illumina测序第10页

贴心 | GXF Fix 修复 / 优化基因结构注释信息文件 - GTF/GFF3

写在前面目前基因组测序和组装成本几乎已经到任何一个课题组都可以单独负担的价码，大量物种的基因组序列被测定和释放。与此同时，对应的基因结构注释信息文件，如GTF或GFF3文件等，也可公开下载。

生信石头·2023-11-21 10:57

Chipseq单端测序数据分析

工作目录mkdir-p~/maos/chipseqcd~/maos/chipseqmkdir{sra,fastq,fastqc,trim,bam,bw,bed,peak,pic}downloadfastqfile#method1:sratoolkitscatsrr.txt|whilereadlinedoprefetch-O$wkd/sra$linedone#method2:axel#findthe

bred·2023-11-21 09:50

基因组重测序与转录组联合分析简介

基因组重测序是挖掘候选基因的重要手段，转录组测序则是研究基因表达量差异的主要方法。通过基因组重测序中的全基因组关联分析（GWAS）、数量性状基因座（QTL）等方式可以挖掘到重要性状的关键候选基因。

花生学生信·2023-11-19 20:29

基因组与群体进化，解析物种进化历程-04

基于高质量的基因组和不同茶树基因组重测序来探索基因组变异，将有助于更好地利用这些宝贵的基因组资源，

百迈客生物·2023-11-19 18:45

GenomeSyn基因组共线性及结构变异可视化工具

三代Pacbio和Nanopore测序技术的快速发展推动了比较基因组学领域的进步，泛基因组构建和结构变异识别成为该领域研究前沿。

花生学生信·2023-11-19 15:12

如何利用clusterProfiler进行基因集的KEGG富集分析？

NGS测序项目，不管是基因组测序，还是转录组测序，通常会得到一个基因列表，记录了基因突变，或者高/低表达量。

简说基因-专业生信合作伙伴·2023-11-19 15:52

bioinfo100-第10题-FastQC报告之adapter与kmer

我们在[生物信息学100个基础问题——第5题测序建库的adapter](https://zhuanlan.zhihu.com/p/34691037"\t"_blank)的时候讨论过adapter的问

RachaelRiggs·2023-11-19 09:20

微生物多样性研究10步走（第一步）-OTU聚类与注释

通常微生物多样性分析都是基于二代测序技术来实现的。二代测序的上机、建库等实验流程我们暂且不聊，我们从拿到下机数据来讲起。本期先为大家分享一个基础概念--OTU。

f70420f979c3·2023-11-19 06:08

一起做论文的兄弟

大三之前我们玩着各自的游戏我玩我的暗黑你玩你的传奇毕业前夕不知怎么分到了同一个毕业课题芍鸡标本中线粒体的提取与测序自从开了课题就再也见不到你的实体如同你的发型飘逸如同你的刘海诡异每次有事找你总是回着同样的信息不急

古瑞特·2023-11-19 06:15

2023-06-09 scRNA-seq分析个人分析记录贴

前言scRNA-seq越来越成为一种常规测序内容，最近正好分析一些scRNA-seq的数据，把分析过程记录下来，便于后续再次使用。对于走过的坑也进行记录，后续便于解决问题。

xiaoguolaile·2023-11-19 04:23

测序原理碎碎念

大家都知道高通量测序，那你知道测序的接头是如何加上去的吗？

BINBINCC·2023-11-19 04:12

「干活」基因组组装之前要做的：Genome Survey

可以系统性地称为genomesurvey，这是一个非常简单的分析，但是其实有一些问题是值得注意的GenomeSurvey一般基于Illuminashortreads进行分析，因为二代测序便宜，先测出来试试水

陈有朴·2023-11-19 04:46

生信星球学习小组第29期第七天

双脱氧链终止法原理固定的点开始随机在某一个特定的碱基处终止并且在每个碱基后面进行荧光标记产生以A、T、C、G结束的四组不同长度的一系列核苷酸尿素变性的PAGE胶上电泳检测获得可见DNA碱基序列优点准确性高达99.999%缺点通量低1000bp第二代循环阵列合成测序法

科研狗Poppy·2023-11-19 02:57

一文看懂植物单细胞测序怎么做？

作者：椰子糖审稿：童蒙编辑：amethyst随着单细胞测序技术的突破，单细胞测序的时代已然到来。

生信阿拉丁·2023-11-19 02:36

【STM32】STM32F103C8T6+nrf24l01收发示例

STM32F103C8T6+nrf24l01收发示例nrf24l01模块引脚定义项目基于标准库开发项目架构更新内容（2023-3-14）✨使用STM32f103VE板子分别对程序进行了验证实测，使用SPI1查询接收发测序测试没有成功

perseverance52·2023-11-17 13:13

关于CNV的注释评估

WecanrunEvaluateCNVtoproducerecallandprecisionmetricsforDragen-CNV.https://github.com/Illumina/canvasDownloadthestandard

fanyucai1·2023-11-16 11:24

多组学整合，快速定位关键代谢通路，解析分子机制

16s全长扩增子测序可提供细菌构成、基因丰度，可以解决who-有谁以及many-有多少的问题。而代谢组学是研究生物体中代谢产物变化的科学，可以解决whathappened-发生了啥的问题。

