illumina测序

2020.12在线数据库汇总

其中，HERB是一个机遇高通量测序来检测重要作用机制的数据库。数据库里面收集了多种中药实验来进行二代测序的数据。进而可以观察
xhog·2021-04-12 18:01

2021-03-29 QC针对不同群体的过滤

所以我认为符合这句话image.png师兄也是这样肯定的，image.pngimage.png全基因组测序，测的是全部序列，可以发现别人没有、您个人独有
L6511·2021-04-12 14:12

2021-03-22 转录组原始测序数据-ascp下载原始数据

因为GEO和SRA数据库互通，GEO不存fastq数据，只存别人定量好的下游的FPKM的值；TCGA原始的fastq数据需要有权限申请，但count数据是会有的；所以下载原始数据需要到SRA（美国的NCBI）、ENA（欧洲）和DDBJ（日本）这三大数据库。文章中列的是GEO编号，但是下载需要aspera链接，而GEO没有，但是GEO和SRA有关联，但是SRA也没有该下载链接，所以转求助于和SRA关
乔帮主_d2ac·2021-04-11 00:10

NG | 泛基因组分析揭示人工种植水稻与野生水稻基因组变异

已经进行了大规模的重测序以发现水稻中的等位基因变体，但是通
小白菜学生信·2021-04-06 17:12

WGCNA分析，简单全面的最新教程（在线做，但也需要懂原理）

生信学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典·2021-04-05 22:00

斯坦福科学家在 GitHub 开源了莫德纳 mRNA 新冠疫苗的基因测序

转自：机器之心在世界范围内，RNA疫苗已经成为应对疫情的关键工具。辉瑞、莫德纳等生物科技公司也早早地推出了自己研发的新冠疫苗。随着疫苗接种范围的扩大，这些疫苗中的mRNA正在成为人类世界中的新物种。因此，我们有必要加深对它们的了解。近日，斯坦福大学的几位科学家在GitHub上公布了一份包含莫德纳新冠疫苗mRNA序列的新文件，或有助于增加我们对该疫苗的了解。GitHub链接：https://gith
·2021-04-04 01:39

斯坦福科学家在 GitHub 开源了莫德纳 mRNA 新冠疫苗的基因测序

转自：机器之心在世界范围内，RNA疫苗已经成为应对疫情的关键工具。辉瑞、莫德纳等生物科技公司也早早地推出了自己研发的新冠疫苗。随着疫苗接种范围的扩大，这些疫苗中的mRNA正在成为人类世界中的新物种。因此，我们有必要加深对它们的了解。近日，斯坦福大学的几位科学家在GitHub上公布了一份包含莫德纳新冠疫苗mRNA序列的新文件，或有助于增加我们对该疫苗的了解。GitHub链接：https://gith
·2021-04-04 01:02

Rnbeads包差异甲基化分析

导入数据，设置选项hESCsvshiPSCs样本注释文件注释文件路径告诉软件测序数据是哪个平台的数据测序数据路径（450K：idat文件）选择optionprofile，即设置处理数据的预设值，以便分析在合理的时间内运行
蓬举举·2021-04-03 16:43

细菌基因组拼接工具比较（二）

目的：比较下目前常用的四款拼接软件：Velvet、SPAdes、SOAPdenovo、ABySS1.FastQC——质量评估FastQC是一款基于Java的软件，它可以快速地对测序数据进行质量评估，并生成网页版的报告
lkj666·2021-04-03 16:07

MUMMER 两个基因组间比较

MUMmer出现的历史背景测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据库。
生信师姐·2021-04-01 18:29

RPKM, FPKM, TPM

什么是测序深度和测序覆盖度测序深度（depth）是指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值，可以理解为基因组中每个碱基被测序到的平均次数。
林枫bioinfo·2021-03-31 03:48

如何计算宏基因组测序数据中来自于人基因组的污染？

KneadData是一款宏基因组测序数据质控的软件，其主要功能包括使用Trimmomatic对序列过滤和bowtie2比对至宿主基因组去除宿主序列。
斗战胜佛oh·2021-03-29 17:23

