illumina测序

初学者也能看懂的隐马尔科夫模型介绍

点击上方“小白学视觉”，选择加"星标"或“置顶”重磅干货，第一时间送达隐马尔科夫模型是（hiddenMarkovmodel，HMM）是可用于标注问题的统计学习模型，描述由隐藏的马尔科夫链随机生成观测序列的过程
小白学视觉·2023-11-04 11:37

二代测序之SNV基础知识笔记总结

二代测序之SNV基础知识笔记总结文章目录二代测序之SNV基础知识笔记总结SNV基础知识SNVsMutationvs.Variant[变异和突变]不同层次的突变DNA：1.编码DNA（codingDNA）
唯有学习才能拯救世人·2023-11-04 09:06

php c端,蛋白测序（N端，C端测序）

对蛋白进行N-端测序分析，有利于帮助分析蛋白质的结构，了解蛋白质的生物学功能。C端序列是蛋白质和多肽的重要结构与功能部位，对蛋白质的生物功能起作用。
ScandalRafflesia·2023-11-04 09:02

测序是测量你的遗传信息

测序是测量你的遗传信息遗传信息，大家应该都清楚，如果不清楚的话麻烦各位翻一翻高中的肺炎双球菌实验，讲的就是啥是遗传信息，如何发现遗传信息的。放张图，方便大家回忆。
wangchuang2017·2023-11-04 09:32

基因测序技术发展历史及一、二、三代测序技术原理和应用

基因测序技术发展历史及一、二、三代测序技术原理和应用红皇后学术公众号：红皇后学术（ID:zzlphs2516）已关注125人赞同了该文章基因测序技术基因测序技术也称作DNA测序技术，即获得目的DNA片段碱基排列顺序的技术
wangchuang2017·2023-11-04 09:02

第三代测序技术在微生物研究中的应用

第三代测序技术在微生物研究中的应用曹晨霞,韩琬,张和平摘要：1977年Sanger发明的双末端终止法开启了测序之旅，而测序技术在30多年内不断革新。
wangchuang2017·2023-11-04 09:02

测序仪的序列：DNA测序的历史

测序仪的序列：DNA测序的历史作者链接打开覆盖面板JamesM.HeatherBenjaminChain展示更多添加到门德利分享引用https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2015.11.003
wangchuang2017·2023-11-04 09:02

测序简史

测序简史一代二代测序三代测序一文从一代到最新的测序技术，希望能够帮助你。序这几天天气很热，热的人心惶惶。因此一直提上日程的所谓的测序简史，也没有时间去好好的落实。
wangchuang2017·2023-11-04 09:02

高通量测序技术和序列拼接算法探析

摘要：高通量测序(High-throughputSequencing,HTS)技术是继第一代测序技术之后发展起来的一种新型测序方式,又被称为下一代测序技术。
wangchuang2017·2023-11-04 09:31

7种测序平台

1.illumina测序化学原理2.HiSeq测序仪工作原理3.PacBio单分子超长测序4.IonTorrent测序5.X10人全基因组测序6.illumina公司的NanoWell测序技术7.第一代
acoikw2620·2023-11-04 09:55

基于Edman降解的蛋白质测序法的用途详解

分子生物学的出现提供了另一种更快速的方法，即通过对相应基因的测序来实现。设计寡核苷酸探针（用于基因克隆过程）和确认分离出的克隆确实是相关的部分都需要部分蛋白质序列。
Li_yuntalkBio·2023-11-04 09:53

Edman降解蛋白测序法的基本步骤解析：耦合和裂解过程

Edman降解法耦合过程Figure1.多肽的Edman降解蛋白N端测序异硫氰酸苯酯（PITC）在多肽链的N端与a-氨基（或在脯氨酰残基带有亚氨基的情况下）进行反应，形成末端残基的苯硫代氨基甲酰基衍生物
Li_yuntalkBio·2023-11-04 09:53

