fastqc

转录组入门(3)：了解fastq测序数据

需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！
宇天_ngs·2020-02-28 02:29

序列数据质量控制及ubuntu安装配置JDK环境

目录安装配置JDK环境序列数据质控**-序列质量评价FastQC****-序列数据过滤Trimmomatic**一、安装配置JDK环境1.通过源安装sudoaptinstallopenjdk-10-jdkjava-versionimage.png2
15Orion上旅行·2020-02-24 02:59

Harvard FAS Informatics出品的ATAC-seq测序指南

：ATAC-seq:AMethodforAssayingChromatinAccessibilityGenome-WideATAC-seq测序推荐双端测序，推荐数据量：15G(150PE)分析流程1.FastQC
天地本宽·2020-02-23 00:32

《学习小组Day3笔记--Hocchan_7》

--第三步，安装和配置miniconda--第四步（重点），使用miniconda，也就是查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（生信需要的）软件，以fastqc为例。
Hocchan_7·2020-02-21 11:51

转录组入门（1）：计算机及软件安装

需要安装的软件包括sratoolkit,fastqc,hisats,samtools,htseq-count,R,Rstudio来源于生信技能树：http://www.biotrainee.com/forum.php
lxmic·2020-02-14 12:43

1.2fastqc相关语句（理解find和ls的联合使用）

理解下列语句ls*.gz|whilereadid;do(fastqc$id-o1_FastQC_Raw_Data-t3);done代码意义ls*.gz列出.gz后缀的文件whiledo;done循环readIDwhile
cakarote·2020-02-10 08:01

miRNA-seq分析流程-----转载

第一，对于所有的测序数据，我们都要进行质量的检测，这里我常用的检测软件是fastQC，（fastqcd
酷睿_1991·2020-02-09 03:10

RNA-seq :TopHat2 + Cufflinks分析流程(2018-05-28)

原文转自：RNA-seq:TopHat2+Cufflinks分析流程(2015-06-0917:21:42)1、测序数据质量控制：fastqc软件1）使用方法：/life/rjian/software/
简单点lili·2020-02-09 00:38

BBQ（生信基础问题6-10问）：Fastqc专题

（今天实验比较顺，爆一波RP，实验永远是玄学。。。。。。。再次努力更新中！一起加油学生信呀~）:在学习笔记（一）中，我们知道了一代测序，二代测序的测序原理。以及测序得到的结果的fastq的基本格式。那么我们对刚下机的数据进行结果统计就比较重要了。问题：如何对刚下机的数据进行统计？1：利用什么软件？2：利用该软件的什么参数？3：该软件的结果如何去看，每个生成的结果都是什么意思呢？4：如何从生成的报告
liu_ll·2020-02-05 18:09

2020-01-12 FASTQ文件可视化和质控（QC）

但是errorvalue非常不可靠，将errorvalues作为一种建议而非精确的测量值（“treatthemasanadvisoryratherthanaccuratemeasurements”）FastQC
王子威PtaYoth·2020-01-12 21:24

用fastp对转录组数据做QC

链接fastp:极速全能的FASTQ文件自动质控+过滤+校正+预处理软件github地址看到介绍的时候是真的心动不已↓↓↓fastp可以仅仅扫描FASTQ文件一次，就完成比FASTQC+cutadapt
卖萌哥·2020-01-08 05:26

10X单细胞测序分析软件:Cell ranger

一般生物信息流程主要由软件（安装与参数）、数据库（结构和生物学意义）和数据分析（统计学和编程）组成，目前单细胞分析用到的软件主要是FastQC、Cellranger和R包Seurat、
周运来就是我·2020-01-06 21:15

10 月 17 日 Linux Fastqc 软件安装

其实对于小白来说，光光看懂原理和会实际操作时远远不一样的，当面对网上琳琅满目的操作教程和自己很慢的电脑，退却之心油然而起。可以参考这篇：https://zhuanlan.zhihu.com/p/20731723所以记录这些问题，一定要越细越好1首先，我的电脑是MAC那么就要安装Llinux虚拟机我个人觉得PD比VM要好运行起来更加流畅2下载ubuntu的镜像然后安装好3用sudo-i切换到root
小郑的学习笔记·2020-01-05 18:07

全基因组数据分析完整流程+外显子测序数据分析例子

找例子：数据库：ATGG流程图：流程图常用软件：bwa，samtools，picard，GATK，bedtools，bcftools，vcftools，FastQC
我最有才·2019-12-31 07:07

金黄葡萄球菌RNA-seq数据分析

1fastqc进行质量控制+结果解读#将所有的数据进行质控，得到zip的压缩文件和html文件fastqc-o.*.fastq.gzStartedanalysisofD1_R1.fastq.gzApprox5%
Y大宽·2019-12-30 11:19