HMM与维特比算法在基因组序列中的应用

Parent-independentgenotypingforconstructinganultrahigh-densitylinkagemapbasedonpopulationsequencing这里面有一段讲述了利用低覆盖度测序技术
小潤澤·2021-03-23 14:11

cellranger使用的初步探索（3）cellranger aggr

在学习cellrangeraggr这一步之前，还是需要再一次复习10xGenomics的测序原理。
生信start_site·2021-03-23 00:46

重测序数据构建bin(snpbinner, Gonda et al, 2019)

SNPbinnerSNPbinnerisaPython2.7packageandcommandlineutilityforthegenerationofgenotypebinmapsbasedonSNPgenotypedataacrosspopulationsofrecombinantinbredlines(RILs).AnalysisusingSNPbinnerisperformedinthre
93830eddc2a4·2021-03-22 22:37

2021-03-21佛手瓜2

1)内容区（讲的啥）：1、基因测序、组装和评价得到的608.17Mb的基因组序列，有356个contigs，GC含量是38.71%。
八段锦1134·2021-03-22 11:48

R语言惩罚logistic逻辑回归（LASSO,岭回归）高维变量选择的分类模型案例

p=21444逻辑logistic回归是研究中常用的方法,可以进行影响因素筛选、概率预测、分类等，例如医学研究中高通里测序技术得到的数据给高维变量选择问题带来挑战，惩罚logisitc回归可以对高维数据进行变量选择和系数估计
·2021-03-18 01:10

R语言惩罚logistic逻辑回归（LASSO,岭回归）高维变量选择的分类模型案例

p=21444逻辑logistic回归是研究中常用的方法,可以进行影响因素筛选、概率预测、分类等，例如医学研究中高通里测序技术得到的数据给高维变量选择问题带来挑战，惩罚logisitc回归可以对高维数据进行变量选择和系数估计
·2021-03-17 20:28

ChIp-Seq,ATAC-seq, DAP-seq

简单原理：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。
斩毛毛·2021-03-13 15:43

2020-04-23 绘制Circos图之二 测序深度

RNA转录组测序完成后，会进行序列比对，得到的结果是BAM格式的文件。首先将生成的bam文件进行排序，samtoolssort-@10-o./sort.bam/19-1.sorted.bam.
zebra_mito·2021-03-12 15:37

让你的单细胞数据动起来！|iCellR(一)

今天在翻阅singlecell的github时候，我看见了这个R包，允许我们处理各种来自单细胞测序技术的数据，如scRNA-seq，scVDJ-seq和CITE-Seq。
生信宝典·2021-03-11 22:00

circRNA测序-病毒circRNA与宿主细胞互作思考

circRNA的研究很火热，不过思路大体就那么三四种，ceRNA机制，结合蛋白，翻译多肽，m6A甲基化调控。很多老师希望做出新意。我们平时看文献可能看到过，研究肿瘤中的病毒产生的circRNA调控宿主细胞的机制，不过这样的文章并不多。不确定是为什么，是意义不大，还是难度太高？貌似都不是，可这方面的机制文章，小编也只搜到几遍，并且没有特别深入的。在某些肿瘤或者疾病，内含有病毒感染比如EBV病毒，可以
纪伟讲测序·2021-03-11 18:06

Seurat 没你想的那么简单||Comprehensive integration of single cell data

Cell深度|一套普遍适用于各类单细胞测序数据集的锚定整合方案这篇文章说的不是别人，正是Seurat本尊。它正在打破自我的标签，只能做单细胞转录组？只能做CCA寻找共有结构？
周运来就是我·2021-03-11 13:29

2019-04-03 文献阅读 Challenges in unsupervised clustering of single- cell RNA- seq data

singlecellclusteringKeyPointscRNA数据分析聚类策略选择聚类的Technical,Biological,Computational挑战聚类的生物学意义解释写在前面的话单细胞实验技术发展单细胞组学应用单细胞测序分析流程流式也是一种单细胞的技术
feifei9606·2021-03-11 09:04

测序统计工具（持续更新中...）

工具及链接fqtools：https://github.com/alastair-droop/fqtoolsfastx-toolkit：http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/bio-awk：https://github.com/lh3/bioawkfastq-tools：http://homes.cs.washington.edu/~dcjones/fas
晓佥·2021-03-10 19:38

