illumina测序第9页

Duplicated Reads

谈到NGS数据的duplicatedreads（暂且翻译为“重复数据”），我们通常会直观地认为：duplicatedreads是在NGS文库构建过程中，由于PCR过度扩增导致同一个模板DNA片段被反复测序多次

村长吃火锅·2023-12-03 23:15

2021-05-25 picard和beagle软件使用过程中遇到的各种问题

去除PCR扩增重复序列由于构建文库的时候进行了pcr扩增，然后进行测序，这么测

AsuraPrince·2023-12-03 14:54

转录组测序3-序列基因组比对

转录组测序是最常用的组学实验，对全谱基因定量，找到差异表达基因。

纪伟讲测序·2023-12-03 11:32

Sanger测序峰图矢量图的导出

Fig1.pngA3纵向：~126nt碱基横向：~180nt碱基A4纵向：~87nt碱基横向：~126nt碱基A5纵向：~59nt碱基横向：~87nt碱基B4纵向：~108nt碱基横向：~156nt碱基B5纵向：~74nt碱基横向：~108nt碱基Executive纵向：~76nt碱基横向：~112nt碱基Statement纵向：~56nt碱基横向：~91nt碱基信纸纵向：~90nt碱基横向：~1

佳名·2023-12-03 08:48

GEO数据库下载

GEO（GENEEXPRESSIONOMNIBUS），https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/，由美国国立生物技术信息中心NCBI创建维护的，是个公开的基因数据库，包含了测序和芯片数据

翾格格·2023-12-03 00:12

2019-07-09

宏基因组：宏基因组研究以环境中所有微生物基因组为研究对象，通过对环境样品中的全基因组DNA进行高通量测序，获得单个样品的饱和数据量，基于denovo组装进行微生物群落结构多样性，微生物群体基因组成及功能

YX_Andrew·2023-12-02 22:47

病原微生物高通量测序数据分析笔记

https://ngs-data-for-pathogen-analysis.readthedocs.io/zh_CN/latest/index.html

生物信息与育种·2023-12-02 12:37

MAGIC||利用流形学习还原单细胞的基因表达

单细胞转录组测序数据由于测序技术的问题，常常难以捕获到低表达的基因，从而出现大量的零值，这些零值通常被称为“dropout”。

生信编程日常·2023-12-01 21:15

2020-07-31

这些缺口通常包含重复的DNA片段，非常难以测序，但是这些重复片段却是控制人类遗传信息变异最丰富的区域之一，可能隐藏着理解人类生物学

TOM_5462·2023-12-01 14:25

如何绘制带置信区间的物种积累曲线

背景稀释曲线（Rarefactioncurves）是从样品中随机抽取一定测序量的数据（序列条数），统计它们所对应的OTUs种类（代表物种），并以抽取的测序数据量与对应的代表OTUs来构建曲线。

不想当厨子的裁缝不是好司机·2023-12-01 13:36

Seurat24节气之10夏至---整合方法merge()与IntegrateData()

随着单细胞测序技术的成熟，越来越多的研究者选择应用该技术来阐释手上的生物学问题。同时单细胞也不再是单样本单物种单器官的技术，往往会用到多样本整合分析的技术，这方面Seurat团队是最值得关注的。

Seurat_·2023-12-01 12:48

2022-04-28

day7测序技术知识——罗wb测序技术原理及平台.png测序技术原理及常用数据格式简介（*****）https://mp.weixin.qq.com/s/zPa2G5gzl-sTFAi-qAzbvA各测序技术的参数及特点微信图片

婉_870f·2023-12-01 12:03

基因组浏览器使用 (EPGG)