组装细菌基因组

SRR8892199prefetchSRR88921992.fastq-dump解压该文件fastq-dump--gzip--split-filesSRR8892199.sraQL6(35@M_5GFE(_4_I4OVQC.png3.fastqc
胡浩明c·2019-12-16 19:44

变异vcf文件可视化神器

没错，那就是FastqC了。相信大家对这个软件肯定再再再熟悉不过了，毕竟它就是每个人接触学习生物信息学一开始都会使用到的工具。相信通过这么一类比大家大概也知道VariantQC是拿来干嘛的了。
lakeseafly·2019-12-12 13:43

微生物组16S rRNA数据分析小结：从fastq测序数据到OTU table

以下为双端测序(pair-end)产生的fastq格式数据常规分析流程，包括：fastqc及multiqc(
GPZ_Lab·2019-12-12 01:53

GTAK4分析篇 -- 1.数据前处理

用法上很大的不同，下面是改版后的代码1.创建bwa比对的indexbwaindex-abwtsw-phg38/home/NGS/gatk_ref/Homo_sapiens_assembly38.fasta2.fastqc
面具男女·2019-12-10 09:40

MultiQC软件安装运行过程

（本文因MultiQC安装时出现的很多问题尚未解决，仅供参考，后期如果解决还会更新）MultiQC简介：fastqc是一款基于java的软件，能够对测序数据的质量进行评估。
媛媛_生信·2019-11-23 13:34

MultiQC

MultiQC用于对测序数据进行质量评估，但它不同于FastQC之类的软件，FastQC只能对单个样本进行评估生成报告，而MultiQC能将fastqc生成的多个报告整合成一个报告（HTML和PDF格式
麋鹿吃了颗草莓·2019-11-22 21:53

FastQC下载及安装

FastQC下载及安装FastQC是一个java软件，下载后可以直接使用，免安装编译，但需要先配置java环境。一、Java环境配置首先，确定java是否已经配置好。
々不发呆·2019-11-09 01:16

(3)转录组之数据质控

一、输入数据的准备fastqc所需要的输入数据是fastq格式的reads数据或者bam/sam比对数据，所以我们需要先将从SRA上用prefetch下载的sra格式文件做下转换。
ZG_N1·2019-11-04 10:07

fastp全新的数据质控软件

通常我们都是使用FASTQC等软件进行质控，使用cutadapt软件去除接头，使用Trimmomatic等软件进行剪裁，然后使用一些自已开发的脚本进行过滤。
牧小熊·2019-11-03 16:11

Trim_galore使用（2018-05-25）

trim_galore_v0.4.2/trim_galore-q30--phred33--stringency3--path_to_cutadapt/opt/anaconda2/bin/cutadapt--fastqc-e0.1
简单点lili·2019-11-02 00:33

转录组入门三（mac 版）：了解fastqc测序数据

作业要求需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！
thinkando·2019-11-01 01:09

fastqc软件安装以及使用体验

1、搭建fastqc运行环境：java环境，open-jdk版本大于1.6.0以上linux下：java-version查看版本2、下载fastqc软件包，官网由编译好的二进制文件，下载到相应目录unzip
All_Will_Be_Fine噻·2019-09-28 01:28

Fastp:质控 +过滤数据

常规的质控和过滤数据是fastqc+trimmomatic，据说fastp更快，而且一次完成质控过滤和出图。
wo_monic·2019-09-27 19:53

Duplication rate：NGS测序重复率计算

写在前面：最近很纠结于测序数据的重复率，虽然是单细胞会难免有bias，但是fastqc和fastp两款软件计算出来的dup%简直差太大了，琢磨了好久，看了fastp的文章才搞明白。
NICE_AGIS·2019-08-14 20:13

FastQC数据质控报告的详细解读

BasicStatistics基本信息imageEncoding:测序平台编号，现在Sanger/Illumina1.8以上都是Phred33编码Totalsequences:reads数量（reads就是高通量测序平台产生的序列标签，翻译为读段！）Sequencelength:测序长度%GC:GC含量：需要重点关注，可以帮助区别物种，人类细胞42%左右2.Perbasesequencequili
husy_·2019-08-02 10:31

Ubuntu环境下安装FastQc及java环境配置

java下载地址：https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk12-downloads-5295953.html1.下载后解压tar-zxvfjdk-12.0.2_linux-x64_bin.tar.gz2.解压得到JDK文件，用如下命令将该文件夹移动到/usr/local目录下sudomvjdk-12.0.2/usr/l
why_cant_i_change·2019-07-31 17:18

