fastqc

FastQC——测序数据质量分析

下载安装与配置cd~wgethttp://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.3.zipunzipfastqc_v0.11.3
Janton Wang·2020-07-29 16:48

为什么Illumina测序数据的前几个碱基的质量值比较低？

FastQC结果Thefirstfourcyclesofdataareusedforclustercalling,andalsoforestablishingmetrics(e.g.,signalthresholds
xie186·2020-07-29 11:59

RNA-seq分析(Fastqc+Trimmomatic+STAR+HTseq-count+DESeq2)

具体将以Fastqc+Trimmomatic+STAR+HTseq-count+DEseq2的流程来进行。
theomarker·2020-07-28 12:12

RNA-Seq HISAT+ HTSeq + DESeq2流程 及测序深度和质控问题讨论

1，FastQC质控FastQC-t2XX.fq.gz’
theomarker·2020-07-28 12:12

第一次看到如此原始的绘图代码

在运行RSeQC软件对转录组的比对好的bam文件进行质控的时候，我发现了一个很无语的现象，就是它模仿fastqc的4个质控图里面，GC含量分布，ATCG碱基比例没有问题，但是画碱基质量图的时候，所有样本都是空的
生信技能树·2020-07-27 15:54

FastQC处理二代测序原始数据的质量结果解读

常用的工具就是fastqc(http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/)。
BeautifulSoulpy·2020-07-13 16:25

fastqc 批处理文件

当我们获取到许多的测序数据的fastq文件，我们为了方便，通过shell编程写一个批处理脚本来对许多文件进行质控。1首先在创建一个文件夹存放fastq文件或者fastq.gz文件，将fastq文件和fastq.gz文件放进去mkdir~/fastqmv*fastq*fastq.gz~/fastq图一2创建一个results目录存放质控结果mkdir~/results3通过编辑器（vim/gedit
李则果·2020-07-10 18:45

2019-11-23

conda安装condainstall-cbiocondamultiqc二、安装fastqcwget[http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc
奈丝_32e8·2020-07-10 03:16

linux-12 数据格式

待整理FastQC是一款基于Java的软件，一般都是在linux环境下使用命令行运行，它可以快速多线程地对测序数据进行质量评估（QualityControl）zcattmp.fq.gz|head-10000
湖红点鲑·2020-07-09 05:59

生信小白学习日记Day2-2——NGS基础 NGS分析

NGS基础——NGS分析NGS分析步骤1.质量分析fastqc、multiqc、SolexaQA测序数据的质量好坏会影响我们的下游分析。但不同的
weixin_42953727·2020-07-08 21:17

学习小组Day3笔记-安装软件（李其龙）

linux系统下安装软件摘要：本文将从以下四个方面介绍在linux系统下安装如何安装软件，包括软件安装前的准备工作、使用命令行下载软件、安装及配置软件环境、fastqc示例安装。
李其龙_ec81·2020-07-08 05:49

11.1 RNA-seq数据分析-下载软件和数据

https://www.jianshu.com/p/e8cd62ba14fe1、首先安装需要使用的软件：sratoolkit,fastqc,hisats,samtools,htseq-count,R,Rstudio2
KK_f2d5·2020-07-07 21:07

整合QC质控结果的利器——MultiQC

不少生信工具都可以给样品生成一个评估结果，如FastQC、Qualimap和RSeQC等(39个转录组分析工具，120种组合评估)。
生信宝典·2020-07-07 19:12

生信小白学习日记Day3——NGS基础 NGS分析注解（质量分析软件）

NGS基础NGS分析注解1.质量分析软件昨天提到，拿到数据后可以通过一些软件来评估测序质量的好坏，包括fastqc、multiqc、SolexaQA等。
weixin_42953727·2020-07-06 19:00

宏基因组实战8. 分箱宏基因组binning, MqaxBin, MetaBin, VizBin

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:25

数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC

本文英文原版见下方github链接，由中科院朱微金博士翻译、测试、并进行中文注释和补充，全网首发“宏基因组”公众号。https://2017-cicese-metagenomics.readthedocs.io/en/latest/toc.html前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1.背景知
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:25

宏基因组实战10. 绘制圈图-Circos安装与使用

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系列前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:25

