illumina测序

【RSS】[2] Multiqc整合多样本FASTQ files

参考fastqc是一款基于java的软件，能够对测序数据的质量进行评估。
RachaelRiggs·2021-06-20 05:43

Trimmomatic：用于Illumina NGS数据的灵活读取修剪工具

数据质控软件：官网：http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic手册：http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/TrimmomaticManual_V0.32.pdf个人觉得，直接看上面pdf，然后尝试提交一个代码，理解代码的参数含义，比较质控前后f
Amy_Cui·2021-06-20 03:00

第05周-空间单细胞DNA测序

空间单细胞DNA测序空间单细胞DNA测序技术：TopographicSingleCellSequencing发表于2018年CELL杂志，文章题目是：MulticlonalInvasioninBreastTumorsIdentifiedbyTopographicSingleCellSequencing
小梦游仙境·2021-06-19 20:04

基于10x Genomics单细胞测序技术解析新冠肺炎患者康复期血液免疫细胞图谱

文章名称：ImmuneCellProfilingofCOVID-19PatientsintheRecoveryStagebySingle-CellSequencing发表期刊：medRxiv发表单位：第二军医大学国家肝癌科学中心、中山大学中山眼科中心、军事科学院军事医学研究院和北京贝瑞和康生物技术有限公司等发表时间：2020年3月27日应用技术：10xGenomics单细胞5’转录组+V(D)J研
贝瑞科服·2021-06-19 19:18

GEO与SRA数据库|编号的对应与数据批量下载

记录测序或芯片的平台，对于芯片平台，其包含基因-探针对应关系的表格。关于平台的描述由厂家提供，ID由数据上传者提供。GSE，SeriesID。记录实验项目，即包含所有有关联的样品形成的有目的的研究。
FU·2021-06-19 17:23

测序数据质控和预处理之fastp

1.引言下机的FASTQ数据通常需要进行质控和预处理，以保证下游分析输的准确性。fastp软件仅扫描数据文件一次，就可以完成FASTQC+cutadapt+Trimmomatic的功能；而且它使用C++开发，利用高效算法，并且支持多线程，加快了处理速度。2.特点对输入和输出数据进行详尽的质量剖析，生成人性化的报告。(qualitycurves,basecontents,KMER,Q20/Q30,G
吴十三和小可爱的札记·2021-06-19 14:42

nanopore 分析流程

单分子纳米孔测序https://poretools.readthedocs.io/en/latest/index.html#三代测序技术测序技术2019年8月综述纳米孔测序液体活检的纳米孔测序：肺癌患者无细胞
wo_monic·2021-06-19 12:42

2019-07-29 【三代测序】-PacBio网站软件集合

CompatibleSoftwareThefollowingsoftwarepackagesareknowntobecompatiblewithPacBio®data,inadditiontoPacBio'sownSMRT®Analysissuite.Allpackagesarebelievedtobeopensourceorfreelyavailablefornon-commercialuse.
老_Z·2021-06-19 12:40

粪便DNA提取试剂的选择

宏基因组研究囊括了所有细菌、真菌的全部基因组DNA，通过克隆、测序、异源表达，筛选目的基因及其产物。其中很重要的一步就是粪便DNA提取，一般试剂盒都是采用离心柱法进行基
呆萌的大脸猫·2021-06-19 09:04

批次效应

大型的单细胞测序项目一般都会产生许多细胞，这些样本制备过程很难保持时间一致、试剂一致，另外上机测序的时候也不一定在同一个测序仪上。
艾文燕君·2021-06-19 08:51

基因组测序数据从头拼接或组装算法的原理

基因组测序数据的拼接/组装（图片来源：google）每一个物种的参考基因组序列（referencegenome）的产生都要先通过测序的方法，获得基因组的测序读段（reads），然后再进行从头拼接或组装（
flynnchan·2021-06-19 01:28