单细胞转录组之Scanpy - 样本整合分析

那如何将不同器官，不同测序平台，不同物种之间的单细胞数据进行整合分析呢？Scanpy使用python语言构建了一套完整的单细胞分析流程，其中就包括使用ingest和BBKNN整合方法。
清竹饮酒·2021-03-10 17:16

40、数据管理至关重要以及为什么需要认真对待它

互联网跟踪，股票市场运动，基因组测序技术及其同类产品都会产生大量数据。这些数据中的大部分都是别人的责任，由其他人生成，存储在别人的数据库中，由数据库保存并提供......你猜对了......别人。但。
3fe4aab60ac4·2021-03-10 12:25

无生物重复样本的差异分析

目前由于测序的价格，还有样本自身的珍贵稀缺性，部分实验设计仍然是没有生物学重复的。无重复的数据做差异分析是一件很麻烦的事，可靠性都不能保证。
找兔子的小萝卜·2021-03-07 16:55

单细胞测序文章图表复现01—读入文件的表达矩阵构建Seurat对象

本文是参考学习CNS图表复现01—读入csv文件的表达矩阵构建Seurat对象的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。我从这些CNS文章里面精挑细选了一个非常值得大家花时间跟下去的，就是新鲜出炉的发表在CELL杂志的：Therapy-InducedEvolutionofHumanLungCancerRevealedbySingle-CellRNASequencing。全套代码在：https://gi
Seurat_·2021-03-07 09:53

2021-03-05-单细胞测序分析胃腺癌的转录异质性

DissectingtranscriptionalheterogeneityinprimarygastricadenocarcinomabysinglecellRNAsequencing--Gut--19小张聊科研思路：单细胞测序
FFwizard·2021-03-06 19:11

DamID-seq分析笔记（二）

bowtie出现的早，对于测序长度在50bp以下的序列效果不错，而bowtie2主要针对的是长度在50bp以上的测序的,我的测序是PE150，所以我选择用bowtie2分析数据代码：bowti
liu_ll·2021-03-06 17:50

DamID-seq分析笔记（一）

pre:尽量写详细点，方便理解1：illumia机器测序的方向是3---->5,附上一张图：image.png我是PE150测序，测序的adapter：GATCGGAAGA拿到数据的第一眼，先看一下测序的情况
liu_ll·2021-03-06 17:34

2021-03-02--文献阅读笔记--一种独立的预后不良的乳腺癌亚型，由不同的肿瘤免疫微环境定义

Anindependentpoor-prognosissubtypeofbreastcancerdefinedbyadistincttumorimmunemicroenvironment--naturecommunications--12.121思路nCounter®Pan-CancerImmuneProfilingarray测序
FFwizard·2021-03-03 15:42

群体遗传分析方法：LD,FST,eQTL

FST的原理，计算方法，可视化的方法https://www.jianshu.com/p/bb0beec0ed63haploPS和XP-EHH平均测序深度：等位基因频率：vcftools使用说明：1.https
wo_monic·2021-03-01 17:39

Cell ：使用高通量液滴测序对单个细胞进行高度平行的全基因组表达谱分析

第一章单细胞科研：第二节，单细胞技术介绍##文章亮点###1Drop-seq可通过RNA-seq高度并行地分析单个细胞###2Drop-seq与DNA条形码的珠子一起将细胞包裹在纳升的液滴中•###3使用物种混合实验对Drop-seq文库质量进行系统评估•###4通过对44,808个细胞的跌落序列分析，可以识别视网膜中的39个细胞群1####文章导读###1细胞是生物学结构和功能的基本单位，其类型
silenceboy_74ce·2021-02-27 15:34

Genome medicine ：经过验证的单细胞在复杂疾病的诊断和治疗靶标的策略

第一章单细胞科研：第一节，单细胞技术应用，多细胞疾病模型构建1#导语“1.1基因组医学为鉴定复杂疾病的生物标志物和可治疗靶标铺平了道路，单细胞RNA测序研究（scRNA-seq）可以表征整个器官中的此类复杂变化
silenceboy_74ce·2021-02-26 21:34

BWA使用详解

它由三个不同的算法：BWA-backtrack:是用来比对Illumina的序列的，reads长度最长能到100bp。
生信师姐·2021-02-25 09:46