蛋白质N端测序服务

卡梅德生物采用岛津公司Edman测序系统（PPSQ-31A），为广大科研工作者和科研客户提供纯化后蛋白产物、抗体以及蛋白疫苗的N端测序服务。采用我们的测序系统，可以测定N端30个氨基酸的序列信息。
卡梅德生物·2023-11-04 09:48

病原微生物扩增子数据分析实战（一）：bcl2fastq软件完成数据拆分

闲话少叙，首先介绍一下项目背景：测序平台:IlluminaMiSeq，双端（Paired-end）测序服务器：CentOS7操作系统，128G内存，CPU48线程编程语言：Bashscript、PythonNGS
简说基因·2023-11-04 07:33

BWA和Bowtie的安装使用及区别

本学期在学习谈老师讲的基因组重测序数据比对和变异检测软件这一章时，我们了解到了短序列比对软件主要有以下几种：主要短序列比对软件其中，BWA和Bowtie的使用较为普遍，接下来对这两个软件的安装使用进行介绍
可堪醉卧_b370·2023-11-04 05:24

测序技术

众所周知，DNA序列就是有TCGA四种碱基按照一定的排列顺序排列而成，但是如何才能将每一个位置上的碱基识别出来却是一个很难解决的问题，正是因为这要的需求，测序技术也在科学家们的不断努力下开始慢慢的发展了起来
护旗小能手·2023-11-03 22:30

RNA-seq 分析流程 —— 概述

前言接下来我们要介绍的是RNA-seq数据的处理分析流程，根据RNA-seq测序技术的不同，可以分为三种：Starketal.NatRevGenet(2019)short-readlong-readdirectRNA-seq
名本无名·2023-11-03 17:45

【动植物研究动态】20220320文献解读

长读环化测序（Circular
生物信息与育种·2023-11-03 13:01

Predicting splicing from primary sequence with deep learning

通讯作者来自于Illumina人工智能实验室。
Zhai1994·2023-11-03 06:17

第十六章 隐马尔科夫模型

文章目录简介概念随机变量与随机过程马尔可夫链隐含马尔可夫模型两个基本假设三个基本问题算法观测序列生成算法概率计算算法前向概率与后向概率前向算法后向算法小结概率与期望学习问题监督学习方法Baum-Welch
小酒馆燃着灯·2023-11-03 05:19

生信搬运工-03-测序文件格式介绍

生信搬运工-03文章目录一、Peak文件介绍1.NarrowPeaksFormat2.BroadPeaksFormat3.GappedPeaksFormat二、Macs2peakcalling实战三、测序常见文件格式
奈良家の小鹿·2023-11-03 04:20

NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2023-11-03 04:45

NGS数据分析实践：03. 涉及的常用数据格式[4] - bed和Wiggle/Bigwig/bedgraph格式

4]-bed和Wiggle/Bigwig/bedgraph格式4.bed格式5.Wiggle/Bigwig/bedgraph格式5.1Wiggle/Bigwig5.2BedGraph格式系列文章：二代测序方法
hucy_Bioinfo·2023-11-03 04:45

Seurat对象数据结构整理-1

@data:原表达矩阵通过NormalizeData()归一化消除测序文库差异（对于每个细胞，将每个基因的表达量除以该细胞的所有基因表达量之和，然后乘以一个scale.factor,之后以自然对数进行转换
Nh_code·2023-11-03 01:06

转录组分析（五）--王通老师讲解

19tophat(二)具体演示（重中之重来了）A为对照组，B为处理组，A和B都采用illumina测序，reads读长分别为70bp，插入片段大小为200bp，reads之间的距离为200-70-70=
不如好好学生信吧·2023-11-02 20:40

生信 | 三维基因组技术（三）：Hi-C 数据比对及HiC-Pro的使用

High-throughputchromosomeconformationcapture)研究全基因组三维构象及分析染色质片段相互作用的实验技术1.2Hi-C目的了解核内染色质的三维构象、获得细胞核内空间位置非常接近或存在相互作用的染色质测序片段更好
生信卷王·2023-11-02 20:06