2021-2-3-利用anaconda+prefetch+aspera从NCBI的SRA数据库中下载原始测序数据

记录下下载过程，为自己和后人避坑。1.Conda连接不上镜像源问题首先是anaconda安装软件或创建环境时遇到的问题。即使换完清华源和其他镜像源以后依旧报错。CondaHTTPError:HTTP000CONNECTIONFAILEDforurl
bioin·2021-06-19 00:21

基于inferCNV+机器学习预测ScRNA肿瘤细胞的尝试

3'端测序，共计63,689cells。（Single-cell3'mRNAsequencingdatawereobtainedf
QXPLUS·2021-06-17 17:14

生信 | 基因组组装实战（四）：组装软件mecat2、flye、wtdbg2、Canu、Falcon

2.三代PacBio数据准备2.1数据格式Pacbio平台测序出来的reads，由接头
生信卷王·2021-06-17 10:16

circRNA的ceRNA机制研究文献解读

作者通过TCGARNA测序数据分析LATS1和has-miR-424-5p（miR-424）表达与GC患者的临床病理学特征和预后的相关性，通过circRNA表达谱和生物信息学
Ray钱·2021-06-15 15:54

使用Aspera上传测序数据到NCBI

投到了bmcgenomics，那边说要这个测序数据。首先要去NCBI注册，这个别人写的很多，就不说了。然后我这个人比较不熟悉这些玩意，就写得清楚一点。
fables008·2021-06-15 13:29

生信 | 基因组组装实战（一）：基础知识与基本思路

基因组➢基因组测序(GenomeSequencing)➢基因组测序利用测序技术对物种的体内的所有DNA分子进行测序,获取碱基组成,明确出基因的结构信息,外显子及内
生信卷王·2021-06-15 13:36

Nanopore测序笔记

原理：基于不同建立经过纳米孔时，电流信号的差异典型应用：读长比较长，利于拼接解决动植物多倍体高重复、高杂合的特性也适用于细菌拼接对RNA直接测序，无需反转录，直接识别RNA的碱基修饰适合检测大片段结构变异测序长度越长对定相分析越有利测序设备设备名称特点
fables008·2021-06-15 08:56

微量样本RNA甲基化m6A技术比较

RNA免疫沉淀后通过高通量测序（MeRIP-seq），是转录组范围内检测m6A修饰位置最为有力的技术方法。常规免疫沉淀富集需要上百微克的总RNA，这限制了其在许多领域的应用。
易基因科技·2021-06-15 06:40

张泽民教授课题组再发Cell，用到的单细胞技术了解一下？

Cell》上发表了题为＂Single-CellAnalysesInformMechanismsofMyeloid-TargetedTherapiesinColonCancer＂的文章，利用单细胞转录组测序技术对结直肠癌患者的肿瘤微环境
百奥智汇小课堂·2021-06-15 03:45

bulk-seq数据和单细胞数据的联合分析

随着现在研究的不断深入，越来越多的情况需要我们对多种数据的联合分析，其中在单细胞没有出来之前，普通转录组（bulk-seq）的测序结果是非常多的，也解决了我们很多的生物学问题，单细胞技术的出现，更高分辨率的同时
艾文燕君·2021-06-15 03:37

RNA_seq笔记

知识点相关性分析，在表达差异分析之前，评断样本的重复性分组：+转录组测序：mRNA，samllRNA,Non_codingRNAchip_seq蛋白参考基因组：文章里的出处RNA_seq流程https:
zs_fighter·2021-06-15 00:17

生信数据分析常见格式（一）

前言首先，这篇文章介绍的文件格式格式：基因组fasta、测序数据fasta、基因组不同软件构建的索引文件index、fastq、sam、bam、bed、gtf、gff、vcf、bigwig、wiggleimage.png
Biofantasy·2021-06-14 16:33

讨厌又迷人的reads去重复

太多的细节，只会让我们对于分析产生莫须有的恐惧，因此一些“无关紧要“细节就被我们刻意的忽略了……image.png但是随着我们对于测序数据的认识不断加深，我们要考虑的小细节便越来越多。
鹿无为·2021-06-14 15:20

