言自适应LASSO 多项式回归、二元逻辑回归和岭回归应用分析|附代码数据

lambda的值网格上计算套索LASSO或弹性网路惩罚的正则化路径正则化(regularization)该算法速度快，可以利用输入矩阵x中的稀疏性，拟合线性、logistic和多项式、poisson和Cox
·2023-08-17 00:11

Cox生存分析可视化-Forest plot（森林图） |

今天学习用森林图展示COX生存分析1.数据准备setwd("E:\\MATH")load('clin.LIHC.Rdata')df<-subset(clin.LIHC,select=c(submitter_id
数据控的迷妹·2023-08-16 05:20

Cox生存分析可视化-Forest plot（森林图） |

今天学习用森林图展示COX生存分析1.数据准备setwd("E:\\MATH")load('clin.LIHC.Rdata')df<-subset(clin.LIHC,select=c(submitter_id
数据控的迷妹·2023-08-16 05:20

泛癌分析·找出各个癌症的预后相关基因

泛癌分析·找出各个癌症的预后相关基因`其他相关文章：万物皆可pan分析·高分文章登山梯·for循环的熟练操作前言pan分析的第二篇我想写一下如何在TCGA整个基因集内实现COX单因素分析，将所有的预后相关基因筛选出来
茅逗逗·2023-08-14 06:02

单因素和多因素cox回归分析

前面我们讲过一个R函数搞定风险评估散点图，热图，其中LASSO模型的输入就是单因素cox分析得到的显著与生存相关的基因。今天我们就来探讨一下如何使用R来做单因素和多因素cox回归分析。
生信交流平台·2023-08-09 22:30

TCGA+biomarker——单因素Cox回归

生存分析KM法与Cox法异同KM方法即Kaplan-Meiersurvivalestimate是一种无参数方法(non-parametric)来从观察的生存时间来估计生存概率的方法。
Clariom·2023-08-05 23:59

R语言glmnet包详解：横截面数据建模

根据glmnet函数中参数family的指定，可以看到其可以解决惩罚项下的多元线性回归、多相应变量的线性回归、逻辑回归、泊松回归、COX比例风
嘛里嘛里哄·2023-08-04 22:40

如何才能做Cox呢？今天带来Cox回归分析步骤详解

Cox回归是生存分析中运用最多的一个模型，又称为比例风险回归模型(proportionalhazardsmodel)。
211统计课堂·2023-08-02 15:11

我们怎样度过一天，就怎样度过一生

到目前为止，我弄清楚了什么是COX2抑制剂，用药的剂量，药物混
吴晓布·2023-08-02 14:07

Lasso + Cox 生存分析模式

一、为什么需要用Lasso+Cox生存分析模式一般我们在筛选影响患者预后的变量时，通常先进行单因素Cox分析筛选出关联的变量，然后构建多因素模型进一步确认变量与生存的关联是否独立。
oncology咕噜·2023-07-29 13:40

群组变量选择、组惩罚group lasso套索模型预测新生儿出生体重风险因素数据和交叉验证、可视化...

p=25158本文介绍具有分组惩罚的线性回归、GLM和Cox回归模型的正则化路径。
拓端研究室TRL·2023-07-25 00:39

基于Lasso回归筛选变量构建Cox模型并绘制Nomogram

本文转自易学统计基于Lasso回归筛选变量构建Cox模型并绘制Nomogram研究背景本章是基于Lasso回归筛选变量后，构建Cox回归临床预测模型，并绘制Nomogram图。
小易学统计·2023-07-24 08:31

R—生存分析—Kaplan-Meier + Log-rank test + Cox回归

参考教程：http://www.sthda.com/english/wiki/survival-analysis-basics假设有228个被诊断患有肺癌的病人开始长期的随访，如果病人死亡；则随访结束，并记录生存时间（从确诊到死亡的时间）。而生存分析SurvivalAnalysis主要回答三个方面的问题：（1）病人的第5年生存率是多少？病人总体的中位生存率的时间可以到多久?（2）若根据病人信息(例
小贝学生信·2023-07-22 07:13

R语言画森林图展示Logistic回归分析的结果

在文献中，我们常常看到以表格的形式展示各种回归结果（如Logistic回归，多重线性，Cox回归等），比如2019年发表在EnvironmentInternational上的论文ExposureofmetalsandPAHthroughlocalfoods
小明的数据分析笔记本·2023-07-17 20:37

r语言 svycoxph_R语言生存分析04-Cox比例风险模型诊断

作者：白介素2如果没有时间精力学习代码，推荐了解：零代码数据挖掘课程Cox比例风险模型诊断Cox比例风险模型的建立是基于几个假设之上的，因此一般建好模型后需要进行诊断，评估拟合的模型是否能够用于描述数据诊断的内容包括
橙心橙怡·2023-06-21 19:13

R语言生存分析：Cox回归

上次介绍了生存分析中的寿命表、K-M曲线、logrank检验、最佳切点的寻找等，本次主要介绍Cox回归。本推文不涉及理论，只有实操，想要了解生存分析的理论的请自行学习。
医学和生信笔记·2023-06-21 19:42

DeepSurvk部署教程

arturomoncadatorres/deepsurvkPypi项目地址https://pypi.org/project/deepsurvk/一、DeepSurvk简介项目作者原话(翻译)DeepSurv是一种Cox
千树line·2023-06-21 13:14

R语言自适应LASSO 多项式回归、二元逻辑回归和岭回归应用分析|附代码数据

lambda的值网格上计算套索LASSO或弹性网路惩罚的正则化路径正则化(regularization)该算法速度快，可以利用输入矩阵x中的稀疏性，拟合线性、logistic和多项式、poisson和Cox
·2023-06-20 22:26

r语言中对LASSO回归，Ridge岭回归和弹性网络Elastic Net模型实现

它适合线性，逻辑和多项式，泊松和Cox回归模型。可以从拟合模型中做出各种预测。它也可以拟合多元线性回归。
·2023-06-20 22:50

拓端数据(tecdat):R语言自适应LASSO 多项式回归、二元逻辑回归和岭回归应用分析

该算法速度快，可以利用输入矩阵x中的稀疏性，拟合线性、logistic和多项式、poisson和Cox回归模型。可以通过拟合模型进行各种预测。它还可以拟合多元线性回归。”
·2023-06-20 22:19

R语言自适应LASSO 多项式回归、二元逻辑回归和岭回归应用分析|附代码数据

lambda的值网格上计算套索LASSO或弹性网路惩罚的正则化路径正则化(regularization)该算法速度快，可以利用输入矩阵x中的稀疏性，拟合线性、logistic和多项式、poisson和Cox
·2023-06-20 22:48

如何在生存分析与Cox回归中计算IDI，NRI指标|附代码数据

本文演示了如何在生存分析与Cox回归中计算IDI，NRI指标读取样本数据 D=D[!
·2023-06-20 00:43
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