SHANGHAILINGEN·2023-11-15 15:31

知名流量女星（花花）居然爱吃这个！？

实验设计思路：01、Illumina+Nanopore宏基因组测序：构建大熊猫肠道微生物基因组（MAGs）数据集；02、宏转录组测序：利用宏基因组和宏转录组测序技术，比较大熊猫肠道微生物与肉食动物、草食动物和杂食动物的消化道微生物

SHANGHAILINGEN·2023-11-15 15:31

10月客户文章盘点——累计IF 141.5

凌恩生物以打造国内一流生物公司为目标，在科研测序领域深耕不辍，吸纳多名在生物信息高级技术人员的加盟，参与并完成多个高科技项目。

SHANGHAILINGEN·2023-11-15 15:01

ggThemeAssist｜鼠标调整主题，并返回代码

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析

生信宝典·2023-11-14 22:57

第三代基因测序技术革新云计算的应用

第三代基因测序技术革新云计算的应用一位准妈妈，在怀孕12-24周时，需要做唐氏儿的筛查，传统唐筛的方式准确率低，如果结果显示危险性高，那么准妈妈还需要做羊膜穿刺等进一步检查。

weixin_34336526·2023-11-14 13:59

基因检测技术的发展与创新：安全文件数据传输的重要作用

随着基因检测技术的高速发展，我们可以通过对基因进行测序、分析和解读，更深入地认识自己，预防和治疗各种遗传性疾病，甚至实现个性化医疗和精准健康管理。基因检测技术已经成为生命科学领域的重要工具和创新动力。

镭速·2023-11-14 13:48

2021.12.19【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章高级数据库搜索下）

5.5用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA需求：随着基因组DNA数据库数量增长，对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除

穆易青·2023-11-14 01:42

2021.11.22【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章第五节用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA）

5.5用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA需求：随着基因组DNA数据库数量增长，对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除

穆易青·2023-11-14 01:12

2021.03.25【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章高级数据库搜索上）

DELTA-BLAST怎样大幅提升蛋白质BLAST蛋白搜索的灵敏度；描述谱隐马尔可夫模型（HMMs）并解释其与BLAST相比在数据库搜索中的优势；解释空位种子的策略怎样提升DNA搜索的灵敏度；描述数以百万计的二代测序是怎样比对到参考基因组上的

穆易青·2023-11-14 01:41

2020.11.14【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章双序列比对引言）

可被接受的点突变）矩阵的生成方法；比较PAM和BLOSUM打分矩阵的用途；理解动态规划定义，并解释全局和局部序列比对算法是如何工作的；在NCBI网页上进行蛋白质或DNA的双序列比对3.1引言当完成对多个物种的基因组测序后

穆易青·2023-11-14 00:40

分布式NAS集群突破HPC存储瓶颈！

HPC广泛应用于油气勘探、天气分析、基因测序、高校科研、尖端实验室。对于存储系统要求必须足够的性能，

smart1998·2023-11-13 20:47

研究前沿 | Science：单细胞测序助力绘制迄今最完善的灵长类动物前大脑发育图谱

引言大脑发育的关键分子机制在啮齿动物中已有所了解，但在灵长类动物中仍然不清楚，这限制了研究者对高级认知能力起源和功能障碍的理解。此外，在包括人类在内的灵长类动物中，关于轴突投射路径上的丘脑区域和皮层区域多样化的早期分子事件的信息匮乏，尤其是在神经干细胞生成神经元和胶质细胞的过程中。2023年10月12日Science在线发表了题为Molecularprogramsofregionalspecifi

bioyigene·2023-11-13 16:59

macOS使用conda初体会

最近在扫盲测序的一些知识其中需要安装一些软件进行练习，如质控的fastqc，然后需要用conda来配置环境变量和安装软件。

长腿猴子请来的救兵·2023-11-13 06:34

UseGalaxy.cn生信云平台文本文件操作手册

文本文件是生物信息学中应用非常广泛的文本格式，甚至可以说是最重要的文件格式，比如常见的测序下机数据Fastq、参考基因组保存格式Fasta、比对文件SAM，以及突变列表VCF，它们都是文本文件。

简佐义的博客·2023-11-12 22:32

php admin页面,PHP dcat admin 自定义界面尝试

varselectView=document.getElementById('select');letdata1="$list=\Illumina

飒姐·2023-11-11 22:27

Pacbio测序原理以及SMRT bell文库构建流程简述

Pacbio测序原理及SMRTbell文库构建流程简述（二）mp.weixin.qq.com大家好，今天跟大家继续分享关于PacBioSMRT测序仪的相关知识，分享内容主要参考PB官方的《TemplatePreparationandSequencingGuide

hello~bye~·2023-11-11 13:01

华为服务器串号官网查询系统,查询服务器序列号

查询服务器序列号内容精选换一换简要介绍randfold是一个独立的基因测序相关软件，它从原始序列开始随机显示其核苷酸顺序。

A兰舍硅藻泥·2023-11-10 07:11

转座子的鉴定

不同的算法实现的目标有所不同，如从头算法主要是为了发现新的转座子，因此常用来在新测序的基因组中鉴别新的转座子，而多数基于同源性算法的软件主要被用来注释

生信学习小达人·2023-11-09 10:44

基于Halcon学习的基于相关性模板匹配【一】find_ncc_model_exposure.hdev例程

matching.Inparticularitdemonstratestherobustnessofthismethodagainst*linearilluminationchanges.Thetrainingisperformedinanimagewithgood*illumina