链特异性建库如何区分正负链？

image.png太长不看系列链特异性建库拆分正负链：单端测序samtoolsview-b-f16test.bam>test.rev.bamsamtoolsv
鹿无为·2021-06-14 12:25

数据质控

参考：从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第3节数据质控前言碱基矿工如上图显示，整个完整的WGS流程一般有以下步骤：1）获取测序数据。2）原始测序数据的质控。3）read比对，排序，排除重复序列。
Peng_001·2021-06-14 12:50

使用HLAscan进行HLA分型

HLAScan是由韩国的科研团队开发的一款HLA分型工具，可以处理WGS,WES和目标区域捕获测序的数据，将reads与IMGT/HLA数据库中的reads进行比对，然后确定HLA的基因型信息。
生信修炼手册·2021-06-14 11:56

ggplot2：如何优雅地绘制箱线图

Step1：数据的预处理这里我们利用GEO中单细胞RNA测序数据来练练手。数据来源：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc
MC学公卫·2021-06-14 09:26

fastp拼接双末端测序数据

版本：0.20.1fastp之前的版本不支持拼接，mkdir-pfastpls*1.fastq.gz|whilereadid;dofastp-520-m-c--overlap_len_require5-f20-F23\-i${id%_*}_1.fastq.gz-I${id%_*}_2.fastq.gz\--merged_out${id%_*}_clean.fq.gz\-j./fastp/${id%
佳名·2021-06-14 02:09

2019年11月week4 多区域 膀胱癌测序 肿瘤进化

多区域的膀胱癌测序揭示癌症的进化、表型以及对靶向治疗的影响TheJournalofPathology2019Feb04InstituteofPathologyRWTHAachenUniversity,GermanyAbstract
aprilllm·2021-06-13 15:25

Day Seven-夏天

测序知识NGS测序又称为二代测序，第二代DNA测序技术(nextgenerationsequencing)-循环阵列合成测序法。
七月是燃烧的夏天·2021-06-13 14:18

2021-01-05重测序数据call SNP 流程

bwa+samtools+picardtools+GATKcallSNP流程如何利用重测序进行SNP分析？
夏大希·2021-06-13 07:42

深度学习在scRNA-seq数据处理中的应用

一起来看～1、scRNA-seq数据处理中的挑战单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术正带给生物医学领域新的发展，研究者利用这一技术能细致分析单个细胞层次上的信息。
生信阿拉丁·2021-06-13 05:07

NMPA批准的肿瘤-NGS IVD产品 — step2 诺禾-人EGFR、KRAS、BRAF、PIK3CA、ALK、ROS1基因突变检测试剂盒（半导体测序法）

人EGFR、KRAS、BRAF、PIK3CA、ALK、ROS1基因突变检测试剂盒（半导体测序法）诺禾的半导体测序法试剂盒是国内第二款通过NMPA批准上市的NGS基因检测试剂盒，其配套的信息分析软件是国内第一款通过
小灰灰不会飞那又怎样·2021-06-13 04:29

RNA sequencing: the teenage years（中篇）

RNA-seq数据分析用于分析测序读长以确定差异表达的计算方法的数量在过去10年里大量增加，并且即使对于最简单的DGE分析来说，在分析实践中，每个步骤也存在着大量的差异。
小白要变大神·2021-06-13 00:12

total RNA-seq和ploy(A) plus RNA-seq的区别

totalRNA-seq(whole-transcriptomesequencing全基因组测序):对于所有RNA分子进行测序（编码区，非编码区）但如果我们只关注编码区的话，显然TotalRNA-seq
坐看云起时zym·2021-06-12 16:26

3D Genome可视化工具

该项目目前的进展是3Dgenome测序方法的开发，数据分析和可视化。
caokai001·2021-06-12 16:21

如何科学选择单细胞分析软件呢？

作者：Holiday审稿：童蒙编辑：amethyst引言对不同技术和实验平台产生的各种各样的单细胞测序数据进行深入的比较，在目前看来，仍然存在着一定的难度。
生信阿拉丁·2021-06-12 16:42

