fastqc

RNA-seq分析（STAR-RSEM-DESeq2）

注释文件，样本的fastq.gz文件检查fastq.gz是否完整md5sumsample.fastq.gz>md5.txtmd5sum-cmd5.txt#结果为OK既可，否则再次准备RNA-seq文件二、fastqc
清零2000·2021-12-14 15:00

16S测序分析（一）菌属丰度表获取

一、软件准备Linux环境：1.FastQC用途：质检下机数据软件地址：https://www.
胡童远·2021-10-26 11:00

转录组重建系统发育（一）使用fastp多rawdata进行处理

rawdata可以是从公司直接获得的测序数据或者是网上下载的数据，网上下载数据的流程参考使用SRAToolkit下载NCBI-SRA原始数据常规的质控和过滤数据是fastqc+trimmomatic，新出的
惊鸿影·2021-09-27 19:40

细菌基因组拼接（一）

⭐总纲材料：Illumina双末端测序原始数据（通常是两个fastaq的.gz压缩文件，文中为：sequence_1.fastq.gz和sequence_2.fastq.gz）软件：FastQC、Trimmomatic
lkj666·2021-08-07 20:14

RNA-Seq数据分析：cutadapt+hisat2+samtools+stringtie+deseq2

FastQC对当前测序数据的质量进行评估;Stringtie对数
zyp1997·2021-07-01 09:23

fastqc质控及multiqc整合使用记录

fastqc使用比较方便的可以设置线程批量操作，可以使用MultiQC综合报告查看。
土豆_leah·2021-06-27 07:53

Trim Galore ——自动检测adapter的质控软件

之前分析过的测序数据，数据质量都很好，给了我一个错觉质控的前后差别不是很大，内心里对质控这一步也就不是很重视，跑完质控有时也懒得看结果，拿到一批测序数据后，也总是忽略了去看测序策略是什么，按照固定的流程用fastqc
六六_ryx·2021-06-26 06:22

fastqc的安装和使用

打开下载目录cd/bigdata/wangxj/Gobi_16s/raw2、下载nohupwget-chttp://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc
小王的学习杂记·2021-06-21 01:14

【RSS】[2] Multiqc整合多样本FASTQ files

参考fastqc是一款基于java的软件，能够对测序数据的质量进行评估。
RachaelRiggs·2021-06-20 05:43

测序数据质控和预处理之fastp

fastp软件仅扫描数据文件一次，就可以完成FASTQC+cutadapt+Trimmomatic的功能；而且它使用C++开发，利用高效算法，并且支持多线程，加快了处理速度。
吴十三和小可爱的札记·2021-06-19 14:42

黑曲霉转录组实战

1软件安装https://www.jianshu.com/p/eb89ab4af035linux平台下需要安装的软件：fastqc，fastp，hisat2，samtools，htseq2下载基因组序列和基因组注释文件黑曲霉
佳名·2021-06-13 23:53

FastQC及MultiQC整合使用

因为是用跨平台的语言Java写的，自然而然FastQC应是可以在不同系统运行的了。不过也许大多时候我们还是在Linux服务器上用的多吧。
何物昂·2021-06-07 16:30

测序数据基本信息统计 | reads,coverage,depth

拿到数据后，先对数据进行质量评估，除了跑下Fastqc看下测序质量外，还需要统计测序reads数目、mappingratio、coverage、depth。现在一般human全外显子组要求
fatlady·2021-05-28 09:13

FastQC的基本介绍

FastQC的基本介绍:FastQC是一款基于Java的软件，它可以快速地对测序数据进行质量评估，其官网为：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects
迷路的南南见鸟·2021-05-19 15:50

RNA-seq(3):sra到fastq格式转换并进行质量控制

把RNA-seq(2)-2下载的sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量，理解各指标的意义。
Y大宽·2021-05-15 08:19

2018-02-07 记录一次变异检测实战过程

1原始材料准备双端测序材料：R1.fqR2.fq参考基因组：MH63.fa基因组注释文件:gffgftgff32软件准备fastqc:质量检测Trimmomatic：质控BWA：比对软件samtools
小郑的学习笔记·2021-05-13 22:04

