illumina测序第12页

luna 月神

Illumina是目前上市硅谷公司排名前十的公司lunaDNA（月神）爱惜哦来袭，目前盲投阶段发币三月上线四月比例：未知发币总量：未知硬顶：2000万美元（亚洲1500万，美国500万）官网：https

Jerryccyy·2023-10-31 11:43

第六期Day7笔记--徐沫沫

徐沫沫·2023-10-31 08:35

10X单细胞空间联合分析之cell2location的详细梳理

在这里，使用10X单核RNA测序(snRNAseq)和从小鼠大脑的相邻组织切片生成的Visium空间转录组数据（单

单细胞空间交响乐·2023-10-30 23:09

基因组denovo测序与meta联合分析

在生物进化的过程中，动植物和微生物存在互利共生的关系，如人肠道菌群的微生物。物种的不断进化，菌群的变化对物种的免疫功能、生长状态也有着巨大的影响。已有研究表明，利用宏基因组学对人体口腔微生物区系进行研究，发现了50多种新的细菌，这些未培养细菌很可能与口腔疾病有关。此外，在土壤、海洋和一些极端环境中也发现了许多新的微生物种群和新的基因或基因簇，通过克隆和筛选，获得了新的生理活性物质，包括抗生素、酶以

花生学生信·2023-10-30 11:19

DNA甲基化数据分析(二)

DSS是一个R包，对基于计数的测序数据进行差异分析。它可以检测来自RNA-seq的差异表达基因（DEG），以及来自亚硫酸氢盐测序（BS-seq）的差异甲基化位点或区域（DML/DMR）。

杨博士聊生信·2023-10-30 10:21

三维基因组 | 棉花《Nature Plants》 2018

目前基因组测序获取了大量物种的染色体的一级结构（通俗讲DNA序列），对于基因功能研究起到了重要的作用，但染色体的高级结构（3D结构）对于基因功能研究也是不可或缺的。下面小编介绍一讲3D结构

生信师姐·2023-10-30 07:53

了解大数据时代的生物信息

早上赵老师介绍了测序技术的发展历程，我们了解到一代的基因测序设备并不完善，因此二代在此基础上研发出较多设备帮助人们去进行研究，现在的三代已有了较多的仪器，能够测得更多的基因序列，具有很高的准确度。

青山见我_11fa·2023-10-30 07:00

2019-10-02-学习使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析记录

/devel/workflows/vignettes/RNAseq123/inst/doc/limmaWorkflow_CHN.html摘自原文：在这篇工作流程文章中，我们通过分析来自小鼠乳腺的RNA测序数据

程凉皮儿·2023-10-30 05:34

高通量测序技术与转基因分子特征

高通量测序技术与转基因分子特征以下文章来源于核酸检测科学前沿，作者hsjsqy20近年来，随着测序技术的发展，基于高通量DNA测序技术的转基因植物分子特征分析为精准解析转基因植物的分子特征提供了新的思路

天明豆豆·2023-10-29 16:24

202310-MetaPhlAn4安装和使用方法-Anaconda3- centos9 stream

MetaPhlAn4是一种基于DNA序列的微生物组分析工具，它能够从宏基因组测序数据中识别和分离微生物的组成。

小果运维·2023-10-29 11:03

2021-12-10

本文作者使用单细胞RNA测序的方法，分析了35个早期NSCLC病变中的36

图灵基因·2023-10-29 09:18

HIFISAM 组装

hifiasm是一个能有效利用PacBioHiFi测序技术，在分型组装图(pahsedassemblygprah)中可靠的表示单倍体信息的算法。

笺牒九州的怪咖·2023-10-29 07:32

生信课程笔记8-序列特征和基因模型

基因模型被定义为基因产物的描述，包括来源于计算预测、mRNA测序或遗传特征的基因产物。该基因特征旨在近似覆盖该领域的工作者认为是基因的核酸区域。

果蝇饲养员的生信笔记·2023-10-29 07:34

工作流开源系统--DRAKE

包括下一代测序技术(NGS)打开了数据分析的空间，生物学成为数据密集领域，越来越多的生物数据需要通过复杂的计算工具（集群、云端和网格计算）进行NGS处理和分析。

袁一白·2023-10-29 05:03

20210520【生信星球】-测序知识

测序知识.png参考：illumina公司原理介绍密码：bxsry4文章《测序的世界》初涉测序名词结构化测序技术原理及常用数据格式简介第三代测序[图片上传中...