诺禾10x单细胞转录组---分析方案大放送

单细胞测序技术日渐火爆，其相关文章也层出不穷。随着越来越多相关研究的出现，也有更多的科研工作者对其产生了兴趣。
诺禾致源·2021-06-12 07:23

荧光定量（qPCR）结果整理的辅助小工具

伴随着测序成本的降低和科研经费支持的增加（主要是说我们小打小闹的单位），qPCR实验天天都做，天天都要处理和分析数据。写这个小工具的动机针对qPCR数据的分析方法有两种，其中一种即为2de
生信札记·2021-06-12 02:57

生物化学

biochemistry生物化学发展历程50年代的双螺旋结构，60年代的操纵子学说，70年代的DNA重组，80年代的PCR技术，90年代的DNA测序。
人肉鉴渣机·2021-06-12 02:03

只有测序和生信分析也能轻松15分+？

AMicroRNASignatureIdentifiesPancreaticDuctalAdenocarcinomaPatientsatRiskforLymphNodeMetastasesMicroRNA签名识别胰管腺癌患者的淋巴结转移风险发表期刊：GASTROENTEROLOGY发表日期：2020Aug影响因子：17.373DOI:10.1053/j.gastro.2020.04.057.一、研
生信学霸·2021-06-12 00:00

序列化之Serializable和Parcelable

-Serializable接口类实现Serializable接口时，类的申明中指定serialVersionUID作用：序列化时会将当前类serialVersionUID写入，反序列化时会检测序列化时的
wencymu·2021-06-11 20:29

数据库设计

表病人信息表样品信息表测序记录表基因位点表变异信息表测序变异表套餐信息表癌症信息表结构变异信息基因融合变异信息药物信息表用药信息表分表字段及数据限制病人信息表姓名年龄性别ID联系电话地址医院医生原发癌症
王江浩·2021-06-11 20:26

测序的深度的建议

SequencingCoverageRequirementshttps://www.illumina.com/science/technology/next-generation-sequencing/
浩瀚之宇·2021-06-11 06:15

微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）—功能预测分析方法描述

一、代谢、功能预测分析内容及意义根据已知的微生物基因组数据，对菌群组成的测序数据（典型的如16SrRNA基因的测序结果）进行菌群代谢功能的预测，意义：从而把物种的“身份”和它们的“功能”对应起来。
JarySun·2021-06-11 01:33

从零开始学Circos绘制圈图（一）

一般基因组文章都会有下面这种酷炫图，用来描述基因组的基因密度分布，转座子的密度分布，和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系，以及其他各种你只要测序就能加上的信息，比如说你要是测了ATAC-seq
xuzhougeng·2021-06-11 00:13

刚刚，屠刀砍下！又一大消息突袭！国人屏息！

DeepVariant能够自动鉴别测序数据中小的插入和缺失突变，以及单个碱基对的突变，帮助高通量测序读数转化成为一个全基因组图谱。DeepVariant也会在谷歌云平台上提供给用
大白菜_05c5·2021-06-10 20:08

02-隐马尔科夫模型（HMM）一

是关于时序的概率模型，描述一个隐藏的马尔科夫链生成不可观测的状态随机序列，在由各个状态生成观测随机序列的过程3）马尔科夫模型随机生成的状态随机序列，称为状态序列；每个状态生成一个观测，由此生产的观测随机序列，称为观测序列
kang_james·2021-06-10 17:20

单细胞文献-1 外周血单个核细胞的单细胞测序揭示了COVID-19和流感患者的不同免疫应答情况

Single-CellSequencingofPeripheralMononuclearCellsRevealsDistinctImmuneResponseLandscapesofCOVID-19andInfluenzaPatientsimage.pnghttps://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1074761320303162#mmc1影
土豆学生信·2021-06-10 15:09
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