基因组浏览器是高通量测序分析的一个重要的可视化工具。

生信宝典·2023-12-01 11:53

植物发育过程中，如何驱动共生微生物组的动态变化？

期刊《Microbiome》影响因子14.65近期，派森诺与中国科学院生态环境研究中心、中国科学院大学合作，又双叒在《Microbiome》发表论文，通过扩增子测序和宏基因组测序等方法，研究了植物发育过程中微生物群落与气候

felix108·2023-12-01 07:01

Tools:aspera上传数据到SRA数据库

注意：第6步，文件名，测序是R1和R2这种，把R1和R2放在同一行，最后面一栏filename，filename2分别填写R1和R2的完整文件名。上传数据到数据库。选择

wo_monic·2023-11-30 22:17

学习小组Day7笔记—白兔儿溜溜

测序知识基因测序技术的发展历史一、二、三代测序基因测序技术.png二代测序大体流程现在的测序平台基本都是illumina公司出品的。

白兔儿溜溜·2023-11-30 15:24

【现学现卖】宏基因组数据与深度学习

现在测序技术发展快速，序列数据越来越多，NCBI中SequenceReadArchive(SRA)数据库中的reads成倍地增长。

乔伊nikkie·2023-11-30 13:34

甲基化-全基因组甲基化测序WGBS & RRBS

回顾表观基因组中5mC(DNA甲基化)概述：在甲基转移酶的作用下，DNA序列中的胞嘧啶(C)5`碳位结合一个甲基基团形成5`-甲基胞嘧啶的现象。DNA甲基化检测技术包括：基于Bisulfite转化的检测技术、基于限制性内切酶的检测技术、基于免疫共沉淀的检测技术。基于Bisulfite转化的检测技术通过亚硫酸氢盐将基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U，进行PCR扩增后变成T，而有甲基化修饰的C碱基则

b2ad98a9e7bd·2023-11-30 08:43

隐马尔可夫模型笔记

1.定义隐马尔可夫模型是关于时序的概率模型，描述由一个隐藏的马尔可夫链随机生成不可观测的状态序列，再由各个状态随机生成一个观测而产生观测序列的过程。

MusicDancing·2023-11-30 03:50

跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控（QC）及合并去除批次效应

KS科研分享与服务·2023-11-30 02:34

单细胞测序文献解读-拟南芥根系单细胞测序揭示根系细胞发育轨迹

单细胞转录组测序作为区别于传统Bulk-RNA测序的新兴技术，更好的解决了传统研究中存在的细胞异质性问题，为细胞类型鉴定及新细胞类型发现、细胞发育轨迹和功能分析等提供了良好的解决方案，已广泛应用于人类和动物研究

felix108·2023-11-29 23:18

学习小组Day7笔记--阿星

学习小组Day7测序和组学思维导图.png测序和组学1.测序重点关注三代测序的原理和优缺点2.组学初步了解基因组学和转录组学的意义和应用场景3.七天总结这七天用最快的方法入门和学习了生信的核心内容。

阿星爱小羊·2023-11-29 23:51

转录组测序学习第二弹

安装软件前面已经安装好了conda，那么我们现在需要安装我们后续需要用到的软件1.先进入我们前面建立的虚拟环境中condaactivatemy_env2.安装软件condainstall-ysra-toolscondainstall-ytrimmomaticcondainstall-ycutadaptmultiqccondainstall-ytrim-galorecondainstall-ysta

长腿猴子请来的救兵·2023-11-29 18:50

2020转录组RNA-SEQ上游分析

conda使用清华源下载sh脚本并安装设置镜像源conda环境创建激活和退出环境conda安装软件质量评估@fastQCfastq格式FsatQC软件multiqc综合所有qc结果解读单一碱基占比单碱基测序质量在

super_qun·2023-11-29 18:20

不用linux转录组数据分析,无参考基因组的转录组测序分析流程

下边上干货.1.分析流程：2.分析步骤2.1数据预处理，质控过程，与有参考的转录组分析一致2.2UniGene拼接目的：将预处理后reads进行拼接，得到拼接结果。原理：应用deBruijngraphpath算法对reads进行denovo拼接；对上一步的拼接结果，再用HamiltonPath算法拼接。结果：UniGene序列，UniGene统计信息，序列长度分布图2.3数据库注释目的：对拼接得到