宏基因组实战4.基因注释Prokka

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:55

数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer

本文英文原版见下方github链接，由中科院朱微金博士翻译、测试、并进行中文注释和补充，全网首发“宏基因组”公众号。https://2017-cicese-metagenomics.readthedocs.io/en/latest/toc.html前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1.背景知
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:23

宏基因组实战4. 基因注释Prokka

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:23

数据处理 第一天 准备工作

数据分析开始1上传数据（.gz）完成2解压数据foriin*.gz;dogzip-d$i;donedu*.fq：查看文件大小3：数据质控/baicai2/weiyx/local/FastQC/fastqc-q-t18
Weiyx·2020-07-02 07:17

《学习小组Day3笔记--旮旯里的山大王》

第三步：安装和配置miniconda第四步（重点）：使用miniconda，也就是查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（生信需要的）软件，我们以fastqc为例，其实安装软件很复杂，甚至有专门的一门课来讲这个
Happytinger·2020-07-01 21:22

用annovar对vcf（SNP&INDEL）文件进行注释

将原始fq文件通过FastQC-align-samtools||GATK等流程最终得到vcf文件，也就是记录某些位点变异的文本文件。
sober01·2020-06-30 20:11

Multiqc（转录组分析之质量评估）

fastqc是一款基于java的软件，能够对测序数据的质量进行评估。
stanford_strive·2020-06-25 18:05

生信文件格式fastqc

资料推荐生信菜鸟团的浅谈FastQ和FastA格式,以及测序数据质量控制之FastQC生信技能书论坛的blat简介与格式解读还有视频讲解：英语视频；中文视频生信技能书系列视频：https://www.bilibili.com
泥人吴·2020-06-25 08:23

Chip-seq流程报告

Targetingsuperenhancerassociatedoncogenesinoesophagealsquamouscellcarcinoma》的流程，学会利用NCBI和EBI数据库下载数据，熟悉Linux下的基本操作，并使用R语言画图，用Python或者shell写脚本进行基本的数据处理，通过FastQC
wangyunpeng_bio·2020-06-25 04:51

RNA-seq-质控>生成bam文件

质控安装fastqc安装trim-galore最后一遍输入的质控对生成的SRR1039508_1_fastqc和SRR1039508_2_fastqc是？
小梦游仙境·2020-06-24 16:39

生信软件工具-trim_galore

网址：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/需先安装fastqc和cutadaptTrimgalore简介TrimGalore
WarningMessage·2020-06-24 09:00

生信软件工具-FastQC

FastQC注意：软件工具一般都会定期进行迭代更新，使用时如果出现问题，请查看官方文档用途：数据质控，评估数据质量网址：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/
WarningMessage·2020-06-24 09:00

转录组数据分析——从前期质量控制到mapping

1，拿到原始数据后，首先用软件FastQC看一下数据质量得到html文件，打开后如图如图红叉部分是我们进行质量控制的关键，如Perbasesequencecontent，现在是这样的此处需要处理，方法是
biolxy·2020-06-24 07:35

NGS分析流程

NGS实验步骤核酸提取与检测、文库构建与文库检测、上机测序生信分析步骤1.质量分析fastqc、multiqc、SolexaQA测序数据的质量好坏会影响我们的下游分析。
hanli0902·2020-06-23 12:59

2018年最新的single-cell-RNA-seq analysis repositories

老生常谈的scRNASeq基本操作和原理：scrnaseq的测序方法发展的年表：在看一下列表：分选单细胞的96孔板：分析前的常规数据处理：FastQC、TrimmingReads、Demultiplexing
weixin_30807677·2020-06-21 10:02

bowtie2比对参考基因组（待续...）

trim_galore，为什么用trim_galore，因为它可以自动检测接头，并且不只是illumina的接头，还有nextera和small_rna首先trim_galore依赖于cutadapt和fastqc
Devin561·2020-06-10 10:31