质控软件fastp常用参数说明

过滤通过质量值过滤每条readployG/ployXPE数据的碱基校正整体切除【globaltrimming】输出文件切分过表达序列分析写在前面fastp是用于处理fastq文件，基于C++，支持多线程，包含fastQC
喵小媛·2019-07-04 18:17

生信星球转录组培训第一期Day5--善良土豆

DAY5学习内容：过滤和比对过滤通过DAY4_fastqc结果，我们开始对数据进行过滤，主要是去除接头和低质量碱基，一般使用两种软件可以完成这个过程：trim_galore和trimmoatic，而这两种软件遵循的原则是直接从不合格的位置向后全部切掉
善良土豆·2019-06-10 18:31

有参转录组学习二：数据质控

Author：ligcDate：19/5/151.1fastqc结果解读：测序量：300M左右reads长度：51bpBasicStatistics测序的adapteradapter_content.png
颤抖吧__小虫子·2019-05-15 21:35

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三）

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（二）收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得-限时免费scRNA-seq原始数据加工FastQC
生信宝典·2019-04-22 17:27

Day3-孟思博

3安装和配置miniconda4（重点），使用miniconda，也就是查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（生信需要的）软件，我们以fastqc为例，这里仅是入门操作。
孟思博·2019-04-10 23:30

error with fastqc and hisat2 in analysis

结果，fastqc后只有17个文件。检查发现文件内容有点问题，开始以为是拷贝错误，检查不是这个问题，想着应该不是大问题就懒得修改。接着，直接比对看，hisat2读不出来，与fastqc一样的报
溪溪溪溪溪川·2019-03-16 18:00

我的ChIP-Seq(1): FastQC报告解读

首先是下机数据fastqc之后会生成一个html格式的报告，根据报告可以看出自己数据的特点，便于之后clean的参数设置。
NICE_AGIS·2019-03-11 20:34

基因组数据的重测序分析

1.需要的软件软件名：Aspera版本号：3.6.2.117442软件名：sratoolkit版本号：2.9.2软件名：FastQC版本号：
lizg·2019-01-03 11:36

tophat2+cufflinks转录组测序实例（1）-数据准备

本次实验需要的软件有Aspera，SRA-toolki，tophat2，cufflinks，fastqc,Trimmomatic。
邱俊辉·2018-12-25 23:29

在Ubuntu上安装FastQC

一.什么是FastQC.FastQC是一款基于Java的软件，一般都是在linux环境下使用命令行运行，它可以快速多线程地对测序数据进行质量评估。
Poppy_zhu·2018-12-19 17:24

RRBS甲基化分析流程

RRBS甲基化流程分析流程和普通的测序分析一致，首先fastqc质量检测，接着对序列进行修剪，修剪后再质量检测；如果质量检测通过，则进行序列回帖，然后去除重复，计算甲基化程度，以及一些后续分析，本次后续分析使用
wangyunpeng_bio·2018-06-02 20:44

RNA-seq常用命令（无参）

0.前期准备先在工作目录下创建以下几个目录：01.raw_data#用于存放原始数据02.fastq#用于存放fastq格式数据03.fastqc#用于存放QC结果04.trinity_result#用于存放
卖萌哥·2018-04-11 17:50

linux入门学习1之FastQC

linux入门基础11.linux常用命令：pwd:显示当前工作目录exit或者ctrl+d:退出echo:打印例如x=1,echo$xgzip:压缩或解压缩例如:gzipsample.fastq(压缩）gzip-dcsample.fastq.gz(解压缩)(后缀除了gz还可以有bz2)tar:打包或解包语法:tar[参数][文件名]其他压缩命令：gunzip,zip,bzip2mkdir：建立文
Doris_xixi·2018-04-09 14:27

miRNA-seq分析流程

第一，对于所有的测序数据，我们都要进行质量的检测，这里我常用的检测软件是fastQC，（fastqcdata1.fq-odata1），得到的结果是一个文件夹的压缩形式，
高锦-生信·2017-10-11 14:31

转录组入门(3)：了解fastq测序数据

转录组入门(3)：了解fastq测序数据需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！
_eason_·2017-09-11 22:40

转录组（3）：了解fastq测序数据

学习目标：前面下载了SRR3589956.sra-SRR3589962.sra的RNA-seq数据，本次用sratoolkit.2.6.3软件解压，并查看fastq数据的格式，用fastqc软件检验其数据质量
Richard_Zhou·2017-08-04 18:19

转录组入门（3）：了解fastq测序数据

作业要求需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！
lxmic·2017-07-23 09:23

转录组入门（3）：质量控制

需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！
徐洲更hoptop·2017-07-11 18:35

FastQC

软件下载：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/下载为一个zip文件；Linux中安装：1.unzip对文件解压得到FastQC
J_Fun·2017-03-02 17:29
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