师敬超·2023-11-29 18:49

转录组学习第5弹-比对参考基因组

比对参考基因组在构建文库的过程中需要将DNA片段化，因此测序得到的序列只是基因组的部分序列。

长腿猴子请来的救兵·2023-11-29 18:12

计算不同组别间差异甲基化位点和区域的R包—DSS

DSS(DispersionShrinkageforSequencingdata)，为基于高通量测序数据的差异分析而设计的Bioconductor包。

黄晶_id·2023-11-28 16:39

bioinfo100-第13题-从双序列比对开始学起

经过我们之前的12个问题，我们对Illumina测序的原理，测序的储存模式，测序数据的质控已经有了一个比较清楚的认识。那么我们今天就开始用接下来的若干次提问来学习与比对有关的知识。

RachaelRiggs·2023-11-28 04:12

HMM基础

三、HMM的3个问题（一）概率计算／评估------likelihood给定模型参数以及观测序列，求当前模型参数下生成给定观测序列的概率。图3.1likelihood问题1、穷举法图3.2穷举法2

cherryleechen·2023-11-27 16:06

R语言实现OTU表的抽平分析

相信大家平常在16sRNA测序后，一般都会对测序数据划分后生成的OTU表进行抽平，保证保证样本测序序列的均一性。那么今天就来讲一下如何使用R语言来实现对OTU表的抽平分析。1抽平是什么？

fafu生信小蘑菇·2023-11-27 13:03

混合（Pooling）样本测序研究

1.混合测序基础测序成本虽然下降了，但对于植物育种应用研究来说还是很高，动不动就上百群体，小小植物个体价值又低，测完了很可能后面就用不到了。这时，混合样本测序是一种省钱的好办法。

生物信息与育种·2023-11-26 19:46

python检测序列中的元素是否满足严格升序关系

方法1deflessThan1(seq):forindex,valueinenumerate(seq[:-1]):ifvalue>=seq[index+1]:returnFalsereturnTrue方法2deflessThan2(seq):func=lambdax,y:x

el psy congroo·2023-11-26 07:02

这篇11分文章还留了个宝藏给你

11.878)的一篇文章，“Anatlasoftheaginglungmappedbysinglecelltranscriptomicsanddeeptissueproteomics”，本文通过联合单细胞转录组测序技术和蛋白质谱去分析了衰老对小鼠肺组织细胞活性的影响

科研菌·2023-11-26 06:41

基因组在动物的实际应用综述

•也可能会出现从基因型微阵列到测序的转变。摘要许多牲畜物种的高维基因组信息的获取正在加速。这不仅得益于基因分型成本的持续降低，而且还得益于利用基

Hello育种·2023-11-26 05:17

qRT-PCR相对定量计算详解qPCR相对定量计算方式——2^-(∆∆Ct) deta t

做完转录组分析之后，一般都要求做qRT-PCR来验证二代测序得到的转录本表达是否可靠。

生信小博士·2023-11-25 15:01

LoRDEC 利用二代数据纠错PacBio 数据

LoRDEC是一个利用二代测序短序列reads矫正三代测序长reads的工具，利用准确度高的NGS数据构建deBruijnGraph（DBG）对三代长Reads进行纠错，适用于PacBio和Oxford

迎着阳光走·2023-11-25 11:18

生信课程笔记12-负二项分布与测序

随机变量随机试验的样本空间为Ω，如果对于每一个样本点ω∈Ω，有一个实数X(ω)与之对应，这样得到一个定义在Ω上的单值函数X=X(ω)，则称X(ω)为随机变量，简记为X。也就是说，随机变量X是一个从Ω到实数域R的函数，它的定义域为Ω，它的值域X(Ω)为R或R的一个子集。通常用X,Y,Z表示随机变量，用x,y,z表示随机变量的取值。引入随机变量是为了将随机试验数量化，便于对其规律性进行研究。例如，随机