BoomBiuBiu·2023-11-09 08:18

Nat. Med. | 基于遗传学原发部位未知癌症的分类和治疗反应预测

作者开发了OncoNPC，这是一个基于机器学习的分类器，使用来自三个机构的22种癌症类型中的36,445个肿瘤的定向次世代测序（NGS）数据进行训练。肿瘤N

DrugAI·2023-11-08 20:42

Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)

Seurat单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)文章参考至scanpy官网，做了一个更详细的解读。

coffeeii·2023-11-08 08:55

Cell Reports | 表观组学和单细胞测序揭示在急性应激条件下FoxM1协调β细胞亚群的细胞分裂、蛋白质合成和线粒体活性

发表单位：瑞士分子健康科学研究所期刊：CellReports（IF:8.8）发表日期：2023年8月29日研究技术：ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq、scRNA-seq（爱基百客均可以提供）2023年8月，瑞士分子健康科学研究所的研究团队在CellReports期刊(IF=8.8)上发表了题为“FoxM1coordinatescelldivision,proteinsynthes

爱基百客·2023-11-07 22:54

华大基因推出产前筛查产品NIFTY®，助力防控显性单基因病

随着高通量测序技术在临床应用的迅速进步，从常见的染色体非整倍体扩展到性染色体和拷贝数变异，全球范围内已经开始将无创产前检测（Non-invasivePrenatalTesting，NIPT）的应用范围逐步扩大

ZAKER科技动态·2023-11-07 17:55

机器学习笔记：RNN值Teacher Forcing

1.1标准RNN训练过程的问题当训练一个用于序列生成的RNN时，通常会让网络预测序列中的下一个元素。（这种模式又被称为free-runningmode/autoregressivemo

UQI-LIUWJ·2023-11-06 15:07

《纳米孔：生物分自相互作用传感基础》读书笔记

1纳米孔DNA测序方法至少要满足4个条件：1.用于测序的通道和薄膜必须足够牢固，要可以耐受用来消除聚核苷酸二级结构影响所需的温度和化学反应。

maifansnet·2023-11-06 10:42

学习小组Day7笔记--李蛤

噗嗤大魔王·2023-11-06 01:03

2022-10-27

NatMethods|原位“光学测序”探索基因表达状态空间高精地图图灵基因2022-10-2709:32发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术Light-Seq是一种在固定细胞和组织中使用光定向DNA

图灵基因·2023-11-05 20:05

上游分析学习笔记

第一阶段把测序平台生成的原始测序数据比对到转录组。第二阶段量化与每个基因或转录本来源的reads数量，构建表达矩阵。

jiarf·2023-11-05 16:56

RPKM, FPKM 和 TPM

在RNA-seq中，某一段基因区域内的readcounts取决于测序的深度和基因的长度；基因越长、测序深度越深，比对到该基因所在区域的readcounts数目就会相对越多。

顺昕如意·2023-11-05 15:25

GTEx:基因型和基因表达量关联数据库

GTEx全称如下Genotype-TissueExpression该项目对来自人体多个组合和器官的样本，同时进行了转录组测序和基因分型分析，构建了一个组织特异性的基因表达和调控的数据库。

生信修炼手册·2023-11-05 12:54

2022-08-19

前沿分子生物学机制撰文：huacishuIF=59.581推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者讨论了目前对ecDNA的结构以及它如何促进癌基因表达的理解，包括与ecDNA染色质组织和核定位相关的属性；2、作者描述了检测和测序

图灵基因·2023-11-05 07:10

学习小组Day7笔记--刘洪

二代测序大体流程samplepreparation超声波打断DNA成300-500bp（人类）加PEadapter（双端测序primer结合位点）index1和index2（为区分双端测序的是否为同一序列

刘洪_8afd·2023-11-05 07:34

冻存样品对单细胞测序影响大吗？

在我们做单细胞分离过程中，导师千叮咛万嘱咐说样品不能冻存，而我在一次会议论坛上有一位学者直接说冻存基本没有影响，于是，我。。。。。。母鸡。image2019年12月31日（真是抓住了2019的小尾巴！），英国WellcomeSangerInstitute研究团队于GenomeBiology发表了题为scRNA-seqassessmentofthehumanlung,spleen,andesopha

生信宝典·2023-11-04 22:15

基因组组装数据分析专题

得到一个物种的参考基因组是开展后续结构和功能基因挖掘的前提，通过高通量测序可以快速的拼接得到基因组，本文整理了基因组组装相关的数据分析资料。

生信修炼手册·2023-11-04 13:27

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