2020.8.26丨代谢组测序产品概述

背景介绍4个层次的组学技术代谢物可以反馈调节上游文章发表现状代谢物定义：分子量小于1000的小分子代谢组学：检测生物体内的小于1000分子量的代谢物进行定性定量分析检测方式色谱技术-物质分离GC：气相色谱LC：液相色谱质谱技术-物质鉴定当遇到分子量相同的物质会打碎分子，进行二级质谱色质联用仪器平台公司选择平台比较代谢组研究流程研究流程图应用方向农学生长发育、胁迫响应、免疫互作、突变表型营养成分、活
穆易青·2023-11-02 17:50

代谢组测序产品概述

背景介绍4个层次的组学技术代谢物可以反馈调节上游文章发表现状代谢物定义：分子量小于1000的小分子代谢组学：检测生物体内的小于1000分子量的代谢物进行定性定量分析检测方式色谱技术-物质分离GC：气相色谱LC：液相色谱质谱技术-物质鉴定当遇到分子量相同的物质会打碎分子，进行二级质谱色质联用仪器平台公司选择平台比较代谢组研究流程研究流程图应用方向农学生长发育、胁迫响应、免疫互作、突变表型营养成分、活
wangchuang2017·2023-11-02 16:14

关于Fastq格式的一些想法

FASTQ是基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式。
Better_man1·2023-11-02 13:20

【生物信息学】单细胞RNA测序数据分析：计算亲和力矩阵（基于距离、皮尔逊相关系数）及绘制热图（Heatmap）

.质量控制（可选）3.基于距离的亲和力矩阵4.绘制基因表达的Heatmap5.基于皮尔逊相关系数的亲和力矩阵6.代码整合一、实验介绍  计算亲和力矩阵，一般按照以下步骤进行：导入数据：加载单细胞RNA测序数据集
QomolangmaH·2023-11-02 05:04

## 单细胞文献14-单细胞测序揭示人肝驻留免疫细胞的异质性

Single-cellRNAsequencingrevealstheheterogeneityofliver-residentimmunecellsinhuman，2020年6月发表在CellDiscov，去年影响因子：6.255，现在是：10.849，这个杂志这两年接收了大量单细胞测序的文章
土豆学生信·2023-11-02 02:42

【中科院】分子生物学-朱玉贤第四版-笔记-第10讲 分子生物学操作技术

核酸的凝胶电泳7.1.2细菌转化(transformation)7.1.3聚合酶链式反应(PCR)技术7.1.4实时定量PCR(realtimequantitativePCR，Q-PCR)7.1.5重亚硫酸盐测序技术
taotaotao7777777·2023-11-01 21:05

R包pheatmap绘制热图

前言:欢迎关注微信公众号：生信天团本文微信连接：R包pheatmap绘制热图此文参考自B站孟浩巍的系列视频[1]代码，利用个人测序数据绘图，现学现卖，不足之处，请多指教；1.pheatmap热图解读：文件输入为矩阵
谢俊飞·2023-11-01 10:19

R语言实现Alpha多样性指数的计算

不过你可能会说，这个不是测序公司都计算好了吗，而且还可以用qiime软件，为啥还要使用R，因为有些测序公司并没有帮你抽平，再一个我使用R语言比较多，如果你会使用其他软件当然更好。欢迎你与我分享一下。
fafu生信小蘑菇·2023-11-01 06:12

WGBS vs RRBS

为什么使用亚硫酸氢盐测序法?基于NGS的DNA甲基化分析的目的是研究基因组DNA，发现基因组中单个胞嘧啶或整个区
生信start_site·2023-11-01 03:21

Jellyfish-2的安装与使用

计算输入的基因组数据（fasta）、测序数据（fastq）等，长度为k的DNA序列的频数分布。相当于把input当作一个很大的集合，kmer就相当于一个子集，去遍历整个集合。
陈有朴·2023-10-31 23:46

随机森林与人工神经网络联合诊断心衰模型的构建与分析

近年来，随着基因测序技术的进步和进步，人们发现了更多与心力衰竭相关的基因。利用基因表达综合(GEO)数据库中现有的基因表达数据
科研侠·2023-10-31 14:38

luna 月神

Illumina是目前上市硅谷公司排名前十的公司lunaDNA（月神）爱惜哦来袭，目前盲投阶段发币三月上线四月比例：未知发币总量：未知硬顶：2000万美元（亚洲1500万，美国500万）官网：https
Jerryccyy·2023-10-31 11:43