RNA-seq摸索：1.配置环境

这篇写的特别好：RNAseq-workflowRNA-seq流程RNA-seq一般流程本科生搞定RNA-seq上游数据分析所需要的软件-数据下载：sra-tools-质控:fastqc,multiqc;
没有猫但是有猫饼·2020-06-06 14:12

bioinfo100-第6题-读懂FastQC报告 Part I

zhn-blogmhw-zh读懂FastQC报告PartI通过前面的5个问题，我相信大家对Illumina测序，测序的储存文件格式，一些简单的建库原理已经有了一个初步的认识。
RachaelRiggs·2020-05-10 22:53

学习小组Day3笔记--郭妞 linux环境下的软件安装

第三步，安装和配置miniconda第四步（重点），使用miniconda，也就是查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（生信需要的）软件，我们以fastqc为例，其实安装软件很复杂，甚至有专门的一门课来讲这个
郭妞儿·2020-04-26 21:06

转录组分析 | 使用FastQC进行数据质控

判断测序数据质量的工具有很多，今天教大家用FastQC检测测序数据的
生信小王子·2020-04-11 12:25

Chip-seq分析流程

步骤概览下载Chip-seq原始数据fastqc质量检测下载人类参考基因组并建立index使用bowtie比对使
yangmqglobe·2020-04-10 18:44

Day 5 软件安装

软件安装难易优先级以下软件都可以用condainstall-y来完成此时都可以在rna或者wes这样的小环境下安装，不会污染大环境blast,blat质控，需要fastqc及multiqc，trim-galore
陈宇乔·2020-04-10 06:04

生信星球转录组培训第一期Day4--郝志刚

数据质控：检测原始数据质量如何，有没有接头，低质量碱基，用到软件fastqc和multiqc。其中multiqc整合多个样本的fastqc结果于一个文件中。
Captain_8659·2020-04-08 11:19

RNA-seq练习 第一部分（原始数据下载，提取fastq文件，fastqc质控）

原始数据来源于这篇文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE501771.下载原始数据https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE50177https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRX339951image.png点击697.2
生信start_site·2020-04-06 18:29

转录组入门学习（二）

常见测序平台和测序类型测什么决定怎么测干什么决定测多深2.2.测序基本原理singleendpairendmatepair链特异性测序2.3实验设计3.数据如何处理3.1数据预处理原始数据误差的来源质量控制FastQC
杨亮_SAAS·2020-04-05 14:02

学习小组Day3笔记--魏志辉

3--第三步，安装和配置miniconda4--第四步（重点），使用miniconda，也就是查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（生信需要的）软件，我们以fastqc为例，其实安装软件很复杂，甚至有专门的一门课来讲这个
魏志辉·2020-04-04 07:26

trimmomatic 转 fastp

之前一直用fastqc+trimmomatic数据质控，基于fastp快速方便等特点，研究转为fastp做质控。
zs_fighter·2020-03-26 08:29

【生信训练营-5】利用fastqcr做批量QC分析

FastQC是最常用的评估高通量测序数据质量的软件，相信做NGS数据分析的小伙伴们都应该很熟悉它的用法。
Rapp·2020-03-06 17:11

利用fastqc检测原始序列的质量

FastQC是一款基于Java的软件，一般都是在linux环境下使用命令行运行，它可以快速多线程地对测序数据进行质量评估（QualityControl），其官网地址为：BabrahamBioinformaticsFastQC
井底蛙蛙呱呱呱·2020-03-05 18:36

3、RNAseq(3)--对RNAseq测序数据的质量控制（fastqc）

质量汇报生成与读取fastq质量汇报使用命令fastqc-o来进行质量报告。
莫讠·2020-03-04 15:57

二代测序的数据的分析——质量控制

质量控制测序质量检查-FastQCFastqcFastqcwebsite(http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/))质量控制的测序质量检测是通过
科研虾·2020-03-04 11:36

宏基因组分析概述

测序数据预处理——质控：Trimmomatic测序数据预处理——质控统计：FastQC序列组装与基因预测——拼接：MEGAHIT序列组装与基因预测——ORF预测：Prodigal拼接和装箱binning
小王的学习杂记·2020-03-01 11:49

hisat2的使用, samtools

一、获得fastq文件参考：bam文件转换fastqPS:我获得的公司汇报的数据是.bam格式的,所以需要将bam文件转换fastq我的bam文件在/home/lchen/circ/;讲bam转换为fastqc
vicLeo·2020-02-28 08:23
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