fastqc

2021-08-23 学习小组Day3笔记--动感光波

安装好miniconda后，下载fastqc软件。
e4fdf8628246·2024-02-20 07:38

2022-11-26

生信记录11.fastqc路径/root/anaconda3/bin/FastQC/执行.
fb6697f26c1b·2024-02-09 23:38

bioinfo100-第9题-FastQC报告中的duplicate

第9题读懂FastQC报告中的duplicate问题本周我们预计会把前10个问题提出来，结束我们的测序原理与FastQC部分。今天我们来详细聊聊duplicate问题。
RachaelRiggs·2024-02-07 00:53

2019-11-08

fastqc的下载和安装首先要在虚拟机上下载fastqc,利用wget来下载fastqc的安装包。下载完后对其进行解压。
胡浩明c·2024-02-03 18:46

学习小组Day7——宣Xuanan

数据初步分析：使用fastqc进行质量分析，这是一款Java软件，支持多线程。写这篇文章的时候版本是v0.11.7。
宣Xuanan·2024-02-03 05:04

生信工作流框架搭建 | 02-nextflow 实战

目录生信工作流框架搭建|02-nextflow前情提要开始使用依赖安装核心概念一个fastqc的示例，加深理解快速搭建你的程序你需要仔细阅读的：可以快速浏览（但需要知道大概有什么，以便后来查览）：报错！
郑二狗·2024-02-01 03:08

无标题文章

二代测序数据质量评估软件FastQC的安装及使用说明标签：_生信工具,_测序数据质控及评估二代测序数据质量评估软件FastQC的安装及使用说明当我们拿到二代测序数据后，第一件事肯定就是要查看一下测序质量的好坏了
星空_2739·2024-01-29 08:36

2018-12-12 软件安装

conda安装过程，conda没有的用官网下载；1，先加载condaRNA环境图片.png2，sratoolkit，conda没有找到；3，blatcondainstall-yblat图片.png4，fastqc
悦时光_·2024-01-27 20:06

2018-05-29 Linux time 命令探索

其实只要在命令行前面加上time就可以了time比如说举个例子跑完这个fastqc之后看下面的时间简单的说real是计算机总的用时sys是cpu核时具体的细节我们可以参考这篇文章：http://man.linuxde.net
小郑的学习笔记·2024-01-27 04:37

数据的质量控制软件 | FastQC

这里介绍一款常用的二代测序数据质量评估软件，FastQC。该软件使用Java编写，可以快速多线程地对测序数据进行质量评估。
生信师姐·2024-01-09 23:12

chip-seq测序分析流程

步骤1：质量控制fastqc质控，假如有两个样本，实验组为sample1，对照组为control1#双端测序fastqcsample1_1.fq.gzsample1_2.fq.gzfastqccontrol1
微光**·2024-01-06 14:11

bulk-RNA seq测序数据分析流程

假如有bulk-RNA测序的数据：TH1，TH2，TH3三个重复（实验组），TW1，TW2，TW3三个重复（对照组）准备工作需要安装的软件（如FastQC、Trimmomatic、HISAT2、StringTie
微光**·2024-01-06 14:38

生信软件安装

1.sratools下载及安装sra-tools软件（NCBI-download-downloadtools-SRAToolkit选择linux版本）2.fastqc3.trim4.bowtie2wgethttps
梁兄_小白·2024-01-01 03:29

Chip-seq数据分析流程

1、数据质量评估与过滤使用fastqc进行数据的测序质量评估、运行结束后生成一个*.html网页文件,一个*.zip压缩文件fastqc*.fq.gz使用trimmomatic对测序数据进行过滤，剔除测序质量不好的数据
比它虎·2023-12-29 19:13

GWAS走起~（2 fastqc、fastp）

Stepfour：对从公司送回来的原始数据rawdata预处理，至于问什么要进行这一步，通俗点讲就像是炒菜，直接从地里拔出来的青菜是不能直接用的，而正规的程序，至少要洗洗切切；而洗菜得用盆，切菜得用刀，所以要处理这些rawdata也得要找点工具：首先得有个切菜的桌子放菜，而我们要放数据而且是大数据，一般的电脑是肯定不行的，最好是台服务器，而且要台扩大内存的服务器，后期我会讲一讲自己理解的该怎那么配
roguish读书人·2023-12-21 16:23

学习小组Day3笔记--小黑

help即安装成功condaremove软件-ycondainfo--envs查看conda环境创建虚拟环境rna-seq同时安装python3fastqctrimmomat查看环境激活环境在这个环境下有fastqc
Great_6450·2023-12-01 11:48

RNA-seq分析流程

1、质量控制：fastqc-o.
chaos_z·2023-11-28 04:17

windows 安装 fastqc

下载的安装包里，要运行的话肯定是点红色箭头指的run_fastqc.bat，但如果计算机里没安装java环境，点击这个bat文件是没有反应的在fastqc官网的这个页面点击红色箭头指向的这个链接，进入java
小学生嘉迪·2023-11-26 18:45