果蝇饲养员的生信笔记·2023-11-25 10:06

NC：樊嘉/杨欣荣合作团队等报道单细胞测序解析肝癌循环肿瘤细胞的时空异质性和免疫逃逸新机制

2021年07月02日，Naturecommunications在线发表了复旦大学（中山医院）肝癌研究所樊嘉院士、杨欣荣教授团队与深圳华大生命科学研究院合作的最新成果DissectingspatialheterogeneityandtheimmuneevasionmechanismofCTCsbysingle-cellRNA-seqinhepatocellularcarcinoma。论文通过单细胞

尐尐呅·2023-11-25 07:54

群体结构分析 | Pophelper 的“平替版”

基于重测序数据的群体结构分析，很多时候，我们会用一款软件，即Admixture（替代传统的Structure，后者太慢了）。输出的结果可视化，才能方便下游分析。

生信石头·2023-11-25 07:46

VirtualBox 中练习安装linux系统centos7

，只要下载好vbox软件，双击运行一直下一步就安装好了：下载地址：https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads2.2下载centos7系统iso文件：海量的高通量测序数据

组学大讲堂·2023-11-25 04:45

疫情.怡情(之三百九十九)

该发现是由弗朗切斯科·布罗科洛教授领导的米兰研究小组与那不勒斯合作研究发现的，已经对该毒株完成了全部测序。并于今日正式保存在两个主要的国际数据库Pubmed和Gisais中。

飞扬的雪ing·2023-11-25 01:41

真菌基因组研究高分策略（一）：比较基因组揭示真菌菌丝和多细胞的起源

随着测序技术的发展，高通量测序揭示了真菌群落巨大的系统发育和功能多样性，高质量真菌基因组的组装已经成为研究菌丝和潜在基因的进化起源的有力工具。

SHANGHAILINGEN·2023-11-24 23:58

单细胞专题 | 带你“走近”单细胞转录组测序

◆单细胞测序的概念◆上节我们讲到转录组测序相关内容，这期将继续学习单细胞转录组测序。

爱基百客·2023-11-24 23:27

关于植物单细胞转录组提核还是制备原生质体的思考

目前植物单细胞转录组测序主流平台的输入都是原生质体悬液或者细胞核悬液。那么到底采用哪种更好呢？啥？成年人少做选择？看看账上，摸摸兜里，得有财力支持啊！本期，聊聊这个主题，有错的话请读者留言批评。

SHANGHAILINGEN·2023-11-24 23:56

自然综述：单细胞和空间组的数据整合方法

然而，单细胞测序破坏了细胞间的空间关系，而空间转录组并不能区分出特定的细胞。

概普生信·2023-11-24 18:29

BSA分析详解

Bulkedsegregationanalysis）即混合分组分析（BSA，or集群分离分析法），也称分离群体分组分析，是指利用目标性状存在极端表型差异的两个亲本构建分离群体，在子代分离群体中，选取两组表型差异极端的个体分别构建混合池，结合高通量测序技术对混合样本测序

awk_bioinfo·2023-11-23 18:38

练习八-利用有限状态机进行时序逻辑的设计

案例：重复检测序列，实现检测功能是：5进制“10010。考虑到序列重叠的可能，有限状态机共提供8个状态（包括初始状态IDL

向兴·2023-11-23 17:38

Kraken2安装与数据库构建2022-01-02

我将其用于测序数据以及序列的物种的物种注释，检查测序数据以及序列是否有污染。

土雕艺术家·2023-11-23 08:28

学习：StatQuest-RNA-seq

RNA-seq的建库过程image.png上图是RNA建库的步骤RNA测序过程image.pngimage.pngimage.png采取边合成边测序的原则,不同碱基,带有不同荧光,测序仪测出不同荧光image.pngRNA-seq

小潤澤·2023-11-23 06:32

跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类

KS科研分享与服务·2023-11-22 15:15

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