整合QC质控结果的利器——MultiQC

不少生信工具都可以给样品生成一个评估结果，如FastQC、Qualimap和RSeQC等(39个转录组分析工具，120种组合评估)。
生信宝典·2021-05-12 06:14

fastqc结果判读（2018-05-25）

拿到原始数据后我们采用fastqC程序进行质控，看原始数据质量情况，fastqC会生成一个html结果报告，根据图形化界面，我们可以判断下机数据情况是否符合分析要求，fastqC总结如下：FastqC有
简单点lili·2021-05-08 12:57

WES(全外显子)分析(上)

创建环境：condacreate-nwespython=2condainfo--envssourceactivatewes1.2需要软件：ascp,samtools,vcftools,bcftools,fastqc
dandanwu90·2021-04-19 22:00

细菌基因组拼接工具比较（二）

目的：比较下目前常用的四款拼接软件：Velvet、SPAdes、SOAPdenovo、ABySS1.FastQC——质量评估FastQC是一款基于Java的软件，它可以快速地对测序数据进行质量评估，并生成网页版的报告
lkj666·2021-04-03 16:07

FastQC质控报告解读

一般FastQC分析结果产生有2种类型的文件，一种.zip，一种.html。直接点击.html文件，即可在浏览器中查看质控结果报告。
林枫bioinfo·2021-03-31 03:31

生物信息学分析的常用软件

youtube@bilibili)2)DNA-seq(2.1)MappingandQCRemoveadaptor:cutadapt,TrimmomaticMapping:Bowtie2,STARQC:fastqc
wangchuang2017·2021-02-16 14:44

DNA甲基化数据分析全流程

得到bedgraph文件后将个样本汇总为一个GR(GenomicRanges)文件，便于后续分析一、质控、去接头1.fastqc质控1.1主要参数-h打印帮助文档-o结果输出文件夹，
生信摆渡·2021-02-05 19:58

[实战1] Polycomb associates genome-wide with a specific RNA polymerase II variant, and regulates me...

数据处理流程目录软件安装[公共数据的获取---sratoolkit--prefetch][得到fastq格式的测序数据----sratoolkitfastq-dump]fastq数据的质量控制----fastqc
shine_9457·2021-02-05 15:13

生信分析学习笔记 - RNAseq （四） trimmomatic

image某RNAseq分析方法Trimmomatic软件承接本RNAseq分析上一部分，FastQC可以得到较详尽
班朱朱UP·2020-11-13 10:49

生信分析学习笔记 - RNAseq （三） FastQC评估

某RNAseq分析流程FastQC可以生成fastq文件的质量报告。BasicStatistics从read水平，概
班朱朱UP·2020-11-13 08:42

二代测序组装

#软件：质量控制：FastQC数据清洗：TrimmomaticStep2:组装Assembly#测序软件有很多参数，这些参数会影响测序结果，其中关键参数是K值3，基因组大小，基因组测序深度。使用测
纵春水东流·2020-10-21 12:48

FastQC&Trimmomatic的安装及使用

用FastQC或Trimmomatic去接头，低质量碱基Fastqc1、可直接对.fq.gz压缩文件操作2、结果默认路径生成在同文件的目录下，生成的文件夹为XX_fastqc,里面有fastqc_data.txt
古月福_·2020-10-10 19:11

转录组练习（3）

原文地址：https://www.jianshu.com/p/1174a53abe7d作业要求需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量
苏慕晨枫·2020-10-09 18:07

##规划##

5，数据可视化6，数据库构建——————mysqla)生信基础软件(blast++套件，fastqc，flash，blast，solexaQA，NGS-QC-toolkit，SRA-toolkit，fastx-toolkit
这是李金辉呀·2020-09-29 16:47

RNA-seq 数据上游分析

一、质控--FastQChttps://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/FastQC旨在提供一种简单的方法，对来自高通量测序的原始序列数据进行一些质量控制检查
生信摆渡·2020-09-16 19:33