我就是那只猪脚·2023-10-29 04:14

斯坦福科学家在 GitHub 开源了莫德纳 mRNA 新冠疫苗的基因测序

转自：机器之心在世界范围内，RNA疫苗已经成为应对疫情的关键工具。辉瑞、莫德纳等生物科技公司也早早地推出了自己研发的新冠疫苗。随着疫苗接种范围的扩大，这些疫苗中的mRNA正在成为人类世界中的新物种。因此，我们有必要加深对它们的了解。近日，斯坦福大学的几位科学家在GitHub上公布了一份包含莫德纳新冠疫苗mRNA序列的新文件，或有助于增加我们对该疫苗的了解。GitHub链接：https://gith

开源前哨·2023-10-29 03:06

单细胞测序--Seurat标准流程

单细胞测序--Seurat（上）--创建对象和数据预处理参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/134124866需要这三个文件：1）barcodes.tsv：样本中所有的细胞的条码

Seurat_Satija·2023-10-29 01:16

简短介绍下如何用GCE确定GWAS阈值

GWAS大家都很熟悉了，随着目前越来越多的重测序文章的发表，可见如今SNP数据是非常的丰富，以及GWAS也发展了15年了，如今到了一个后GWAS时代。

只看不写_nathan·2023-10-28 23:57

在线作图|你不知道的绘制带聚类树的堆叠柱状图的方法

比如，在微生物组成谱和宏基因组测序中，堆叠柱形图常常用来展示微生物物种的组成情况。imageQue

维凡生物·2023-10-28 23:28

Chip-seq简介

与蛋白质的相互作用，首先在活细胞内固定DNA与蛋白结合的复合体，然后用蛋白特异性的抗体，通过抗原抗体特异性结合的免疫学手段捕获该复合体，然后洗脱蛋白质，得到与目的蛋白结合的DNA片段，将富集到的DNA片段进行上机测序

生信修炼手册·2023-10-28 16:54

chip_seq质量评估之计算样本间的相关性

为了保证重复样本具有较好的一致性，除了在实验上保证操作流程的规范化，对于测序数据，我们也需要对其进行评估。

生信修炼手册·2023-10-27 20:53

运行picard FixMateInformation的问题

运行picardFixMateInformation单端测序数据正常，运行两端测序数据没有结果。

浩瀚之宇·2023-10-27 16:30

群体遗传学习笔记：NGS结构变异检测原理

随着测序的成本越来越低，测序技术越发先进，除了研究单核苷酸多态性(SNP)。研究者们开始慢慢将目光转向了各位复杂，但是也同样非常常见的结构变异(SV)。

lakeseafly·2023-10-27 06:49

2021-12-26 测序 TPM

TPM与RPKM和FPKM是相似的，但是其对测序深度和基因长度归一化的顺序不一致，得到的结果也略有差别。Step1:对每个基因的长度进行归一化。

一去二三·2023-10-27 03:46

2021-11-18

2020-05-2610:17某物种基因组被测序后，大部分课题组都会发表一些基因家族分析的文章，此举常常被误解为“灌水”，其实不然，理清基因组内基因家族成员分类组成，是挖掘和物种特性相关的生物学问题的第一步工作

844ed84ba80d·2023-10-27 01:04

用scaffold10x基于10x genomics数据做genome scaffolding

背景介绍在得到初步的组装结果之后，如果手上有10xgenomics的基因组测序数据的话，除了可以用supernova基于10x数据独立组装出一个新版本的基因组外(详见我的往期推送10x基因组数据的组装)

卖萌哥·2023-10-27 01:33

宏基因组，代谢组：高分文章中物种与代谢物相关性热图是怎么画的？

测序行业的蓬勃发展，带来微生物组学日新月异的变化。目前，单一组学的文章不断“贬值”，前沿研究的目光从单一组学逐步拓展至多组学对贯穿分析，即结合多个组学的分析角度，从多个层面阐述生物学机制。

Seurat_Satija·2023-10-26 15:49

【文献解读】cell-发育中的人类心脏的时空、器官范围的基因表达和细胞图谱

通过单细胞RNA测序鉴定的人胚胎心脏细胞类型，证实并丰富了胚胎心脏基因表达的空间注释。然后使用

六博说·2023-10-26 13:45

宏基因组学研究—宏基因组Reads的组装与分类/分箱

1.高通量测序是探索宏基因组学研究的一个工具1.1与参考基因组进行Mapping来重构宏基因组Reads许多微生物未被分离，数据库中无相关信息；利用宏基因组Reads与当前已知数据库进行比较分析，可以对数据产生新的理解

JarySun·2023-10-26 09:10

学习小组Day7--魏东升

想不到测序这么复杂，迷迷糊糊先写个轮廓。其实差的很远，重点知识还是二代测序知识吧，由于样品的浓度不够，所以，需要巢式PCR扩增测序样品，过程非常繁琐。

魏东升_1b7f·2023-10-26 08:06

生信格式之sam、bam

一、sam、bam简介1、samSequenceAlignment/Mapformat，直译就是序列比对格式；序列比对是测序结果分析中最基础的一步操作，它主要基于参考序列信息回答了每条reads来自人的哪条染色体的哪个区域

小贝学生信·2023-10-26 03:59

根据已有序列提纯二三代测序数据

提纯二代数据bwaindexreference.fastabwamem-t10reference.fastaillumina_1.fastqillumina_2.fastq>[email protected]>out.bambedtoolsbamtofastq-iout.bam-fqmito_f1.fq-fq2mito_f2.fq提纯三代数据bwaindexr

马连洼小法师·2023-10-25 23:44

2021-10-01-day7-重点是

国庆节快乐~今天的作业是关于测序知识的。这个我第一天就循着生信星球的文章看过，今天系统看了一下，收获颇多。

重点是·2023-10-25 19:25

人体微生物研究能改善临床肿瘤治疗吗?