学习小组Day3笔记--。。。。。。

收获1.今天学习了linux环境下安装软件miniconda应用商店的下载和安装miniconda的使用——查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（fastqc)定制conda分身2.所需命令及连接、软件等
ab505374ea94·2023-11-25 12:11

浅谈各个质控指标

GC含量输入文件fastq或bam相关软件及使用fastqcfastqcsample_R1.fq.gz#fastqc也可以输入bam文件#fas
无话_·2023-11-22 18:39

Chipseq单端测序数据分析

工作目录mkdir-p~/maos/chipseqcd~/maos/chipseqmkdir{sra,fastq,fastqc,trim,bam,bw,bed,peak,pic}downloadfastqfile
bred·2023-11-21 09:50

2022-11-26

生信记录2fastqc的安装1.官网wget2.unzip解压3.进入FastQC代码ll-a；修改fastqc权限chmodu+xfastqc4.修改环境变量或在当前路径下执行
fb6697f26c1b·2023-11-20 12:00

bioinfo100-第10题-FastQC报告之adapter与kmer

参考：孟浩巍的知乎zhn第10题读懂FastQC报告之adapter与kmerHello大家好！我们又见面了！今天是我们的FastQC中最后1次提问啦！
RachaelRiggs·2023-11-19 09:20

macOS使用conda初体会

最近在扫盲测序的一些知识其中需要安装一些软件进行练习，如质控的fastqc，然后需要用conda来配置环境变量和安装软件。
长腿猴子请来的救兵·2023-11-13 06:34

Fastqc时报错

FastQC版本0.11.8出错命令行fastqc--extract-q-ofastqc_outdirfastq1fastq2报错信息Exceptioninthread"Thread-1"java.lang.OutOfMemoryError
所以suoyi·2023-11-03 07:28

关于call SNP无变异位点的解决方法

envbwaindexref.fastasamtoolsfaidxref.fastasource/gss1/env/picard.env#数据质控cd~/SC/datasource/gss1/env/fastqc.envmkdirzaohong_qcfastqczaohong
17号小行星·2023-11-01 01:22

2020-10-11 入门小组DAY3-三三

--“linux的应用商店”给服务器下载conda（或精华版--miniconda）安装和配置miniconda【重点】使用miniconda：查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（生信需要的）软件（以fastqc
草莓桃桃茶·2023-10-29 19:06

转录组从下机数据到GO、kegg、GSEA

/data#以下内容运行目录~/disk/lyb/data/#1.质控fastqc*.fq.gz-t8
wo_monic·2023-10-29 13:55

Chip-seq分析笔记

chipseq环境下安装软件三、具体分析步骤1.数据来源2.下载数据并重命名3.fastq文件转换（--sra-id此步骤把SRR的名称改掉，加快运行速度，速度非常快）4.质控4.1trim_galore4.2FastQC
xsq420281·2023-10-28 16:50

转录组之质量控制（FastQC）[学习笔记通俗易懂版]

转录组之质量控制（FastQC）本文简介：这篇文章是经过了自己学习实践出来的，参考了很多资料，如若有大佬能指出错误，我将感激不敬，有错误，请在评论区留言，谢谢。
CYH-BI·2023-10-25 12:07

基因组重测序数据分析脚本

~/Process/fastqc_result用于存放质量评估的结果2.~/Process/trim_out用于存放过滤的结果3.
lizg·2023-10-22 06:42

FastQC

Fastq文件fastq文件格式fastq文件命名规则Illumina测序仪下机FASTQ命名为(NextSeqCN500下机数据为bcl格式，经过bcl2fastq转化后名称类似)，例如：Samplexx_S53_L002_R1_001.fastq.gzfastq文件Samplexx:样本名，与上机时在sampleSheet中填写的一致S53:S后跟的数字与样本在sampleSheet中的顺序一
生信大猫·2023-10-21 17:49

RNA-seq :TopHat2 + Cufflinks分析流程

1、测序数据质量控制：fastqc软件1）使用方法：/life/rjian/software/fastQC/FastQC/fastqc-o/life/rjian/data/liyan/filename_fastqc
onlyme_862a·2023-10-19 20:03

miRNA测序数据生信分析——第四讲，未知物种的生信分析实例

miRNA测序数据生信分析——第四讲，未知物种的生信分析实例miRNA测序数据生信分析——第四讲，未知物种的生信分析实例1.下载测序数据2.原始数据质控——软件fastqc3.注释tRNA和rRNA，使用
彼岸花128·2023-10-13 23:09

miRNA测序数据生信分析——第三讲，已知物种的生信分析实例

miRNA测序数据生信分析——第三讲，已知物种的生信分析实例miRNA测序数据生信分析——第三讲，已知物种的生信分析实例1.下载测序数据2.原始数据质控——软件fastqc3.注释tRNA和rRNA，使用
彼岸花128·2023-10-13 20:26