RNA-seq 上游实战&排坑记录

RNA-seq上游实战&排坑记录一．流程总览（每个流程几乎包括参数详解，代码，结果，报错，注意）01.安装conda02.安装软件03.数据下载04.sratofastq05.fastqc质控06.Trim
南柒北陆·2020-09-16 17:30

转录组入门3：了解fastq测序数据

目的：用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量。
Duke_of_Connacht·2020-09-16 14:00

【原创】fastqc还是有必要做一下？2018-10-16-17

先新建一个fastqc.sh，内容fastqc文件名-o目标文件夹bashfastqc.shmultiqcMultiQC是一款批量查看QC结果的软件，大大节省了我们打开多个QC结果文件的时间condainstallmultiqcmultiqc
酷睿_1991·2020-08-26 16:08

第2篇：原始数据的质控、比对和过滤

学习目标用FastQC进行质控检测用Trimmomatic进行质量过滤用Bowtie2比对，
六六_ryx·2020-08-23 20:12

fastq文件格式处理工具系列学习

/FastQC/fastqc-o./–extract-ffastq-t4-qfile.fq.
whiffen_cann·2020-08-20 02:09

fastqc的使用

fastqc[-ooutputdir][--(no)extract][-ffastq|bam|sam][-ccontaminantfile]seqfile1..seqfileN-o用来指定输出文件的所在目录
SicongFu·2020-08-19 16:49

fastQC对RNA-seq质控

FastQC-AhighthroughputsequenceQCanalysistoolfastqc安装1.下载fastqc安装包（http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk
_eason_·2020-08-19 10:18

Linux学习笔记-Anaconda学习笔记-Anaconda 设置清华镜像源

之前在安装软件时看到大家都在说尽量使用Anaconda来安装，这样可以连同软件依赖的包一起安装，我自己才装了SRAToolkits和Anaconda两个软件，都是从Firefox网站下载后使用bash命令安装，另一个FastQC
垚垚爸爱学习·2020-08-18 18:11

利用TrimGalore去除adapter以及过滤fastq文件

学校网课笔记~今天的网课主要介绍怎么把原始的fastq文件根据fastqc结果进行去接头、以及过滤掉低质量的reads。
生信start_site·2020-08-09 04:45

宏基因组实战7. bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

宏基因组实战6. 不比对快速估计基因丰度Salmon

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

宏基因组实战5. sourmash基于Kmer比较数据集

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

16s扩增子分析注意事项和经验总结Tips

扩增测序技术选择：推荐使用PE250，性价比超高；原始数据使用fastqc质量评估，会发现数据右端末端质量较差，这是测序仪原理导致，我们在双端合并时还会利用另一端高质量序列
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:27

宏基因组实战3. MEGAHIT组装拼接及quast评估

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:27

一个细菌基因组完整分析脚本

本文转自“基因学苑”，已获授权分析流程图一、数据质控利用fastqc软件对原始测序reads进行指控，生成网页帮统计报告，根据报告内容对数据机型过滤。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:22

整合QC质控结果的利器——MultiQC

不少生信工具都可以给样品生成一个评估结果，如FastQC、Qualimap和RSeQC等(39个转录组分析工具，120种组合评估)。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:21

数据的质量控制软件——fastQC

在分析此序列以得出生物学结论之前，应该执行一些简单的质量控制检查，以获得较好的原始数据，并且确保数据中没有任何问题或偏差，本文就来介绍一款简单常用的质量检测工具fastQC。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:47

质量检测：FastQC

拿到测序数据后我们首先要进行质量评估（QualityControl），常用的工具就是FastQC。
oddxix·2020-07-30 21:38

fastQC

这是一个基于java的分析程序，可以输入FastQ，BAM，SAM等格式的数据文件，然后程序将进行一系列评估分析。分析完之后提供一系列图表信息，从这个信息您可以知道您的数据质量怎么样，哪里存在问题。分析的内容包括：测序数据的基本信息每个碱基的质量值每条reads序列的质量值每条序列的ATCG组成每条序列N的含量每条序列的长度分布序列中duplication程度K-mer信息当二代测序的原始数据拿到
晓佥·2020-07-30 13:27
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