利用突破性的DNA测序技术，科学家们确定了数以百万计的基因和成千上万种不同的物种，在我们体内的各种各样的细菌、病毒、真菌和单细胞微生物构成了人体的微生物世界。“微生物群落是一种复杂的代谢器

亨利福特健康·2023-10-25 17:16

RNAvelocity系列教程5：scVelo 的基本知识

首先，scVelo的输入数据是（未剪切）和（剪切）的两个计数矩阵，这些矩阵可以从标准测序协议中获取，如使用velocyto或loompy/kallisto计数管道。

Seurat_Satija·2023-10-25 17:18

Fastq文件的获取

下安装SRAToolkit工具使用SRAToolkit工具下载SRA数据Fastq文件的获取author:CYH-BIdate:2023.10.25Fastq文件得获取,可以从NCBI获取，也可以自己测序得到结果

CYH-BI·2023-10-25 12:37

转录组之序列剪切（Trimmomatic）[学习笔记通俗易懂版]

2023年7月6号本文知乎地址：https://zhuanlan.zhihu.com/p/642000061在这里我们们先介绍以下为什么需要进行序列剪切；序列剪切（sequencetrimming）是在测序数据分析中的一

CYH-BI·2023-10-25 12:07

现在这三本低分期刊已经对纯生信不友好了

注意：我们所说的纯生信是没有补任何实验和自己的测序数据的。NO.1MedSciMonit，影响因子：2.649，中科

SCI狂人团队·2023-10-25 09:03

单细胞 RNA 测序揭示与肾透明细胞癌复发相关的巨噬细胞亚群

2021年5月27日，美国哥伦比亚大学欧文医学中心和赫伯特欧文综合癌症中心研究人员在Cell上发表关于与肾透明细胞癌复发相关巨噬细胞亚群研究的文章，该研究采用单细胞RNA测序技术对11位未治疗的肾透明细胞癌

晶典教你玩转科研·2023-10-25 03:56

最完整的人参考基因组

国际人类基因组测序协会在2001年发表了人类基因组草图，今天这篇文献2021年5月27由Telomere-to-Telomere(T2T)发表于bioRxiv，刚好在草图发布20周年之后。。

xiaoji_hb·2023-10-24 22:37

高通量测序中的接头（adapter）到底是什么

首先放一张测序示意图，在DNA片段两端所加的序列即接头序列，也就是我们今天要讲述的主角。

云养江停·2023-10-24 18:52

单细胞预测doublets软件

在做单细胞测序时，常常出现一定比例的doublets,可以通过DoubletFinder去除。

生信编程日常·2023-10-24 07:51

2019-08-26

第一步进行末修，即在末端磷酸帽子保护碱基；第二步在3’端加A，把接头加到需测序片段的两端，是将基因转化为可以上测序仪的状态；第三步则是扩增，因为之前的效率不

参错·2023-10-23 20:18

组间差异分析神器-STAMP | 分析技能

在微生态研究中，当我们做完16S或宏基因组测序等多样性测序后，想找出不同处理组之间差异物种或差异基因，一般常用的组间差异分析metastats（只能用于两组之间的差异比较）、LEfSe、秩和检验等。

斗战胜佛oh·2023-10-23 15:27

构建一个近乎完整的植物基因组

shotgunOLC（CELERAassembler）：木瓜、大豆、杨树等早期测序植物。454/IlluminaDBG短序列高深度带来植物基因组组装大爆发，但质量

生物信息与育种·2023-10-23 14:47

2022-04-14

NatBiotech|从DNA片段谱推断基因表达原创榴莲不酥图灵基因2022-04-1407:03收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：榴莲不酥IF=54.908推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：无细胞DNA测序的表观遗传表达推断

图灵基因·2023-10-23 05:17

学习小组Day7——林瑶

一代测序（Sanger测序）：利用双脱氧核苷酸ddNTP去摸索DNA分子二代测序构建DNA文库上样桥式PCR测序名词结构化基因组学（核酸序列分析）转录组学（基因表达分析）蛋白质组学代谢组学Day7.png

瑶_4ff9·2023-10-23 05:18

系统发育常见软件与在线工具合集

1.数据获取1.1测序数据整理DNAstarDNAstar是一个序列编辑和分析的全功能包，其子包Seqman能比对和手动调整Sanger测序文件，操作简单，但默认不解析少量低质量测序结果的测序文件Chromas

张振zz·2023-10-23 01:54

用IGV判断NGS链特异性

现在很多人都从NCBI上下载高通量测序的SRA文件重新分析利用，想要更加准确地利用这些数据，首先要明确SRA的特征。测序的目的是一方面，建库的类型是一方面，链特异性也是很重要的一方面。

木制品_1125·2023-10-23 00:49

检测snp和InDel的工具：snippy~可用于检测两条fasta序列之间的变异生成vcf格式文件

github主页对软件的介绍image.png通常利用二代测序数据检测单核苷酸多态性(SNP)和插入缺失（InDels）变异的基本流程是1测序数据与参考基因

小明的数据分析笔记本·2023-10-23 00:47

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