【fastqe】有趣的表情包版fastqc

imgFASTQwithEmoji=FASTQE表情版的FASTQC，适用于Illumina1.8+/Sangerformatimg使用安装使用conda或者pip$pipinstallfastqe$condainstall-cbiocondafastqe
何物昂·2023-10-12 08:01

重测序分析

测序数据：fastq格式文件序列比对软件：BWA软件（快速把小片段比对到基因组上）分析过程：1.测序数据质控(fastqc)-t测序数据线程数，数目越多速度越快-o指定输出目录$/share/nas2/
每天都想睡觉的阿源·2023-10-10 13:41

【转录组学】如何进行一步到位的fastq到差异分析，kallisto拯救你(一)

目前公司用的流程主要也有两个门派，以“传统派”的trimmomatic/cutadapter/华大fastqc->tophat->cufflink->cuffmerge->cuffquant（较差）/RSEM
xizzy·2023-10-09 05:02

一文读懂FastQC Report

前言：从今天开始就开始为拼装转录组做准备啦，今天听了技能树组织的生信人论坛，感觉很有意思。特此声明：本文所有代码及文件经通过本人亲自实践！绝对没有副作用！当然希望大家多提出宝贵意见，这样可以方便我更好的学习和进步。特别注意：本文所用数据已经经过Trimmomatic清洗！BasicStatistics总览，来判断测序质量图1BasicStatisticsEncoding：测序平台信息，我也不知道这
实验狗的简书·2023-09-23 16:43

序列组装

1.利用fastqc对模拟测序的序列进行质控分析1.1使用art-illumina模拟测序，生成高通量数据（art-illumina模拟测序）nohupart_illumina-ssHS25-sam-iGCA
javaLi·2023-09-20 08:27

生信小组DAY3-JANE

后基础操作最主要的几个代码今天的代码比较简单，就是列表list，搜索search，卸载remove，安装installcondalist：查看conda列表condalistcondasearchfastqc：搜索软件fastqc
Jane_30e5·2023-09-19 15:07

Lunix Day 4

dd删一行实战演练：配置频道、创建小环境、安装软件1.添加频道（北外或者清华皆可，方法1方法2任选其一即可）2.创建名为rnaseq的小环境3.激活rnaseq这个小环境4.在rnaseq小环境中先安装fastqc
Tina_e4a6·2023-09-05 02:04

基因组|测序数据质控篇

今天，我们将一起通过数据格式和质量体系、数据质控步骤、Fastqc结果解读及异常处理三
天蓝色的星空_ffc7·2023-08-25 14:10

2019-01-21

fastqc只作为质测，看最后一部的结果分析，如果接头没去，再用去接头的软件，得到clean.hista2作用是对比，需要的到该研究向的基因gtp，然后创建索引。测序公司软件用法image.png
Endless_5513·2023-08-25 01:49

学习小组Day3笔记--Robin

思维导图Linux安装软件.png安装bzip21.jpg安装Miniconda2.jpgconda激活成功3.jpg查看当前所有软件列表4.jpg搜索软件fastqc5.jpg安装fastqc6.jpg
Robin11·2023-08-24 09:19

Single Cell RNA-seq Analysis 学习记录（二）：数据整理

处理原始scRNA-seq数据2.1FastQC当你获取到单细胞下机数据的时候，第一步需要做的就是检查数据质量。
面面的徐爷·2023-08-14 19:44

生信星球课程Day3-王子奇

第三天的学习内容上午抽时间对于Day2的内容进行了回顾以及进一步的练习，对于terminal的常规操作进行了熟悉下午对于今天的内容进行了学习，主要是Linux系统下的软件的安装，成功安装了bzip2、conda、fastqc
王子奇_b418·2023-08-07 00:20

如何使用服务器下载和处理文件/以及传输文件至本地文件夹

本文是个人笔记~（学校的网课）如何使用服务器提交任务：下载SRR文件、以及提取fastq文件、查看fastqc结果。
生信start_site·2023-07-28 13:14

FastQC

“Aqualitycontroltoolforhighthroughputsequencedata.”FastQC是JAVA语言编写的能够对高通量测序数据进行质控的软件。
希望你会好·2023-07-27 15:54

Trim Galore ——自动检测adapter的质控软件

之前分析过的测序数据，数据质量都很好，给了我一个错觉质控的前后差别不是很大，内心里对质控这一步也就不是很重视，跑完质控有时也懒得看结果，拿到一批测序数据后，也总是忽略了去看测序策略是什么，按照固定的流程用fastqc
六六_ryx·2023-07-23 17:15
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