第六期Day7笔记--徐沫沫

测序相关知识集中充电主要学习内容区分一二三代测序二代测序大体流程NGS组学包括哪些分类image.pngimage.png今天就简单整理一下吧，偷个懒，累了。。。。
徐沫沫·2023-10-31 08:35

10X单细胞空间联合分析之cell2location的详细梳理

在这里，使用10X单核RNA测序(snRNAseq)和从小鼠大脑的相邻组织切片生成的Visium空间转录组数据（单
单细胞空间交响乐·2023-10-30 23:09

基因组denovo测序与meta联合分析

在生物进化的过程中，动植物和微生物存在互利共生的关系，如人肠道菌群的微生物。物种的不断进化，菌群的变化对物种的免疫功能、生长状态也有着巨大的影响。已有研究表明，利用宏基因组学对人体口腔微生物区系进行研究，发现了50多种新的细菌，这些未培养细菌很可能与口腔疾病有关。此外，在土壤、海洋和一些极端环境中也发现了许多新的微生物种群和新的基因或基因簇，通过克隆和筛选，获得了新的生理活性物质，包括抗生素、酶以
花生学生信·2023-10-30 11:19

DNA甲基化数据分析(二)

DSS是一个R包，对基于计数的测序数据进行差异分析。它可以检测来自RNA-seq的差异表达基因（DEG），以及来自亚硫酸氢盐测序（BS-seq）的差异甲基化位点或区域（DML/DMR）。
杨博士聊生信·2023-10-30 10:21

三维基因组 | 棉花 《Nature Plants》 2018

目前基因组测序获取了大量物种的染色体的一级结构（通俗讲DNA序列），对于基因功能研究起到了重要的作用，但染色体的高级结构（3D结构）对于基因功能研究也是不可或缺的。下面小编介绍一讲3D结构
生信师姐·2023-10-30 07:53

了解大数据时代的生物信息

早上赵老师介绍了测序技术的发展历程，我们了解到一代的基因测序设备并不完善，因此二代在此基础上研发出较多设备帮助人们去进行研究，现在的三代已有了较多的仪器，能够测得更多的基因序列，具有很高的准确度。
青山见我_11fa·2023-10-30 07:00

2019-10-02-学习使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析记录

/devel/workflows/vignettes/RNAseq123/inst/doc/limmaWorkflow_CHN.html摘自原文：在这篇工作流程文章中，我们通过分析来自小鼠乳腺的RNA测序数据
程凉皮儿·2023-10-30 05:34

高通量测序技术与转基因分子特征

高通量测序技术与转基因分子特征以下文章来源于核酸检测科学前沿，作者hsjsqy20近年来，随着测序技术的发展，基于高通量DNA测序技术的转基因植物分子特征分析为精准解析转基因植物的分子特征提供了新的思路
天明豆豆·2023-10-29 16:24

202310-MetaPhlAn4安装和使用方法-Anaconda3- centos9 stream

MetaPhlAn4是一种基于DNA序列的微生物组分析工具，它能够从宏基因组测序数据中识别和分离微生物的组成。
小果运维·2023-10-29 11:03

2021-12-10

本文作者使用单细胞RNA测序的方法，分析了35个早期NSCLC病变中的36
图灵基因·2023-10-29 09:18

HIFISAM 组装

hifiasm是一个能有效利用PacBioHiFi测序技术，在分型组装图(pahsedassemblygprah)中可靠的表示单倍体信息的算法。
笺牒九州的怪咖·2023-10-29 07:32

生信课程笔记8-序列特征和基因模型

基因模型被定义为基因产物的描述，包括来源于计算预测、mRNA测序或遗传特征的基因产物。该基因特征旨在近似覆盖该领域的工作者认为是基因的核酸区域。
果蝇饲养员的生信笔记·2023-10-29 07:34
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