2020-02-19--文献阅读笔记--单细胞--休眠MM基因特征--2019 Jul 4

Aniche-dependentmyeloidtranscriptomesignaturedefinesdormantmyelomacells；2019Jul4；Blood--17.5思路利用基因标记等将所需要的研究的细胞筛选出来进行测序
FFwizard·2021-02-24 18:18

2021-02-21--文献阅读--人食管鳞癌微环境中的免疫抑制景观

Immunesuppressivelandscapeinthehumanesophagealsquamouscellcarcinomamicroenvironment--Naturecommunications--12.121思路：单细胞测序分析
FFwizard·2021-02-24 18:26

Day2-xiaode

二代测序数据的分析学习目标解释测序技术如何形成NGS描述FASTQ、SAM/BAM和VCF数据格式比较将NGS数据与参考基因组对比的各种方法描述基因组变异的类型及其定义过程解释对比、组装和变异识别中的错误解释预测某个基因组中变异的功能后果方法
1c9f38e0bb6b·2021-02-24 09:27

空间转录组结合单细胞转录组分析（hot）

当然好，只要有足够的基金，热点还是比较容易发大文章的，但是需要注意，测序前还是应该有合理，目的明确的课题设计！（目前空间转录组测序就一个字贵!贵!贵!）
清竹饮酒·2021-02-18 20:58

潮汐观测数据调和分析及预报成图

中期观测资料的分析需要分别求主要分潮、随从分潮，短期观测资料分析则还需要计算不同观测序列的权重，但是核心算法与长期观测资料分析是一致的，都是建立矛盾方程，然后使用最小二乘法建立法方程，求出法方程系数，再求出矩阵
所念皆星河-星河亦可及·2021-02-14 21:32

单细胞文献-8 单细胞RNA测序揭示外周和肺对COVID-19的不同免疫反应

ThedifferentialimmuneresponsestoCOVID-19inperipheralandlungrevealedbysingle-cellRNAsequencing|CellDiscoveryhttps://www.nature.com/articles/s41421-020-00225-2影响因子：6.255PMID：33101705期刊年卷：CellDiscov2020;
土豆学生信·2021-02-11 22:17

RNA-seq分析-数据库

声明：不是原创，我只是方便自己学习，原文指路NCBI-SRA数据库与EBI-ENA数据库所有已发表文献中的高通量测序数据大多会上传到某个数据库中方便其他人的下载学习与再研究，这其中受众最广的自然是出身NCBI
峰峰love典典·2021-02-07 17:15

[实战1] Polycomb associates genome-wide with a specific RNA polymerase II variant, and regulates me...

写在前面：参考-#给学徒ChIP-seq数据处理流程目录软件安装[公共数据的获取---sratoolkit--prefetch][得到fastq格式的测序数据----sratoolkitfastq-dump
shine_9457·2021-02-05 15:13

一文学会 | 采用Seurat3对10X Genomics示例数据进行单细胞测序数据分析

.amazonaws.com/10x.files/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz处下载得到2700个PBMC细胞测序数据
yingyonghui·2021-02-05 11:13

数据：如何在国内高速下载SRA

如何在国内高速下载SRA下载公共测序数据，一般是通过在NCBI上搜索到study的RunSRA号，然后使用NCBI提供的prefetch下载数据，但因NCBI国内访问较为缓慢导致下载速度巨慢，因此推荐使用
华仔少年·2021-01-30 11:48

大型单细胞数据分析解决方案

随着单细胞技术的成熟，测序成本的下降，眼见单细胞数据通量将会呈现超指数增长。在bulk时代所几十例转录组会觉得已经做了很多了，而单细胞时代少则几千大则百万的数据量。
周运来就是我·2021-01-28 18:21

转录组 Day 1 背景介绍，测序原理，工作准备，数据下载

root用户的命令行以#开头目录文件命名：由字母，下划线，数字组成，不要以数字开头，不要使用特殊符号下划线命名法：project_backup峰驼法：projectBackup3.数据下载Aim：airway数据下载由文献得到GEOaccession：GSE52778image.pngGEO数据库内搜索得到BioProject：PRJNA229998SRA：SRP033351image.pngim
Tina_e4a6·2021-01-28 11:34

一套比较简便的基因组组装流程

测序数据为100x以上的PacBio+100X左右的illumia+Hi-C。
挖泥种地·2021-01-27 18:57
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